ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.017, 0.050, 0.082, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.050 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.011, 0.062, 0.113, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.062 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.049, 0.120, 0.191, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.120 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.108, 0.193, 0.278, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.193 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.178, 0.315, 0.452, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.315 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.032, 0.238, 0.444, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.238 std_dev=0.206
C3' A 0, 0.107, 0.329, 0.551, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.329 std_dev=0.222
C5' A 0, 0.192, 0.470, 0.748, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.470 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.347, 0.649, 0.951, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.649 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.110, 0.498, 0.887, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.498 std_dev=0.389
O3' A 0, 0.186, 0.588, 0.990, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.588 std_dev=0.402
P A 0, 0.352, 0.973, 1.595, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.973 std_dev=0.621
C2' B 0, 0.525, 1.180, 1.834, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.180 std_dev=0.654
OP2 A 0, 1.063, 1.814, 2.565, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.814 std_dev=0.751
C1' B 0, 1.259, 2.302, 3.345, 3.439 max_d=3.439 avg_d=2.302 std_dev=1.043
OP1 A 0, 1.049, 2.199, 3.349, 3.428 max_d=3.428 avg_d=2.199 std_dev=1.150
C3' B 0, 0.986, 2.149, 3.311, 3.103 max_d=3.103 avg_d=2.149 std_dev=1.162
O3' B 0, 1.443, 2.632, 3.821, 3.598 max_d=3.598 avg_d=2.632 std_dev=1.189
C4' B 0, 1.613, 2.833, 4.052, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.833 std_dev=1.219
O4' B 0, 1.626, 2.940, 4.254, 4.828 max_d=4.828 avg_d=2.940 std_dev=1.314
N9 B 0, 1.635, 3.070, 4.504, 4.727 max_d=4.727 avg_d=3.070 std_dev=1.434
C5' B 0, 2.005, 3.822, 5.639, 6.676 max_d=6.676 avg_d=3.822 std_dev=1.817
C4 B 0, 2.487, 4.317, 6.147, 6.192 max_d=6.192 avg_d=4.317 std_dev=1.830
C8 B 0, 1.328, 3.425, 5.522, 6.116 max_d=6.116 avg_d=3.425 std_dev=2.097
O5' B 0, 2.409, 4.531, 6.653, 7.400 max_d=7.400 avg_d=4.531 std_dev=2.122
N3 B 0, 3.243, 5.450, 7.658, 8.185 max_d=8.185 avg_d=5.450 std_dev=2.207
C5 B 0, 2.491, 4.779, 7.066, 7.916 max_d=7.916 avg_d=4.779 std_dev=2.287
P B 0, 2.911, 5.396, 7.882, 8.586 max_d=8.586 avg_d=5.396 std_dev=2.485
N7 B 0, 1.750, 4.261, 6.772, 7.878 max_d=7.878 avg_d=4.261 std_dev=2.511
C2 B 0, 4.148, 6.921, 9.694, 10.085 max_d=10.085 avg_d=6.921 std_dev=2.773
OP1 B 0, 3.238, 6.057, 8.876, 10.309 max_d=10.309 avg_d=6.057 std_dev=2.819
C6 B 0, 3.351, 6.173, 8.996, 9.713 max_d=9.713 avg_d=6.173 std_dev=2.822
OP2 B 0, 2.647, 5.540, 8.432, 9.802 max_d=9.802 avg_d=5.540 std_dev=2.892
N1 B 0, 4.259, 7.245, 10.232, 9.996 max_d=9.996 avg_d=7.245 std_dev=2.987
N6 B 0, 3.441, 6.805, 10.168, 11.495 max_d=11.495 avg_d=6.805 std_dev=3.363

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.13 0.21 0.33 0.14
C2 0.03 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.06 0.03 0.24 0.39 0.52 0.22
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.04 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.12 0.30 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.18 0.00 0.20 0.02 0.17 0.10 0.13 0.20 0.07 0.02 0.01 0.03 0.10 0.08 0.33 0.13
C4 0.03 0.01 0.07 0.18 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.21 0.05 0.29 0.67 0.62 0.29
C4' 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.25 0.17 0.03
C5 0.03 0.01 0.08 0.20 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.24 0.06 0.29 0.66 0.61 0.27
C5' 0.04 0.12 0.01 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.19 0.13 0.15 0.20 0.10 0.10 0.05 0.02 0.01 0.32 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.06 0.25 0.45 0.53 0.21
N1 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.22 0.32 0.47 0.18
N3 0.03 0.01 0.05 0.13 0.00 0.04 0.01 0.15 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.13 0.04 0.27 0.55 0.59 0.27
N4 0.04 0.02 0.08 0.20 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.24 0.05 0.31 0.79 0.65 0.32
O2 0.03 0.01 0.07 0.07 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.16 0.08 0.03 0.23 0.31 0.49 0.21
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.10 0.03 0.10 0.02 0.04 0.10 0.08 0.16 0.00 0.10 0.05 0.04 0.21 0.25 0.04
O3' 0.05 0.06 0.04 0.01 0.21 0.02 0.24 0.05 0.19 0.08 0.13 0.24 0.08 0.10 0.00 0.03 0.17 0.16 0.55 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.10 0.32 0.29 0.21
O5' 0.13 0.24 0.10 0.10 0.29 0.02 0.29 0.01 0.25 0.22 0.27 0.31 0.23 0.04 0.17 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.39 0.12 0.08 0.67 0.25 0.66 0.32 0.45 0.32 0.55 0.79 0.31 0.21 0.16 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.52 0.30 0.33 0.62 0.17 0.61 0.22 0.53 0.47 0.59 0.65 0.49 0.25 0.55 0.29 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.14 0.22 0.10 0.13 0.29 0.03 0.27 0.01 0.21 0.18 0.27 0.32 0.21 0.04 0.25 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 1.78 0.33 0.72 1.11 0.96 1.18 1.32 1.43 1.12 1.73 1.45 1.45 1.15 0.88 0.26 1.24 0.77 1.51 1.67 1.40 1.53
C2 0.66 1.80 0.19 0.43 1.13 0.93 1.21 1.17 1.40 1.25 1.66 1.54 1.46 1.34 0.90 0.13 0.88 0.78 1.20 1.51 0.96 1.27
C2' 0.57 2.10 0.32 0.82 1.23 0.85 1.32 1.26 1.72 0.98 2.10 1.65 1.76 1.12 0.83 0.39 1.40 0.53 1.45 1.62 1.35 1.46
C3' 0.50 1.92 0.43 1.06 1.11 0.98 1.26 1.41 1.68 0.85 2.01 1.44 1.77 1.03 0.70 0.57 1.63 0.52 1.53 1.60 1.48 1.51
C4 0.66 1.44 0.18 0.41 1.02 1.10 1.17 1.21 1.25 1.28 1.32 1.34 1.39 1.42 0.85 0.14 0.56 0.99 1.09 1.39 0.73 1.15
C4' 0.59 1.53 0.36 1.05 0.90 1.17 1.06 1.64 1.37 0.90 1.61 1.14 1.46 0.98 0.68 0.38 1.57 0.83 1.76 1.80 1.77 1.77
C5 0.59 1.28 0.17 0.36 0.93 0.93 1.01 0.98 1.07 1.11 1.16 1.21 1.14 1.17 0.79 0.10 0.63 0.77 0.92 1.11 0.64 0.95
C5' 0.49 1.28 0.32 1.16 0.79 1.30 1.03 1.77 1.32 0.82 1.44 0.90 1.46 0.98 0.57 0.37 1.63 0.89 1.75 1.69 1.84 1.75
C6 0.61 1.44 0.25 0.51 0.98 0.86 1.02 1.04 1.14 1.05 1.33 1.29 1.16 1.07 0.81 0.20 0.93 0.65 1.09 1.18 0.93 1.11
N1 0.65 1.71 0.25 0.54 1.08 0.88 1.14 1.15 1.33 1.14 1.59 1.45 1.35 1.18 0.87 0.19 1.02 0.70 1.25 1.43 1.08 1.28
N3 0.67 1.68 0.16 0.38 1.10 1.04 1.23 1.23 1.36 1.32 1.53 1.48 1.49 1.46 0.89 0.12 0.68 0.93 1.16 1.51 0.84 1.24
N4 0.76 1.33 0.28 0.59 1.01 1.35 1.27 1.46 1.33 1.35 1.27 1.26 1.58 1.60 0.87 0.23 0.47 1.29 1.30 1.59 0.90 1.35
O2 0.67 1.95 0.20 0.47 1.18 0.92 1.28 1.21 1.51 1.28 1.82 1.62 1.57 1.38 0.92 0.14 0.95 0.78 1.28 1.64 1.06 1.36
O2' 0.60 2.08 0.32 0.85 1.20 0.92 1.30 1.36 1.70 1.03 2.10 1.61 1.76 1.14 0.83 0.35 1.42 0.63 1.61 1.86 1.55 1.65
O3' 0.48 1.91 0.52 1.23 1.05 1.12 1.24 1.60 1.72 0.79 2.06 1.38 1.86 0.99 0.62 0.68 1.76 0.57 1.72 1.84 1.68 1.72
O4' 0.77 1.45 0.41 0.89 0.96 1.14 1.06 1.53 1.25 1.09 1.46 1.17 1.30 1.08 0.86 0.31 1.37 0.96 1.73 1.78 1.67 1.73
O5' 0.38 1.20 0.28 1.07 0.78 1.06 0.98 1.40 1.23 0.66 1.34 0.90 1.34 0.87 0.49 0.43 1.60 0.63 1.28 1.17 1.35 1.26
OP1 0.61 1.10 0.51 1.07 0.79 1.42 1.00 1.74 1.20 0.77 1.21 0.92 1.37 1.02 0.58 0.88 1.39 1.07 1.43 1.42 1.60 1.48
OP2 0.68 0.96 0.62 1.03 0.95 1.06 1.18 1.39 1.24 1.13 1.14 0.80 1.36 1.26 0.90 0.48 1.06 0.77 1.28 1.35 1.31 1.30
P 0.51 0.74 0.35 1.29 0.52 1.36 0.78 1.62 0.92 0.70 0.89 0.49 1.06 0.84 0.46 0.26 1.68 0.94 1.39 1.35 1.50 1.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.19 0.31 0.46 0.26
C2 0.03 0.00 0.50 0.45 0.01 0.61 0.01 1.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.40 0.48 1.34 1.54 1.85 1.56
C2' 0.01 0.50 0.00 0.00 0.26 0.01 0.13 0.22 0.24 0.24 0.40 0.50 0.17 0.13 0.03 0.00 0.05 0.03 0.33 0.52 0.45 0.32
C3' 0.02 0.45 0.00 0.00 0.27 0.00 0.36 0.02 0.36 0.55 0.38 0.44 0.41 0.53 0.26 0.02 0.01 0.02 0.36 0.45 0.26 0.30
C4 0.02 0.01 0.26 0.27 0.00 0.23 0.01 0.56 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.26 0.61 0.47 0.61 0.46
C4' 0.03 0.61 0.01 0.00 0.23 0.00 0.10 0.01 0.19 0.46 0.42 0.60 0.13 0.35 0.10 0.31 0.04 0.00 0.02 0.16 0.38 0.14
C5 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.10 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.16 0.11 0.50 0.23 0.19 0.13
C5' 0.08 1.26 0.22 0.02 0.56 0.01 0.34 0.00 0.55 0.67 0.96 1.18 0.43 0.53 0.18 0.13 0.24 0.02 0.01 0.31 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.36 0.01 0.19 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.24 0.21 0.67 0.45 0.56 0.51
C8 0.02 0.01 0.24 0.55 0.00 0.46 0.00 0.67 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.48 0.19 0.27 0.91 1.09 1.11 1.03
N1 0.03 0.01 0.40 0.38 0.02 0.42 0.01 0.96 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.33 0.37 1.07 1.14 1.38 1.19
N3 0.03 0.01 0.50 0.44 0.00 0.60 0.01 1.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.36 0.39 0.49 1.21 1.29 1.55 1.31
N6 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.13 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.32 0.26 0.14 0.60 0.24 0.27 0.31
N7 0.02 0.01 0.13 0.53 0.01 0.35 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.21 0.14 0.78 0.93 0.96 0.83
N9 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.09 0.02 0.37 0.37 0.38 0.25
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.20 0.31 0.29 0.13 0.27 0.48 0.29 0.36 0.32 0.45 0.22 0.00 0.10 0.23 0.30 0.47 0.39 0.31
O3' 0.36 0.40 0.05 0.01 0.20 0.04 0.16 0.24 0.24 0.19 0.33 0.39 0.26 0.21 0.09 0.10 0.00 0.26 0.34 0.65 0.37 0.42
O4' 0.01 0.48 0.03 0.02 0.26 0.00 0.11 0.02 0.21 0.27 0.37 0.49 0.14 0.14 0.02 0.23 0.26 0.00 0.09 0.23 0.59 0.31
O5' 0.19 1.34 0.33 0.36 0.61 0.02 0.50 0.01 0.67 0.91 1.07 1.21 0.60 0.78 0.37 0.30 0.34 0.09 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.31 1.54 0.52 0.45 0.47 0.16 0.23 0.31 0.45 1.09 1.14 1.29 0.24 0.93 0.37 0.47 0.65 0.23 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 1.85 0.45 0.26 0.61 0.38 0.19 0.34 0.56 1.11 1.38 1.55 0.27 0.96 0.38 0.39 0.37 0.59 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.56 0.32 0.30 0.46 0.14 0.13 0.02 0.51 1.03 1.19 1.31 0.31 0.83 0.25 0.31 0.42 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00