ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54249

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C2' B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
N6 B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
N1 B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
OP2 A 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C4' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C5 B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
P A 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
N7 B 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
N9 B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C8 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
P B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
O5' B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C5 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
N3 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02
N4 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O2 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.09 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.04 0.01 0.11 0.03 0.10 0.02 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.08 0.12 0.07 0.04 0.09 0.03 0.11 0.11 0.06
C2 0.10 0.08 0.02 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.05 0.09 0.02 0.04 0.10 0.02 0.11 0.14 0.07
C2' 0.15 0.13 0.08 0.05 0.15 0.07 0.13 0.06 0.12 0.15 0.13 0.15 0.11 0.13 0.16 0.11 0.07 0.12 0.01 0.16 0.14 0.10
C3' 0.14 0.10 0.08 0.05 0.12 0.06 0.10 0.06 0.08 0.13 0.09 0.12 0.06 0.10 0.14 0.12 0.07 0.09 0.01 0.17 0.12 0.09
C4 0.11 0.09 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.04 0.08 0.02 0.05 0.12 0.01 0.10 0.17 0.08
C4' 0.09 0.07 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05 0.08 0.02 0.05 0.09 0.09 0.04 0.04 0.05 0.11 0.05 0.03
C5 0.13 0.11 0.04 0.03 0.10 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.07 0.06 0.11 0.02 0.05 0.12 0.00 0.12 0.18 0.09
C5' 0.06 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.09 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.00
C6 0.13 0.11 0.05 0.02 0.11 0.05 0.09 0.05 0.09 0.10 0.10 0.12 0.08 0.08 0.12 0.06 0.05 0.11 0.00 0.12 0.16 0.09
N1 0.12 0.10 0.04 0.02 0.10 0.05 0.09 0.04 0.08 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.11 0.05 0.05 0.10 0.01 0.12 0.14 0.08
N3 0.10 0.08 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.04 0.03 0.08 0.01 0.04 0.11 0.02 0.10 0.15 0.07
N4 0.09 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.07 0.05 0.04 0.13 0.01 0.09 0.18 0.08
O2 0.10 0.06 0.02 0.02 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.04 0.09 0.02 0.04 0.10 0.02 0.12 0.14 0.07
O2' 0.14 0.14 0.07 0.03 0.15 0.05 0.14 0.04 0.13 0.15 0.14 0.15 0.12 0.13 0.15 0.10 0.05 0.10 0.03 0.13 0.10 0.07
O3' 0.15 0.10 0.10 0.07 0.13 0.08 0.12 0.08 0.09 0.16 0.09 0.13 0.07 0.13 0.16 0.14 0.09 0.10 0.00 0.21 0.13 0.12
O4' 0.09 0.08 0.02 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.06 0.08 0.07 0.09 0.04 0.05 0.09 0.07 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03
O5' 0.06 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.07 0.09 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.03
OP1 0.06 0.05 0.05 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.00 0.03 0.07 0.13 0.03 0.02 0.04 0.09 0.02 0.01
OP2 0.06 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.13 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.02
P 0.06 0.05 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.03 0.07 0.12 0.02 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.18 0.04
C2 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.11 0.02 0.10 0.21 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.20 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.16 0.07
C4 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.21 0.07
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.01
C5 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.10 0.19 0.06
C5' 0.03 0.15 0.04 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.13 0.06 0.15 0.14 0.12 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00
C6 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.07 0.10 0.18 0.06
C8 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.11 0.10 0.19 0.04
N1 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.09 0.05 0.10 0.20 0.07
N3 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.11 0.01 0.10 0.23 0.09
N6 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.09 0.14 0.04
N7 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.10 0.17 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.21 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.15 0.21 0.12
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.16 0.06
O4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.07 0.10 0.04
O5' 0.06 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.11 0.05 0.01 0.10 0.12 0.07 0.02 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.04 0.10 0.10 0.03 0.09 0.05 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.15 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.21 0.20 0.16 0.21 0.13 0.19 0.14 0.18 0.19 0.20 0.23 0.14 0.17 0.21 0.21 0.16 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.09 0.07 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.07 0.09 0.04 0.04 0.06 0.12 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00