ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54262

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.023, 0.040, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.040 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.027, 0.089, 0.150, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.089 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.026, 0.094, 0.163, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.094 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.058, 0.147, 0.237, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.147 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.107, 0.202, 0.298, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.202 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.096, 0.199, 0.302, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.199 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.163, 0.321, 0.479, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.321 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.210, 0.386, 0.563, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.386 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.398, 0.628, 0.859, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.628 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.279, 0.513, 0.747, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.513 std_dev=0.234
P A 0, 0.249, 0.515, 0.781, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.515 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.316, 0.584, 0.852, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.584 std_dev=0.268
O5' A 0, 0.383, 0.656, 0.929, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.656 std_dev=0.273
N2 B 0, 0.359, 0.636, 0.912, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.636 std_dev=0.277
C3' B 0, 0.215, 0.498, 0.780, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.498 std_dev=0.282
OP1 A 0, 0.266, 0.557, 0.847, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.557 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.279, 0.570, 0.861, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.570 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.347, 0.643, 0.940, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.643 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.216, 0.522, 0.829, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.522 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.167, 0.478, 0.788, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.478 std_dev=0.310
O3' B 0, 0.216, 0.528, 0.841, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.528 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.253, 0.566, 0.879, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.566 std_dev=0.313
C5' B 0, 0.218, 0.535, 0.852, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.535 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.214, 0.543, 0.872, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.543 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.179, 0.512, 0.844, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.512 std_dev=0.332
N1 B 0, 0.324, 0.666, 1.008, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.666 std_dev=0.342
N9 B 0, 0.242, 0.586, 0.930, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.586 std_dev=0.344
OP1 B 0, 0.382, 0.744, 1.105, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.744 std_dev=0.361
P B 0, 0.311, 0.693, 1.076, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.693 std_dev=0.382
C5 B 0, 0.279, 0.677, 1.074, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.677 std_dev=0.398
C6 B 0, 0.308, 0.716, 1.124, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.716 std_dev=0.408
C8 B 0, 0.297, 0.734, 1.170, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.734 std_dev=0.437
OP2 B 0, 0.373, 0.820, 1.266, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.820 std_dev=0.446
N7 B 0, 0.315, 0.784, 1.252, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.784 std_dev=0.468
O6 B 0, 0.353, 0.828, 1.302, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.828 std_dev=0.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.15 0.20 0.31 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.20 0.20 0.30 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.39 0.08
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.40 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.29 0.21 0.27 0.19
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.29 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.33 0.21 0.24 0.18
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.10 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.31 0.21 0.25 0.13
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.20 0.29 0.11
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.24 0.20 0.30 0.17
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.31 0.23 0.26 0.21
O2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.04 0.15 0.19 0.31 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.04 0.11 0.39 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.04 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.20 0.09 0.44 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.16 0.24 0.25 0.08
O5' 0.15 0.20 0.04 0.08 0.29 0.01 0.33 0.01 0.31 0.22 0.24 0.31 0.15 0.04 0.20 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.20 0.20 0.10 0.04 0.21 0.13 0.21 0.10 0.21 0.20 0.20 0.23 0.19 0.11 0.09 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.30 0.39 0.40 0.27 0.29 0.24 0.21 0.25 0.29 0.30 0.26 0.31 0.39 0.44 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.08 0.10 0.19 0.03 0.18 0.01 0.13 0.11 0.17 0.21 0.11 0.07 0.14 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.19 0.09 0.15 0.08 0.15 0.10 0.14 0.18 0.13 0.16 0.13 0.18 0.17 0.29 0.10 0.12 0.09 0.15 0.18 0.09 0.07
C2 0.14 0.12 0.17 0.08 0.13 0.16 0.14 0.18 0.13 0.17 0.12 0.15 0.11 0.16 0.15 0.28 0.06 0.17 0.16 0.14 0.21 0.12 0.12
C2' 0.15 0.13 0.19 0.10 0.14 0.10 0.14 0.10 0.13 0.16 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15 0.28 0.10 0.13 0.10 0.14 0.19 0.10 0.09
C3' 0.14 0.13 0.18 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.14 0.24 0.12 0.14 0.11 0.13 0.19 0.11 0.11
C4 0.14 0.13 0.13 0.11 0.14 0.23 0.16 0.26 0.14 0.19 0.13 0.17 0.12 0.18 0.16 0.24 0.11 0.23 0.22 0.15 0.24 0.16 0.16
C4' 0.15 0.13 0.17 0.10 0.14 0.10 0.14 0.09 0.13 0.16 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15 0.24 0.14 0.14 0.08 0.13 0.18 0.08 0.08
C5 0.15 0.17 0.16 0.08 0.17 0.19 0.17 0.22 0.17 0.20 0.17 0.20 0.16 0.19 0.18 0.27 0.07 0.17 0.18 0.17 0.22 0.14 0.13
C5' 0.13 0.13 0.13 0.10 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.16 0.13 0.13 0.13 0.17 0.14 0.15 0.10 0.12 0.19 0.08 0.10
C6 0.17 0.16 0.19 0.07 0.17 0.12 0.17 0.15 0.16 0.20 0.16 0.19 0.16 0.19 0.18 0.30 0.05 0.13 0.13 0.17 0.19 0.11 0.10
N1 0.15 0.13 0.18 0.07 0.14 0.11 0.15 0.14 0.14 0.18 0.13 0.16 0.13 0.17 0.16 0.30 0.06 0.13 0.12 0.15 0.19 0.11 0.10
N3 0.14 0.12 0.15 0.10 0.14 0.20 0.15 0.24 0.14 0.18 0.13 0.15 0.11 0.17 0.16 0.25 0.09 0.22 0.21 0.15 0.23 0.15 0.15
N4 0.16 0.13 0.12 0.15 0.16 0.27 0.18 0.31 0.16 0.21 0.14 0.17 0.12 0.21 0.19 0.18 0.16 0.29 0.27 0.16 0.26 0.19 0.20
O2 0.14 0.12 0.18 0.09 0.13 0.14 0.14 0.17 0.13 0.17 0.13 0.15 0.11 0.16 0.15 0.29 0.07 0.17 0.15 0.14 0.21 0.12 0.11
O2' 0.15 0.13 0.19 0.10 0.14 0.10 0.14 0.09 0.13 0.16 0.13 0.15 0.12 0.16 0.15 0.28 0.11 0.13 0.09 0.13 0.18 0.10 0.09
O3' 0.14 0.14 0.18 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14 0.13 0.14 0.23 0.15 0.15 0.13 0.13 0.19 0.13 0.12
O4' 0.18 0.14 0.20 0.11 0.16 0.07 0.17 0.06 0.16 0.20 0.14 0.16 0.14 0.19 0.18 0.29 0.15 0.13 0.06 0.16 0.17 0.07 0.05
O5' 0.13 0.18 0.02 0.08 0.14 0.24 0.13 0.24 0.14 0.12 0.16 0.20 0.17 0.12 0.13 0.14 0.01 0.23 0.21 0.13 0.32 0.21 0.23
OP1 0.04 0.09 0.09 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.05 0.05 0.11 0.02 0.05 0.08 0.04 0.26 0.17 0.13
OP2 0.05 0.16 0.15 0.17 0.07 0.13 0.09 0.24 0.08 0.17 0.12 0.23 0.14 0.16 0.08 0.08 0.01 0.07 0.25 0.09 0.38 0.29 0.29
P 0.05 0.13 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.10 0.16 0.12 0.05 0.05 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.23 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.10 0.06
C2 0.05 0.00 0.08 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.12 0.13 0.07 0.01 0.09 0.18 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.18 0.14 0.11
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.18 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.06 0.08 0.01 0.09 0.16 0.11
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.07 0.12 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.11 0.01 0.15 0.21 0.16
C5' 0.02 0.09 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.05 0.12 0.00 0.17 0.24 0.17
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.08 0.12 0.01 0.13 0.16 0.14
N1 0.04 0.00 0.06 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.10 0.10 0.09 0.01 0.13 0.21 0.14
N2 0.06 0.00 0.10 0.07 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.14 0.16 0.07 0.01 0.07 0.17 0.09
N3 0.05 0.00 0.08 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.11 0.13 0.06 0.01 0.07 0.15 0.08
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.05 0.14 0.01 0.18 0.22 0.19
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.13 0.09
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.11 0.11 0.20 0.15 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.10 0.06 0.22 0.19 0.14
O3' 0.05 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.10 0.14 0.11 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.18 0.09 0.06
O4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.10 0.16 0.13 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.14 0.11
O5' 0.05 0.07 0.09 0.05 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.12 0.09 0.07 0.06 0.14 0.07 0.10 0.04 0.04 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.14 0.00 0.21 0.27 0.20
OP1 0.06 0.09 0.18 0.18 0.09 0.07 0.15 0.05 0.17 0.13 0.13 0.07 0.07 0.18 0.07 0.22 0.18 0.04 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.18 0.14 0.09 0.16 0.04 0.21 0.01 0.24 0.16 0.21 0.17 0.15 0.22 0.13 0.19 0.09 0.14 0.02 0.27 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.11 0.07 0.11 0.03 0.16 0.02 0.17 0.14 0.14 0.09 0.08 0.19 0.09 0.14 0.06 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00