ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2' A 0, 0.021, 0.073, 0.124, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.073 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.030, 0.103, 0.175, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.103 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.035, 0.121, 0.206, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.121 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.056, 0.192, 0.327, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.192 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.059, 0.201, 0.344, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.201 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.081, 0.278, 0.474, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.278 std_dev=0.196
O3' A 0, 0.097, 0.332, 0.566, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.332 std_dev=0.234
C5' A 0, 0.099, 0.339, 0.579, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.339 std_dev=0.240
C8 B 0, 0.114, 0.390, 0.666, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.390 std_dev=0.276
C5' B 0, 0.121, 0.413, 0.705, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.413 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.124, 0.423, 0.721, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.423 std_dev=0.299
O5' B 0, 0.128, 0.438, 0.748, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.438 std_dev=0.310
P B 0, 0.129, 0.439, 0.749, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.439 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.141, 0.483, 0.825, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.483 std_dev=0.342
C4' B 0, 0.152, 0.520, 0.888, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.520 std_dev=0.368
OP2 B 0, 0.163, 0.555, 0.948, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.555 std_dev=0.393
N9 B 0, 0.172, 0.588, 1.004, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.588 std_dev=0.416
P A 0, 0.178, 0.607, 1.037, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.607 std_dev=0.429
C1' B 0, 0.189, 0.646, 1.102, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.646 std_dev=0.457
O3' B 0, 0.190, 0.649, 1.108, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.649 std_dev=0.459
N7 B 0, 0.196, 0.670, 1.144, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.670 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.200, 0.683, 1.165, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.683 std_dev=0.483
OP2 A 0, 0.200, 0.683, 1.166, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.683 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.211, 0.722, 1.232, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.722 std_dev=0.510
OP1 A 0, 0.215, 0.733, 1.251, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.733 std_dev=0.518
O2' B 0, 0.269, 0.917, 1.566, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.917 std_dev=0.649
C5 B 0, 0.271, 0.925, 1.579, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.925 std_dev=0.654
C4 B 0, 0.275, 0.939, 1.603, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.939 std_dev=0.664
C6 B 0, 0.374, 1.277, 2.181, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.277 std_dev=0.903
N3 B 0, 0.385, 1.315, 2.246, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.315 std_dev=0.930
N6 B 0, 0.412, 1.409, 2.405, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.409 std_dev=0.996
N1 B 0, 0.460, 1.571, 2.681, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.571 std_dev=1.111
C2 B 0, 0.463, 1.582, 2.700, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.582 std_dev=1.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.09 0.08
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.11 0.12 0.11
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.09 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.09 0.05 0.06 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.03 0.02 0.09 0.00 0.12 0.01 0.09 0.05 0.06 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.08 0.04 0.05 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.10 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00
C2 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03 0.04
C2' 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.02 0.13 0.00 0.14 0.10 0.10 0.03 0.19 0.17 0.04 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.04 0.02 0.09 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.12 0.03 0.03 0.13 0.16 0.02 0.13 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
C4 0.07 0.09 0.14 0.15 0.04 0.10 0.14 0.11 0.21 0.04 0.18 0.02 0.28 0.12 0.01 0.14 0.10 0.05 0.11 0.07 0.06 0.07
C4' 0.04 0.08 0.08 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.10 0.04 0.09 0.07 0.13 0.01 0.15 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
C5 0.03 0.19 0.11 0.14 0.13 0.09 0.19 0.11 0.25 0.06 0.24 0.13 0.26 0.14 0.04 0.09 0.08 0.02 0.11 0.05 0.06 0.06
C5' 0.03 0.14 0.08 0.01 0.05 0.05 0.01 0.10 0.02 0.11 0.09 0.13 0.02 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.13 0.04 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.13 0.02 0.14 0.11 0.12 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04
N1 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03
N3 0.08 0.02 0.12 0.13 0.03 0.09 0.02 0.10 0.06 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04 0.05 0.10 0.09 0.05 0.10 0.06 0.05 0.06
N4 0.09 0.12 0.18 0.18 0.06 0.12 0.19 0.12 0.32 0.06 0.28 0.02 0.42 0.17 0.01 0.20 0.14 0.06 0.12 0.08 0.08 0.08
O2 0.05 0.09 0.05 0.07 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.06 0.11 0.08 0.12 0.08 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.03
O2' 0.01 0.10 0.07 0.03 0.09 0.03 0.17 0.02 0.20 0.12 0.15 0.06 0.26 0.20 0.05 0.10 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
O3' 0.01 0.05 0.09 0.05 0.07 0.00 0.15 0.02 0.15 0.18 0.10 0.02 0.20 0.22 0.07 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.04 0.10 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.10 0.03 0.08 0.01 0.13 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00
O5' 0.06 0.19 0.09 0.01 0.10 0.02 0.04 0.07 0.07 0.07 0.15 0.18 0.03 0.06 0.04 0.18 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
OP1 0.03 0.18 0.03 0.07 0.05 0.15 0.02 0.23 0.04 0.16 0.13 0.15 0.01 0.13 0.05 0.15 0.07 0.11 0.13 0.08 0.08 0.08
OP2 0.05 0.24 0.06 0.17 0.09 0.19 0.05 0.23 0.12 0.11 0.21 0.20 0.10 0.06 0.03 0.09 0.15 0.12 0.14 0.10 0.09 0.09
P 0.02 0.21 0.01 0.10 0.08 0.14 0.03 0.20 0.09 0.12 0.17 0.18 0.06 0.08 0.02 0.13 0.09 0.09 0.12 0.06 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.19 0.01 0.04 0.21 0.11 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.07 0.19 0.13 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.12 0.25 0.20 0.19
C5' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.03 0.00 0.08 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.02 0.12 0.27 0.21 0.20
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.21 0.20 0.20
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.17 0.01 0.08 0.25 0.17 0.16
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.01 0.02 0.17 0.08 0.08
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.02 0.14 0.30 0.25 0.23
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.17 0.27 0.25 0.24
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.15 0.12 0.11
O2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.11 0.11 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07
O3' 0.08 0.19 0.02 0.01 0.13 0.01 0.11 0.00 0.13 0.03 0.17 0.18 0.12 0.06 0.08 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04
O5' 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.16 0.08 0.02 0.14 0.17 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.21 0.02 0.02 0.19 0.01 0.25 0.05 0.27 0.21 0.25 0.17 0.30 0.27 0.15 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.06 0.04 0.13 0.01 0.20 0.00 0.21 0.20 0.17 0.08 0.25 0.25 0.12 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.05 0.03 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.16 0.08 0.23 0.24 0.11 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00