ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.020, 0.057, 0.093, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.057 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.005, 0.043, 0.080, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.043 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.100, 0.207, 0.313, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.207 std_dev=0.107
N9 B 0, 0.154, 0.286, 0.417, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.286 std_dev=0.131
C4 B 0, 0.164, 0.307, 0.450, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.307 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.168, 0.312, 0.455, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.312 std_dev=0.144
C2' A 0, 0.076, 0.222, 0.368, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.222 std_dev=0.146
C8 B 0, 0.185, 0.337, 0.489, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.337 std_dev=0.152
C2' B 0, 0.150, 0.313, 0.476, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.143, 0.323, 0.502, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.323 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.160, 0.340, 0.519, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.340 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.217, 0.401, 0.585, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.401 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.148, 0.333, 0.518, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.333 std_dev=0.185
O3' B 0, 0.087, 0.278, 0.469, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.278 std_dev=0.191
C3' B 0, 0.152, 0.344, 0.535, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.344 std_dev=0.191
N6 B 0, 0.258, 0.473, 0.688, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.473 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.193, 0.421, 0.649, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.421 std_dev=0.228
P B 0, 0.197, 0.439, 0.680, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.439 std_dev=0.242
C3' A 0, 0.122, 0.372, 0.622, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.372 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.136, 0.387, 0.637, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.387 std_dev=0.250
OP1 B 0, 0.260, 0.521, 0.782, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.521 std_dev=0.261
P A 0, 0.227, 0.499, 0.772, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.499 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.197, 0.474, 0.752, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.474 std_dev=0.278
C2 B 0, 0.199, 0.491, 0.784, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.491 std_dev=0.293
O5' A 0, 0.183, 0.479, 0.775, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.479 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.208, 0.527, 0.846, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.527 std_dev=0.319
C5' A 0, 0.225, 0.555, 0.884, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.555 std_dev=0.329
O2' A 0, 0.036, 0.376, 0.717, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.376 std_dev=0.341
O5' B 0, 0.225, 0.595, 0.965, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.595 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.168, 0.560, 0.952, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.560 std_dev=0.392
O3' A 0, 0.148, 0.634, 1.120, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.634 std_dev=0.486
OP2 B 0, 0.228, 0.786, 1.344, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.786 std_dev=0.558
C5' B 0, 0.181, 0.742, 1.303, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.742 std_dev=0.561
OP1 A 0, 0.181, 1.062, 1.943, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.062 std_dev=0.881
OP2 A 0, -0.159, 0.959, 2.076, 3.165 max_d=3.165 avg_d=0.959 std_dev=1.117

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.34 0.25 0.12
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.02 0.08 0.02 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.09 0.07 0.17 0.64 0.12 0.12
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.09 0.07 0.12 0.00 0.03 0.03 0.06 0.14 0.03 0.05
C3' 0.03 0.10 0.00 0.00 0.19 0.01 0.24 0.02 0.24 0.14 0.14 0.19 0.05 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.13 0.16
C4 0.02 0.02 0.06 0.19 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.25 0.03 0.25 0.85 0.48 0.17
C4' 0.01 0.08 0.04 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.12 0.08 0.10 0.13 0.06 0.15 0.02 0.00 0.02 0.21 0.34 0.05
C5 0.02 0.02 0.03 0.24 0.00 0.14 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.33 0.03 0.24 0.84 0.53 0.15
C5' 0.04 0.18 0.04 0.02 0.24 0.01 0.22 0.00 0.18 0.15 0.21 0.25 0.16 0.15 0.06 0.02 0.01 0.37 0.39 0.05
C6 0.01 0.02 0.05 0.24 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.30 0.05 0.18 0.68 0.27 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.02 0.14 0.56 0.08 0.11
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.15 0.05 0.22 0.77 0.30 0.15
N4 0.02 0.02 0.07 0.19 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.28 0.03 0.27 0.92 0.63 0.19
O2 0.04 0.01 0.12 0.05 0.02 0.06 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.08 0.11 0.15 0.56 0.09 0.12
O2' 0.03 0.16 0.00 0.01 0.09 0.15 0.03 0.15 0.05 0.04 0.16 0.11 0.23 0.00 0.10 0.15 0.15 0.30 0.14 0.16
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.25 0.02 0.33 0.06 0.30 0.13 0.15 0.28 0.08 0.10 0.00 0.02 0.25 0.64 0.39 0.38
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.11 0.15 0.02 0.00 0.08 0.29 0.52 0.21
O5' 0.03 0.17 0.06 0.13 0.25 0.02 0.24 0.01 0.18 0.14 0.22 0.27 0.15 0.15 0.25 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.34 0.64 0.14 0.25 0.85 0.21 0.84 0.37 0.68 0.56 0.77 0.92 0.56 0.30 0.64 0.29 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.12 0.03 0.13 0.48 0.34 0.53 0.39 0.27 0.08 0.30 0.63 0.09 0.14 0.39 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.12 0.05 0.16 0.17 0.05 0.15 0.05 0.11 0.11 0.15 0.19 0.12 0.16 0.38 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.25 0.10 0.09 0.12 0.24 0.11 0.41 0.19 0.21 0.26 0.19 0.19 0.16 0.10 0.21 0.07 0.33 0.31 0.35 0.43 0.16
C2 0.12 0.32 0.09 0.13 0.13 0.23 0.09 0.41 0.19 0.24 0.31 0.25 0.18 0.21 0.11 0.10 0.06 0.26 0.36 0.30 0.33 0.12
C2' 0.20 0.21 0.16 0.14 0.13 0.30 0.17 0.40 0.24 0.16 0.26 0.16 0.26 0.13 0.13 0.22 0.13 0.40 0.14 0.36 0.47 0.22
C3' 0.28 0.17 0.27 0.20 0.18 0.30 0.17 0.41 0.18 0.22 0.19 0.17 0.19 0.17 0.22 0.32 0.19 0.42 0.35 0.12 0.14 0.02
C4 0.14 0.38 0.15 0.17 0.16 0.22 0.08 0.40 0.15 0.25 0.32 0.31 0.16 0.25 0.14 0.05 0.09 0.21 0.42 0.25 0.22 0.09
C4' 0.19 0.17 0.17 0.13 0.12 0.26 0.13 0.41 0.16 0.19 0.19 0.14 0.17 0.14 0.15 0.26 0.12 0.35 0.41 0.15 0.31 0.09
C5 0.10 0.31 0.12 0.15 0.10 0.22 0.09 0.41 0.16 0.25 0.27 0.26 0.19 0.24 0.10 0.07 0.07 0.21 0.42 0.25 0.21 0.09
C5' 0.13 0.14 0.15 0.14 0.10 0.22 0.10 0.39 0.12 0.16 0.15 0.12 0.15 0.13 0.12 0.26 0.16 0.25 0.63 0.03 0.27 0.19
C6 0.10 0.27 0.07 0.12 0.10 0.24 0.11 0.44 0.18 0.26 0.26 0.22 0.20 0.22 0.09 0.15 0.05 0.27 0.40 0.29 0.27 0.12
N1 0.11 0.27 0.07 0.11 0.10 0.24 0.09 0.43 0.18 0.25 0.27 0.21 0.18 0.20 0.09 0.15 0.05 0.29 0.36 0.32 0.34 0.13
N3 0.13 0.37 0.12 0.15 0.17 0.22 0.10 0.39 0.19 0.24 0.34 0.30 0.16 0.23 0.14 0.07 0.08 0.23 0.40 0.27 0.27 0.10
N4 0.18 0.44 0.19 0.19 0.20 0.23 0.13 0.38 0.14 0.24 0.35 0.37 0.15 0.25 0.17 0.10 0.11 0.20 0.44 0.23 0.18 0.09
O2 0.12 0.31 0.08 0.12 0.14 0.24 0.11 0.41 0.21 0.22 0.31 0.24 0.20 0.18 0.11 0.11 0.06 0.28 0.32 0.33 0.39 0.14
O2' 0.24 0.26 0.23 0.24 0.16 0.38 0.24 0.44 0.33 0.13 0.33 0.18 0.39 0.19 0.13 0.25 0.23 0.46 0.12 0.37 0.74 0.35
O3' 0.54 0.31 0.56 0.54 0.32 0.59 0.25 0.54 0.24 0.28 0.27 0.36 0.24 0.22 0.38 0.55 0.53 0.67 0.02 0.03 0.03 0.01
O4' 0.12 0.29 0.15 0.15 0.16 0.21 0.13 0.40 0.19 0.16 0.28 0.25 0.18 0.12 0.11 0.27 0.17 0.27 0.45 0.24 0.39 0.09
O5' 0.11 0.14 0.12 0.14 0.09 0.20 0.13 0.40 0.15 0.17 0.15 0.12 0.18 0.16 0.11 0.26 0.16 0.21 0.67 0.05 0.24 0.16
OP1 0.31 0.79 0.35 0.13 0.59 0.16 0.55 0.48 0.64 0.31 0.76 0.73 0.60 0.39 0.42 0.59 0.24 0.10 0.56 0.27 0.64 0.44
OP2 0.92 0.96 0.96 0.85 0.88 0.75 0.79 0.63 0.80 0.69 0.88 0.97 0.74 0.67 0.84 1.20 0.95 0.81 0.53 0.39 0.26 0.24
P 0.12 0.15 0.14 0.07 0.10 0.16 0.12 0.35 0.13 0.16 0.14 0.13 0.15 0.15 0.11 0.29 0.14 0.18 0.58 0.14 0.29 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.23 0.12 0.16 0.15
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.15 0.03 0.34 0.06 0.12 0.12
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.50 0.15 0.32 0.24
C3' 0.03 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.36 0.10 0.33 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.02 0.34 0.05 0.12 0.11
C4' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.19 0.11
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.03 0.36 0.06 0.10 0.13
C5' 0.06 0.12 0.10 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.16 0.21 0.13 0.11 0.17 0.21 0.14 0.09 0.03 0.01 0.01 0.12 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.11 0.04 0.37 0.07 0.10 0.14
C8 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.21 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.02 0.04 0.35 0.06 0.10 0.11
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.13 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.14 0.04 0.37 0.06 0.12 0.14
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.03 0.32 0.06 0.13 0.11
N6 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.17 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.14 0.10 0.05 0.37 0.09 0.09 0.15
N7 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.21 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.04 0.04 0.37 0.09 0.09 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.32 0.06 0.12 0.11
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.14 0.08 0.00 0.06 0.03 0.54 0.17 0.35 0.28
O3' 0.05 0.15 0.02 0.01 0.10 0.03 0.08 0.03 0.11 0.02 0.14 0.14 0.10 0.04 0.05 0.06 0.00 0.08 0.22 0.05 0.28 0.10
O4' 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.08 0.21 0.13 0.26
O5' 0.23 0.34 0.50 0.36 0.34 0.02 0.36 0.01 0.37 0.35 0.37 0.32 0.37 0.37 0.32 0.54 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.06 0.15 0.10 0.05 0.05 0.06 0.12 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06 0.17 0.05 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.12 0.32 0.33 0.12 0.19 0.10 0.31 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09 0.12 0.35 0.28 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.12 0.24 0.17 0.11 0.11 0.13 0.01 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.14 0.11 0.28 0.10 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00