ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, -0.035, 0.098, 0.230, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.098 std_dev=0.133
C2' A 0, -0.039, 0.117, 0.274, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.117 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.058, 0.216, 0.374, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.216 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.073, 0.234, 0.396, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.234 std_dev=0.161
N9 B 0, 0.048, 0.214, 0.380, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.214 std_dev=0.166
C2' B 0, 0.037, 0.231, 0.425, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.231 std_dev=0.194
O2' A 0, -0.044, 0.153, 0.350, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.153 std_dev=0.197
P A 0, 0.071, 0.277, 0.482, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.277 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.072, 0.280, 0.487, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.280 std_dev=0.208
C4' B 0, 0.079, 0.289, 0.499, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.289 std_dev=0.210
C8 B 0, 0.077, 0.291, 0.505, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.291 std_dev=0.214
C4' A 0, -0.056, 0.159, 0.374, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.159 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.082, 0.298, 0.513, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.298 std_dev=0.215
C3' A 0, -0.053, 0.172, 0.397, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.172 std_dev=0.225
OP2 B 0, -0.006, 0.227, 0.460, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.227 std_dev=0.233
OP2 A 0, 0.084, 0.324, 0.564, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.324 std_dev=0.240
O2' B 0, 0.091, 0.342, 0.594, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.342 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.114, 0.370, 0.626, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.370 std_dev=0.256
C3' B 0, 0.035, 0.297, 0.559, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.297 std_dev=0.262
C5 B 0, 0.092, 0.376, 0.661, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.376 std_dev=0.285
N7 B 0, 0.064, 0.351, 0.639, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.351 std_dev=0.287
P B 0, -0.059, 0.263, 0.585, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.263 std_dev=0.322
O3' A 0, -0.074, 0.262, 0.598, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.262 std_dev=0.336
C5' B 0, -0.061, 0.280, 0.622, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.280 std_dev=0.341
C2 B 0, 0.162, 0.516, 0.870, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.516 std_dev=0.354
C5' A 0, -0.088, 0.273, 0.634, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.273 std_dev=0.361
OP1 B 0, -0.068, 0.303, 0.673, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.303 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.148, 0.522, 0.895, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.522 std_dev=0.374
O3' B 0, 0.112, 0.512, 0.912, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.512 std_dev=0.400
N1 B 0, 0.187, 0.593, 0.999, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.593 std_dev=0.406
O5' B 0, -0.123, 0.315, 0.752, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.315 std_dev=0.437
N6 B 0, 0.159, 0.614, 1.069, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.614 std_dev=0.455
O5' A 0, -0.092, 0.389, 0.869, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.389 std_dev=0.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.24 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.16 0.08 0.23 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.19 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.08 0.21 0.17 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.11 0.19 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.23 0.11 0.20 0.07
C5' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.08 0.05 0.08 0.12 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.18 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.19 0.09 0.24 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.08 0.25 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.20 0.10 0.20 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.13 0.16 0.10
O2 0.03 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.13 0.03 0.12 0.07 0.24 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.13 0.00 0.02 0.01 0.03 0.19 0.19 0.06
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.00 0.01 0.17 0.27 0.16 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.25 0.12
O5' 0.09 0.16 0.02 0.08 0.23 0.01 0.23 0.00 0.19 0.15 0.20 0.25 0.12 0.03 0.17 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.08 0.18 0.21 0.11 0.18 0.11 0.18 0.09 0.08 0.10 0.13 0.07 0.19 0.27 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.23 0.19 0.17 0.19 0.15 0.20 0.07 0.24 0.25 0.20 0.16 0.24 0.19 0.16 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.07 0.01 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.11 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.20 0.17 0.18 0.11 0.17 0.15 0.34 0.22 0.06 0.23 0.15 0.26 0.12 0.04 0.22 0.18 0.07 0.07 0.15 0.04 0.01
C2 0.07 0.25 0.15 0.15 0.13 0.17 0.18 0.35 0.28 0.10 0.29 0.19 0.34 0.17 0.06 0.22 0.15 0.10 0.16 0.13 0.09 0.07
C2' 0.10 0.19 0.20 0.19 0.15 0.09 0.17 0.24 0.20 0.12 0.21 0.17 0.22 0.16 0.11 0.24 0.16 0.04 0.05 0.16 0.03 0.04
C3' 0.04 0.14 0.16 0.18 0.09 0.13 0.12 0.29 0.15 0.08 0.16 0.12 0.18 0.12 0.04 0.21 0.16 0.06 0.04 0.09 0.05 0.00
C4 0.11 0.29 0.17 0.17 0.15 0.15 0.23 0.30 0.34 0.13 0.35 0.20 0.39 0.20 0.08 0.24 0.19 0.10 0.10 0.21 0.07 0.04
C4' 0.07 0.16 0.17 0.21 0.08 0.22 0.12 0.38 0.17 0.07 0.19 0.12 0.21 0.12 0.02 0.22 0.23 0.12 0.05 0.05 0.12 0.04
C5 0.13 0.25 0.20 0.20 0.11 0.16 0.18 0.29 0.26 0.11 0.29 0.18 0.30 0.15 0.07 0.27 0.24 0.10 0.02 0.25 0.05 0.07
C5' 0.11 0.14 0.19 0.25 0.06 0.28 0.10 0.44 0.15 0.09 0.16 0.09 0.19 0.11 0.05 0.25 0.29 0.17 0.09 0.04 0.23 0.08
C6 0.11 0.21 0.19 0.20 0.09 0.17 0.14 0.32 0.21 0.10 0.24 0.15 0.25 0.12 0.03 0.25 0.22 0.09 0.02 0.24 0.04 0.06
N1 0.08 0.22 0.17 0.17 0.11 0.17 0.15 0.35 0.23 0.07 0.25 0.16 0.27 0.12 0.02 0.23 0.18 0.08 0.09 0.17 0.06 0.02
N3 0.09 0.28 0.16 0.16 0.14 0.15 0.22 0.33 0.34 0.13 0.34 0.20 0.42 0.21 0.07 0.22 0.16 0.10 0.15 0.16 0.09 0.06
N4 0.12 0.33 0.16 0.17 0.16 0.14 0.25 0.26 0.38 0.14 0.42 0.21 0.43 0.21 0.09 0.23 0.20 0.10 0.09 0.22 0.06 0.04
O2 0.07 0.25 0.13 0.13 0.14 0.17 0.17 0.36 0.26 0.10 0.28 0.18 0.33 0.16 0.07 0.20 0.13 0.12 0.21 0.08 0.12 0.11
O2' 0.12 0.21 0.20 0.19 0.18 0.07 0.20 0.19 0.23 0.16 0.22 0.18 0.24 0.20 0.15 0.24 0.15 0.07 0.04 0.16 0.10 0.08
O3' 0.07 0.14 0.16 0.16 0.11 0.06 0.13 0.15 0.14 0.11 0.15 0.12 0.15 0.12 0.09 0.19 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.10 0.20 0.17 0.21 0.10 0.25 0.14 0.43 0.21 0.07 0.23 0.15 0.25 0.12 0.04 0.21 0.23 0.15 0.07 0.10 0.11 0.03
O5' 0.13 0.13 0.14 0.17 0.09 0.34 0.11 0.57 0.12 0.15 0.13 0.11 0.14 0.14 0.10 0.24 0.20 0.25 0.30 0.22 0.38 0.27
OP1 0.12 0.19 0.16 0.18 0.14 0.08 0.15 0.11 0.18 0.15 0.20 0.15 0.19 0.15 0.12 0.22 0.31 0.06 0.35 0.28 0.16 0.23
OP2 0.06 0.28 0.11 0.27 0.22 0.19 0.30 0.29 0.35 0.20 0.34 0.21 0.40 0.29 0.14 0.22 0.45 0.09 0.22 0.28 0.18 0.18
P 0.07 0.19 0.11 0.18 0.14 0.16 0.19 0.32 0.23 0.15 0.23 0.15 0.26 0.19 0.10 0.21 0.32 0.09 0.24 0.22 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.05 0.33 0.08 0.12
C2 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.18 0.05 0.12 0.35 0.07 0.13
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.09 0.07 0.07 0.11 0.14 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.35 0.02 0.17
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.11 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.29 0.03 0.15
C4 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.03 0.12 0.35 0.08 0.13
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.14 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.14 0.34 0.09 0.12
C5' 0.06 0.11 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.12 0.11 0.12 0.10 0.13 0.12 0.10 0.08 0.02 0.00 0.00 0.13 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02 0.15 0.32 0.10 0.12
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.15 0.35 0.09 0.12
N1 0.02 0.00 0.11 0.09 0.01 0.02 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.04 0.14 0.33 0.09 0.13
N3 0.02 0.00 0.14 0.11 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.05 0.11 0.35 0.07 0.13
N6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02 0.16 0.29 0.11 0.11
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.16 0.32 0.11 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.11 0.35 0.07 0.13
O2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.08 0.12 0.07 0.18 0.22 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.37 0.02 0.18
O3' 0.11 0.18 0.03 0.01 0.13 0.02 0.12 0.02 0.13 0.07 0.16 0.17 0.12 0.08 0.11 0.01 0.00 0.12 0.09 0.22 0.10 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.30 0.13 0.13
O5' 0.05 0.12 0.12 0.18 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.15 0.14 0.11 0.16 0.16 0.11 0.13 0.09 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.33 0.35 0.35 0.29 0.35 0.20 0.34 0.13 0.32 0.35 0.33 0.35 0.29 0.32 0.35 0.37 0.22 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.07 0.02 0.03 0.08 0.14 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.02 0.10 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.13 0.17 0.15 0.13 0.05 0.12 0.01 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.18 0.07 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00