ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54251

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
P B 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 B 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O3' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
OP2 B 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
OP1 B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C6 B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5 B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N9 B 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2' B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N1 B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O3' B 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' B 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4 B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4' B 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
P A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C4' B 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C2 B 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N3 B 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O5' B 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
OP2 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C5' B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C5' A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O2' B 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
OP1 A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N3 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
O2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
N1 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
OP1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02
OP2 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00