ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.001, 0.022, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N4 A 0, -0.006, 0.028, 0.063, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.028 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.053, 0.198, 0.344, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.198 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.230, 0.401, 0.573, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.401 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.154, 0.401, 0.648, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.401 std_dev=0.247
C3' A 0, 0.166, 0.417, 0.669, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.417 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.416, 0.735, 1.054, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.735 std_dev=0.319
O2' A 0, 0.432, 0.774, 1.115, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.774 std_dev=0.341
O3' A 0, 0.210, 0.553, 0.895, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.553 std_dev=0.342
C2 B 0, 0.456, 0.838, 1.221, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.838 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.316, 0.722, 1.128, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.722 std_dev=0.406
C4 B 0, 0.479, 0.903, 1.326, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.903 std_dev=0.424
N1 B 0, 0.532, 0.988, 1.444, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.988 std_dev=0.456
C5' B 0, 0.449, 0.907, 1.365, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.907 std_dev=0.458
O2' B 0, 0.449, 0.910, 1.370, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.910 std_dev=0.461
C4' B 0, 0.380, 0.852, 1.324, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.852 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.393, 0.896, 1.400, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.896 std_dev=0.504
C3' B 0, 0.285, 0.789, 1.294, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.789 std_dev=0.505
O3' B 0, 0.341, 0.846, 1.351, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.846 std_dev=0.505
C6 B 0, 0.574, 1.079, 1.585, 1.485 max_d=1.485 avg_d=1.079 std_dev=0.506
C1' B 0, 0.400, 0.921, 1.442, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.921 std_dev=0.521
O4' B 0, 0.389, 0.924, 1.459, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.924 std_dev=0.535
C5 B 0, 0.545, 1.081, 1.618, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.081 std_dev=0.537
N9 B 0, 0.462, 1.010, 1.559, 1.643 max_d=1.643 avg_d=1.010 std_dev=0.548
N6 B 0, 0.638, 1.237, 1.835, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.237 std_dev=0.598
O5' A 0, 0.209, 0.815, 1.420, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.815 std_dev=0.605
N7 B 0, 0.569, 1.301, 2.033, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.301 std_dev=0.732
C8 B 0, 0.522, 1.277, 2.033, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.277 std_dev=0.755
OP2 B 0, 0.756, 1.535, 2.313, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.535 std_dev=0.779
P B 0, 0.678, 1.539, 2.399, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.539 std_dev=0.860
O5' B 0, 0.697, 1.599, 2.500, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.599 std_dev=0.902
P A 0, 0.249, 1.262, 2.276, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.262 std_dev=1.014
OP1 B 0, 0.906, 1.952, 2.999, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.952 std_dev=1.047
OP2 A 0, 0.378, 1.852, 3.325, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.852 std_dev=1.474
OP1 A 0, 0.282, 2.325, 4.367, 5.053 max_d=5.053 avg_d=2.325 std_dev=2.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.36 0.78 0.43 0.26
C2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.08 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.09 0.02 0.43 0.75 0.84 0.21
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.11 0.03 0.08 0.04 0.06 0.07 0.12 0.12 0.12 0.00 0.03 0.03 0.19 0.24 0.69 0.19
C3' 0.03 0.11 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.15 0.11 0.13 0.15 0.10 0.02 0.00 0.01 0.18 0.18 0.76 0.37
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.15 0.00 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.16 0.02 0.49 0.87 0.88 0.27
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.16 0.10 0.12 0.16 0.04 0.14 0.03 0.00 0.03 0.24 0.28 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.17 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.02 0.52 1.01 0.68 0.35
C5' 0.10 0.27 0.04 0.01 0.40 0.01 0.43 0.00 0.37 0.26 0.34 0.42 0.19 0.11 0.08 0.04 0.02 0.25 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.16 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.02 0.52 1.03 0.54 0.37
N1 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.09 0.02 0.45 0.85 0.63 0.27
N3 0.02 0.00 0.12 0.13 0.00 0.12 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.13 0.02 0.46 0.77 0.94 0.22
N4 0.03 0.01 0.12 0.15 0.01 0.16 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.17 0.03 0.50 0.86 0.92 0.26
O2 0.03 0.01 0.12 0.10 0.01 0.04 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.35 0.11 0.03 0.37 0.64 0.86 0.19
O2' 0.03 0.26 0.00 0.02 0.21 0.14 0.11 0.11 0.06 0.12 0.27 0.23 0.35 0.00 0.06 0.15 0.11 0.14 0.66 0.27
O3' 0.02 0.09 0.03 0.00 0.16 0.03 0.18 0.08 0.16 0.09 0.13 0.17 0.11 0.06 0.00 0.02 0.39 0.71 0.90 0.67
O4' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.15 0.02 0.00 0.38 0.93 0.26 0.41
O5' 0.36 0.43 0.19 0.18 0.49 0.03 0.52 0.02 0.52 0.45 0.46 0.50 0.37 0.11 0.39 0.38 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.78 0.75 0.24 0.18 0.87 0.24 1.01 0.25 1.03 0.85 0.77 0.86 0.64 0.14 0.71 0.93 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.43 0.84 0.69 0.76 0.88 0.28 0.68 0.19 0.54 0.63 0.94 0.92 0.86 0.66 0.90 0.26 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.21 0.19 0.37 0.27 0.10 0.35 0.02 0.37 0.27 0.22 0.26 0.19 0.27 0.67 0.41 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.17 0.19 0.06 0.19 0.15 0.20 0.17 0.19 0.26 0.17 0.17 0.19 0.24 0.23 0.29 0.38 0.33 0.19 0.42 0.16 0.20
C2 0.17 0.23 0.18 0.14 0.18 0.09 0.18 0.12 0.20 0.17 0.23 0.20 0.20 0.17 0.17 0.20 0.47 0.18 0.16 0.26 0.28 0.10
C2' 0.21 0.13 0.20 0.15 0.15 0.15 0.15 0.13 0.13 0.22 0.13 0.12 0.14 0.20 0.19 0.26 0.37 0.31 0.16 0.30 0.25 0.15
C3' 0.41 0.29 0.40 0.37 0.36 0.36 0.37 0.31 0.34 0.43 0.30 0.31 0.35 0.41 0.40 0.42 0.42 0.49 0.35 0.30 0.42 0.32
C4 0.17 0.22 0.20 0.22 0.19 0.20 0.20 0.17 0.21 0.18 0.22 0.20 0.21 0.19 0.18 0.19 0.51 0.11 0.19 0.16 0.38 0.15
C4' 0.45 0.33 0.38 0.33 0.40 0.42 0.43 0.35 0.40 0.49 0.35 0.34 0.41 0.48 0.45 0.43 0.33 0.56 0.37 0.42 0.37 0.36
C5 0.18 0.19 0.19 0.21 0.18 0.17 0.19 0.15 0.19 0.20 0.19 0.18 0.19 0.20 0.19 0.21 0.54 0.15 0.18 0.19 0.32 0.13
C5' 0.69 0.59 0.58 0.53 0.66 0.66 0.68 0.56 0.66 0.71 0.62 0.61 0.67 0.70 0.69 0.59 0.40 0.80 0.57 0.47 0.54 0.53
C6 0.22 0.19 0.17 0.14 0.20 0.09 0.21 0.11 0.21 0.24 0.20 0.19 0.21 0.23 0.22 0.25 0.51 0.27 0.17 0.29 0.23 0.13
N1 0.21 0.18 0.17 0.10 0.18 0.09 0.19 0.12 0.18 0.22 0.18 0.17 0.18 0.21 0.20 0.24 0.46 0.26 0.17 0.32 0.22 0.13
N3 0.16 0.26 0.19 0.19 0.20 0.15 0.21 0.15 0.24 0.17 0.26 0.23 0.24 0.19 0.17 0.18 0.49 0.12 0.18 0.18 0.36 0.12
N4 0.21 0.26 0.24 0.26 0.25 0.27 0.26 0.23 0.26 0.24 0.26 0.25 0.27 0.26 0.23 0.21 0.50 0.17 0.24 0.16 0.47 0.21
O2 0.17 0.26 0.18 0.14 0.19 0.08 0.19 0.12 0.22 0.16 0.25 0.22 0.22 0.17 0.17 0.22 0.44 0.19 0.15 0.28 0.28 0.10
O2' 0.25 0.12 0.25 0.24 0.16 0.26 0.17 0.25 0.13 0.28 0.12 0.11 0.14 0.24 0.23 0.30 0.37 0.38 0.26 0.41 0.29 0.27
O3' 0.53 0.35 0.56 0.54 0.46 0.51 0.48 0.45 0.44 0.58 0.38 0.38 0.45 0.55 0.52 0.55 0.53 0.58 0.48 0.39 0.53 0.44
O4' 0.29 0.18 0.23 0.09 0.24 0.22 0.27 0.21 0.24 0.35 0.20 0.19 0.26 0.33 0.29 0.36 0.33 0.40 0.22 0.48 0.15 0.25
O5' 0.38 0.38 0.32 0.14 0.37 0.34 0.38 0.26 0.38 0.41 0.38 0.38 0.38 0.41 0.38 0.50 0.03 0.42 0.10 0.35 0.11 0.15
OP1 0.61 0.57 0.23 0.37 0.54 1.05 0.49 1.20 0.50 0.46 0.53 0.58 0.47 0.44 0.53 0.17 0.05 0.98 1.06 1.04 0.92 1.06
OP2 0.68 0.87 0.79 0.25 0.74 0.15 0.67 0.42 0.72 0.52 0.82 0.85 0.68 0.55 0.65 1.04 0.04 0.37 0.28 0.81 0.37 0.46
P 0.06 0.07 0.13 0.05 0.07 0.37 0.12 0.48 0.10 0.20 0.05 0.07 0.13 0.19 0.11 0.17 0.01 0.26 0.41 0.57 0.40 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.11 0.08 0.44 0.17
C2 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.12 0.41 0.36 0.55 0.38
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.08 0.07 0.12 0.13 0.07 0.05 0.03 0.00 0.11 0.02 0.14 0.10 0.41 0.21
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.18 0.26 0.14 0.08 0.22 0.26 0.15 0.03 0.01 0.02 0.17 0.13 0.22 0.12
C4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.06 0.36 0.29 0.47 0.29
C4' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.18 0.07 0.08 0.11 0.17 0.07 0.11 0.06 0.01 0.02 0.16 0.26 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.15 0.04 0.43 0.35 0.48 0.33
C5' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.24 0.20 0.15 0.26 0.27 0.13 0.08 0.06 0.02 0.01 0.23 0.14 0.02
C6 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.15 0.06 0.47 0.42 0.54 0.41
C8 0.01 0.01 0.07 0.26 0.00 0.18 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.26 0.09 0.34 0.22 0.36 0.16
N1 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.09 0.46 0.41 0.57 0.42
N3 0.03 0.00 0.13 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.19 0.12 0.36 0.29 0.51 0.32
N6 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.05 0.50 0.46 0.56 0.44
N7 0.01 0.01 0.05 0.26 0.00 0.17 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.26 0.06 0.43 0.33 0.39 0.28
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.27 0.19 0.42 0.18
O2' 0.04 0.19 0.00 0.03 0.12 0.11 0.11 0.08 0.13 0.08 0.17 0.17 0.12 0.08 0.06 0.00 0.20 0.12 0.06 0.07 0.38 0.13
O3' 0.08 0.19 0.11 0.01 0.11 0.06 0.15 0.06 0.15 0.26 0.14 0.19 0.18 0.26 0.11 0.20 0.00 0.07 0.16 0.27 0.14 0.09
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.09 0.12 0.05 0.06 0.02 0.12 0.07 0.00 0.13 0.08 0.42 0.16
O5' 0.11 0.41 0.14 0.17 0.36 0.02 0.43 0.01 0.47 0.34 0.46 0.36 0.50 0.43 0.27 0.06 0.16 0.13 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.08 0.36 0.10 0.13 0.29 0.16 0.35 0.23 0.42 0.22 0.41 0.29 0.46 0.33 0.19 0.07 0.27 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.44 0.55 0.41 0.22 0.47 0.26 0.48 0.14 0.54 0.36 0.57 0.51 0.56 0.39 0.42 0.38 0.14 0.42 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.38 0.21 0.12 0.29 0.07 0.33 0.02 0.41 0.16 0.42 0.32 0.44 0.28 0.18 0.13 0.09 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00