ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54250

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
N3 B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C5' A 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O2' B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C2' B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N6 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
N7 B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
OP1 A 0, 0.000, 0.275, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C8 B 0, 0.000, 0.278, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O5' A 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
P A 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C3' B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
OP2 A 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.000, 0.359, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
P B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C5' B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
OP2 B 0, 0.000, 0.530, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.530 std_dev=0.530
OP1 B 0, 0.000, 0.557, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.557 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C4 0.03 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.13 0.12 0.08 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.14 0.12 0.08 0.12
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.09 0.05 0.08 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.11 0.09 0.04 0.09
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.09 0.05 0.08
N4 0.04 0.01 0.05 0.10 0.01 0.09 0.02 0.14 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.15 0.14 0.11 0.14
O2 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.11 0.06 0.09 0.15 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.03 0.02 0.12 0.04 0.12 0.01 0.09 0.06 0.09 0.14 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.11 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.01 0.00 0.12 0.02 0.12 0.00 0.09 0.05 0.08 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.01 0.10 0.12 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.14 0.21 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.05 0.04 0.14 0.16 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01
C2' 0.06 0.02 0.08 0.11 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.13 0.21 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01
C3' 0.06 0.03 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.11 0.20 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02
C4 0.10 0.06 0.01 0.01 0.11 0.14 0.11 0.17 0.10 0.12 0.07 0.07 0.11 0.12 0.13 0.07 0.08 0.17 0.12 0.09 0.09 0.07
C4' 0.07 0.05 0.08 0.11 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.11 0.20 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01
C5 0.09 0.06 0.00 0.03 0.11 0.11 0.11 0.15 0.11 0.12 0.08 0.07 0.12 0.12 0.13 0.09 0.15 0.16 0.11 0.09 0.07 0.06
C5' 0.05 0.04 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.06 0.03 0.10 0.02 0.04
C6 0.01 0.04 0.06 0.10 0.08 0.01 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.04 0.11 0.10 0.08 0.13 0.22 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01
N1 0.02 0.02 0.08 0.10 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.08 0.06 0.04 0.14 0.20 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
N3 0.06 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.08 0.13 0.07 0.09 0.04 0.04 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.06 0.07 0.04
N4 0.15 0.07 0.06 0.07 0.13 0.20 0.12 0.22 0.11 0.15 0.08 0.09 0.12 0.14 0.16 0.03 0.02 0.21 0.16 0.12 0.14 0.11
O2 0.04 0.02 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03
O2' 0.07 0.03 0.09 0.12 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.13 0.21 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01
O3' 0.06 0.05 0.07 0.10 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.11 0.20 0.05 0.02 0.09 0.02 0.03
O4' 0.09 0.02 0.11 0.14 0.01 0.10 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.14 0.23 0.08 0.04 0.01 0.05 0.04
O5' 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.11 0.05 0.03 0.10 0.03 0.05
OP1 0.06 0.01 0.04 0.08 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.15 0.09 0.01 0.10 0.02 0.02
OP2 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.13 0.06 0.11 0.05 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.07 0.06 0.15 0.13 0.03 0.09 0.03 0.01
P 0.06 0.03 0.03 0.07 0.03 0.09 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.12 0.09 0.00 0.10 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.06 0.06 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.07 0.07
N1 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07
N3 0.05 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.07 0.07 0.07 0.08
N6 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07
N7 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03
O3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00