ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54243

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.019, 0.299, 0.580, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.299 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.030, 0.366, 0.703, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.366 std_dev=0.336
O4' A 0, -0.033, 0.378, 0.789, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.378 std_dev=0.411
C2' B 0, 0.171, 0.602, 1.033, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.602 std_dev=0.431
O2' A 0, 0.064, 0.608, 1.151, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.608 std_dev=0.543
C4' A 0, -0.133, 0.727, 1.588, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.727 std_dev=0.860
O5' A 0, -0.050, 0.814, 1.678, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.814 std_dev=0.864
OP1 A 0, 0.156, 1.030, 1.904, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.030 std_dev=0.874
P A 0, 0.052, 0.946, 1.840, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.946 std_dev=0.894
OP2 A 0, 0.027, 0.951, 1.875, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.951 std_dev=0.924
C5' A 0, -0.075, 0.868, 1.810, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.868 std_dev=0.943
C3' A 0, -0.250, 0.731, 1.711, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.731 std_dev=0.980
C3' B 0, 0.062, 1.060, 2.057, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.060 std_dev=0.998
C1' B 0, 0.026, 1.231, 2.435, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.231 std_dev=1.205
O3' B 0, -0.092, 1.353, 2.798, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.353 std_dev=1.445
O3' A 0, -0.382, 1.181, 2.745, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.181 std_dev=1.563
C4' B 0, -0.151, 1.543, 3.237, 3.901 max_d=3.901 avg_d=1.543 std_dev=1.694
O4' B 0, -0.130, 1.608, 3.345, 4.021 max_d=4.021 avg_d=1.608 std_dev=1.738
N9 B 0, -0.140, 1.844, 3.828, 4.597 max_d=4.597 avg_d=1.844 std_dev=1.984
C8 B 0, -0.177, 2.257, 4.691, 5.636 max_d=5.636 avg_d=2.257 std_dev=2.434
C5' B 0, -0.382, 2.171, 4.725, 5.756 max_d=5.756 avg_d=2.171 std_dev=2.554
C4 B 0, -0.340, 2.275, 4.891, 5.939 max_d=5.939 avg_d=2.275 std_dev=2.616
N3 B 0, -0.453, 2.282, 5.017, 6.127 max_d=6.127 avg_d=2.282 std_dev=2.735
O5' B 0, -0.519, 2.513, 5.545, 6.778 max_d=6.778 avg_d=2.513 std_dev=3.032
N7 B 0, -0.335, 2.813, 5.961, 7.207 max_d=7.207 avg_d=2.813 std_dev=3.148
C5 B 0, -0.448, 2.850, 6.149, 7.473 max_d=7.473 avg_d=2.850 std_dev=3.299
OP2 B 0, -0.647, 2.860, 6.367, 7.799 max_d=7.799 avg_d=2.860 std_dev=3.507
C2 B 0, -0.681, 2.924, 6.529, 8.003 max_d=8.003 avg_d=2.924 std_dev=3.605
P B 0, -0.730, 3.037, 6.803, 8.345 max_d=8.345 avg_d=3.037 std_dev=3.766
C6 B 0, -0.674, 3.432, 7.538, 9.205 max_d=9.205 avg_d=3.432 std_dev=4.106
N1 B 0, -0.789, 3.463, 7.714, 9.451 max_d=9.451 avg_d=3.463 std_dev=4.252
N6 B 0, -0.797, 4.013, 8.823, 10.776 max_d=10.776 avg_d=4.013 std_dev=4.810
OP1 B 0, -1.082, 3.916, 8.915, 10.971 max_d=10.971 avg_d=3.916 std_dev=4.998

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.19 0.00 0.44 0.35 0.55 0.37
C2 0.01 0.00 0.12 0.23 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.04 0.08 0.33 0.21 0.47 0.24
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.10 0.03 0.05 0.15 0.03 0.06 0.13 0.10 0.14 0.01 0.01 0.03 0.48 0.60 0.60 0.50
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.49 0.00 0.57 0.02 0.50 0.29 0.36 0.53 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.08 0.01
C4 0.00 0.01 0.10 0.49 0.00 0.26 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.35 0.03 0.14 0.04 0.33 0.03
C4' 0.00 0.05 0.03 0.00 0.26 0.00 0.37 0.01 0.36 0.15 0.13 0.28 0.10 0.28 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.57 0.00 0.37 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.51 0.12 0.09 0.07 0.35 0.02
C5' 0.04 0.11 0.15 0.02 0.36 0.01 0.46 0.00 0.39 0.16 0.22 0.41 0.04 0.11 0.13 0.03 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.50 0.00 0.36 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.42 0.15 0.20 0.07 0.46 0.13
N1 0.00 0.00 0.06 0.29 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.10 0.02 0.34 0.21 0.50 0.26
N3 0.00 0.00 0.13 0.36 0.00 0.13 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.13 0.05 0.24 0.09 0.39 0.13
N4 0.00 0.01 0.10 0.53 0.00 0.28 0.00 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.42 0.03 0.08 0.12 0.25 0.06
O2 0.02 0.01 0.14 0.04 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.32 0.17 0.40 0.30 0.50 0.31
O2' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.28 0.28 0.24 0.11 0.18 0.18 0.28 0.30 0.22 0.00 0.07 0.22 0.20 0.32 0.46 0.27
O3' 0.19 0.04 0.01 0.00 0.35 0.01 0.51 0.13 0.42 0.10 0.13 0.42 0.32 0.07 0.00 0.15 0.49 0.16 0.67 0.46
O4' 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00 0.12 0.03 0.15 0.02 0.05 0.03 0.17 0.22 0.15 0.00 0.28 0.11 0.32 0.19
O5' 0.44 0.33 0.48 0.02 0.14 0.01 0.09 0.01 0.20 0.34 0.24 0.08 0.40 0.20 0.49 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.35 0.21 0.60 0.28 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.21 0.09 0.12 0.30 0.32 0.16 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.55 0.47 0.60 0.08 0.33 0.02 0.35 0.03 0.46 0.50 0.39 0.25 0.50 0.46 0.67 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.37 0.24 0.50 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.13 0.26 0.13 0.06 0.31 0.27 0.46 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 1.44 0.07 0.17 0.85 0.46 0.84 0.63 1.12 0.27 1.39 1.20 1.10 0.51 0.42 0.09 0.08 0.32 0.26 0.53 0.53 0.06
C2 0.00 0.87 0.10 0.12 0.42 0.17 0.38 0.27 0.58 0.01 0.80 0.71 0.54 0.14 0.13 0.13 0.50 0.34 0.20 0.41 1.41 0.70
C2' 0.47 1.87 0.26 0.02 1.29 0.16 1.34 0.28 1.63 0.76 1.87 1.60 1.64 1.04 0.85 0.19 0.03 0.08 0.04 0.32 0.51 0.10
C3' 0.40 1.15 0.64 0.90 0.49 1.04 0.58 1.14 0.92 0.09 1.19 0.81 0.96 0.26 0.05 0.70 0.98 0.78 0.92 1.37 0.58 0.94
C4 0.41 0.14 0.03 0.24 0.35 0.10 0.42 0.10 0.35 0.55 0.22 0.18 0.40 0.53 0.46 0.06 0.91 0.64 0.26 0.69 1.69 0.92
C4' 0.55 0.91 0.72 1.09 0.25 1.31 0.26 1.48 0.59 0.38 0.89 0.61 0.59 0.12 0.23 0.65 1.18 1.01 1.27 1.87 0.79 1.28
C5 0.52 0.16 0.11 0.10 0.38 0.37 0.44 0.38 0.36 0.59 0.23 0.20 0.40 0.55 0.51 0.03 0.77 0.83 0.15 0.08 1.01 0.35
C5' 0.83 0.51 0.95 1.44 0.11 1.68 0.12 1.87 0.20 0.71 0.48 0.25 0.19 0.46 0.55 0.79 1.62 1.32 1.78 2.56 1.44 1.90
C6 0.27 0.45 0.06 0.08 0.13 0.51 0.10 0.58 0.21 0.27 0.38 0.35 0.17 0.17 0.16 0.02 0.36 0.65 0.31 0.41 0.62 0.04
N1 0.04 0.93 0.05 0.03 0.48 0.37 0.44 0.49 0.64 0.05 0.87 0.78 0.61 0.19 0.16 0.09 0.27 0.42 0.12 0.18 0.87 0.23
N3 0.18 0.36 0.06 0.23 0.04 0.06 0.03 0.10 0.11 0.26 0.28 0.26 0.07 0.19 0.15 0.10 0.76 0.43 0.37 0.82 1.78 1.02
N4 0.57 0.65 0.07 0.35 0.75 0.06 0.83 0.13 0.83 0.81 0.74 0.62 0.88 0.87 0.74 0.05 1.11 0.70 0.47 1.17 2.14 1.32
O2 0.14 1.23 0.16 0.13 0.68 0.13 0.66 0.25 0.91 0.18 1.18 1.01 0.89 0.37 0.32 0.15 0.43 0.21 0.29 0.52 1.49 0.78
O2' 0.91 2.66 0.50 0.22 1.89 0.19 1.94 0.08 2.32 1.21 2.64 2.30 2.33 1.55 1.34 0.37 0.03 0.55 0.47 0.13 0.89 0.50
O3' 0.56 1.10 0.94 1.16 0.34 1.12 0.44 1.20 0.83 0.25 1.14 0.69 0.88 0.11 0.18 0.95 1.29 0.83 0.99 1.45 0.78 1.06
O4' 0.31 1.04 0.36 0.70 0.40 1.04 0.37 1.25 0.67 0.24 0.98 0.79 0.64 0.06 0.07 0.27 0.65 0.82 0.94 1.40 0.16 0.80
O5' 0.43 0.54 0.61 1.01 0.11 1.07 0.09 1.20 0.29 0.37 0.50 0.37 0.26 0.20 0.23 0.39 1.23 0.77 1.25 2.09 1.21 1.48
OP1 0.46 0.52 0.60 1.31 0.06 1.35 0.02 1.66 0.25 0.48 0.48 0.34 0.22 0.29 0.29 0.26 1.81 0.89 1.94 3.29 2.39 2.53
OP2 0.33 0.18 0.37 0.64 0.30 0.59 0.37 0.67 0.33 0.45 0.24 0.18 0.38 0.45 0.37 0.08 0.74 0.45 1.08 2.02 1.60 1.53
P 0.64 0.09 0.75 1.28 0.27 1.28 0.33 1.45 0.16 0.69 0.05 0.03 0.20 0.56 0.54 0.37 1.59 0.97 1.70 2.74 1.96 2.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.22 0.37 0.46 0.36
C2 0.09 0.00 0.02 0.09 0.02 0.16 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.31 0.05 0.17 0.19 0.05 0.82 0.43
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.29 0.77 0.56 0.51
C3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.19 0.00 0.31 0.01 0.29 0.39 0.19 0.05 0.36 0.41 0.22 0.02 0.00 0.00 0.36 1.00 0.55 0.60
C4 0.05 0.02 0.03 0.19 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.09 0.46 0.49 1.18 0.78
C4' 0.02 0.16 0.03 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.05 0.28 0.07 0.17 0.12 0.25 0.09 0.17 0.04 0.01 0.00 0.37 0.15 0.04
C5 0.04 0.00 0.05 0.31 0.01 0.11 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.30 0.06 0.76 0.85 1.78 1.23
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.23 0.45 0.08 0.08 0.32 0.45 0.20 0.16 0.01 0.00 0.00 0.41 0.22 0.00
C6 0.06 0.00 0.04 0.29 0.01 0.05 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.24 0.27 0.09 0.68 0.72 1.73 1.16
C8 0.00 0.01 0.05 0.39 0.00 0.28 0.00 0.45 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.42 0.06 1.06 1.28 2.03 1.53
N1 0.08 0.00 0.02 0.19 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.30 0.11 0.15 0.41 0.33 1.28 0.78
N3 0.09 0.00 0.03 0.05 0.01 0.17 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.29 0.10 0.17 0.13 0.04 0.64 0.33
N6 0.05 0.00 0.06 0.36 0.01 0.12 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.39 0.07 0.85 0.96 2.09 1.43
N7 0.01 0.00 0.06 0.41 0.00 0.25 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.47 0.02 1.09 1.32 2.30 1.68
N9 0.01 0.03 0.03 0.22 0.01 0.09 0.02 0.20 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.17 0.01 0.59 0.70 1.22 0.88
O2' 0.00 0.31 0.01 0.02 0.21 0.17 0.19 0.16 0.24 0.08 0.30 0.29 0.22 0.12 0.11 0.00 0.11 0.16 0.22 0.64 0.13 0.29
O3' 0.06 0.05 0.02 0.00 0.11 0.04 0.30 0.01 0.27 0.42 0.11 0.10 0.39 0.47 0.17 0.11 0.00 0.05 0.24 1.15 0.22 0.47
O4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.06 0.15 0.17 0.07 0.02 0.01 0.16 0.05 0.00 0.05 0.12 0.11 0.09
O5' 0.22 0.19 0.29 0.36 0.46 0.00 0.76 0.00 0.68 1.06 0.41 0.13 0.85 1.09 0.59 0.22 0.24 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.37 0.05 0.77 1.00 0.49 0.37 0.85 0.41 0.72 1.28 0.33 0.04 0.96 1.32 0.70 0.64 1.15 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.82 0.56 0.55 1.18 0.15 1.78 0.22 1.73 2.03 1.28 0.64 2.09 2.30 1.22 0.13 0.22 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.36 0.43 0.51 0.60 0.78 0.04 1.23 0.00 1.16 1.53 0.78 0.33 1.43 1.68 0.88 0.29 0.47 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00