ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C4' A 0, 0.018, 0.044, 0.071, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.022, 0.058, 0.094, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.058 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.039, 0.082, 0.125, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.082 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.026, 0.072, 0.117, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.072 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.024, 0.077, 0.130, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.077 std_dev=0.053
C5' A 0, 0.047, 0.115, 0.183, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.115 std_dev=0.068
C3' B 0, 0.160, 0.443, 0.725, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.443 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.164, 0.458, 0.753, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.458 std_dev=0.295
N9 B 0, 0.193, 0.508, 0.823, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.508 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.193, 0.519, 0.844, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.519 std_dev=0.326
C2' B 0, 0.175, 0.503, 0.831, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.503 std_dev=0.328
C4' B 0, 0.188, 0.524, 0.859, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.524 std_dev=0.335
C5' B 0, 0.188, 0.536, 0.883, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.536 std_dev=0.348
O3' B 0, 0.188, 0.555, 0.922, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.555 std_dev=0.367
C8 B 0, 0.232, 0.616, 1.000, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.616 std_dev=0.384
C4 B 0, 0.214, 0.619, 1.023, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.619 std_dev=0.404
O5' B 0, 0.235, 0.645, 1.055, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.645 std_dev=0.410
O2' B 0, 0.208, 0.630, 1.051, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.630 std_dev=0.422
O5' A 0, 0.207, 0.649, 1.091, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.649 std_dev=0.442
N3 B 0, 0.203, 0.653, 1.103, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.653 std_dev=0.450
N7 B 0, 0.263, 0.744, 1.225, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.744 std_dev=0.481
P A 0, 0.262, 0.798, 1.333, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.798 std_dev=0.535
C5 B 0, 0.251, 0.790, 1.329, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.790 std_dev=0.539
OP2 A 0, 0.314, 0.953, 1.593, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.953 std_dev=0.639
C2 B 0, 0.245, 0.916, 1.588, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.916 std_dev=0.671
P B 0, 0.349, 1.031, 1.712, 1.585 max_d=1.585 avg_d=1.031 std_dev=0.682
C6 B 0, 0.283, 1.037, 1.790, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.037 std_dev=0.754
OP1 A 0, 0.354, 1.122, 1.890, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.122 std_dev=0.768
N1 B 0, 0.286, 1.109, 1.932, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.109 std_dev=0.823
OP1 B 0, 0.417, 1.284, 2.151, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.284 std_dev=0.867
N6 B 0, 0.325, 1.235, 2.145, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.235 std_dev=0.910
OP2 B 0, 0.561, 1.738, 2.915, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.738 std_dev=1.177

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.03 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.13 0.10 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.05 0.10
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.20 0.04 0.11
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.21 0.05 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.04 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.12 0.02
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.15 0.11 0.06
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.10 0.13 0.04
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.21 0.18 0.11 0.19
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.14 0.19 0.11 0.10
O5' 0.09 0.08 0.02 0.10 0.15 0.00 0.20 0.01 0.21 0.13 0.10 0.15 0.05 0.04 0.21 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.15 0.13 0.04 0.07 0.16 0.04 0.20 0.03 0.21 0.16 0.13 0.15 0.10 0.03 0.18 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.10 0.05 0.05 0.10 0.08 0.04 0.15 0.05 0.04 0.12 0.11 0.13 0.03 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.05 0.10 0.06 0.01 0.11 0.01 0.11 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.19 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.09 0.12 0.14 0.10 0.27 0.10 0.30 0.08 0.18 0.08 0.09 0.07 0.15 0.15 0.15 0.10 0.27 0.11 0.66 0.42 0.34
C2 0.15 0.18 0.10 0.12 0.10 0.27 0.09 0.29 0.13 0.13 0.18 0.14 0.13 0.09 0.11 0.13 0.07 0.27 0.12 0.68 0.34 0.33
C2' 0.17 0.11 0.13 0.15 0.10 0.26 0.09 0.28 0.08 0.18 0.10 0.10 0.08 0.14 0.15 0.17 0.14 0.26 0.13 0.63 0.38 0.31
C3' 0.18 0.10 0.15 0.17 0.11 0.25 0.11 0.26 0.09 0.20 0.09 0.10 0.08 0.16 0.16 0.19 0.17 0.24 0.15 0.57 0.32 0.26
C4 0.13 0.23 0.06 0.07 0.12 0.23 0.13 0.25 0.18 0.08 0.23 0.18 0.19 0.08 0.08 0.09 0.04 0.25 0.13 0.63 0.21 0.27
C4' 0.19 0.09 0.15 0.18 0.15 0.26 0.16 0.28 0.14 0.24 0.10 0.11 0.15 0.22 0.19 0.17 0.16 0.25 0.14 0.56 0.37 0.28
C5 0.14 0.15 0.06 0.06 0.09 0.24 0.08 0.26 0.11 0.09 0.15 0.12 0.11 0.07 0.09 0.11 0.04 0.26 0.13 0.62 0.21 0.26
C5' 0.20 0.13 0.17 0.19 0.19 0.25 0.21 0.26 0.19 0.27 0.15 0.14 0.21 0.26 0.22 0.17 0.19 0.24 0.16 0.50 0.31 0.23
C6 0.15 0.11 0.08 0.10 0.08 0.27 0.07 0.29 0.07 0.14 0.09 0.09 0.06 0.10 0.12 0.13 0.02 0.27 0.13 0.65 0.30 0.29
N1 0.16 0.12 0.10 0.12 0.09 0.27 0.08 0.30 0.08 0.15 0.11 0.10 0.08 0.11 0.13 0.14 0.07 0.27 0.12 0.67 0.36 0.33
N3 0.14 0.23 0.08 0.09 0.12 0.25 0.12 0.26 0.18 0.10 0.24 0.18 0.19 0.08 0.09 0.11 0.05 0.26 0.12 0.66 0.28 0.30
N4 0.10 0.30 0.06 0.03 0.17 0.19 0.19 0.21 0.26 0.07 0.31 0.23 0.27 0.12 0.09 0.06 0.06 0.22 0.12 0.60 0.15 0.24
O2 0.16 0.18 0.11 0.13 0.10 0.27 0.09 0.30 0.13 0.15 0.18 0.14 0.13 0.10 0.12 0.14 0.10 0.27 0.12 0.69 0.38 0.35
O2' 0.18 0.10 0.14 0.17 0.10 0.28 0.11 0.31 0.08 0.20 0.08 0.09 0.07 0.17 0.16 0.16 0.15 0.27 0.13 0.59 0.42 0.31
O3' 0.20 0.10 0.18 0.19 0.13 0.26 0.14 0.25 0.11 0.23 0.10 0.11 0.11 0.19 0.19 0.22 0.22 0.24 0.17 0.52 0.30 0.23
O4' 0.17 0.08 0.12 0.15 0.13 0.27 0.14 0.31 0.12 0.21 0.09 0.09 0.12 0.19 0.17 0.14 0.10 0.26 0.11 0.63 0.43 0.34
O5' 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.13 0.05 0.08 0.06 0.12 0.05 0.05 0.01 0.03 0.12 0.76 0.44 0.44
OP1 0.06 0.15 0.08 0.08 0.20 0.15 0.30 0.20 0.30 0.34 0.23 0.11 0.36 0.38 0.20 0.01 0.01 0.09 0.24 0.83 0.54 0.55
OP2 0.10 0.15 0.17 0.06 0.15 0.15 0.16 0.31 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.14 0.21 0.01 0.10 0.18 0.73 0.37 0.42
P 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.11 0.12 0.17 0.11 0.17 0.07 0.04 0.14 0.18 0.09 0.05 0.00 0.06 0.16 0.76 0.41 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.18 0.29 0.09
C2 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.10 0.50 0.34 1.01 0.62
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.37 0.15 0.07
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.36 0.08 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.47 0.27 0.88 0.53
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.08 0.15
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.54 0.43 1.08 0.68
C5' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.15 0.05 0.17 0.15 0.15 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.04 0.58 0.52 1.23 0.78
C8 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.05 0.42 0.26 0.78 0.48
N1 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.04 0.08 0.56 0.48 1.19 0.74
N3 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.10 0.44 0.22 0.83 0.49
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03 0.61 0.63 1.35 0.86
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.51 0.43 1.03 0.65
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.38 0.14 0.65 0.38
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.02 0.10 0.04 0.14 0.15 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.56 0.07 0.24
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.06 0.02 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.61 0.21 0.30
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.11 0.11 0.18 0.06
O5' 0.19 0.50 0.15 0.12 0.47 0.00 0.54 0.01 0.58 0.42 0.56 0.44 0.61 0.51 0.38 0.05 0.03 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.18 0.34 0.37 0.36 0.27 0.32 0.43 0.03 0.52 0.26 0.48 0.22 0.63 0.43 0.14 0.56 0.61 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 1.01 0.15 0.08 0.88 0.08 1.08 0.05 1.23 0.78 1.19 0.83 1.35 1.03 0.65 0.07 0.21 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.62 0.07 0.09 0.53 0.15 0.68 0.01 0.78 0.48 0.74 0.49 0.86 0.65 0.38 0.24 0.30 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00