ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54241

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.029, 0.056, 0.084, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.056 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.033, 0.067, 0.102, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.067 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.216, 0.713, 1.209, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.713 std_dev=0.496
C2' A 0, 0.157, 0.708, 1.259, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.708 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.085, 0.656, 1.226, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.656 std_dev=0.570
C2' B 0, 0.070, 0.683, 1.297, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.683 std_dev=0.614
C4' A 0, 0.351, 1.131, 1.911, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.131 std_dev=0.780
C3' A 0, 0.348, 1.129, 1.911, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.129 std_dev=0.781
O2' A 0, -0.005, 0.830, 1.666, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.830 std_dev=0.835
C3' B 0, 0.122, 0.984, 1.846, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.984 std_dev=0.862
O3' A 0, 0.500, 1.523, 2.545, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.523 std_dev=1.023
C4' B 0, 0.276, 1.380, 2.484, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.380 std_dev=1.104
O3' B 0, 0.248, 1.373, 2.497, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.373 std_dev=1.124
C1' B 0, 0.157, 1.380, 2.603, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.380 std_dev=1.223
C5' A 0, 0.575, 1.805, 3.035, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.805 std_dev=1.230
C5' B 0, 0.200, 1.589, 2.977, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.589 std_dev=1.388
O4' B 0, 0.139, 1.694, 3.249, 4.225 max_d=4.225 avg_d=1.694 std_dev=1.555
O5' B 0, 0.134, 1.764, 3.394, 5.013 max_d=5.013 avg_d=1.764 std_dev=1.630
O5' A 0, 0.500, 2.165, 3.829, 3.991 max_d=3.991 avg_d=2.165 std_dev=1.664
N9 B 0, 0.131, 2.005, 3.880, 4.699 max_d=4.699 avg_d=2.005 std_dev=1.875
OP2 A 0, 0.830, 2.713, 4.596, 4.356 max_d=4.356 avg_d=2.713 std_dev=1.883
P A 0, 0.814, 2.741, 4.667, 4.472 max_d=4.472 avg_d=2.741 std_dev=1.926
OP1 B 0, 0.267, 2.428, 4.589, 6.431 max_d=6.431 avg_d=2.428 std_dev=2.161
C8 B 0, 0.116, 2.325, 4.534, 6.304 max_d=6.304 avg_d=2.325 std_dev=2.209
P B 0, -0.273, 2.028, 4.330, 6.909 max_d=6.909 avg_d=2.028 std_dev=2.301
OP1 A 0, 1.019, 3.347, 5.675, 5.628 max_d=5.628 avg_d=3.347 std_dev=2.328
C4 B 0, 0.205, 2.675, 5.144, 5.521 max_d=5.521 avg_d=2.675 std_dev=2.470
N3 B 0, 0.148, 2.800, 5.452, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.800 std_dev=2.652
N7 B 0, 0.212, 3.083, 5.954, 8.103 max_d=8.103 avg_d=3.083 std_dev=2.871
OP2 B 0, -0.185, 2.709, 5.603, 8.486 max_d=8.486 avg_d=2.709 std_dev=2.894
C5 B 0, 0.295, 3.310, 6.325, 7.696 max_d=7.696 avg_d=3.310 std_dev=3.015
C2 B 0, 0.192, 3.560, 6.927, 7.314 max_d=7.314 avg_d=3.560 std_dev=3.367
C6 B 0, 0.372, 4.095, 7.818, 9.106 max_d=9.106 avg_d=4.095 std_dev=3.723
N1 B 0, 0.305, 4.177, 8.049, 8.246 max_d=8.246 avg_d=4.177 std_dev=3.872
N6 B 0, 0.455, 4.796, 9.138, 11.267 max_d=11.267 avg_d=4.796 std_dev=4.342

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.01 0.43 0.38 0.13 0.31
C2 0.01 0.00 0.15 0.17 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.17 0.25 0.09 0.67 0.61 0.35 0.56
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.00 0.17 0.14 0.21 0.03 0.11 0.07 0.29 0.00 0.04 0.02 0.43 0.31 0.45 0.32
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.27 0.01 0.31 0.02 0.29 0.16 0.22 0.29 0.20 0.02 0.01 0.01 0.13 0.22 0.64 0.18
C4 0.01 0.02 0.06 0.27 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.32 0.14 0.02 0.84 0.76 0.61 0.74
C4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.17 0.08 0.08 0.14 0.09 0.22 0.02 0.00 0.01 0.19 0.45 0.07
C5 0.02 0.02 0.17 0.31 0.00 0.17 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.39 0.25 0.06 0.85 0.73 0.56 0.73
C5' 0.05 0.13 0.14 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.22 0.14 0.17 0.24 0.10 0.08 0.17 0.01 0.00 0.34 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.21 0.29 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.23 0.09 0.78 0.64 0.36 0.62
N1 0.01 0.00 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.02 0.66 0.56 0.24 0.51
N3 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.22 0.18 0.07 0.77 0.70 0.51 0.66
N4 0.01 0.04 0.07 0.29 0.01 0.14 0.02 0.24 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.34 0.17 0.03 0.87 0.80 0.71 0.79
O2 0.02 0.01 0.29 0.20 0.04 0.09 0.03 0.10 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.24 0.46 0.16 0.58 0.55 0.28 0.49
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.32 0.22 0.39 0.08 0.35 0.19 0.22 0.34 0.24 0.00 0.08 0.16 0.22 0.17 0.60 0.26
O3' 0.26 0.25 0.04 0.01 0.14 0.02 0.25 0.17 0.23 0.13 0.18 0.17 0.46 0.08 0.00 0.16 0.41 0.69 1.18 0.72
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.16 0.16 0.16 0.00 0.33 0.39 0.16 0.29
O5' 0.43 0.67 0.43 0.13 0.84 0.01 0.85 0.00 0.78 0.66 0.77 0.87 0.58 0.22 0.41 0.33 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.38 0.61 0.31 0.22 0.76 0.19 0.73 0.34 0.64 0.56 0.70 0.80 0.55 0.17 0.69 0.39 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.35 0.45 0.64 0.61 0.45 0.56 0.36 0.36 0.24 0.51 0.71 0.28 0.60 1.18 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.56 0.32 0.18 0.74 0.07 0.73 0.01 0.62 0.51 0.66 0.79 0.49 0.26 0.72 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 1.16 0.37 0.75 0.89 0.79 1.07 0.71 1.29 0.84 1.36 0.88 1.42 1.00 0.76 0.43 1.27 0.84 0.70 0.61 0.90 0.68
C2 0.57 0.62 0.30 0.55 0.64 0.55 0.82 0.54 0.85 0.86 0.77 0.46 0.95 0.92 0.68 0.37 1.02 0.64 0.62 0.51 0.68 0.56
C2' 0.69 1.28 0.51 0.92 0.86 0.90 1.14 0.80 1.48 0.86 1.59 0.84 1.69 1.06 0.72 0.71 1.51 0.83 0.78 0.68 1.14 0.81
C3' 0.96 1.61 0.70 1.24 1.21 1.23 1.53 1.15 1.91 1.15 1.99 1.17 2.17 1.42 1.02 0.78 1.83 1.12 1.11 1.08 1.49 1.18
C4 0.36 0.36 0.24 0.38 0.29 0.28 0.56 0.34 0.41 0.83 0.16 0.26 0.56 0.85 0.52 0.38 0.76 0.36 0.52 0.44 0.64 0.50
C4' 0.95 1.49 0.56 1.08 1.15 1.20 1.37 1.09 1.69 1.00 1.76 1.18 1.90 1.24 0.96 0.61 1.60 1.18 1.00 1.01 1.20 0.99
C5 0.39 0.68 0.27 0.49 0.36 0.38 0.51 0.40 0.53 0.68 0.60 0.49 0.59 0.67 0.46 0.41 0.91 0.39 0.53 0.42 0.79 0.57
C5' 1.02 1.53 0.59 1.14 1.20 1.36 1.43 1.24 1.76 1.01 1.81 1.24 2.00 1.29 0.98 0.71 1.64 1.33 1.10 1.18 1.27 1.09
C6 0.55 0.94 0.32 0.64 0.66 0.59 0.82 0.55 0.96 0.74 1.03 0.67 1.03 0.82 0.61 0.43 1.13 0.61 0.61 0.50 0.88 0.64
N1 0.62 0.92 0.34 0.65 0.72 0.65 0.88 0.61 1.01 0.80 1.05 0.67 1.11 0.89 0.69 0.41 1.15 0.70 0.64 0.54 0.82 0.63
N3 0.46 0.23 0.26 0.43 0.50 0.38 0.75 0.43 0.67 0.90 0.39 0.14 0.82 0.97 0.63 0.37 0.85 0.48 0.57 0.48 0.60 0.51
N4 0.25 0.85 0.19 0.23 0.47 0.11 0.69 0.22 0.62 0.93 0.60 0.79 0.77 1.01 0.52 0.42 0.54 0.26 0.48 0.50 0.55 0.45
O2 0.61 0.73 0.31 0.57 0.73 0.60 0.92 0.59 0.98 0.90 0.90 0.57 1.09 0.99 0.73 0.36 1.05 0.70 0.64 0.53 0.64 0.56
O2' 0.69 1.09 0.59 0.89 0.76 0.89 1.02 0.78 1.33 0.78 1.41 0.71 1.55 0.96 0.66 0.78 1.44 0.84 0.72 0.65 1.03 0.71
O3' 0.97 1.54 0.77 1.38 1.14 1.37 1.51 1.30 1.93 1.13 1.99 1.06 2.26 1.42 0.97 0.88 2.01 1.18 1.21 1.20 1.64 1.29
O4' 0.84 1.38 0.41 0.83 1.08 0.96 1.22 0.86 1.46 0.90 1.55 1.14 1.59 1.09 0.89 0.40 1.31 1.04 0.81 0.78 0.93 0.77
O5' 0.23 1.62 0.40 0.43 1.23 0.59 1.63 0.55 2.01 1.06 2.00 1.18 2.27 1.50 0.82 0.81 0.89 0.47 0.55 0.62 0.99 0.66
OP1 0.33 1.73 0.49 0.39 1.45 0.53 1.99 0.60 2.37 1.44 2.23 1.28 2.75 1.96 1.07 0.87 0.64 0.43 0.79 0.72 1.26 0.87
OP2 0.52 1.80 0.60 0.46 1.60 0.47 2.03 0.62 2.30 1.52 2.18 1.44 2.52 1.96 1.23 0.78 0.71 0.44 0.86 0.69 1.28 0.95
P 0.24 1.59 0.46 0.39 1.31 0.53 1.75 0.55 2.08 1.23 1.99 1.19 2.36 1.68 0.93 0.87 0.74 0.39 0.65 0.62 1.09 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.08 0.04 0.03 0.01 0.03 0.28 0.01 0.12 0.17 0.36 0.28
C2 0.07 0.00 0.40 0.27 0.01 0.20 0.03 0.28 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.30 0.13 0.42 0.26 0.74 0.68 0.38
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.01 0.12 0.18 0.19 0.24 0.32 0.40 0.14 0.16 0.04 0.00 0.03 0.01 0.41 0.32 0.72 0.47
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.27 0.01 0.34 0.02 0.36 0.30 0.33 0.22 0.39 0.36 0.22 0.03 0.01 0.02 0.11 0.29 0.47 0.13
C4 0.05 0.01 0.21 0.27 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.21 0.19 0.61 0.67 0.36
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.06 0.32 0.11 0.21 0.11 0.27 0.10 0.28 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.14
C5 0.04 0.03 0.12 0.34 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.08 0.07 0.27 0.84 0.91 0.49
C5' 0.05 0.28 0.18 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.17 0.35 0.21 0.28 0.22 0.33 0.10 0.08 0.21 0.01 0.01 0.27 0.24 0.03
C6 0.05 0.02 0.19 0.36 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.09 0.16 0.29 0.97 0.97 0.52
C8 0.03 0.02 0.24 0.30 0.01 0.32 0.01 0.35 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.51 0.15 0.28 0.33 0.67 0.82 0.49
N1 0.06 0.01 0.32 0.33 0.01 0.11 0.02 0.21 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.16 0.06 0.31 0.27 0.89 0.85 0.46
N3 0.08 0.01 0.40 0.22 0.01 0.21 0.02 0.28 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.32 0.18 0.43 0.23 0.58 0.57 0.33
N6 0.04 0.02 0.14 0.39 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.25 0.15 0.09 0.35 1.13 1.13 0.62
N7 0.03 0.03 0.16 0.36 0.01 0.27 0.01 0.33 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.47 0.18 0.17 0.38 0.92 1.04 0.58
N9 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.10 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.20 0.06 0.01 0.14 0.45 0.56 0.34
O2' 0.03 0.30 0.00 0.03 0.07 0.28 0.23 0.08 0.15 0.51 0.16 0.32 0.25 0.47 0.20 0.00 0.04 0.22 0.29 0.19 0.81 0.43
O3' 0.28 0.13 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.21 0.09 0.15 0.06 0.18 0.15 0.18 0.06 0.04 0.00 0.18 0.21 0.56 0.37 0.22
O4' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.21 0.01 0.07 0.01 0.16 0.28 0.31 0.43 0.09 0.17 0.01 0.22 0.18 0.00 0.10 0.26 0.49 0.42
O5' 0.12 0.26 0.41 0.11 0.19 0.01 0.27 0.01 0.29 0.33 0.27 0.23 0.35 0.38 0.14 0.29 0.21 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.74 0.32 0.29 0.61 0.17 0.84 0.27 0.97 0.67 0.89 0.58 1.13 0.92 0.45 0.19 0.56 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.68 0.72 0.47 0.67 0.20 0.91 0.24 0.97 0.82 0.85 0.57 1.13 1.04 0.56 0.81 0.37 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.38 0.47 0.13 0.36 0.14 0.49 0.03 0.52 0.49 0.46 0.33 0.62 0.58 0.34 0.43 0.22 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00