ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 4, 0, 2, 6, 7, 4, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.022, 0.033, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.023, 0.034, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.034 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.024, 0.036, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.055, 0.081, 0.107, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.081 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.076, 0.116, 0.157, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.116 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.075, 0.165, 0.256, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.165 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.158, 0.249, 0.341, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.249 std_dev=0.092
O4' A 0, -0.001, 0.151, 0.304, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.151 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.089, 0.287, 0.486, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.287 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.174, 0.423, 0.671, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.423 std_dev=0.248
C4' A 0, 0.006, 0.273, 0.541, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.273 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.347, 0.630, 0.912, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.630 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.338, 0.622, 0.905, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.622 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.375, 0.677, 0.979, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.677 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.530, 0.871, 1.211, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.871 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.262, 0.640, 1.018, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.640 std_dev=0.378
N9 B 0, 0.480, 0.906, 1.332, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.906 std_dev=0.426
C5' A 0, 0.043, 0.509, 0.976, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.509 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.673, 1.160, 1.647, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.160 std_dev=0.487
P A 0, 0.560, 1.059, 1.558, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.059 std_dev=0.499
C3' B 0, 0.591, 1.115, 1.640, 1.845 max_d=1.845 avg_d=1.115 std_dev=0.524
C4' B 0, 0.625, 1.163, 1.700, 2.151 max_d=2.151 avg_d=1.163 std_dev=0.537
C8 B 0, 0.603, 1.191, 1.779, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.191 std_dev=0.588
C5' B 0, 0.704, 1.309, 1.915, 2.550 max_d=2.550 avg_d=1.309 std_dev=0.606
O3' B 0, 0.631, 1.315, 1.998, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.315 std_dev=0.684
C4 B 0, 0.663, 1.373, 2.082, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.373 std_dev=0.709
P B 0, 0.742, 1.502, 2.261, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.502 std_dev=0.760
N3 B 0, 0.771, 1.645, 2.519, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.645 std_dev=0.874
N7 B 0, 0.763, 1.653, 2.543, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.653 std_dev=0.890
C5 B 0, 0.790, 1.737, 2.683, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.737 std_dev=0.947
OP2 A 0, 1.040, 1.989, 2.938, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.989 std_dev=0.949
OP2 B 0, 0.899, 1.879, 2.860, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.879 std_dev=0.980
OP1 B 0, 0.945, 2.080, 3.215, 4.293 max_d=4.293 avg_d=2.080 std_dev=1.135
C2 B 0, 0.966, 2.174, 3.382, 3.707 max_d=3.707 avg_d=2.174 std_dev=1.208
C6 B 0, 0.986, 2.287, 3.589, 3.815 max_d=3.815 avg_d=2.287 std_dev=1.302
OP1 A 0, 1.158, 2.460, 3.763, 3.698 max_d=3.698 avg_d=2.460 std_dev=1.303
N1 B 0, 1.050, 2.435, 3.819, 4.134 max_d=4.134 avg_d=2.435 std_dev=1.384
N2 B 0, 1.142, 2.599, 4.055, 4.492 max_d=4.492 avg_d=2.599 std_dev=1.456
O6 B 0, 1.137, 2.720, 4.303, 4.623 max_d=4.623 avg_d=2.720 std_dev=1.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.16 0.58 0.48 0.29
C2 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.13 0.02 0.22 1.02 0.40 0.43
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.11 0.00 0.03 0.01 0.17 0.40 0.27 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.02 0.07 0.05 0.11 0.09 0.16 0.02 0.01 0.01 0.32 0.32 0.36 0.17
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04 0.30 1.38 0.44 0.57
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.08 0.05 0.09 0.12 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.31 0.37 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.06 0.33 1.37 0.50 0.60
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.24 0.01 0.23 0.00 0.17 0.13 0.21 0.27 0.14 0.05 0.05 0.02 0.01 0.38 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.31 1.10 0.51 0.52
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.23 0.91 0.46 0.41
N3 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.13 0.02 0.26 1.23 0.39 0.50
N4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.12 0.05 0.31 1.51 0.45 0.61
O2 0.04 0.01 0.11 0.16 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.19 0.04 0.18 0.88 0.39 0.36
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.05 0.04 0.10 0.31 0.34 0.09
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.08 0.06 0.13 0.12 0.19 0.05 0.00 0.02 0.42 0.48 0.55 0.35
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.25 0.47 0.63 0.32
O5' 0.16 0.22 0.17 0.32 0.30 0.02 0.33 0.01 0.31 0.23 0.26 0.31 0.18 0.10 0.42 0.25 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.58 1.02 0.40 0.32 1.38 0.31 1.37 0.38 1.10 0.91 1.23 1.51 0.88 0.31 0.48 0.47 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.40 0.27 0.36 0.44 0.37 0.50 0.35 0.51 0.46 0.39 0.45 0.39 0.34 0.55 0.63 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.43 0.11 0.17 0.57 0.07 0.60 0.02 0.52 0.41 0.50 0.61 0.36 0.09 0.35 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.57 0.20 0.29 0.49 0.34 0.78 0.31 0.99 0.55 0.91 0.42 0.32 0.77 0.38 0.17 0.52 0.34 0.26 1.17 0.37 0.40 0.28
C2 0.20 0.15 0.22 0.21 0.24 0.24 0.60 0.20 0.72 0.54 0.38 0.56 0.18 0.74 0.27 0.16 0.37 0.25 0.18 0.99 0.20 0.47 0.29
C2' 0.21 0.46 0.21 0.20 0.44 0.26 0.70 0.23 0.88 0.53 0.77 0.32 0.28 0.73 0.36 0.22 0.40 0.29 0.20 1.08 0.30 0.39 0.24
C3' 0.19 0.57 0.22 0.15 0.48 0.17 0.67 0.15 0.83 0.49 0.78 0.51 0.40 0.66 0.37 0.27 0.28 0.20 0.17 0.97 0.33 0.37 0.22
C4 0.20 0.48 0.27 0.26 0.10 0.24 0.33 0.22 0.26 0.49 0.22 0.75 0.41 0.60 0.22 0.16 0.26 0.23 0.22 0.46 0.23 0.48 0.32
C4' 0.23 0.83 0.18 0.24 0.60 0.24 0.77 0.23 0.97 0.51 1.00 0.86 0.59 0.69 0.42 0.21 0.43 0.24 0.26 1.08 0.49 0.40 0.30
C5 0.22 0.14 0.28 0.25 0.22 0.26 0.44 0.22 0.43 0.49 0.21 0.35 0.14 0.58 0.29 0.17 0.26 0.26 0.20 0.54 0.19 0.40 0.26
C5' 0.26 0.86 0.20 0.25 0.60 0.20 0.70 0.21 0.87 0.46 0.94 0.95 0.67 0.61 0.43 0.25 0.36 0.22 0.28 0.93 0.58 0.46 0.36
C6 0.23 0.30 0.24 0.22 0.39 0.26 0.62 0.22 0.70 0.52 0.55 0.21 0.19 0.66 0.35 0.18 0.34 0.27 0.20 0.81 0.27 0.38 0.25
N1 0.22 0.28 0.21 0.22 0.38 0.27 0.69 0.23 0.84 0.54 0.65 0.21 0.14 0.74 0.33 0.17 0.41 0.28 0.20 1.01 0.26 0.41 0.26
N3 0.19 0.48 0.24 0.23 0.11 0.22 0.42 0.19 0.43 0.51 0.16 0.87 0.40 0.67 0.22 0.15 0.30 0.22 0.20 0.71 0.23 0.52 0.33
N4 0.20 0.75 0.29 0.34 0.27 0.28 0.11 0.27 0.25 0.41 0.61 0.93 0.59 0.44 0.17 0.17 0.27 0.24 0.29 0.19 0.34 0.54 0.40
O2 0.19 0.14 0.20 0.21 0.24 0.25 0.62 0.21 0.78 0.54 0.44 0.56 0.18 0.77 0.26 0.15 0.41 0.26 0.18 1.10 0.21 0.49 0.29
O2' 0.26 0.56 0.19 0.29 0.49 0.36 0.78 0.33 1.00 0.56 0.91 0.44 0.34 0.78 0.38 0.19 0.53 0.37 0.27 1.23 0.39 0.40 0.29
O3' 0.21 0.59 0.24 0.16 0.49 0.17 0.66 0.15 0.82 0.48 0.79 0.56 0.42 0.64 0.38 0.30 0.26 0.20 0.17 0.95 0.35 0.37 0.22
O4' 0.23 0.86 0.18 0.31 0.61 0.32 0.83 0.30 1.05 0.54 1.07 0.84 0.57 0.75 0.42 0.17 0.54 0.30 0.29 1.16 0.47 0.39 0.31
O5' 0.41 0.43 0.31 0.49 0.32 0.50 0.39 0.49 0.49 0.35 0.52 0.47 0.31 0.37 0.33 0.23 0.62 0.49 0.52 0.55 0.84 0.66 0.62
OP1 1.05 0.71 1.11 0.97 0.99 0.90 1.07 1.01 0.96 1.23 0.80 0.52 0.79 1.21 1.11 1.13 0.75 0.99 1.32 0.99 1.65 1.66 1.49
OP2 0.97 0.62 0.81 0.89 0.72 0.92 0.62 0.87 0.52 0.78 0.53 0.64 0.73 0.67 0.83 0.75 1.00 0.99 0.95 0.47 1.23 1.11 1.07
P 0.53 0.31 0.50 0.54 0.38 0.50 0.38 0.53 0.33 0.52 0.32 0.34 0.32 0.45 0.48 0.48 0.53 0.54 0.72 0.34 1.08 0.95 0.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.00 0.18 0.02 0.21 0.20 0.12
C2 0.03 0.00 0.14 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.15 0.14 0.25 0.01 0.22 0.25 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.14 0.08 0.08 0.12 0.17 0.14 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.30 0.07 0.47 0.41 0.35
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.15 0.11 0.09 0.07 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.11 0.15 0.36 0.20 0.18
C4 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.07 0.26 0.02 0.23 0.24 0.18
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.08 0.04 0.13 0.03 0.01 0.02 0.07 0.13 0.13 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.05 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.04 0.31 0.02 0.26 0.29 0.24
C5' 0.09 0.18 0.14 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.23 0.23 0.20 0.17 0.16 0.24 0.17 0.12 0.11 0.02 0.01 0.25 0.09 0.05 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.07 0.31 0.01 0.27 0.31 0.24
C8 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.08 0.31 0.03 0.27 0.27 0.24
N1 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.06 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.10 0.11 0.28 0.01 0.24 0.28 0.21
N2 0.04 0.01 0.17 0.09 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.20 0.17 0.23 0.02 0.21 0.24 0.15
N3 0.03 0.00 0.14 0.07 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.16 0.14 0.23 0.01 0.21 0.23 0.15
N7 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.09 0.05 0.33 0.03 0.29 0.31 0.28
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.26 0.02 0.23 0.23 0.17
O2' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.14 0.13 0.15 0.12 0.18 0.17 0.22 0.29 0.23 0.17 0.09 0.00 0.07 0.07 0.30 0.18 0.56 0.53 0.41
O3' 0.13 0.15 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04 0.11 0.05 0.09 0.10 0.20 0.16 0.09 0.05 0.07 0.00 0.11 0.14 0.06 0.36 0.22 0.18
O4' 0.00 0.14 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.17 0.14 0.05 0.01 0.07 0.11 0.00 0.09 0.07 0.12 0.30 0.22
O5' 0.18 0.25 0.30 0.11 0.26 0.02 0.31 0.01 0.31 0.31 0.28 0.23 0.23 0.33 0.26 0.30 0.14 0.09 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.02 0.07 0.02 0.25 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.18 0.06 0.07 0.33 0.00 0.29 0.33 0.28
OP1 0.21 0.22 0.47 0.36 0.23 0.13 0.26 0.09 0.27 0.27 0.24 0.21 0.21 0.29 0.23 0.56 0.36 0.12 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.25 0.41 0.20 0.24 0.13 0.29 0.05 0.31 0.27 0.28 0.24 0.23 0.31 0.23 0.53 0.22 0.30 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.35 0.18 0.18 0.07 0.24 0.03 0.24 0.24 0.21 0.15 0.15 0.28 0.17 0.41 0.18 0.22 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00