ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54260

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 5, 3, 3, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.047 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.026, 0.055, 0.083, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.055 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.026, 0.065, 0.105, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.065 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.017, 0.076, 0.134, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.076 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.045, 0.108, 0.172, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.108 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.041, 0.124, 0.207, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.124 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.046, 0.132, 0.218, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.132 std_dev=0.086
C5' A 0, 0.086, 0.174, 0.261, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.174 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.145, 0.274, 0.403, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.274 std_dev=0.129
P A 0, 0.178, 0.310, 0.441, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.310 std_dev=0.132
O3' A 0, 0.057, 0.218, 0.379, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.218 std_dev=0.161
C8 B 0, 0.262, 0.475, 0.688, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.475 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.155, 0.374, 0.593, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.374 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.157, 0.380, 0.603, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.380 std_dev=0.223
OP1 A 0, 0.169, 0.413, 0.658, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.413 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.302, 0.573, 0.845, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.573 std_dev=0.272
OP2 A 0, 0.289, 0.566, 0.843, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.566 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.121, 0.401, 0.682, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.401 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.059, 0.415, 0.770, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.415 std_dev=0.356
N9 B 0, 0.152, 0.518, 0.884, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.518 std_dev=0.366
C3' B 0, 0.089, 0.461, 0.832, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.461 std_dev=0.372
C4' B 0, 0.072, 0.447, 0.822, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.447 std_dev=0.375
O5' B 0, 0.233, 0.677, 1.121, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.677 std_dev=0.444
O3' B 0, -0.008, 0.581, 1.169, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.581 std_dev=0.588
C5' B 0, -0.151, 0.678, 1.508, 2.934 max_d=2.934 avg_d=0.678 std_dev=0.829
P B 0, 0.157, 1.055, 1.952, 3.388 max_d=3.388 avg_d=1.055 std_dev=0.898
C5 B 0, -0.004, 0.895, 1.793, 3.376 max_d=3.376 avg_d=0.895 std_dev=0.899
OP2 B 0, 0.344, 1.324, 2.304, 3.652 max_d=3.652 avg_d=1.324 std_dev=0.980
C4 B 0, -0.201, 0.876, 1.952, 3.872 max_d=3.872 avg_d=0.876 std_dev=1.076
O6 B 0, -0.184, 1.321, 2.826, 5.516 max_d=5.516 avg_d=1.321 std_dev=1.505
C6 B 0, -0.296, 1.244, 2.783, 5.542 max_d=5.542 avg_d=1.244 std_dev=1.539
OP1 B 0, 0.014, 1.576, 3.138, 5.671 max_d=5.671 avg_d=1.576 std_dev=1.562
N3 B 0, -0.637, 1.181, 3.000, 6.242 max_d=6.242 avg_d=1.181 std_dev=1.819
N1 B 0, -0.756, 1.543, 3.841, 7.963 max_d=7.963 avg_d=1.543 std_dev=2.299
C2 B 0, -0.905, 1.514, 3.934, 8.256 max_d=8.256 avg_d=1.514 std_dev=2.419
N2 B 0, -1.333, 1.871, 5.075, 10.778 max_d=10.778 avg_d=1.871 std_dev=3.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.12 0.15 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.07 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.09 0.04
C4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.12 0.02 0.11 0.15 0.19 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.02 0.12 0.15 0.19 0.10
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.11 0.12 0.15 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.10 0.13 0.07
N3 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.09 0.01 0.10 0.14 0.17 0.09
N4 0.03 0.03 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.06 0.13 0.03 0.11 0.17 0.19 0.11
O2 0.03 0.01 0.07 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.08 0.03 0.07 0.11 0.14 0.07
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.00 0.04 0.05 0.04 0.11 0.06 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.10 0.05 0.09 0.13 0.08 0.04 0.00 0.02 0.08 0.14 0.12 0.07
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.10 0.06
O5' 0.05 0.08 0.03 0.05 0.11 0.01 0.12 0.01 0.11 0.08 0.10 0.11 0.07 0.04 0.08 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.08 0.12 0.10 0.11 0.15 0.08 0.15 0.08 0.12 0.10 0.14 0.17 0.11 0.11 0.14 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.15 0.07 0.09 0.19 0.04 0.19 0.02 0.15 0.13 0.17 0.19 0.14 0.06 0.12 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.04 0.10 0.02 0.10 0.02 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 1.38 0.10 0.10 0.64 0.09 0.53 0.17 0.85 0.25 1.25 1.78 1.10 0.19 0.19 0.22 0.21 0.20 0.33 0.81 0.25 0.79 0.33
C2 0.09 1.28 0.08 0.11 0.60 0.15 0.54 0.27 0.85 0.30 1.20 1.61 0.99 0.27 0.19 0.19 0.14 0.13 0.38 0.83 0.50 0.96 0.49
C2' 0.11 1.70 0.10 0.11 0.78 0.11 0.63 0.21 1.02 0.25 1.52 2.21 1.35 0.14 0.22 0.24 0.21 0.26 0.31 0.95 0.32 0.77 0.34
C3' 0.11 1.59 0.15 0.14 0.71 0.11 0.54 0.16 0.90 0.29 1.38 2.10 1.28 0.12 0.18 0.29 0.30 0.27 0.31 0.81 0.25 0.62 0.26
C4 0.12 0.82 0.08 0.15 0.41 0.19 0.40 0.33 0.60 0.27 0.79 0.97 0.64 0.26 0.16 0.16 0.19 0.06 0.40 0.61 0.55 0.93 0.52
C4' 0.08 1.32 0.14 0.15 0.59 0.12 0.45 0.18 0.75 0.25 1.15 1.73 1.06 0.13 0.15 0.26 0.35 0.23 0.31 0.69 0.24 0.60 0.22
C5 0.10 0.75 0.09 0.11 0.38 0.13 0.35 0.21 0.52 0.23 0.70 0.90 0.61 0.21 0.14 0.17 0.14 0.11 0.36 0.51 0.31 0.75 0.36
C5' 0.08 1.08 0.16 0.20 0.48 0.18 0.35 0.26 0.59 0.25 0.92 1.42 0.88 0.14 0.13 0.26 0.42 0.23 0.31 0.54 0.37 0.47 0.22
C6 0.07 0.99 0.09 0.10 0.48 0.09 0.41 0.17 0.63 0.23 0.89 1.23 0.81 0.19 0.15 0.20 0.17 0.17 0.33 0.60 0.24 0.72 0.31
N1 0.08 1.24 0.09 0.10 0.58 0.11 0.50 0.19 0.79 0.26 1.13 1.56 0.99 0.22 0.18 0.20 0.17 0.17 0.34 0.75 0.31 0.82 0.37
N3 0.11 1.08 0.08 0.14 0.52 0.19 0.49 0.34 0.77 0.30 1.04 1.33 0.83 0.29 0.18 0.17 0.17 0.08 0.41 0.77 0.62 1.02 0.57
N4 0.15 0.53 0.08 0.20 0.28 0.25 0.34 0.46 0.48 0.24 0.56 0.60 0.39 0.28 0.14 0.14 0.28 0.10 0.44 0.51 0.72 1.00 0.63
O2 0.10 1.43 0.08 0.12 0.66 0.15 0.60 0.28 0.96 0.32 1.35 1.82 1.09 0.29 0.21 0.20 0.14 0.14 0.39 0.94 0.56 1.02 0.53
O2' 0.10 1.78 0.11 0.10 0.81 0.10 0.67 0.20 1.09 0.25 1.62 2.33 1.39 0.15 0.23 0.25 0.23 0.26 0.32 1.03 0.33 0.82 0.35
O3' 0.17 1.72 0.22 0.20 0.75 0.16 0.56 0.17 0.95 0.36 1.49 2.30 1.37 0.17 0.21 0.36 0.37 0.29 0.31 0.85 0.29 0.58 0.26
O4' 0.08 1.18 0.13 0.13 0.54 0.11 0.44 0.20 0.71 0.24 1.05 1.53 0.94 0.16 0.16 0.23 0.29 0.20 0.33 0.67 0.22 0.67 0.25
O5' 0.09 0.96 0.15 0.20 0.45 0.20 0.33 0.27 0.53 0.24 0.82 1.25 0.81 0.15 0.14 0.25 0.43 0.24 0.32 0.47 0.39 0.42 0.24
OP1 0.18 0.55 0.30 0.37 0.22 0.34 0.17 0.39 0.24 0.36 0.43 0.77 0.46 0.28 0.18 0.35 0.63 0.22 0.36 0.22 0.67 0.30 0.38
OP2 0.16 0.43 0.17 0.30 0.22 0.33 0.18 0.38 0.24 0.24 0.35 0.55 0.38 0.20 0.16 0.20 0.54 0.24 0.38 0.22 0.61 0.34 0.39
P 0.13 0.59 0.19 0.28 0.27 0.28 0.20 0.36 0.31 0.24 0.49 0.77 0.50 0.18 0.14 0.24 0.52 0.24 0.33 0.28 0.58 0.31 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.21 0.03 0.30 0.36 0.24
C2 0.03 0.00 0.45 0.68 0.01 0.27 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.77 0.10 0.91 0.02 1.13 1.30 1.13
C2' 0.00 0.45 0.00 0.00 0.23 0.02 0.12 0.07 0.20 0.21 0.35 0.55 0.45 0.12 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.15 0.42 0.28 0.23
C3' 0.01 0.68 0.00 0.00 0.26 0.01 0.06 0.02 0.19 0.45 0.47 0.90 0.66 0.32 0.08 0.02 0.01 0.02 0.15 0.09 0.49 0.21 0.22
C4 0.02 0.01 0.23 0.26 0.00 0.04 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.29 0.05 0.42 0.02 0.43 0.64 0.46
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.04 0.00 0.16 0.01 0.09 0.39 0.12 0.42 0.28 0.35 0.15 0.08 0.04 0.01 0.02 0.16 0.28 0.21 0.08
C5 0.02 0.01 0.12 0.06 0.01 0.16 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.04 0.22 0.02 0.43 0.46 0.24
C5' 0.13 0.22 0.07 0.02 0.22 0.01 0.48 0.00 0.39 0.76 0.14 0.46 0.22 0.77 0.40 0.06 0.07 0.01 0.01 0.51 0.16 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.19 0.01 0.09 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.22 0.06 0.33 0.01 0.40 0.66 0.35
C8 0.01 0.01 0.21 0.45 0.00 0.39 0.01 0.76 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.43 0.06 0.44 0.02 0.83 0.38 0.53
N1 0.03 0.01 0.35 0.47 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.54 0.09 0.66 0.01 0.71 1.07 0.80
N2 0.03 0.01 0.55 0.90 0.01 0.42 0.01 0.46 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.29 1.05 0.12 1.18 0.03 1.64 1.68 1.55
N3 0.03 0.01 0.45 0.66 0.01 0.28 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.71 0.11 0.85 0.02 1.02 1.10 1.00
N7 0.01 0.01 0.12 0.32 0.00 0.35 0.00 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.33 0.05 0.39 0.02 0.92 0.37 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.15 0.01 0.40 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.18 0.02 0.31 0.35 0.19
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.14 0.08 0.14 0.06 0.17 0.11 0.22 0.29 0.22 0.12 0.06 0.00 0.14 0.09 0.07 0.17 0.47 0.22 0.21
O3' 0.05 0.77 0.07 0.01 0.29 0.04 0.07 0.07 0.22 0.43 0.54 1.05 0.71 0.33 0.05 0.14 0.00 0.02 0.31 0.11 0.56 0.25 0.25
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.12 0.11 0.05 0.02 0.09 0.02 0.00 0.35 0.06 0.35 0.40 0.33
O5' 0.21 0.91 0.10 0.15 0.42 0.02 0.22 0.01 0.33 0.44 0.66 1.18 0.85 0.39 0.18 0.07 0.31 0.35 0.00 0.24 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.09 0.02 0.16 0.02 0.51 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.17 0.11 0.06 0.24 0.00 0.51 0.54 0.25
OP1 0.30 1.13 0.42 0.49 0.43 0.28 0.43 0.16 0.40 0.83 0.71 1.64 1.02 0.92 0.31 0.47 0.56 0.35 0.03 0.51 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.30 0.28 0.21 0.64 0.21 0.46 0.27 0.66 0.38 1.07 1.68 1.10 0.37 0.35 0.22 0.25 0.40 0.02 0.54 0.02 0.00 0.01
P 0.24 1.13 0.23 0.22 0.46 0.08 0.24 0.02 0.35 0.53 0.80 1.55 1.00 0.53 0.19 0.21 0.25 0.33 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00