ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54246

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.001, 0.031, 0.061, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.031 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.008, 0.042, 0.075, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.042 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.014, 0.050, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.050 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.004, 0.042, 0.080, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.038
C2 A 0, 0.003, 0.042, 0.081, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.042 std_dev=0.039
O2 A 0, -0.014, 0.105, 0.223, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.105 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.151, 0.520, 0.888, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.520 std_dev=0.369
C2' B 0, 0.211, 0.765, 1.319, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.765 std_dev=0.554
OP2 B 0, 0.162, 0.746, 1.331, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.746 std_dev=0.584
C3' B 0, 0.249, 0.849, 1.450, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.849 std_dev=0.600
O5' B 0, 0.087, 0.848, 1.609, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.848 std_dev=0.761
O4' A 0, -0.026, 0.794, 1.614, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.794 std_dev=0.820
C2' A 0, -0.023, 0.847, 1.718, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.847 std_dev=0.870
P B 0, 0.366, 1.252, 2.137, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.252 std_dev=0.885
C4' A 0, 0.065, 1.012, 1.958, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.012 std_dev=0.946
O3' B 0, 0.332, 1.299, 2.266, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.299 std_dev=0.967
C5' B 0, 0.027, 1.177, 2.327, 2.738 max_d=2.738 avg_d=1.177 std_dev=1.150
C4' B 0, 0.049, 1.285, 2.521, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.285 std_dev=1.236
C3' A 0, -0.002, 1.249, 2.501, 2.960 max_d=2.960 avg_d=1.249 std_dev=1.252
O2' A 0, -0.200, 1.231, 2.661, 3.236 max_d=3.236 avg_d=1.231 std_dev=1.431
C1' B 0, 0.033, 1.562, 3.090, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.562 std_dev=1.529
O4' B 0, -0.078, 1.590, 3.258, 3.894 max_d=3.894 avg_d=1.590 std_dev=1.668
O3' A 0, 0.054, 1.729, 3.404, 3.996 max_d=3.996 avg_d=1.729 std_dev=1.675
OP1 B 0, 0.451, 2.173, 3.896, 4.214 max_d=4.214 avg_d=2.173 std_dev=1.723
C5' A 0, -0.048, 2.033, 4.115, 4.893 max_d=4.893 avg_d=2.033 std_dev=2.081
N9 B 0, -0.134, 2.090, 4.314, 5.170 max_d=5.170 avg_d=2.090 std_dev=2.224
C8 B 0, -0.131, 2.205, 4.540, 5.437 max_d=5.437 avg_d=2.205 std_dev=2.336
O5' A 0, -0.281, 2.383, 5.047, 6.102 max_d=6.102 avg_d=2.383 std_dev=2.664
C4 B 0, -0.308, 2.857, 6.022, 7.269 max_d=7.269 avg_d=2.857 std_dev=3.165
N3 B 0, -0.231, 3.129, 6.490, 7.791 max_d=7.791 avg_d=3.129 std_dev=3.360
N7 B 0, -0.406, 2.968, 6.341, 7.687 max_d=7.687 avg_d=2.968 std_dev=3.374
C5 B 0, -0.535, 3.381, 7.297, 8.870 max_d=8.870 avg_d=3.381 std_dev=3.916
P A 0, -0.967, 3.222, 7.412, 9.139 max_d=9.139 avg_d=3.222 std_dev=4.189
C2 B 0, -0.399, 4.001, 8.402, 10.130 max_d=10.130 avg_d=4.001 std_dev=4.401
OP1 A 0, -0.512, 4.099, 8.711, 10.542 max_d=10.542 avg_d=4.099 std_dev=4.611
OP2 A 0, -0.366, 4.320, 9.005, 10.832 max_d=10.832 avg_d=4.320 std_dev=4.686
C6 B 0, -0.764, 4.290, 9.343, 11.385 max_d=11.385 avg_d=4.290 std_dev=5.054
N1 B 0, -0.670, 4.585, 9.841, 11.944 max_d=11.944 avg_d=4.585 std_dev=5.255
N6 B 0, -1.038, 4.917, 10.872, 13.296 max_d=13.296 avg_d=4.917 std_dev=5.955

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.13 0.02 0.25 0.00 0.14 0.15 0.34 0.14
C2 0.05 0.00 0.12 0.08 0.01 0.18 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.14 0.69 0.23 1.36 0.83
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.13 0.16 0.14 0.02 0.07 0.05 0.21 0.00 0.02 0.01 0.34 0.28 0.71 0.39
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.33 0.00 0.52 0.00 0.51 0.20 0.12 0.35 0.30 0.03 0.00 0.02 0.04 0.16 0.15 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.15 0.03 0.08 0.87 0.51 0.06
C4' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.11 0.00 0.33 0.00 0.37 0.07 0.11 0.10 0.38 0.29 0.01 0.00 0.01 0.24 0.14 0.01
C5 0.02 0.01 0.13 0.52 0.00 0.33 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.23 0.12 0.68 1.58 0.39 0.82
C5' 0.05 0.46 0.16 0.00 0.07 0.00 0.49 0.00 0.55 0.01 0.35 0.07 0.85 0.12 0.19 0.01 0.00 0.40 0.33 0.00
C6 0.03 0.01 0.14 0.51 0.01 0.37 0.01 0.55 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.16 0.17 0.73 1.39 0.46 0.82
N1 0.00 0.01 0.02 0.20 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.05 0.01 0.05 0.42 0.43 0.07
N3 0.03 0.00 0.07 0.12 0.01 0.11 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.10 0.12 0.52 0.08 1.29 0.67
N4 0.02 0.01 0.05 0.35 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.29 0.19 0.04 0.09 0.99 0.55 0.08
O2 0.13 0.01 0.21 0.30 0.01 0.38 0.01 0.85 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.26 0.20 1.28 1.02 2.16 1.55
O2' 0.02 0.19 0.00 0.03 0.27 0.29 0.26 0.12 0.21 0.17 0.24 0.29 0.09 0.00 0.02 0.20 0.20 0.27 0.63 0.29
O3' 0.25 0.15 0.02 0.00 0.15 0.01 0.23 0.19 0.16 0.05 0.10 0.19 0.26 0.02 0.00 0.17 0.24 0.12 0.23 0.33
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.12 0.04 0.20 0.20 0.17 0.00 0.03 0.25 0.03 0.08
O5' 0.14 0.69 0.34 0.04 0.08 0.01 0.68 0.00 0.73 0.05 0.52 0.09 1.28 0.20 0.24 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.15 0.23 0.28 0.16 0.87 0.24 1.58 0.40 1.39 0.42 0.08 0.99 1.02 0.27 0.12 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 1.36 0.71 0.15 0.51 0.14 0.39 0.33 0.46 0.43 1.29 0.55 2.16 0.63 0.23 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.83 0.39 0.08 0.06 0.01 0.82 0.00 0.82 0.07 0.67 0.08 1.55 0.29 0.33 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 2.77 0.25 0.34 1.88 0.80 2.28 0.87 2.90 1.28 3.15 2.05 3.14 1.88 1.17 0.17 0.60 0.28 0.74 0.24 0.44 0.55
C2 0.41 2.93 0.39 0.33 2.13 0.93 2.70 0.97 3.40 1.54 3.50 2.18 3.72 2.29 1.33 0.16 0.58 0.46 0.84 0.35 0.45 0.66
C2' 0.40 2.79 0.21 0.38 1.85 0.80 2.32 0.78 3.01 1.29 3.27 2.00 3.33 1.92 1.13 0.27 0.61 0.39 0.65 0.25 0.35 0.48
C3' 0.31 1.90 0.57 0.88 1.07 1.22 1.53 1.19 2.16 0.63 2.36 1.16 2.50 1.21 0.44 0.83 1.11 0.76 1.19 0.64 0.90 0.98
C4 0.25 2.02 0.44 0.32 1.66 1.00 2.17 0.97 2.55 1.34 2.45 1.54 2.77 1.95 1.06 0.19 0.46 0.73 0.84 0.36 0.42 0.60
C4' 0.42 1.75 0.66 1.02 1.00 1.36 1.42 1.36 1.99 0.59 2.16 1.10 2.31 1.13 0.44 0.89 1.31 0.86 1.35 0.67 1.02 1.07
C5 0.15 1.65 0.31 0.32 1.31 0.98 1.66 0.91 1.96 1.00 1.95 1.26 2.10 1.45 0.81 0.17 0.44 0.71 0.79 0.31 0.42 0.50
C5' 1.03 1.07 1.32 1.63 0.54 1.87 0.87 1.80 1.38 0.29 1.47 0.66 1.76 0.66 0.47 1.57 1.97 1.39 1.87 1.04 1.47 1.51
C6 0.20 2.02 0.22 0.33 1.48 0.90 1.80 0.88 2.20 1.04 2.30 1.54 2.34 1.52 0.91 0.16 0.50 0.51 0.76 0.23 0.43 0.50
N1 0.35 2.65 0.28 0.34 1.88 0.89 2.30 0.92 2.88 1.31 3.05 1.98 3.10 1.92 1.16 0.16 0.57 0.41 0.79 0.27 0.45 0.58
N3 0.37 2.64 0.47 0.33 2.05 0.96 2.67 0.98 3.27 1.57 3.21 1.98 3.60 2.34 1.30 0.19 0.52 0.58 0.84 0.36 0.43 0.66
N4 0.24 1.59 0.47 0.33 1.37 1.02 1.91 0.98 2.19 1.26 2.01 1.19 2.44 1.85 0.89 0.20 0.42 0.90 0.86 0.44 0.41 0.61
O2 0.48 3.25 0.40 0.33 2.31 0.90 2.96 0.97 3.80 1.68 3.94 2.38 4.25 2.51 1.45 0.16 0.63 0.39 0.84 0.40 0.44 0.69
O2' 1.12 3.62 0.79 0.55 2.57 0.65 2.98 0.61 3.69 1.91 4.03 2.80 3.97 2.53 1.82 0.51 0.44 0.78 0.09 0.37 0.28 0.12
O3' 0.23 1.98 0.27 0.50 1.22 0.83 1.61 0.79 2.18 0.80 2.38 1.32 2.48 1.31 0.66 0.46 0.67 0.47 0.71 0.32 0.49 0.54
O4' 0.22 2.17 0.31 0.76 1.36 1.20 1.75 1.25 2.32 0.87 2.52 1.51 2.57 1.42 0.73 0.53 1.07 0.67 1.19 0.54 0.85 0.92
O5' 1.40 0.73 1.70 1.96 0.44 2.17 0.61 2.01 1.13 0.33 1.15 0.61 1.57 0.45 0.69 2.03 2.29 1.73 2.14 1.23 1.69 1.75
OP1 3.15 1.65 3.42 3.54 2.08 3.61 1.39 3.38 0.83 1.98 0.94 2.33 0.25 1.40 2.47 3.63 3.76 3.30 3.65 2.53 3.22 3.20
OP2 1.63 0.15 2.15 2.40 0.45 2.34 0.33 2.08 0.89 0.35 0.68 0.79 1.57 0.37 0.86 2.47 2.92 1.82 2.35 1.35 1.85 1.90
P 2.04 0.67 2.38 2.57 0.95 2.63 0.31 2.40 0.41 0.81 0.35 1.25 0.95 0.26 1.32 2.69 2.92 2.24 2.64 1.60 2.16 2.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.15 0.00 0.40 0.40 0.34 0.22
C2 0.05 0.00 0.28 0.37 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.16 0.38 0.21 0.61 0.34 0.84 0.53
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.05 0.07 0.10 0.13 0.15 0.22 0.29 0.10 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.36 0.72 0.19 0.27
C3' 0.03 0.37 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.01 0.38 0.17 0.40 0.32 0.39 0.26 0.18 0.03 0.02 0.03 0.14 0.67 0.04 0.19
C4 0.01 0.01 0.15 0.30 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.28 0.09 0.67 0.36 0.79 0.54
C4' 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.11 0.07 0.05 0.13 0.13 0.05 0.29 0.04 0.00 0.01 0.37 0.11 0.09
C5 0.01 0.02 0.07 0.32 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.32 0.01 0.84 0.41 1.05 0.74
C5' 0.06 0.12 0.10 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.13 0.03 0.03 0.06 0.21 0.19 0.01 0.00 0.22 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.38 0.01 0.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.22 0.39 0.05 0.86 0.44 1.16 0.81
C8 0.04 0.02 0.15 0.17 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.22 0.14 0.19 0.84 0.39 0.88 0.67
N1 0.03 0.00 0.22 0.40 0.00 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.19 0.42 0.14 0.76 0.39 1.05 0.70
N3 0.06 0.01 0.29 0.32 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.32 0.22 0.53 0.35 0.68 0.42
N6 0.02 0.01 0.10 0.39 0.01 0.13 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.24 0.43 0.02 0.97 0.53 1.34 0.95
N7 0.04 0.03 0.07 0.26 0.01 0.13 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.24 0.26 0.14 0.93 0.44 1.12 0.83
N9 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.14 0.01 0.63 0.37 0.64 0.45
O2' 0.01 0.16 0.01 0.03 0.15 0.29 0.21 0.21 0.22 0.22 0.19 0.15 0.24 0.24 0.13 0.00 0.04 0.18 0.33 0.61 0.16 0.20
O3' 0.15 0.38 0.03 0.02 0.28 0.04 0.32 0.19 0.39 0.14 0.42 0.32 0.43 0.26 0.14 0.04 0.00 0.11 0.18 0.74 0.21 0.37
O4' 0.00 0.21 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.14 0.22 0.02 0.14 0.01 0.18 0.11 0.00 0.30 0.15 0.27 0.24
O5' 0.40 0.61 0.36 0.14 0.67 0.01 0.84 0.00 0.86 0.84 0.76 0.53 0.97 0.93 0.63 0.33 0.18 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.34 0.72 0.67 0.36 0.37 0.41 0.22 0.44 0.39 0.39 0.35 0.53 0.44 0.37 0.61 0.74 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.84 0.19 0.04 0.79 0.11 1.05 0.26 1.16 0.88 1.05 0.68 1.34 1.12 0.64 0.16 0.21 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.53 0.27 0.19 0.54 0.09 0.74 0.01 0.81 0.67 0.70 0.42 0.95 0.83 0.45 0.20 0.37 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00