ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54247

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
P A 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.000, 0.240, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.240 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP2 A 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4 B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N9 B 0, 0.000, 0.269, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.269 std_dev=0.269
OP1 A 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O3' B 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C5 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C8 B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
N1 B 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C4' B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
C6 B 0, 0.000, 0.414, 0.828, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.414
N7 B 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C5' B 0, 0.000, 0.471, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.471 std_dev=0.471
N6 B 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
O5' B 0, 0.000, 0.541, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.541 std_dev=0.541
P B 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
OP2 B 0, 0.000, 0.628, 1.255, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.628 std_dev=0.628
OP1 B 0, 0.000, 0.687, 1.375, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.687 std_dev=0.687

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
N4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.08 0.05 0.06 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06
C2 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.09 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.06 0.06 0.06
C3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08
C4 0.03 0.10 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.08 0.09 0.05 0.02 0.03 0.03 0.08 0.00 0.06 0.05 0.04 0.04
C4' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09
C5 0.03 0.06 0.05 0.08 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.06 0.05 0.03 0.04
C5' 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.04 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09
C6 0.01 0.06 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00
N1 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02
N3 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.11 0.10 0.07 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02
N4 0.05 0.13 0.05 0.06 0.09 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.11 0.12 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.08
O2 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.10 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.09 0.02 0.08 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06
O3' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07
O4' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.06 0.06 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09
OP1 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.11 0.03 0.13 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.12 0.12 0.14 0.12 0.14
OP2 0.03 0.09 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.09 0.05 0.03 0.08 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09
P 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.10 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05
O5' 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00