ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54248

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C6 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
N4 A 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O2' B 0, 0.000, 0.259, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.259
P B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
OP1 B 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C2' B 0, 0.000, 0.361, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.361 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.000, 0.369, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.369 std_dev=0.369
C5' B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C3' B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O5' B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O4' B 0, 0.000, 0.407, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.407
P A 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C8 B 0, 0.000, 0.424, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.424 std_dev=0.424
O4' A 0, 0.000, 0.428, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O5' A 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
N9 B 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
O3' B 0, 0.000, 0.524, 1.048, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C2' A 0, 0.000, 0.558, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.558 std_dev=0.558
C4' A 0, 0.000, 0.621, 1.243, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.621 std_dev=0.621
C3' A 0, 0.000, 0.646, 1.293, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.646 std_dev=0.646
N7 B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
O3' A 0, 0.000, 0.819, 1.639, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.819 std_dev=0.819
O2' A 0, 0.000, 0.828, 1.655, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.828 std_dev=0.828
C4 B 0, 0.000, 0.878, 1.756, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.878 std_dev=0.878
C5' A 0, 0.000, 0.948, 1.896, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.948 std_dev=0.948
C5 B 0, 0.000, 0.981, 1.962, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.981 std_dev=0.981
N3 B 0, 0.000, 1.126, 2.251, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.126 std_dev=1.126
OP2 A 0, 0.000, 1.349, 2.698, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.349 std_dev=1.349
C6 B 0, 0.000, 1.394, 2.787, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.394 std_dev=1.394
OP1 A 0, 0.000, 1.411, 2.822, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.411 std_dev=1.411
C2 B 0, 0.000, 1.506, 3.011, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.506 std_dev=1.506
N6 B 0, 0.000, 1.553, 3.106, 3.106 max_d=3.106 avg_d=1.553 std_dev=1.553
N1 B 0, 0.000, 1.653, 3.306, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.653 std_dev=1.653

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.10 0.12 0.26 0.07
C2 0.00 0.00 0.09 0.19 0.00 0.01 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.06 0.12 0.37 0.40 0.02
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.09 0.02 0.18 0.15 0.19 0.04 0.02 0.11 0.24 0.01 0.01 0.00 0.35 0.44 0.79 0.52
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.00 0.07 0.02 0.03 0.11 0.19 0.14 0.23 0.02 0.01 0.02 0.14 0.60 0.54 0.42
C4 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.02 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.11 0.01 0.16 0.58 0.45 0.02
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.19 0.03 0.00 0.01 0.29 0.02 0.10
C5 0.01 0.00 0.18 0.07 0.00 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.05 0.05 0.18 0.63 0.37 0.05
C5' 0.10 0.17 0.15 0.02 0.24 0.00 0.27 0.00 0.26 0.19 0.20 0.25 0.13 0.07 0.16 0.02 0.00 0.28 0.33 0.01
C6 0.00 0.01 0.19 0.03 0.01 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.06 0.17 0.51 0.30 0.03
N1 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.01 0.13 0.35 0.33 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.19 0.00 0.00 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.13 0.04 0.14 0.48 0.45 0.01
N4 0.01 0.00 0.11 0.14 0.00 0.02 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.12 0.01 0.17 0.64 0.50 0.02
O2 0.00 0.00 0.24 0.23 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.11 0.10 0.28 0.38 0.04
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.26 0.19 0.28 0.07 0.23 0.14 0.18 0.30 0.05 0.00 0.08 0.09 0.24 0.41 0.73 0.46
O3' 0.11 0.10 0.01 0.01 0.11 0.03 0.05 0.16 0.00 0.02 0.13 0.12 0.12 0.08 0.00 0.08 0.01 0.75 0.46 0.37
O4' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.09 0.08 0.00 0.12 0.30 0.20 0.22
O5' 0.10 0.12 0.35 0.14 0.16 0.01 0.18 0.00 0.17 0.13 0.14 0.17 0.10 0.24 0.01 0.12 0.00 0.03 0.04 0.00
OP1 0.12 0.37 0.44 0.60 0.58 0.29 0.63 0.28 0.51 0.35 0.48 0.64 0.28 0.41 0.75 0.30 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.40 0.79 0.54 0.45 0.02 0.37 0.33 0.30 0.33 0.45 0.50 0.38 0.73 0.46 0.20 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.02 0.52 0.42 0.02 0.10 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.46 0.37 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.30 0.06 0.09 0.21 0.10 0.20 0.06 0.25 0.10 0.30 0.27 0.25 0.14 0.14 0.05 0.01 0.18 0.08 0.07 0.11 0.05
C2 0.06 0.40 0.01 0.03 0.23 0.04 0.22 0.03 0.30 0.05 0.38 0.33 0.29 0.12 0.11 0.11 0.06 0.13 0.07 0.05 0.06 0.02
C2' 0.39 0.35 0.37 0.42 0.38 0.40 0.38 0.35 0.37 0.39 0.36 0.37 0.38 0.39 0.39 0.27 0.33 0.45 0.38 0.40 0.46 0.38
C3' 0.07 0.11 0.05 0.19 0.01 0.21 0.01 0.23 0.03 0.09 0.09 0.08 0.02 0.06 0.05 0.10 0.15 0.20 0.21 0.35 0.32 0.26
C4 0.05 0.56 0.00 0.00 0.30 0.01 0.28 0.03 0.39 0.05 0.52 0.47 0.37 0.14 0.13 0.07 0.08 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02
C4' 0.11 0.09 0.02 0.14 0.11 0.23 0.13 0.25 0.13 0.13 0.11 0.09 0.14 0.14 0.12 0.17 0.06 0.26 0.22 0.32 0.29 0.26
C5 0.09 0.50 0.02 0.02 0.31 0.00 0.28 0.03 0.37 0.08 0.46 0.44 0.35 0.16 0.16 0.06 0.07 0.12 0.04 0.00 0.04 0.01
C5' 0.27 0.23 0.11 0.25 0.26 0.43 0.28 0.47 0.28 0.29 0.26 0.23 0.30 0.30 0.28 0.11 0.11 0.46 0.40 0.48 0.44 0.44
C6 0.11 0.39 0.04 0.05 0.26 0.06 0.24 0.02 0.31 0.09 0.37 0.35 0.30 0.15 0.15 0.07 0.04 0.16 0.06 0.04 0.07 0.02
N1 0.09 0.36 0.02 0.05 0.23 0.07 0.22 0.03 0.28 0.08 0.35 0.31 0.28 0.13 0.13 0.09 0.04 0.16 0.07 0.05 0.08 0.03
N3 0.04 0.49 0.01 0.01 0.26 0.01 0.24 0.00 0.35 0.04 0.46 0.40 0.34 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.05 0.02 0.03 0.01
N4 0.04 0.71 0.00 0.01 0.35 0.05 0.32 0.06 0.46 0.04 0.63 0.58 0.44 0.14 0.13 0.05 0.09 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05
O2 0.05 0.36 0.02 0.03 0.20 0.06 0.19 0.05 0.27 0.05 0.35 0.29 0.27 0.11 0.09 0.13 0.06 0.14 0.08 0.07 0.07 0.04
O2' 0.48 0.56 0.44 0.41 0.53 0.37 0.52 0.28 0.54 0.47 0.56 0.55 0.54 0.49 0.49 0.40 0.29 0.48 0.33 0.27 0.41 0.29
O3' 0.03 0.29 0.07 0.09 0.15 0.14 0.14 0.17 0.20 0.02 0.27 0.24 0.19 0.07 0.07 0.22 0.05 0.12 0.14 0.31 0.25 0.21
O4' 0.03 0.17 0.14 0.08 0.07 0.01 0.07 0.02 0.12 0.04 0.17 0.12 0.13 0.01 0.00 0.28 0.16 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03
O5' 0.21 0.17 0.09 0.15 0.19 0.25 0.19 0.21 0.18 0.19 0.18 0.17 0.19 0.19 0.19 0.06 0.01 0.31 0.18 0.21 0.24 0.20
OP1 0.42 0.38 0.20 0.30 0.42 0.67 0.45 0.86 0.44 0.48 0.41 0.38 0.45 0.48 0.44 0.07 0.04 0.61 0.75 0.60 0.49 0.68
OP2 0.52 0.57 0.56 0.17 0.51 0.04 0.45 0.28 0.47 0.37 0.52 0.58 0.43 0.37 0.47 0.82 0.04 0.29 0.24 0.52 0.15 0.33
P 0.07 0.05 0.12 0.01 0.04 0.14 0.02 0.28 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.03 0.25 0.24 0.09 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.11 0.11 0.09
C2 0.00 0.00 0.19 0.08 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.21 0.20 0.26 0.26 0.18 0.26
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.12 0.01 0.09 0.02 0.13 0.04 0.17 0.18 0.11 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.06 0.14 0.19 0.12
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.08
C4 0.00 0.00 0.12 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.11 0.20 0.20 0.16 0.20
C4' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.03 0.11 0.10 0.09 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.07 0.21 0.21 0.16 0.22
C5' 0.03 0.24 0.02 0.01 0.16 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.25 0.20 0.22 0.08 0.07 0.05 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.13 0.07 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.15 0.12 0.25 0.25 0.18 0.27
C8 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.17 0.08 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.19 0.17 0.28 0.27 0.18 0.28
N3 0.00 0.00 0.18 0.07 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.19 0.19 0.23 0.23 0.17 0.22
N6 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.10 0.26 0.26 0.18 0.28
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.15 0.13 0.16
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.14 0.13 0.13
O2' 0.00 0.22 0.00 0.03 0.10 0.07 0.07 0.05 0.12 0.07 0.18 0.20 0.10 0.02 0.01 0.00 0.18 0.02 0.01 0.09 0.18 0.08
O3' 0.06 0.21 0.10 0.00 0.14 0.03 0.12 0.07 0.15 0.02 0.19 0.19 0.14 0.05 0.08 0.18 0.00 0.00 0.05 0.23 0.22 0.16
O4' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.09 0.17 0.19 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02
O5' 0.07 0.26 0.06 0.00 0.20 0.00 0.21 0.00 0.25 0.07 0.28 0.23 0.26 0.14 0.12 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.11 0.26 0.14 0.12 0.20 0.07 0.21 0.05 0.25 0.10 0.27 0.23 0.26 0.15 0.14 0.09 0.23 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.18 0.19 0.13 0.16 0.04 0.16 0.01 0.18 0.11 0.18 0.17 0.18 0.13 0.13 0.18 0.22 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.26 0.12 0.08 0.20 0.02 0.22 0.00 0.27 0.10 0.28 0.22 0.28 0.16 0.13 0.08 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00