ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54265

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.022, 0.041, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.017, 0.043, 0.068, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C3' B 0, 0.266, 0.521, 0.776, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.521 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.376, 0.655, 0.934, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.655 std_dev=0.279
O4' A 0, 0.302, 0.606, 0.910, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.606 std_dev=0.304
C2' A 0, 0.301, 0.609, 0.916, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.609 std_dev=0.307
C4' B 0, 0.523, 0.901, 1.279, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.901 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.557, 0.949, 1.341, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.949 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.470, 0.888, 1.307, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.888 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.829, 1.350, 1.870, 1.686 max_d=1.686 avg_d=1.350 std_dev=0.521
C4' A 0, 0.572, 1.138, 1.703, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.138 std_dev=0.565
O5' A 0, 0.693, 1.277, 1.862, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.277 std_dev=0.585
P A 0, 0.775, 1.399, 2.023, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.399 std_dev=0.624
C5' A 0, 0.699, 1.335, 1.971, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.335 std_dev=0.636
C3' A 0, 0.650, 1.301, 1.952, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.301 std_dev=0.651
C1' B 0, 0.850, 1.504, 2.159, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.504 std_dev=0.655
OP2 A 0, 0.977, 1.667, 2.357, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.667 std_dev=0.690
O2' A 0, 0.602, 1.327, 2.051, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.327 std_dev=0.725
OP1 A 0, 1.097, 1.899, 2.702, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.899 std_dev=0.803
C8 B 0, 1.116, 2.007, 2.899, 3.494 max_d=3.494 avg_d=2.007 std_dev=0.892
N9 B 0, 1.360, 2.431, 3.501, 3.098 max_d=3.098 avg_d=2.431 std_dev=1.070
C5' B 0, 1.269, 2.343, 3.416, 3.127 max_d=3.127 avg_d=2.343 std_dev=1.074
N7 B 0, 1.813, 2.922, 4.031, 3.494 max_d=3.494 avg_d=2.922 std_dev=1.109
O3' A 0, 1.075, 2.215, 3.355, 2.954 max_d=2.954 avg_d=2.215 std_dev=1.140
O5' B 0, 2.379, 3.888, 5.396, 4.634 max_d=4.634 avg_d=3.888 std_dev=1.508
C4 B 0, 2.259, 4.335, 6.412, 5.604 max_d=5.604 avg_d=4.335 std_dev=2.077
C5 B 0, 2.276, 4.363, 6.449, 5.660 max_d=5.660 avg_d=4.363 std_dev=2.087
P B 0, 3.553, 5.958, 8.363, 7.241 max_d=7.241 avg_d=5.958 std_dev=2.405
OP1 B 0, 3.223, 5.677, 8.130, 7.068 max_d=7.068 avg_d=5.677 std_dev=2.454
N3 B 0, 3.532, 6.165, 8.798, 7.667 max_d=7.667 avg_d=6.165 std_dev=2.633
C6 B 0, 3.292, 6.226, 9.160, 8.006 max_d=8.006 avg_d=6.226 std_dev=2.934
OP2 B 0, 4.634, 7.577, 10.521, 9.097 max_d=9.097 avg_d=7.577 std_dev=2.944
O6 B 0, 3.429, 6.535, 9.641, 8.448 max_d=8.448 avg_d=6.535 std_dev=3.106
C2 B 0, 4.671, 8.038, 11.405, 9.923 max_d=9.923 avg_d=8.038 std_dev=3.367
N1 B 0, 4.537, 8.043, 11.548, 10.075 max_d=10.075 avg_d=8.043 std_dev=3.505
N2 B 0, 6.048, 10.113, 14.177, 12.263 max_d=12.263 avg_d=10.113 std_dev=4.064

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.24 0.00 0.11 0.09 0.23 0.06
C2 0.02 0.00 0.12 0.22 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 0.09 0.06 0.08 0.15 0.59 0.25
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.12 0.01 0.09 0.03 0.20 0.00 0.02 0.01 0.27 0.26 0.15 0.21
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.33 0.01 0.31 0.02 0.25 0.20 0.29 0.35 0.13 0.02 0.01 0.02 0.10 0.04 0.25 0.14
C4 0.02 0.01 0.02 0.33 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.12 0.03 0.21 0.38 0.81 0.42
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.17 0.09 0.10 0.17 0.05 0.26 0.02 0.00 0.02 0.10 0.17 0.07
C5 0.02 0.02 0.08 0.31 0.01 0.19 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.18 0.09 0.20 0.37 0.76 0.40
C5' 0.04 0.06 0.14 0.02 0.18 0.00 0.21 0.00 0.16 0.06 0.12 0.20 0.05 0.10 0.20 0.01 0.01 0.14 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.17 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.11 0.10 0.10 0.21 0.54 0.27
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.09 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.05 0.01 0.03 0.09 0.46 0.19
N3 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.03 0.04 0.17 0.29 0.74 0.35
N4 0.02 0.02 0.03 0.35 0.01 0.17 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.35 0.16 0.04 0.25 0.47 0.89 0.47
O2 0.04 0.00 0.20 0.13 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.11 0.24 0.13 0.04 0.07 0.51 0.18
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.32 0.26 0.32 0.10 0.27 0.18 0.26 0.35 0.11 0.00 0.02 0.18 0.17 0.15 0.21 0.16
O3' 0.24 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.20 0.11 0.05 0.03 0.16 0.24 0.02 0.00 0.15 0.33 0.28 0.41 0.33
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.04 0.04 0.13 0.18 0.15 0.00 0.06 0.09 0.25 0.09
O5' 0.11 0.08 0.27 0.10 0.21 0.02 0.20 0.01 0.10 0.03 0.17 0.25 0.04 0.17 0.33 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.15 0.26 0.04 0.38 0.10 0.37 0.14 0.21 0.09 0.29 0.47 0.07 0.15 0.28 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.59 0.15 0.25 0.81 0.17 0.76 0.04 0.54 0.46 0.74 0.89 0.51 0.21 0.41 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.25 0.21 0.14 0.42 0.07 0.40 0.01 0.27 0.19 0.35 0.47 0.18 0.16 0.33 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 0.80 0.12 0.10 0.60 0.21 0.55 0.59 0.64 0.33 0.75 0.89 0.74 0.40 0.45 0.16 0.09 0.26 0.52 0.62 0.68 0.53 0.66
C2 0.60 1.25 0.18 0.07 0.96 0.08 0.94 0.31 1.07 0.65 1.20 1.37 1.13 0.76 0.75 0.18 0.09 0.49 0.19 1.06 0.34 0.29 0.33
C2' 0.54 0.86 0.28 0.15 0.70 0.05 0.65 0.44 0.72 0.46 0.82 0.93 0.81 0.51 0.57 0.31 0.16 0.37 0.40 0.71 0.55 0.39 0.52
C3' 0.16 0.39 0.15 0.22 0.23 0.28 0.17 0.69 0.22 0.06 0.32 0.47 0.36 0.07 0.14 0.15 0.20 0.10 0.75 0.19 0.81 0.73 0.81
C4 0.67 1.36 0.20 0.09 1.09 0.09 1.09 0.11 1.21 0.81 1.32 1.43 1.25 0.93 0.87 0.19 0.13 0.56 0.23 1.21 0.23 0.44 0.28
C4' 0.17 0.39 0.16 0.23 0.24 0.29 0.17 0.75 0.22 0.10 0.33 0.47 0.37 0.10 0.15 0.19 0.19 0.12 0.82 0.19 0.92 0.84 0.91
C5 0.60 1.02 0.19 0.10 0.89 0.10 0.87 0.15 0.94 0.67 1.00 1.03 0.99 0.75 0.74 0.19 0.14 0.47 0.17 0.93 0.21 0.34 0.22
C5' 0.07 0.20 0.17 0.23 0.07 0.24 0.06 0.67 0.07 0.18 0.13 0.27 0.19 0.17 0.05 0.15 0.17 0.07 0.81 0.08 0.78 0.82 0.83
C6 0.51 0.84 0.16 0.10 0.72 0.13 0.68 0.32 0.74 0.50 0.81 0.86 0.81 0.57 0.59 0.18 0.13 0.38 0.17 0.73 0.23 0.19 0.25
N1 0.51 0.98 0.15 0.08 0.77 0.12 0.74 0.39 0.83 0.51 0.93 1.05 0.91 0.59 0.61 0.17 0.09 0.39 0.27 0.81 0.39 0.28 0.39
N3 0.66 1.42 0.19 0.07 1.10 0.07 1.09 0.18 1.24 0.78 1.38 1.56 1.28 0.91 0.86 0.19 0.10 0.56 0.17 1.24 0.21 0.34 0.25
N4 0.69 1.54 0.22 0.11 1.22 0.13 1.25 0.11 1.41 0.93 1.53 1.62 1.37 1.09 0.96 0.19 0.14 0.60 0.39 1.42 0.38 0.64 0.43
O2 0.59 1.29 0.17 0.06 0.97 0.08 0.94 0.36 1.09 0.63 1.24 1.44 1.15 0.75 0.74 0.18 0.07 0.49 0.26 1.09 0.45 0.35 0.42
O2' 0.47 0.99 0.26 0.06 0.73 0.23 0.69 0.73 0.81 0.41 0.95 1.12 0.90 0.50 0.54 0.37 0.08 0.21 0.66 0.79 0.93 0.63 0.82
O3' 0.15 0.51 0.23 0.34 0.26 0.35 0.17 0.84 0.25 0.14 0.41 0.66 0.46 0.12 0.13 0.18 0.30 0.11 0.95 0.21 1.13 1.00 1.06
O4' 0.27 0.58 0.15 0.21 0.41 0.30 0.36 0.71 0.42 0.18 0.53 0.66 0.54 0.22 0.29 0.24 0.18 0.19 0.68 0.40 0.82 0.71 0.81
O5' 0.21 0.20 0.03 0.04 0.13 0.06 0.07 0.36 0.07 0.08 0.14 0.25 0.22 0.07 0.12 0.08 0.01 0.16 0.46 0.05 0.32 0.41 0.42
OP1 0.12 0.54 0.26 0.09 0.41 0.15 0.48 0.11 0.54 0.42 0.56 0.61 0.45 0.49 0.32 0.17 0.01 0.03 0.29 0.57 0.24 0.37 0.14
OP2 0.06 0.40 0.08 0.10 0.21 0.08 0.19 0.10 0.27 0.10 0.36 0.52 0.33 0.12 0.09 0.07 0.01 0.07 0.13 0.26 0.57 0.32 0.29
P 0.06 0.27 0.12 0.02 0.15 0.06 0.18 0.10 0.22 0.15 0.26 0.34 0.21 0.18 0.09 0.07 0.01 0.08 0.20 0.24 0.20 0.15 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.05 0.01 0.06 0.10 0.06 0.02 0.01 0.03 0.16 0.01 0.24 0.04 0.23 0.16 0.14
C2 0.07 0.00 0.25 0.25 0.02 0.16 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.26 0.11 0.11 0.36 0.02 0.35 0.26 0.24
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.18 0.08 0.15 0.17 0.33 0.24 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.05 0.56 0.46 0.41
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.00 0.09 0.02 0.13 0.09 0.20 0.32 0.23 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.09 0.11 0.30 0.15 0.11
C4 0.04 0.02 0.10 0.13 0.00 0.06 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.05 0.39 0.02 0.32 0.31 0.28
C4' 0.03 0.16 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.10 0.11 0.22 0.15 0.08 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.05 0.13 0.10 0.05
C5 0.03 0.02 0.03 0.09 0.01 0.04 0.00 0.27 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.50 0.01 0.44 0.49 0.45
C5' 0.09 0.24 0.18 0.02 0.19 0.00 0.27 0.00 0.27 0.35 0.24 0.30 0.22 0.36 0.20 0.03 0.16 0.01 0.00 0.31 0.11 0.03 0.01
C6 0.05 0.01 0.08 0.13 0.02 0.05 0.01 0.27 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.04 0.50 0.00 0.43 0.49 0.44
C8 0.01 0.03 0.15 0.09 0.01 0.10 0.02 0.35 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.23 0.10 0.07 0.57 0.03 0.54 0.56 0.54
N1 0.06 0.01 0.17 0.20 0.02 0.11 0.02 0.24 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.09 0.08 0.43 0.01 0.38 0.38 0.33
N2 0.10 0.01 0.33 0.32 0.03 0.22 0.03 0.30 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.38 0.15 0.12 0.34 0.02 0.41 0.24 0.25
N3 0.06 0.01 0.24 0.23 0.01 0.15 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.26 0.11 0.10 0.32 0.02 0.30 0.21 0.19
N7 0.02 0.02 0.10 0.07 0.02 0.08 0.00 0.36 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.20 0.07 0.05 0.60 0.02 0.58 0.65 0.60
N9 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.20 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.40 0.02 0.34 0.32 0.30
O2' 0.03 0.26 0.00 0.01 0.08 0.18 0.09 0.03 0.08 0.23 0.15 0.38 0.26 0.20 0.07 0.00 0.03 0.09 0.28 0.10 0.51 0.51 0.36
O3' 0.16 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.16 0.05 0.10 0.09 0.15 0.11 0.07 0.09 0.03 0.00 0.14 0.17 0.04 0.09 0.12 0.10
O4' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.12 0.10 0.05 0.01 0.09 0.14 0.00 0.02 0.03 0.04 0.25 0.18
O5' 0.24 0.36 0.38 0.09 0.39 0.01 0.50 0.00 0.50 0.57 0.43 0.34 0.32 0.60 0.40 0.28 0.17 0.02 0.00 0.54 0.01 0.02 0.00
O6 0.04 0.02 0.05 0.11 0.02 0.05 0.01 0.31 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.04 0.03 0.54 0.00 0.49 0.59 0.52
OP1 0.23 0.35 0.56 0.30 0.32 0.13 0.44 0.11 0.43 0.54 0.38 0.41 0.30 0.58 0.34 0.51 0.09 0.04 0.01 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.26 0.46 0.15 0.31 0.10 0.49 0.03 0.49 0.56 0.38 0.24 0.21 0.65 0.32 0.51 0.12 0.25 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.41 0.11 0.28 0.05 0.45 0.01 0.44 0.54 0.33 0.25 0.19 0.60 0.30 0.36 0.10 0.18 0.00 0.52 0.01 0.01 0.00