Doublet Group distance statistics: 54264

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N4	A	0, 0.036, 0.062, 0.088, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.062 std_dev=0.026
O2	A	0, 0.026, 0.055, 0.083, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.055 std_dev=0.029
O4'	A	0, 0.075, 0.214, 0.352, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.214 std_dev=0.138
C2'	A	0, 0.125, 0.301, 0.478, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.301 std_dev=0.177
N3	B	0, 0.293, 0.493, 0.693, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.493 std_dev=0.200
C2	B	0, 0.259, 0.509, 0.758, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.509 std_dev=0.250
N2	B	0, 0.246, 0.505, 0.764, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.505 std_dev=0.259
C5'	A	0, 0.185, 0.471, 0.757, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.471 std_dev=0.286
C4'	A	0, 0.063, 0.366, 0.669, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.366 std_dev=0.303
C4	B	0, 0.361, 0.669, 0.977, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.669 std_dev=0.308
O5'	A	0, 0.207, 0.523, 0.838, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.523 std_dev=0.316
P	A	0, 0.204, 0.538, 0.871, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.538 std_dev=0.334
C1'	B	0, 0.446, 0.796, 1.147, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.796 std_dev=0.350
N1	B	0, 0.310, 0.683, 1.056, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.683 std_dev=0.373
N9	B	0, 0.427, 0.803, 1.180, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.803 std_dev=0.376
O2'	B	0, 0.480, 0.895, 1.309, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.895 std_dev=0.415
C2'	B	0, 0.469, 0.891, 1.313, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.891 std_dev=0.422
C5	B	0, 0.422, 0.862, 1.302, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.862 std_dev=0.440
C6	B	0, 0.429, 0.884, 1.339, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.884 std_dev=0.455
C3'	A	0, -0.026, 0.432, 0.889, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.432 std_dev=0.458
O4'	B	0, 0.546, 1.009, 1.473, 1.587 max_d=1.587 avg_d=1.009 std_dev=0.463
C3'	B	0, 0.503, 0.996, 1.490, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.996 std_dev=0.493
C4'	B	0, 0.570, 1.092, 1.614, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.092 std_dev=0.522
C8	B	0, 0.500, 1.037, 1.574, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.037 std_dev=0.537
O3'	B	0, 0.583, 1.144, 1.706, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.144 std_dev=0.561
O2'	A	0, 0.127, 0.689, 1.251, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.689 std_dev=0.562
O6	B	0, 0.540, 1.103, 1.665, 1.724 max_d=1.724 avg_d=1.103 std_dev=0.563
N7	B	0, 0.508, 1.084, 1.660, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.084 std_dev=0.576
C5'	B	0, 0.649, 1.343, 2.037, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.343 std_dev=0.694
O5'	B	0, 0.589, 1.324, 2.060, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.324 std_dev=0.735
P	B	0, 0.486, 1.334, 2.183, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.334 std_dev=0.848
OP2	B	0, 0.254, 1.132, 2.010, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.132 std_dev=0.878
O3'	A	0, -0.100, 0.787, 1.673, 3.165 max_d=3.165 avg_d=0.787 std_dev=0.886
OP1	A	0, 1.068, 2.000, 2.933, 2.928 max_d=2.928 avg_d=2.000 std_dev=0.932
OP1	B	0, 0.510, 1.455, 2.400, 3.563 max_d=3.563 avg_d=1.455 std_dev=0.945
OP2	A	0, 1.252, 2.350, 3.447, 3.922 max_d=3.922 avg_d=2.350 std_dev=1.098

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.07	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.23	0.00	0.16	0.11	0.22	0.17
C2	0.03	0.00	0.16	0.14	0.00	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.28	0.15	0.06	0.12	0.24	0.44	0.13
C2'	0.01	0.16	0.00	0.01	0.16	0.04	0.14	0.17	0.12	0.10	0.17	0.17	0.15	0.00	0.02	0.01	0.31	0.29	0.44	0.33
C3'	0.03	0.14	0.01	0.00	0.29	0.01	0.33	0.01	0.29	0.17	0.22	0.32	0.06	0.02	0.01	0.02	0.08	0.48	0.15	0.18
C4	0.02	0.00	0.16	0.29	0.00	0.13	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.31	0.11	0.06	0.16	0.52	0.66	0.16
C4'	0.01	0.04	0.04	0.01	0.13	0.00	0.17	0.00	0.16	0.07	0.08	0.15	0.04	0.24	0.03	0.00	0.02	0.28	0.16	0.06
C5	0.02	0.01	0.14	0.33	0.00	0.17	0.00	0.18	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.25	0.20	0.07	0.17	0.56	0.63	0.17
C5'	0.07	0.07	0.17	0.01	0.15	0.00	0.18	0.00	0.14	0.06	0.10	0.17	0.08	0.15	0.18	0.02	0.00	0.24	0.32	0.02
C6	0.02	0.00	0.12	0.29	0.01	0.16	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.16	0.07	0.11	0.36	0.45	0.11
N1	0.01	0.01	0.10	0.17	0.01	0.07	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.07	0.03	0.11	0.19	0.36	0.13
N3	0.02	0.00	0.17	0.22	0.00	0.08	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.32	0.08	0.05	0.13	0.38	0.57	0.13
N4	0.02	0.01	0.17	0.32	0.00	0.15	0.01	0.17	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.34	0.15	0.06	0.19	0.62	0.75	0.20
O2	0.05	0.00	0.15	0.06	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.29	0.33	0.09	0.15	0.17	0.39	0.15
O2'	0.02	0.28	0.00	0.02	0.31	0.24	0.25	0.15	0.18	0.17	0.32	0.34	0.29	0.00	0.08	0.16	0.25	0.36	0.43	0.35
O3'	0.23	0.15	0.02	0.01	0.11	0.03	0.20	0.18	0.16	0.07	0.08	0.15	0.33	0.08	0.00	0.16	0.22	0.83	0.26	0.45
O4'	0.00	0.06	0.01	0.02	0.06	0.00	0.07	0.02	0.07	0.03	0.05	0.06	0.09	0.16	0.16	0.00	0.09	0.10	0.10	0.08
O5'	0.16	0.12	0.31	0.08	0.16	0.02	0.17	0.00	0.11	0.11	0.13	0.19	0.15	0.25	0.22	0.09	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.11	0.24	0.29	0.48	0.52	0.28	0.56	0.24	0.36	0.19	0.38	0.62	0.17	0.36	0.83	0.10	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.44	0.44	0.15	0.66	0.16	0.63	0.32	0.45	0.36	0.57	0.75	0.39	0.43	0.26	0.10	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.17	0.13	0.33	0.18	0.16	0.06	0.17	0.02	0.11	0.13	0.13	0.20	0.15	0.35	0.45	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.29	0.23	0.25	0.29	0.17	0.36	0.19	0.39	0.32	0.36	0.26	0.24	0.37	0.27	0.15	0.27	0.15	0.26	0.43	0.27	0.38	0.29
C2	0.16	0.26	0.18	0.22	0.30	0.15	0.39	0.19	0.42	0.36	0.37	0.22	0.21	0.42	0.28	0.11	0.25	0.15	0.30	0.47	0.31	0.46	0.35
C2'	0.22	0.16	0.29	0.34	0.24	0.25	0.30	0.28	0.29	0.33	0.23	0.14	0.16	0.35	0.27	0.21	0.37	0.21	0.35	0.33	0.35	0.44	0.37
C3'	0.16	0.24	0.21	0.26	0.19	0.29	0.23	0.30	0.27	0.17	0.28	0.26	0.20	0.21	0.16	0.27	0.35	0.21	0.20	0.30	0.27	0.16	0.18
C4	0.18	0.20	0.15	0.21	0.31	0.16	0.41	0.22	0.40	0.41	0.30	0.20	0.18	0.46	0.31	0.12	0.23	0.18	0.34	0.44	0.34	0.49	0.39
C4'	0.12	0.30	0.18	0.21	0.24	0.20	0.28	0.22	0.33	0.22	0.34	0.32	0.24	0.27	0.19	0.16	0.27	0.13	0.18	0.36	0.23	0.19	0.17
C5	0.21	0.21	0.21	0.25	0.31	0.19	0.38	0.22	0.35	0.39	0.28	0.18	0.20	0.42	0.32	0.11	0.25	0.19	0.33	0.38	0.31	0.44	0.35
C5'	0.14	0.22	0.20	0.25	0.18	0.27	0.21	0.30	0.24	0.18	0.25	0.25	0.18	0.20	0.15	0.19	0.31	0.19	0.24	0.26	0.30	0.18	0.23
C6	0.21	0.24	0.24	0.27	0.30	0.19	0.36	0.22	0.36	0.36	0.30	0.21	0.22	0.39	0.30	0.13	0.27	0.18	0.30	0.39	0.30	0.41	0.32
N1	0.18	0.26	0.22	0.25	0.30	0.17	0.37	0.20	0.39	0.35	0.34	0.23	0.23	0.39	0.28	0.13	0.27	0.16	0.29	0.43	0.30	0.42	0.32
N3	0.15	0.23	0.14	0.20	0.30	0.14	0.41	0.20	0.43	0.38	0.35	0.20	0.18	0.45	0.29	0.11	0.23	0.15	0.32	0.49	0.33	0.49	0.38
N4	0.19	0.15	0.12	0.18	0.31	0.17	0.44	0.25	0.40	0.45	0.25	0.23	0.14	0.50	0.33	0.17	0.21	0.21	0.37	0.44	0.37	0.54	0.44
O2	0.16	0.27	0.18	0.22	0.29	0.15	0.39	0.19	0.43	0.35	0.38	0.23	0.21	0.41	0.27	0.11	0.25	0.14	0.29	0.49	0.31	0.46	0.35
O2'	0.32	0.28	0.40	0.46	0.41	0.32	0.50	0.37	0.50	0.53	0.38	0.14	0.29	0.57	0.43	0.23	0.47	0.29	0.52	0.56	0.53	0.70	0.57
O3'	0.17	0.41	0.19	0.25	0.33	0.26	0.40	0.28	0.47	0.29	0.48	0.42	0.33	0.37	0.26	0.25	0.37	0.17	0.19	0.52	0.27	0.24	0.19
O4'	0.17	0.37	0.21	0.21	0.32	0.16	0.37	0.16	0.42	0.31	0.42	0.37	0.31	0.36	0.27	0.15	0.24	0.13	0.20	0.45	0.21	0.29	0.21
O5'	0.19	0.19	0.24	0.29	0.20	0.31	0.22	0.33	0.23	0.22	0.21	0.20	0.18	0.23	0.20	0.23	0.34	0.24	0.27	0.25	0.31	0.22	0.26
OP1	1.00	0.64	1.03	1.12	0.82	1.19	0.80	1.23	0.71	0.94	0.63	0.54	0.74	0.88	0.93	1.04	1.15	1.11	1.16	0.68	1.14	1.01	1.13
OP2	0.55	0.51	0.60	0.62	0.56	0.62	0.61	0.65	0.61	0.62	0.56	0.46	0.51	0.64	0.57	0.56	0.64	0.57	0.62	0.63	0.70	0.66	0.64
P	0.27	0.13	0.32	0.38	0.20	0.43	0.23	0.47	0.20	0.29	0.15	0.12	0.15	0.28	0.25	0.29	0.43	0.35	0.41	0.21	0.46	0.32	0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.08	0.04	0.04
C2	0.04	0.00	0.13	0.14	0.01	0.05	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.18	0.03	0.09	0.01	0.11	0.13	0.11
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.07	0.02	0.05	0.01	0.08	0.04	0.11	0.16	0.12	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.07	0.11	0.08	0.05
C3'	0.02	0.14	0.00	0.00	0.10	0.00	0.09	0.01	0.11	0.09	0.13	0.16	0.13	0.08	0.06	0.02	0.00	0.01	0.09	0.11	0.13	0.10	0.09
C4	0.02	0.01	0.07	0.10	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.11	0.02	0.09	0.01	0.11	0.11	0.11
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.04	0.08	0.04	0.07	0.05	0.07	0.04	0.07	0.02	0.00	0.01	0.05	0.09	0.02	0.02
C5	0.01	0.01	0.05	0.09	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.12	0.03	0.14	0.01	0.15	0.17	0.16
C5'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.10	0.12	0.07	0.04	0.04	0.14	0.07	0.07	0.02	0.01	0.01	0.12	0.09	0.02	0.03
C6	0.02	0.01	0.08	0.11	0.01	0.04	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.09	0.15	0.03	0.15	0.00	0.17	0.20	0.18
C8	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.10	0.02	0.14	0.01	0.14	0.12	0.14
N1	0.03	0.00	0.11	0.13	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.13	0.18	0.03	0.12	0.01	0.14	0.17	0.15
N2	0.05	0.00	0.16	0.16	0.01	0.07	0.01	0.04	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.20	0.21	0.03	0.07	0.03	0.10	0.12	0.10
N3	0.04	0.00	0.12	0.13	0.00	0.05	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.15	0.03	0.07	0.01	0.10	0.09	0.09
N7	0.01	0.01	0.02	0.08	0.01	0.07	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.11	0.03	0.17	0.01	0.18	0.19	0.19
N9	0.01	0.01	0.01	0.06	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.08	0.01	0.10	0.08	0.09
O2'	0.01	0.16	0.00	0.02	0.08	0.07	0.06	0.07	0.09	0.03	0.13	0.20	0.14	0.03	0.02	0.00	0.03	0.06	0.07	0.09	0.15	0.06	0.07
O3'	0.01	0.18	0.01	0.00	0.11	0.02	0.12	0.02	0.15	0.10	0.18	0.21	0.15	0.11	0.07	0.03	0.00	0.01	0.12	0.16	0.19	0.15	0.13
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.06	0.01	0.00	0.08	0.03	0.10	0.09	0.08
O5'	0.03	0.09	0.05	0.09	0.09	0.01	0.14	0.01	0.15	0.14	0.12	0.07	0.07	0.17	0.08	0.07	0.12	0.08	0.00	0.17	0.04	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.07	0.11	0.01	0.05	0.01	0.12	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.09	0.16	0.03	0.17	0.00	0.20	0.24	0.22
OP1	0.08	0.11	0.11	0.13	0.11	0.09	0.15	0.09	0.17	0.14	0.14	0.10	0.10	0.18	0.10	0.15	0.19	0.10	0.04	0.20	0.00	0.01	0.00
OP2	0.04	0.13	0.08	0.10	0.11	0.02	0.17	0.02	0.20	0.12	0.17	0.12	0.09	0.19	0.08	0.06	0.15	0.09	0.01	0.24	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.11	0.05	0.09	0.11	0.02	0.16	0.03	0.18	0.14	0.15	0.10	0.09	0.19	0.09	0.07	0.13	0.08	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00