ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54257

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 8, 13, 10, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.011, 0.041, 0.071, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.006, 0.048, 0.090, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.048 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.067, 0.148, 0.229, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.148 std_dev=0.081
C2' A 0, 0.084, 0.170, 0.257, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.170 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.105, 0.215, 0.324, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.215 std_dev=0.109
N1 B 0, 0.187, 0.298, 0.409, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.298 std_dev=0.111
C2 B 0, 0.187, 0.299, 0.412, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.299 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.188, 0.305, 0.422, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.305 std_dev=0.117
N3 B 0, 0.196, 0.313, 0.430, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.313 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.194, 0.315, 0.437, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.315 std_dev=0.122
C5 B 0, 0.184, 0.307, 0.429, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.307 std_dev=0.123
N2 B 0, 0.183, 0.309, 0.436, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.309 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.111, 0.239, 0.367, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.239 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.115, 0.244, 0.372, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.244 std_dev=0.128
O6 B 0, 0.193, 0.322, 0.452, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.322 std_dev=0.130
N9 B 0, 0.204, 0.346, 0.489, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.346 std_dev=0.142
N7 B 0, 0.178, 0.321, 0.465, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.321 std_dev=0.143
C8 B 0, 0.192, 0.346, 0.500, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.346 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.229, 0.388, 0.546, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.388 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.202, 0.365, 0.529, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.365 std_dev=0.163
O2' B 0, 0.191, 0.367, 0.543, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.367 std_dev=0.176
C5' A 0, 0.175, 0.369, 0.563, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.369 std_dev=0.194
O3' B 0, 0.248, 0.448, 0.649, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.448 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.124, 0.329, 0.534, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.329 std_dev=0.205
C3' B 0, 0.259, 0.466, 0.673, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.466 std_dev=0.207
C4' B 0, 0.312, 0.547, 0.782, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.547 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.291, 0.527, 0.764, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.527 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.335, 0.595, 0.855, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.595 std_dev=0.260
O5' B 0, 0.296, 0.570, 0.844, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.570 std_dev=0.274
P A 0, 0.293, 0.572, 0.851, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.572 std_dev=0.279
P B 0, 0.355, 0.637, 0.918, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.637 std_dev=0.282
OP1 A 0, 0.525, 0.812, 1.099, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.812 std_dev=0.287
O5' A 0, 0.218, 0.506, 0.794, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.506 std_dev=0.288
OP1 B 0, 0.420, 0.729, 1.038, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.729 std_dev=0.309
C5' B 0, 0.317, 0.661, 1.004, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.661 std_dev=0.343
OP2 A 0, 0.205, 0.618, 1.031, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.618 std_dev=0.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.14 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.14 0.23 0.19 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.16 0.12 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.15 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.21 0.33 0.28 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.25 0.33 0.33 0.22
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.06 0.10 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.24 0.27 0.27 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.16 0.22 0.19 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.17 0.29 0.23 0.17
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.22 0.37 0.31 0.22
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.10 0.19 0.15 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.05 0.04 0.04 0.17 0.11 0.05
O3' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.10 0.05 0.00 0.02 0.18 0.24 0.28 0.16
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.09 0.16 0.10
O5' 0.09 0.14 0.04 0.09 0.21 0.01 0.25 0.01 0.24 0.16 0.17 0.22 0.10 0.04 0.18 0.11 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.14 0.23 0.16 0.17 0.33 0.11 0.33 0.09 0.27 0.22 0.29 0.37 0.19 0.17 0.24 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.19 0.12 0.15 0.28 0.05 0.33 0.03 0.27 0.19 0.23 0.31 0.15 0.11 0.28 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.05 0.07 0.20 0.02 0.22 0.01 0.19 0.13 0.17 0.22 0.10 0.05 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.09 0.15 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.22 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12 0.18 0.13
C2 0.07 0.06 0.13 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08 0.16 0.09 0.07 0.10 0.11 0.12 0.18 0.12
C2' 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.10 0.20 0.08 0.12 0.09 0.14 0.10 0.17 0.11
C3' 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.10 0.09 0.17 0.05 0.13 0.08 0.11 0.10 0.16 0.10
C4 0.07 0.08 0.12 0.11 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.18 0.12
C4' 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.11 0.10 0.09 0.07 0.11 0.10 0.20 0.05 0.17 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11
C5 0.07 0.08 0.13 0.12 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.10 0.07 0.13 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.16 0.10
C5' 0.15 0.12 0.09 0.07 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.13 0.13 0.18 0.06 0.21 0.13 0.13 0.14 0.16 0.13
C6 0.09 0.07 0.15 0.12 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09 0.19 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.17 0.11
N1 0.09 0.06 0.14 0.11 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.11 0.07 0.07 0.07 0.11 0.09 0.19 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.18 0.12
N3 0.07 0.07 0.12 0.11 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.07 0.10 0.10 0.13 0.19 0.13
N4 0.09 0.09 0.12 0.12 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.15 0.19 0.14
O2 0.07 0.08 0.13 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.17 0.09 0.08 0.10 0.13 0.12 0.19 0.13
O2' 0.11 0.13 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.09 0.15 0.13 0.15 0.13 0.11 0.14 0.11 0.20 0.07 0.15 0.10 0.17 0.11 0.18 0.12
O3' 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.08 0.17 0.06 0.13 0.09 0.13 0.11 0.16 0.10
O4' 0.13 0.08 0.15 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.08 0.08 0.12 0.12 0.25 0.12 0.18 0.13 0.12 0.13 0.18 0.13
O5' 0.36 0.28 0.20 0.20 0.32 0.28 0.31 0.26 0.29 0.34 0.27 0.25 0.30 0.33 0.35 0.16 0.22 0.39 0.29 0.28 0.30 0.32 0.30
OP1 0.36 0.19 0.30 0.29 0.29 0.30 0.31 0.29 0.28 0.39 0.22 0.15 0.22 0.37 0.35 0.30 0.29 0.37 0.34 0.29 0.38 0.39 0.36
OP2 0.66 0.42 0.52 0.51 0.54 0.57 0.51 0.51 0.45 0.59 0.41 0.35 0.49 0.54 0.60 0.51 0.58 0.65 0.53 0.43 0.53 0.53 0.54
P 0.37 0.22 0.25 0.24 0.30 0.30 0.30 0.26 0.26 0.35 0.23 0.18 0.26 0.33 0.34 0.22 0.28 0.39 0.30 0.26 0.31 0.32 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.08 0.12 0.14 0.01 0.12 0.16 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.07 0.05 0.07 0.08 0.12 0.10 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.04 0.18 0.17 0.15
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.13 0.09 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.07 0.14 0.01 0.12 0.15 0.12
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.16 0.01 0.15 0.19 0.15
C5' 0.04 0.13 0.07 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.14 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.05 0.16 0.00 0.16 0.20 0.16
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.07 0.15 0.01 0.14 0.17 0.14
N1 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.07 0.09 0.15 0.01 0.14 0.18 0.15
N2 0.02 0.01 0.12 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.11 0.14 0.13 0.01 0.11 0.15 0.11
N3 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.08 0.12 0.13 0.01 0.11 0.14 0.11
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.05 0.16 0.01 0.16 0.20 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.13 0.01 0.10 0.13 0.10
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.06 0.10 0.09 0.17 0.27 0.22 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.17 0.08 0.23 0.24 0.19
O3' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05 0.11 0.07 0.04
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.14 0.12 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.03 0.11 0.19 0.15
O5' 0.07 0.14 0.15 0.08 0.14 0.01 0.16 0.01 0.16 0.15 0.15 0.13 0.13 0.16 0.13 0.17 0.06 0.08 0.00 0.17 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.17 0.00 0.18 0.22 0.18
OP1 0.06 0.12 0.18 0.13 0.12 0.06 0.15 0.06 0.16 0.14 0.14 0.11 0.11 0.16 0.10 0.23 0.11 0.11 0.02 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.16 0.17 0.09 0.15 0.07 0.19 0.03 0.20 0.17 0.18 0.15 0.14 0.20 0.13 0.24 0.07 0.19 0.02 0.22 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.15 0.08 0.12 0.05 0.15 0.01 0.16 0.14 0.15 0.11 0.11 0.16 0.10 0.19 0.04 0.15 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00