ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54263

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' B 0, 0.329, 0.654, 0.978, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.654 std_dev=0.324
O2' B 0, 0.232, 0.567, 0.902, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.567 std_dev=0.335
O2' A 0, 0.199, 0.555, 0.910, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.555 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.362, 0.741, 1.119, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.741 std_dev=0.379
C2' A 0, 0.224, 0.618, 1.013, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.618 std_dev=0.394
O4' A 0, 0.239, 0.646, 1.054, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.646 std_dev=0.408
N9 B 0, 0.618, 1.145, 1.671, 1.602 max_d=1.602 avg_d=1.145 std_dev=0.527
O4' B 0, 0.292, 0.830, 1.368, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.830 std_dev=0.538
C3' B 0, 0.407, 0.985, 1.562, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.985 std_dev=0.577
C4' A 0, 0.392, 1.037, 1.681, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.037 std_dev=0.644
O5' A 0, 0.293, 0.948, 1.603, 2.588 max_d=2.588 avg_d=0.948 std_dev=0.655
C3' A 0, 0.393, 1.055, 1.716, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.055 std_dev=0.662
C4' B 0, 0.409, 1.090, 1.772, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.090 std_dev=0.682
O3' B 0, 0.378, 1.073, 1.769, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.073 std_dev=0.696
C8 B 0, 0.858, 1.572, 2.286, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.572 std_dev=0.714
C5' B 0, 0.655, 1.497, 2.339, 2.929 max_d=2.929 avg_d=1.497 std_dev=0.842
C4 B 0, 0.834, 1.689, 2.543, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.689 std_dev=0.854
O3' A 0, 0.531, 1.387, 2.242, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.387 std_dev=0.855
P A 0, 0.518, 1.390, 2.261, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.390 std_dev=0.871
N7 B 0, 1.090, 2.016, 2.941, 2.851 max_d=2.851 avg_d=2.016 std_dev=0.926
OP2 A 0, 0.714, 1.781, 2.848, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.781 std_dev=1.067
C5 B 0, 1.100, 2.171, 3.243, 3.587 max_d=3.587 avg_d=2.171 std_dev=1.072
N3 B 0, 0.920, 2.002, 3.084, 3.304 max_d=3.304 avg_d=2.002 std_dev=1.082
C5' A 0, 0.710, 1.795, 2.879, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.795 std_dev=1.085
O5' B 0, 0.390, 1.500, 2.610, 3.728 max_d=3.728 avg_d=1.500 std_dev=1.110
OP1 A 0, 0.790, 1.925, 3.061, 3.901 max_d=3.901 avg_d=1.925 std_dev=1.135
C6 B 0, 1.429, 2.948, 4.467, 5.076 max_d=5.076 avg_d=2.948 std_dev=1.519
C2 B 0, 1.267, 2.832, 4.398, 4.757 max_d=4.757 avg_d=2.832 std_dev=1.566
N1 B 0, 1.488, 3.237, 4.986, 5.592 max_d=5.592 avg_d=3.237 std_dev=1.749
O6 B 0, 1.707, 3.469, 5.231, 5.958 max_d=5.958 avg_d=3.469 std_dev=1.762
OP1 B 0, 1.380, 3.247, 5.114, 5.256 max_d=5.256 avg_d=3.247 std_dev=1.867
P B 0, 0.911, 2.791, 4.671, 6.020 max_d=6.020 avg_d=2.791 std_dev=1.880
N2 B 0, 1.464, 3.412, 5.360, 5.531 max_d=5.531 avg_d=3.412 std_dev=1.948
OP2 B 0, 0.882, 3.281, 5.681, 7.857 max_d=7.857 avg_d=3.281 std_dev=2.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.17 0.46 0.25 0.23
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.20 0.06 0.32 0.64 0.30 0.37
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.11 0.04 0.25 0.00 0.01 0.01 0.27 0.39 0.42 0.31
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.19 0.14 0.25 0.01 0.00 0.01 0.35 0.39 0.49 0.36
C4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.39 0.72 0.38 0.47
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09 0.12 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.23 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.03 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.08 0.39 0.68 0.39 0.47
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.25 0.00 0.26 0.00 0.22 0.14 0.21 0.28 0.11 0.06 0.03 0.01 0.00 0.21 0.15 0.01
C6 0.02 0.00 0.10 0.03 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.11 0.35 0.60 0.34 0.40
N1 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.30 0.58 0.29 0.34
N3 0.02 0.00 0.11 0.19 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.21 0.04 0.37 0.71 0.34 0.43
N4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.03 0.41 0.76 0.41 0.50
O2 0.03 0.00 0.25 0.25 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.28 0.10 0.27 0.60 0.27 0.32
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.03 0.06 0.04 0.16 0.00 0.03 0.06 0.05 0.27 0.36 0.13
O3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.14 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.21 0.15 0.28 0.03 0.00 0.02 0.28 0.30 0.58 0.34
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.04 0.03 0.10 0.06 0.02 0.00 0.07 0.42 0.14 0.16
O5' 0.17 0.32 0.27 0.35 0.39 0.01 0.39 0.00 0.35 0.30 0.37 0.41 0.27 0.05 0.28 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.46 0.64 0.39 0.39 0.72 0.23 0.68 0.21 0.60 0.58 0.71 0.76 0.60 0.27 0.30 0.42 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.30 0.42 0.49 0.38 0.23 0.39 0.15 0.34 0.29 0.34 0.41 0.27 0.36 0.58 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.37 0.31 0.36 0.47 0.06 0.47 0.01 0.40 0.34 0.43 0.50 0.32 0.13 0.34 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.43 0.06 0.09 0.37 0.25 0.45 0.39 0.49 0.41 0.48 0.47 0.36 0.47 0.33 0.25 0.30 0.37 0.95 0.53 1.05 1.74 1.36
C2 0.23 0.61 0.16 0.19 0.43 0.09 0.57 0.22 0.63 0.56 0.64 0.78 0.46 0.63 0.39 0.23 0.42 0.26 0.93 0.71 0.88 1.83 1.22
C2' 0.36 0.42 0.31 0.22 0.44 0.25 0.50 0.33 0.51 0.49 0.48 0.38 0.38 0.53 0.43 0.44 0.36 0.36 0.75 0.55 0.79 1.39 1.07
C3' 0.31 0.40 0.24 0.20 0.37 0.32 0.40 0.38 0.41 0.38 0.42 0.41 0.37 0.40 0.36 0.35 0.30 0.40 0.67 0.43 0.55 1.12 0.88
C4 0.24 0.81 0.25 0.32 0.45 0.25 0.60 0.26 0.69 0.63 0.78 1.11 0.60 0.70 0.40 0.24 0.51 0.23 0.82 0.76 0.70 1.64 0.97
C4' 0.32 0.51 0.20 0.22 0.43 0.43 0.44 0.48 0.47 0.36 0.51 0.54 0.47 0.40 0.37 0.31 0.23 0.51 0.85 0.48 0.81 1.36 1.15
C5 0.23 0.71 0.22 0.30 0.43 0.19 0.54 0.22 0.61 0.56 0.68 0.92 0.56 0.60 0.38 0.25 0.51 0.25 0.79 0.65 0.64 1.46 0.92
C5' 0.55 0.72 0.44 0.38 0.64 0.53 0.62 0.49 0.66 0.52 0.71 0.76 0.70 0.55 0.57 0.53 0.39 0.64 0.75 0.65 0.57 1.12 0.95
C6 0.22 0.54 0.15 0.18 0.40 0.12 0.48 0.26 0.53 0.48 0.55 0.66 0.44 0.52 0.35 0.24 0.44 0.32 0.84 0.56 0.73 1.54 1.08
N1 0.22 0.52 0.12 0.14 0.40 0.13 0.50 0.28 0.55 0.49 0.56 0.63 0.42 0.55 0.36 0.24 0.39 0.32 0.92 0.60 0.89 1.72 1.23
N3 0.24 0.73 0.22 0.27 0.45 0.18 0.61 0.22 0.69 0.62 0.73 0.99 0.53 0.70 0.40 0.24 0.47 0.23 0.88 0.78 0.78 1.79 1.10
N4 0.26 0.98 0.29 0.38 0.46 0.37 0.64 0.37 0.77 0.69 0.91 1.39 0.69 0.77 0.40 0.25 0.53 0.27 0.76 0.85 0.74 1.58 0.87
O2 0.23 0.58 0.14 0.16 0.43 0.09 0.57 0.23 0.64 0.56 0.63 0.72 0.43 0.64 0.39 0.23 0.38 0.27 0.97 0.72 0.97 1.92 1.30
O2' 0.29 0.43 0.22 0.13 0.42 0.26 0.47 0.38 0.51 0.42 0.49 0.41 0.39 0.48 0.38 0.41 0.25 0.33 0.81 0.55 1.04 1.54 1.25
O3' 0.39 0.50 0.32 0.26 0.45 0.38 0.45 0.41 0.47 0.41 0.50 0.52 0.47 0.43 0.42 0.40 0.30 0.44 0.59 0.48 0.48 0.97 0.79
O4' 0.34 0.59 0.23 0.26 0.49 0.45 0.53 0.54 0.57 0.44 0.60 0.63 0.53 0.50 0.42 0.28 0.29 0.54 1.06 0.59 1.08 1.72 1.43
O5' 0.33 0.43 0.12 0.16 0.38 0.46 0.37 0.49 0.39 0.32 0.42 0.45 0.41 0.34 0.34 0.13 0.01 0.48 0.59 0.38 0.43 0.76 0.71
OP1 0.11 0.15 0.10 0.11 0.11 0.20 0.09 0.21 0.09 0.09 0.12 0.18 0.14 0.08 0.10 0.15 0.01 0.18 0.39 0.08 0.35 0.47 0.43
OP2 0.10 0.23 0.24 0.19 0.10 0.11 0.13 0.18 0.12 0.25 0.16 0.35 0.20 0.23 0.13 0.33 0.01 0.08 0.33 0.14 0.64 0.60 0.50
P 0.11 0.21 0.04 0.01 0.13 0.16 0.10 0.14 0.12 0.06 0.18 0.26 0.20 0.06 0.10 0.15 0.01 0.17 0.18 0.10 0.29 0.43 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.35 0.02 0.37 0.36 0.19
C2 0.04 0.00 0.13 0.07 0.01 0.26 0.00 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.16 0.30 0.52 0.01 0.35 0.73 0.51
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.10 0.15 0.12 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.48 0.06 0.47 0.66 0.41
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.03 0.29 0.52 0.32
C4 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.10 0.16 0.46 0.01 0.38 0.40 0.25
C4' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.09 0.21 0.31 0.24 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.10 0.44 0.22
C5 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.08 0.07 0.52 0.01 0.58 0.46 0.36
C5' 0.05 0.39 0.04 0.01 0.23 0.00 0.18 0.00 0.25 0.08 0.35 0.46 0.35 0.06 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.23 0.27 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.09 0.13 0.52 0.00 0.49 0.42 0.32
C8 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.15 0.67 0.02 0.93 0.83 0.70
N1 0.03 0.00 0.10 0.04 0.01 0.21 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.13 0.23 0.52 0.01 0.35 0.55 0.37
N2 0.05 0.00 0.15 0.09 0.01 0.31 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.19 0.36 0.58 0.01 0.49 0.99 0.72
N3 0.04 0.00 0.12 0.06 0.00 0.24 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.15 0.30 0.47 0.01 0.28 0.67 0.44
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.08 0.63 0.02 0.90 0.81 0.67
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.48 0.01 0.54 0.42 0.32
O2' 0.01 0.34 0.00 0.02 0.18 0.03 0.13 0.04 0.19 0.13 0.29 0.40 0.31 0.08 0.05 0.00 0.06 0.03 0.48 0.16 0.49 0.75 0.46
O3' 0.07 0.16 0.01 0.00 0.10 0.02 0.08 0.01 0.09 0.06 0.13 0.19 0.15 0.06 0.07 0.06 0.00 0.05 0.18 0.08 0.23 0.53 0.37
O4' 0.00 0.30 0.02 0.01 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.15 0.23 0.36 0.30 0.08 0.01 0.03 0.05 0.00 0.23 0.10 0.31 0.35 0.08
O5' 0.35 0.52 0.48 0.30 0.46 0.01 0.52 0.01 0.52 0.67 0.52 0.58 0.47 0.63 0.48 0.48 0.18 0.23 0.00 0.55 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.08 0.10 0.55 0.00 0.58 0.48 0.39
OP1 0.37 0.35 0.47 0.29 0.38 0.10 0.58 0.27 0.49 0.93 0.35 0.49 0.28 0.90 0.54 0.49 0.23 0.31 0.01 0.58 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.73 0.66 0.52 0.40 0.44 0.46 0.28 0.42 0.83 0.55 0.99 0.67 0.81 0.42 0.75 0.53 0.35 0.01 0.48 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.51 0.41 0.32 0.25 0.22 0.36 0.01 0.32 0.70 0.37 0.72 0.44 0.67 0.32 0.46 0.37 0.08 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00