ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54261

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.033, 0.066, 0.100, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.066 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.046, 0.100, 0.154, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.100 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.058, 0.122, 0.186, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.122 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.069, 0.149, 0.228, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.149 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.058, 0.148, 0.237, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.148 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.096, 0.202, 0.308, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.202 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.084, 0.197, 0.310, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.197 std_dev=0.113
C5' B 0, 0.104, 0.230, 0.355, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.230 std_dev=0.125
O3' B 0, 0.107, 0.237, 0.368, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.237 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.114, 0.246, 0.378, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.246 std_dev=0.132
C4' B 0, 0.109, 0.247, 0.384, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.247 std_dev=0.137
OP1 B 0, 0.106, 0.244, 0.383, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.244 std_dev=0.138
O5' B 0, 0.113, 0.260, 0.406, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.260 std_dev=0.146
P B 0, 0.111, 0.259, 0.406, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.259 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.116, 0.265, 0.415, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.265 std_dev=0.150
P A 0, 0.095, 0.246, 0.397, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.123, 0.283, 0.443, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.283 std_dev=0.160
O2' B 0, 0.075, 0.240, 0.405, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.240 std_dev=0.165
O4' B 0, 0.126, 0.304, 0.481, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.304 std_dev=0.178
OP1 A 0, 0.109, 0.288, 0.467, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.288 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.108, 0.294, 0.479, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.294 std_dev=0.186
OP2 A 0, 0.111, 0.309, 0.506, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.309 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.126, 0.332, 0.538, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.332 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.162, 0.395, 0.629, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.234
C8 B 0, 0.180, 0.416, 0.652, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.416 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.187, 0.456, 0.724, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.456 std_dev=0.268
N7 B 0, 0.211, 0.484, 0.757, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.484 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.191, 0.471, 0.751, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.471 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.216, 0.510, 0.804, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.510 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.220, 0.544, 0.869, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.544 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.250, 0.592, 0.933, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.592 std_dev=0.341
N2 B 0, 0.226, 0.573, 0.919, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.573 std_dev=0.347
N1 B 0, 0.247, 0.599, 0.951, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.599 std_dev=0.352
O6 B 0, 0.286, 0.661, 1.036, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.661 std_dev=0.375

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
N4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.08 0.06 0.05
C2 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05
C2' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04
C3' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03
C4 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.04
C4' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04
C5 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04 0.03
C5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05
C6 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03
N1 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04
N3 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.09 0.05 0.05
N4 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.04 0.07 0.09 0.05 0.05
O2 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.06
O2' 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06
O3' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.08 0.08 0.05
O4' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04
OP1 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08
OP2 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.06 0.04
P 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.06 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.05 0.06 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.06 0.07 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.06 0.07 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.08 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.07 0.03
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.06 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03
O5' 0.04 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.06 0.08 0.06
OP1 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00