ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54234

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.026, 0.046, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.046 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.002, 0.030, 0.057, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.007, 0.100, 0.194, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.100 std_dev=0.093
O4' A 0, -0.011, 0.098, 0.207, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.098 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.068, 0.194, 0.321, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.194 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.070, 0.222, 0.373, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.222 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.038, 0.194, 0.351, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.194 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.122, 0.360, 0.598, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.360 std_dev=0.238
C5' A 0, 0.055, 0.310, 0.564, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.310 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.445, 0.817, 1.189, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.817 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.574, 1.082, 1.589, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.082 std_dev=0.508
C2' B 0, 0.521, 1.062, 1.603, 1.820 max_d=1.820 avg_d=1.062 std_dev=0.541
C8 B 0, 0.770, 1.327, 1.883, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.327 std_dev=0.557
O4' B 0, 0.420, 1.002, 1.584, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.002 std_dev=0.582
C4' B 0, 0.558, 1.149, 1.739, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.149 std_dev=0.591
C3' B 0, 0.538, 1.238, 1.938, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.238 std_dev=0.700
N9 B 0, 0.625, 1.378, 2.132, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.378 std_dev=0.753
N7 B 0, 0.738, 1.579, 2.419, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.579 std_dev=0.841
O3' B 0, 0.468, 1.334, 2.199, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.334 std_dev=0.865
C5' B 0, 0.597, 1.556, 2.515, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.556 std_dev=0.959
O5' A 0, -0.065, 0.942, 1.949, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.942 std_dev=1.007
P A 0, -0.118, 1.089, 2.295, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.089 std_dev=1.206
OP1 A 0, 0.068, 1.316, 2.564, 3.564 max_d=3.564 avg_d=1.316 std_dev=1.248
OP2 A 0, -0.103, 1.204, 2.511, 3.594 max_d=3.594 avg_d=1.204 std_dev=1.307
O5' B 0, 0.461, 2.009, 3.558, 5.019 max_d=5.019 avg_d=2.009 std_dev=1.549
C4 B 0, 0.191, 1.797, 3.403, 5.034 max_d=5.034 avg_d=1.797 std_dev=1.606
C5 B 0, 0.263, 1.886, 3.509, 5.141 max_d=5.141 avg_d=1.886 std_dev=1.623
N3 B 0, -0.223, 2.137, 4.498, 7.038 max_d=7.038 avg_d=2.137 std_dev=2.360
P B 0, 0.027, 2.512, 4.996, 7.586 max_d=7.586 avg_d=2.512 std_dev=2.485
C6 B 0, -0.201, 2.315, 4.831, 7.522 max_d=7.522 avg_d=2.315 std_dev=2.516
N6 B 0, -0.180, 2.453, 5.086, 7.888 max_d=7.888 avg_d=2.453 std_dev=2.633
OP1 B 0, 0.045, 2.953, 5.861, 8.832 max_d=8.832 avg_d=2.953 std_dev=2.908
C2 B 0, -0.621, 2.559, 5.739, 9.221 max_d=9.221 avg_d=2.559 std_dev=3.180
OP2 B 0, -0.171, 3.034, 6.238, 9.528 max_d=9.528 avg_d=3.034 std_dev=3.205
N1 B 0, -0.653, 2.655, 5.964, 9.579 max_d=9.579 avg_d=2.655 std_dev=3.308

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.34 0.36 0.26 0.34
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.02 0.65 0.67 0.72 0.69
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.29 0.29 0.17 0.26
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.04 0.11 0.06 0.08 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.28 0.28 0.07 0.20
C4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.12 0.03 0.95 1.04 1.12 1.05
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.17 0.20 0.03
C5 0.03 0.03 0.06 0.12 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.14 0.04 1.00 1.08 1.12 1.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.09 0.12 0.03 0.05 0.13 0.03 0.01 0.29 0.38 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.04 0.87 0.89 0.82 0.89
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.64 0.65 0.60 0.65
N3 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.81 0.87 0.95 0.89
N4 0.03 0.02 0.05 0.11 0.00 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.13 0.03 1.01 1.17 1.28 1.16
O2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.05 0.50 0.51 0.58 0.54
O2' 0.04 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.03 0.05 0.07 0.08 0.04 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.12 0.06 0.14 0.13 0.12 0.06 0.10 0.13 0.10 0.03 0.00 0.03 0.11 0.09 0.21 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.24 0.31 0.12 0.23
O5' 0.34 0.65 0.29 0.28 0.95 0.01 1.00 0.01 0.87 0.64 0.81 1.01 0.50 0.07 0.11 0.24 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.36 0.67 0.29 0.28 1.04 0.17 1.08 0.29 0.89 0.65 0.87 1.17 0.51 0.08 0.09 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.72 0.17 0.07 1.12 0.20 1.12 0.38 0.82 0.60 0.95 1.28 0.58 0.04 0.21 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.69 0.26 0.20 1.05 0.03 1.10 0.03 0.89 0.65 0.89 1.16 0.54 0.07 0.07 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 1.20 0.09 0.27 0.58 0.44 0.55 0.58 0.85 0.24 1.15 0.93 0.84 0.29 0.24 0.09 0.42 0.28 0.76 1.40 2.12 1.38
C2 0.11 0.77 0.13 0.48 0.34 0.58 0.33 0.79 0.53 0.18 0.74 0.58 0.52 0.18 0.14 0.06 0.68 0.34 1.03 1.65 2.58 1.72
C2' 0.21 1.54 0.13 0.25 0.77 0.49 0.75 0.66 1.12 0.31 1.50 1.20 1.12 0.41 0.35 0.08 0.40 0.34 0.88 1.67 2.28 1.57
C3' 0.23 1.83 0.20 0.09 0.95 0.36 0.92 0.48 1.34 0.34 1.77 1.45 1.33 0.50 0.45 0.07 0.23 0.26 0.66 1.45 1.92 1.30
C4 0.11 0.43 0.19 0.57 0.16 0.61 0.16 0.82 0.28 0.15 0.41 0.32 0.27 0.11 0.10 0.09 0.80 0.35 1.04 1.51 2.51 1.65
C4' 0.15 1.63 0.21 0.19 0.82 0.30 0.78 0.39 1.17 0.25 1.57 1.28 1.16 0.38 0.34 0.17 0.30 0.20 0.51 1.13 1.62 1.02
C5 0.11 0.63 0.11 0.41 0.27 0.50 0.24 0.64 0.40 0.17 0.58 0.49 0.38 0.14 0.11 0.05 0.59 0.31 0.80 1.26 2.08 1.33
C5' 0.19 1.71 0.32 0.31 0.88 0.28 0.83 0.33 1.23 0.25 1.65 1.36 1.21 0.40 0.37 0.29 0.40 0.20 0.43 0.90 1.25 0.75
C6 0.12 0.91 0.07 0.31 0.42 0.45 0.39 0.57 0.61 0.21 0.85 0.72 0.58 0.21 0.17 0.08 0.46 0.29 0.72 1.25 1.99 1.27
N1 0.12 0.96 0.08 0.35 0.45 0.49 0.42 0.65 0.66 0.21 0.91 0.75 0.65 0.23 0.18 0.06 0.51 0.31 0.84 1.44 2.25 1.47
N3 0.11 0.52 0.18 0.57 0.21 0.63 0.20 0.87 0.34 0.15 0.50 0.38 0.34 0.12 0.10 0.09 0.80 0.36 1.13 1.69 2.71 1.81
N4 0.14 0.28 0.27 0.69 0.16 0.66 0.16 0.92 0.20 0.16 0.27 0.22 0.20 0.15 0.14 0.18 0.96 0.36 1.14 1.52 2.64 1.74
O2 0.11 0.82 0.13 0.49 0.36 0.60 0.36 0.84 0.57 0.18 0.79 0.61 0.57 0.19 0.15 0.06 0.70 0.35 1.11 1.77 2.72 1.84
O2' 0.20 1.61 0.11 0.25 0.80 0.49 0.79 0.66 1.19 0.31 1.58 1.23 1.20 0.43 0.36 0.07 0.41 0.33 0.89 1.70 2.33 1.61
O3' 0.31 2.16 0.28 0.06 1.15 0.34 1.13 0.47 1.63 0.43 2.12 1.70 1.63 0.65 0.57 0.11 0.17 0.28 0.65 1.53 1.89 1.31
O4' 0.14 1.25 0.16 0.23 0.61 0.36 0.58 0.45 0.88 0.25 1.20 0.98 0.86 0.30 0.26 0.18 0.35 0.24 0.57 1.11 1.73 1.07
O5' 1.09 2.48 1.25 1.20 1.69 1.02 1.53 1.02 1.89 0.80 2.34 2.20 1.79 1.01 1.19 1.13 1.17 0.99 1.08 0.87 0.72 0.74
OP1 1.64 3.17 1.86 1.89 2.36 1.62 2.22 1.68 2.61 1.41 3.06 2.86 2.50 1.65 1.82 1.57 1.87 1.54 1.85 1.45 1.35 1.51
OP2 1.44 2.48 1.68 1.71 1.87 1.52 1.64 1.56 1.90 1.00 2.29 2.33 1.74 1.13 1.46 1.54 1.71 1.41 1.65 1.29 1.03 1.30
P 1.39 2.64 1.62 1.65 1.94 1.43 1.77 1.47 2.09 1.08 2.50 2.42 1.96 1.26 1.49 1.43 1.66 1.33 1.59 1.26 0.99 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.16 0.15 0.19 0.11
C2 0.08 0.00 0.18 0.74 0.01 0.72 0.01 1.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.27 0.75 0.42 0.85 0.89 0.63 0.75
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.13 0.02 0.12 0.03 0.14 0.11 0.16 0.17 0.15 0.11 0.07 0.01 0.01 0.02 0.28 0.25 0.19 0.13
C3' 0.02 0.74 0.00 0.00 0.35 0.01 0.21 0.04 0.33 0.41 0.56 0.72 0.28 0.30 0.11 0.01 0.02 0.02 0.39 0.47 0.16 0.21
C4 0.03 0.01 0.13 0.35 0.00 0.33 0.01 0.50 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.34 0.22 0.22 0.26 0.47 0.18
C4' 0.01 0.72 0.02 0.01 0.33 0.00 0.14 0.02 0.29 0.39 0.54 0.70 0.20 0.25 0.05 0.04 0.04 0.00 0.08 0.22 0.52 0.14
C5 0.01 0.01 0.12 0.21 0.01 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.22 0.10 0.27 0.14 0.97 0.48
C5' 0.04 1.17 0.03 0.04 0.50 0.02 0.24 0.00 0.49 0.59 0.90 1.08 0.36 0.41 0.12 0.04 0.06 0.02 0.02 0.37 0.43 0.01
C6 0.03 0.00 0.14 0.33 0.02 0.29 0.00 0.49 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.35 0.19 0.19 0.17 0.87 0.30
C8 0.03 0.01 0.11 0.41 0.01 0.39 0.01 0.59 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.13 0.40 0.24 0.99 0.76 1.43 1.13
N1 0.07 0.01 0.16 0.56 0.02 0.54 0.00 0.90 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.20 0.59 0.33 0.55 0.60 0.54 0.42
N3 0.08 0.01 0.17 0.72 0.01 0.70 0.01 1.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.25 0.69 0.42 0.78 0.81 0.62 0.69
N6 0.01 0.01 0.15 0.28 0.01 0.20 0.02 0.36 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.08 0.31 0.13 0.26 0.16 1.23 0.54
N7 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.11 0.32 0.14 0.84 0.70 1.60 1.11
N9 0.00 0.03 0.07 0.11 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.12 0.03 0.35 0.14 0.59 0.41
O2' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.11 0.04 0.06 0.04 0.11 0.13 0.20 0.25 0.08 0.11 0.03 0.00 0.03 0.04 0.15 0.27 0.58 0.16
O3' 0.03 0.75 0.01 0.02 0.34 0.04 0.22 0.06 0.35 0.40 0.59 0.69 0.31 0.32 0.12 0.03 0.00 0.02 0.39 0.63 0.44 0.16
O4' 0.00 0.42 0.02 0.02 0.22 0.00 0.10 0.02 0.19 0.24 0.33 0.42 0.13 0.14 0.03 0.04 0.02 0.00 0.08 0.22 0.27 0.12
O5' 0.16 0.85 0.28 0.39 0.22 0.08 0.27 0.02 0.19 0.99 0.55 0.78 0.26 0.84 0.35 0.15 0.39 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.15 0.89 0.25 0.47 0.26 0.22 0.14 0.37 0.17 0.76 0.60 0.81 0.16 0.70 0.14 0.27 0.63 0.22 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.63 0.19 0.16 0.47 0.52 0.97 0.43 0.87 1.43 0.54 0.62 1.23 1.60 0.59 0.58 0.44 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.75 0.13 0.21 0.18 0.14 0.48 0.01 0.30 1.13 0.42 0.69 0.54 1.11 0.41 0.16 0.16 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00