ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54242

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.050 std_dev=0.027
O2' B 0, 0.397, 0.795, 1.193, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.795 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.409, 0.824, 1.239, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.824 std_dev=0.415
C2' A 0, 0.422, 0.848, 1.274, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.848 std_dev=0.426
O4' A 0, 0.422, 0.852, 1.283, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.852 std_dev=0.430
C1' B 0, 0.569, 1.179, 1.789, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.179 std_dev=0.610
C4' A 0, 0.718, 1.444, 2.169, 1.889 max_d=1.889 avg_d=1.444 std_dev=0.725
C3' A 0, 0.756, 1.513, 2.270, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.513 std_dev=0.757
O2' A 0, 0.762, 1.530, 2.298, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.530 std_dev=0.768
C5' A 0, 0.885, 1.790, 2.695, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.790 std_dev=0.905
C3' B 0, 0.936, 1.894, 2.852, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.894 std_dev=0.958
C4' B 0, 1.017, 2.052, 3.087, 2.719 max_d=2.719 avg_d=2.052 std_dev=1.035
O4' B 0, 1.045, 2.096, 3.147, 2.711 max_d=2.711 avg_d=2.096 std_dev=1.051
OP1 B 0, 1.025, 2.085, 3.144, 2.861 max_d=2.861 avg_d=2.085 std_dev=1.059
C5' B 0, 1.037, 2.114, 3.192, 2.895 max_d=2.895 avg_d=2.114 std_dev=1.078
O3' A 0, 1.156, 2.312, 3.468, 2.901 max_d=2.901 avg_d=2.312 std_dev=1.156
P B 0, 1.159, 2.322, 3.486, 3.022 max_d=3.022 avg_d=2.322 std_dev=1.163
O5' B 0, 1.192, 2.411, 3.630, 3.247 max_d=3.247 avg_d=2.411 std_dev=1.219
N9 B 0, 1.315, 2.657, 3.999, 3.558 max_d=3.558 avg_d=2.657 std_dev=1.342
OP2 B 0, 1.392, 2.791, 4.190, 3.602 max_d=3.602 avg_d=2.791 std_dev=1.399
N3 B 0, 1.412, 2.842, 4.271, 3.746 max_d=3.746 avg_d=2.842 std_dev=1.429
O5' A 0, 1.457, 2.919, 4.381, 3.743 max_d=3.743 avg_d=2.919 std_dev=1.462
C4 B 0, 1.706, 3.435, 5.164, 4.534 max_d=4.534 avg_d=3.435 std_dev=1.729
OP2 A 0, 1.781, 3.634, 5.488, 4.951 max_d=4.951 avg_d=3.634 std_dev=1.853
O3' B 0, 1.897, 3.803, 5.709, 4.909 max_d=4.909 avg_d=3.803 std_dev=1.906
C8 B 0, 1.915, 3.847, 5.779, 5.036 max_d=5.036 avg_d=3.847 std_dev=1.932
C2 B 0, 2.029, 4.073, 6.117, 5.305 max_d=5.305 avg_d=4.073 std_dev=2.044
P A 0, 2.210, 4.444, 6.678, 5.818 max_d=5.818 avg_d=4.444 std_dev=2.234
C5 B 0, 2.524, 5.069, 7.614, 6.611 max_d=6.611 avg_d=5.069 std_dev=2.545
N7 B 0, 2.637, 5.293, 7.948, 6.875 max_d=6.875 avg_d=5.293 std_dev=2.655
N1 B 0, 2.830, 5.680, 8.529, 7.375 max_d=7.375 avg_d=5.680 std_dev=2.849
OP1 A 0, 2.960, 5.927, 8.894, 7.574 max_d=7.574 avg_d=5.927 std_dev=2.967
C6 B 0, 3.101, 6.223, 9.345, 8.084 max_d=8.084 avg_d=6.223 std_dev=3.122
N6 B 0, 3.909, 7.842, 11.774, 10.143 max_d=10.143 avg_d=7.842 std_dev=3.932

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.08 0.20 0.03 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.05 0.16 0.36 0.13 0.22
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.09 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.12 0.09 0.14 0.18 0.08 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.01 0.24 0.58 0.28 0.35
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.13 0.01 0.00 0.01 0.19 0.06 0.07
C5 0.00 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.08 0.03 0.26 0.64 0.32 0.39
C5' 0.03 0.01 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.02 0.07 0.05 0.04 0.08 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.04 0.05 0.23 0.49 0.25 0.31
N1 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.16 0.33 0.14 0.20
N3 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.04 0.19 0.46 0.20 0.28
N4 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.01 0.25 0.66 0.32 0.40
O2 0.03 0.00 0.12 0.08 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.09 0.14 0.33 0.10 0.20
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.15 0.13 0.17 0.04 0.14 0.09 0.11 0.16 0.03 0.00 0.01 0.09 0.12 0.14 0.06 0.09
O3' 0.13 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.13 0.01 0.00 0.09 0.12 0.13 0.05 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.09 0.09 0.00 0.05 0.20 0.06 0.10
O5' 0.08 0.16 0.06 0.12 0.24 0.01 0.26 0.00 0.23 0.16 0.19 0.25 0.14 0.12 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.36 0.13 0.09 0.58 0.19 0.64 0.07 0.49 0.33 0.46 0.66 0.33 0.14 0.13 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.13 0.09 0.08 0.28 0.06 0.32 0.03 0.25 0.14 0.20 0.32 0.10 0.06 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.05 0.07 0.35 0.07 0.39 0.01 0.31 0.20 0.28 0.40 0.20 0.09 0.08 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.92 0.10 0.25 0.74 0.14 1.04 0.13 1.29 0.72 1.23 0.65 1.49 0.99 0.54 0.14 0.42 0.14 0.16 0.27 0.34 0.20
C2 0.21 0.83 0.11 0.30 0.75 0.22 1.07 0.19 1.26 0.78 1.13 0.62 1.48 1.07 0.57 0.13 0.57 0.08 0.12 0.27 0.38 0.21
C2' 0.10 0.79 0.16 0.27 0.63 0.21 0.93 0.18 1.17 0.63 1.11 0.53 1.40 0.90 0.44 0.19 0.42 0.04 0.08 0.20 0.29 0.13
C3' 0.25 0.82 0.06 0.12 0.68 0.10 0.92 0.11 1.12 0.68 1.08 0.60 1.30 0.90 0.53 0.06 0.21 0.19 0.24 0.38 0.40 0.27
C4 0.18 0.66 0.11 0.29 0.65 0.26 0.89 0.22 0.97 0.70 0.86 0.52 1.09 0.91 0.51 0.12 0.56 0.01 0.07 0.25 0.33 0.16
C4' 0.18 0.77 0.13 0.22 0.59 0.13 0.80 0.15 1.00 0.56 1.00 0.53 1.16 0.76 0.43 0.11 0.29 0.16 0.21 0.30 0.30 0.21
C5 0.16 0.68 0.07 0.22 0.64 0.20 0.83 0.17 0.92 0.62 0.85 0.54 1.00 0.81 0.48 0.12 0.39 0.04 0.10 0.24 0.27 0.14
C5' 0.16 0.61 0.19 0.23 0.45 0.16 0.62 0.17 0.77 0.43 0.78 0.42 0.88 0.58 0.33 0.15 0.26 0.16 0.22 0.29 0.28 0.20
C6 0.18 0.80 0.09 0.22 0.69 0.16 0.91 0.14 1.07 0.64 1.01 0.60 1.17 0.86 0.50 0.13 0.36 0.08 0.13 0.25 0.29 0.16
N1 0.20 0.87 0.09 0.26 0.74 0.17 1.03 0.15 1.24 0.73 1.15 0.64 1.41 0.99 0.55 0.13 0.45 0.10 0.14 0.26 0.33 0.19
N3 0.21 0.75 0.13 0.32 0.71 0.26 1.00 0.22 1.14 0.77 1.00 0.58 1.32 1.03 0.56 0.13 0.62 0.04 0.08 0.26 0.39 0.20
N4 0.17 0.54 0.15 0.31 0.55 0.32 0.75 0.27 0.80 0.63 0.70 0.44 0.91 0.80 0.46 0.12 0.62 0.06 0.04 0.24 0.33 0.15
O2 0.22 0.87 0.12 0.32 0.77 0.22 1.11 0.19 1.33 0.82 1.19 0.64 1.60 1.12 0.59 0.13 0.61 0.10 0.13 0.28 0.42 0.23
O2' 0.07 0.88 0.22 0.36 0.66 0.30 0.98 0.26 1.27 0.63 1.23 0.57 1.55 0.94 0.43 0.29 0.53 0.05 0.05 0.06 0.20 0.02
O3' 0.20 0.78 0.05 0.16 0.63 0.10 0.86 0.10 1.06 0.62 1.03 0.56 1.25 0.83 0.47 0.03 0.26 0.13 0.16 0.32 0.32 0.20
O4' 0.20 0.87 0.14 0.25 0.66 0.13 0.90 0.14 1.13 0.61 1.14 0.61 1.28 0.83 0.47 0.13 0.37 0.16 0.20 0.28 0.29 0.20
O5' 0.25 0.55 0.07 0.13 0.47 0.16 0.58 0.16 0.66 0.46 0.66 0.43 0.72 0.56 0.39 0.13 0.21 0.25 0.31 0.43 0.31 0.26
OP1 0.78 0.62 0.58 0.64 0.73 0.75 0.70 0.69 0.64 0.76 0.59 0.69 0.61 0.73 0.76 0.74 0.75 0.79 0.84 1.00 0.71 0.78
OP2 0.44 0.55 0.26 0.36 0.51 0.46 0.55 0.43 0.58 0.51 0.58 0.50 0.60 0.55 0.48 0.34 0.51 0.48 0.53 0.63 0.44 0.45
P 0.42 0.46 0.23 0.31 0.47 0.40 0.50 0.36 0.51 0.48 0.49 0.44 0.52 0.51 0.45 0.36 0.44 0.43 0.50 0.63 0.41 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.14 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.09 0.15 0.16 0.29 0.19
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.09 0.12 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.41 0.20 0.22
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.19 0.14 0.17 0.12 0.20 0.18 0.11 0.01 0.00 0.00 0.14 0.40 0.07 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.04 0.14 0.15 0.27 0.19
C4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.09 0.15 0.07 0.05 0.11 0.15 0.07 0.11 0.01 0.00 0.01 0.14 0.12 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.18 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.10 0.01 0.14 0.20 0.34 0.26
C5' 0.02 0.10 0.04 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.20 0.24 0.15 0.08 0.24 0.27 0.13 0.06 0.06 0.00 0.00 0.14 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.03 0.14 0.22 0.36 0.27
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.15 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.16 0.09 0.05 0.14 0.20 0.30 0.25
N1 0.03 0.00 0.09 0.17 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.07 0.15 0.19 0.34 0.24
N3 0.03 0.00 0.12 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.09 0.15 0.15 0.25 0.16
N6 0.02 0.01 0.03 0.20 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.14 0.02 0.13 0.26 0.40 0.30
N7 0.01 0.00 0.05 0.18 0.01 0.15 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.13 0.03 0.15 0.25 0.37 0.30
N9 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.13 0.14 0.23 0.17
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.11 0.11 0.16 0.06 0.16 0.16 0.13 0.06 0.18 0.18 0.10 0.00 0.03 0.10 0.10 0.31 0.16 0.12
O3' 0.11 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.10 0.14 0.13 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.34 0.04 0.08
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.09 0.02 0.03 0.01 0.10 0.05 0.00 0.06 0.05 0.15 0.12
O5' 0.12 0.15 0.24 0.14 0.14 0.01 0.14 0.00 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.15 0.13 0.10 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.16 0.41 0.40 0.15 0.14 0.20 0.14 0.22 0.20 0.19 0.15 0.26 0.25 0.14 0.31 0.34 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.29 0.20 0.07 0.27 0.12 0.34 0.16 0.36 0.30 0.34 0.25 0.40 0.37 0.23 0.16 0.04 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.22 0.16 0.19 0.03 0.26 0.01 0.27 0.25 0.24 0.16 0.30 0.30 0.17 0.12 0.08 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00