ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54266

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.004, 0.013, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.013 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.021 std_dev=0.020
O2 A 0, -0.021, 0.037, 0.095, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.037 std_dev=0.058
O2' B 0, 0.288, 0.585, 0.882, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.585 std_dev=0.297
C2' A 0, -0.151, 0.287, 0.724, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.287 std_dev=0.437
O2' A 0, 0.013, 0.460, 0.907, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.460 std_dev=0.447
O4' A 0, -0.164, 0.298, 0.760, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.298 std_dev=0.462
C2' B 0, 0.606, 1.176, 1.746, 1.672 max_d=1.672 avg_d=1.176 std_dev=0.570
C4' A 0, -0.083, 0.566, 1.214, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.566 std_dev=0.649
C3' A 0, -0.111, 0.548, 1.206, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.548 std_dev=0.658
O3' A 0, -0.092, 0.774, 1.641, 2.933 max_d=2.933 avg_d=0.774 std_dev=0.866
C3' B 0, 0.406, 1.380, 2.354, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.380 std_dev=0.974
C5' A 0, -0.090, 0.965, 2.020, 3.508 max_d=3.508 avg_d=0.965 std_dev=1.055
C4' B 0, 1.354, 2.458, 3.562, 3.352 max_d=3.352 avg_d=2.458 std_dev=1.104
C1' B 0, 1.090, 2.237, 3.383, 3.603 max_d=3.603 avg_d=2.237 std_dev=1.146
O3' B 0, 0.596, 1.826, 3.057, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.826 std_dev=1.231
O4' B 0, 1.463, 2.837, 4.212, 4.144 max_d=4.144 avg_d=2.837 std_dev=1.374
C5' B 0, 1.983, 3.440, 4.898, 4.632 max_d=4.632 avg_d=3.440 std_dev=1.458
O5' A 0, -0.533, 1.094, 2.722, 5.349 max_d=5.349 avg_d=1.094 std_dev=1.628
N9 B 0, 1.418, 3.136, 4.853, 5.099 max_d=5.099 avg_d=3.136 std_dev=1.717
O5' B 0, 2.434, 4.417, 6.401, 6.387 max_d=6.387 avg_d=4.417 std_dev=1.984
OP2 A 0, -0.412, 1.709, 3.830, 7.168 max_d=7.168 avg_d=1.709 std_dev=2.121
P A 0, -0.797, 1.338, 3.473, 6.959 max_d=6.959 avg_d=1.338 std_dev=2.135
C8 B 0, 1.761, 4.016, 6.272, 6.446 max_d=6.446 avg_d=4.016 std_dev=2.255
C4 B 0, 1.652, 3.927, 6.201, 6.620 max_d=6.620 avg_d=3.927 std_dev=2.275
OP1 A 0, -0.555, 1.801, 4.157, 7.919 max_d=7.919 avg_d=1.801 std_dev=2.356
P B 0, 3.189, 5.643, 8.098, 7.958 max_d=7.958 avg_d=5.643 std_dev=2.454
N3 B 0, 2.136, 4.608, 7.079, 7.410 max_d=7.410 avg_d=4.608 std_dev=2.472
OP1 B 0, 3.712, 6.200, 8.688, 8.449 max_d=8.449 avg_d=6.200 std_dev=2.488
N7 B 0, 2.020, 4.816, 7.613, 8.326 max_d=8.326 avg_d=4.816 std_dev=2.796
C5 B 0, 1.894, 4.695, 7.496, 8.346 max_d=8.346 avg_d=4.695 std_dev=2.801
OP2 B 0, 3.796, 6.837, 9.877, 10.211 max_d=10.211 avg_d=6.837 std_dev=3.041
C2 B 0, 2.752, 5.898, 9.043, 9.580 max_d=9.580 avg_d=5.898 std_dev=3.145
C6 B 0, 2.260, 5.745, 9.229, 10.475 max_d=10.475 avg_d=5.745 std_dev=3.485
N1 B 0, 2.712, 6.271, 9.829, 10.872 max_d=10.872 avg_d=6.271 std_dev=3.559
N2 B 0, 3.502, 7.166, 10.830, 11.204 max_d=11.204 avg_d=7.166 std_dev=3.664
O6 B 0, 2.508, 6.553, 10.599, 12.296 max_d=12.296 avg_d=6.553 std_dev=4.046

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.01 0.03 0.01 0.32 0.24 0.17 0.17
C2 0.04 0.00 0.12 0.14 0.02 0.11 0.02 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.12 0.17 0.27 0.09 0.25 0.19
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.03 0.14 0.04 0.17 0.02 0.09 0.04 0.20 0.00 0.01 0.01 0.23 0.19 0.40 0.22
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.21 0.01 0.23 0.02 0.21 0.13 0.18 0.22 0.10 0.01 0.01 0.03 0.26 0.17 0.50 0.29
C4 0.04 0.02 0.03 0.21 0.00 0.20 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.05 0.34 0.50 0.51 0.53
C4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.24 0.13 0.14 0.22 0.16 0.11 0.02 0.00 0.02 0.23 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.14 0.23 0.01 0.26 0.00 0.52 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.25 0.08 0.50 0.66 0.63 0.71
C5' 0.09 0.31 0.04 0.02 0.47 0.01 0.52 0.00 0.46 0.29 0.39 0.51 0.29 0.08 0.11 0.02 0.01 0.28 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.21 0.01 0.24 0.01 0.46 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.22 0.13 0.51 0.51 0.52 0.60
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.13 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.11 0.03 0.33 0.22 0.30 0.30
N3 0.04 0.00 0.09 0.18 0.01 0.14 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.18 0.14 0.25 0.26 0.36 0.32
N4 0.04 0.02 0.04 0.22 0.01 0.22 0.02 0.51 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.23 0.06 0.33 0.62 0.56 0.60
O2 0.09 0.00 0.20 0.10 0.01 0.16 0.02 0.29 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.30 0.33 0.17 0.17 0.10
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.10 0.11 0.17 0.08 0.17 0.06 0.11 0.11 0.23 0.00 0.04 0.10 0.19 0.19 0.45 0.21
O3' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.21 0.02 0.25 0.11 0.22 0.11 0.18 0.23 0.12 0.04 0.00 0.03 0.35 0.13 0.73 0.38
O4' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.02 0.13 0.03 0.14 0.06 0.30 0.10 0.03 0.00 0.40 0.38 0.18 0.27
O5' 0.32 0.27 0.23 0.26 0.34 0.02 0.50 0.01 0.51 0.33 0.25 0.33 0.33 0.19 0.35 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.09 0.19 0.17 0.50 0.23 0.66 0.28 0.51 0.22 0.26 0.62 0.17 0.19 0.13 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.25 0.40 0.50 0.51 0.23 0.63 0.26 0.52 0.30 0.36 0.56 0.17 0.45 0.73 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.19 0.22 0.29 0.53 0.05 0.71 0.02 0.60 0.30 0.32 0.60 0.10 0.21 0.38 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.89 1.71 0.51 1.01 1.36 1.25 1.60 1.30 1.86 1.24 1.85 1.87 1.48 1.56 1.07 0.33 1.28 1.12 1.18 2.06 1.24 1.41 1.21
C2 0.96 2.07 0.50 0.79 1.54 0.96 1.60 0.97 1.88 1.15 2.07 2.33 1.83 1.40 1.16 0.29 0.94 1.05 0.93 1.96 0.89 1.17 0.94
C2' 0.96 1.94 0.71 1.13 1.62 1.19 1.97 1.26 2.24 1.59 2.16 2.07 1.68 1.98 1.30 0.57 1.46 1.05 1.28 2.49 1.38 1.69 1.37
C3' 0.87 1.57 0.67 1.32 1.24 1.38 1.55 1.43 1.78 1.31 1.70 1.82 1.36 1.66 1.00 0.44 1.77 1.10 1.38 2.05 1.53 1.74 1.45
C4 1.06 2.23 0.47 0.59 1.68 0.72 1.64 0.71 1.88 1.15 2.13 2.46 2.04 1.35 1.28 0.24 0.71 1.03 0.78 1.87 0.68 1.01 0.76
C4' 1.02 1.53 0.75 1.50 1.12 1.72 1.32 1.81 1.54 1.13 1.57 1.85 1.33 1.37 0.95 0.38 1.92 1.40 1.58 1.76 1.77 1.73 1.62
C5 1.05 1.68 0.50 0.71 1.40 0.92 1.39 0.89 1.53 1.09 1.64 1.78 1.60 1.24 1.16 0.27 0.74 1.12 0.92 1.54 0.82 1.14 0.91
C5' 1.28 1.64 1.01 1.82 1.14 2.08 1.17 2.16 1.34 1.13 1.52 2.06 1.46 1.21 1.06 0.59 2.27 1.71 1.89 1.46 2.08 1.95 1.90
C6 0.96 1.49 0.52 0.90 1.27 1.13 1.37 1.12 1.52 1.13 1.54 1.58 1.38 1.32 1.06 0.32 1.05 1.14 1.07 1.60 1.04 1.30 1.08
N1 0.94 1.73 0.51 0.90 1.38 1.12 1.51 1.13 1.73 1.17 1.80 1.89 1.55 1.42 1.09 0.32 1.09 1.11 1.06 1.85 1.05 1.29 1.08
N3 1.01 2.32 0.47 0.65 1.68 0.78 1.67 0.78 1.97 1.15 2.25 2.63 2.06 1.38 1.24 0.25 0.79 1.01 0.81 1.99 0.73 1.04 0.80
N4 1.10 2.68 0.43 0.46 1.96 0.46 1.90 0.49 2.20 1.26 2.54 2.97 2.43 1.51 1.44 0.22 0.77 0.96 0.63 2.16 0.59 0.90 0.61
O2 0.94 2.18 0.50 0.81 1.58 0.98 1.68 0.99 2.01 1.18 2.20 2.48 1.89 1.47 1.16 0.30 0.98 1.04 0.94 2.12 0.92 1.18 0.95
O2' 1.08 2.26 0.80 1.20 1.89 1.27 2.30 1.37 2.67 1.81 2.58 2.37 1.92 2.27 1.50 0.65 1.52 1.14 1.39 3.00 1.49 1.76 1.47
O3' 0.84 1.64 0.72 1.41 1.26 1.39 1.65 1.47 1.93 1.38 1.81 1.93 1.39 1.79 1.00 0.55 1.91 1.06 1.45 2.28 1.65 1.85 1.55
O4' 0.85 1.44 0.49 1.13 1.06 1.49 1.24 1.56 1.48 0.97 1.51 1.67 1.24 1.23 0.83 0.24 1.43 1.26 1.30 1.68 1.41 1.36 1.30
O5' 1.31 1.75 1.21 1.79 1.13 1.94 0.86 1.95 1.07 0.59 1.46 2.18 1.64 0.57 0.97 0.97 2.21 1.60 1.58 1.04 1.70 1.31 1.43
OP1 1.95 2.70 1.90 2.54 1.86 2.57 1.55 2.68 1.78 1.34 2.34 3.30 2.45 1.20 1.67 1.55 2.75 2.20 2.36 1.61 2.56 2.03 2.21
OP2 1.82 2.40 1.66 1.79 1.86 1.83 1.48 1.61 1.60 1.07 2.03 2.71 2.39 1.03 1.61 1.54 2.11 1.82 1.24 1.39 0.94 0.78 0.80
P 1.88 2.36 1.79 2.28 1.75 2.32 1.42 2.25 1.56 1.18 2.01 2.79 2.27 1.06 1.59 1.53 2.65 2.06 1.89 1.38 1.84 1.44 1.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.26 0.01 0.27 0.03 0.16 0.44 0.29
C2 0.06 0.00 0.37 0.88 0.01 0.79 0.01 1.41 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.64 0.36 0.87 0.03 1.75 0.72 1.05
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.15 0.15 0.25 0.27 0.47 0.37 0.18 0.07 0.01 0.06 0.03 0.51 0.13 0.46 0.86 0.57
C3' 0.03 0.88 0.01 0.00 0.47 0.00 0.39 0.02 0.49 0.47 0.70 1.09 0.83 0.42 0.23 0.02 0.01 0.02 0.30 0.47 0.27 0.56 0.30
C4 0.03 0.01 0.18 0.47 0.00 0.38 0.01 0.68 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.24 0.18 0.29 0.01 0.67 0.48 0.34
C4' 0.02 0.79 0.02 0.00 0.38 0.00 0.24 0.01 0.36 0.44 0.60 1.00 0.76 0.32 0.12 0.23 0.02 0.00 0.01 0.30 0.08 0.09 0.05
C5 0.03 0.01 0.11 0.39 0.01 0.24 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.23 0.07 0.46 0.01 0.58 0.97 0.62
C5' 0.04 1.41 0.15 0.02 0.68 0.01 0.47 0.00 0.71 0.60 1.13 1.75 1.27 0.46 0.18 0.08 0.14 0.01 0.01 0.62 0.06 0.04 0.03
C6 0.04 0.02 0.15 0.49 0.01 0.36 0.01 0.71 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.30 0.13 0.44 0.00 0.90 0.89 0.59
C8 0.02 0.01 0.25 0.47 0.01 0.44 0.01 0.60 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.45 0.26 1.12 0.02 0.97 1.55 1.30
N1 0.06 0.01 0.27 0.70 0.02 0.60 0.01 1.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.48 0.26 0.64 0.02 1.45 0.68 0.79
N2 0.06 0.00 0.47 1.09 0.01 1.00 0.01 1.75 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.89 0.45 1.22 0.04 2.34 1.10 1.54
N3 0.06 0.00 0.37 0.83 0.00 0.76 0.01 1.27 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.57 0.36 0.74 0.03 1.41 0.52 0.84
N7 0.02 0.01 0.18 0.42 0.01 0.32 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.39 0.17 0.99 0.02 0.88 1.64 1.25
N9 0.01 0.02 0.07 0.23 0.01 0.12 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.17 0.03 0.44 0.02 0.25 0.74 0.50
O2' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.25 0.23 0.36 0.08 0.36 0.41 0.31 0.31 0.25 0.44 0.22 0.00 0.08 0.18 0.32 0.40 0.39 0.81 0.45
O3' 0.26 0.64 0.06 0.01 0.24 0.02 0.23 0.14 0.30 0.45 0.48 0.89 0.57 0.39 0.17 0.08 0.00 0.13 0.17 0.31 0.28 0.41 0.22
O4' 0.01 0.36 0.03 0.02 0.18 0.00 0.07 0.01 0.13 0.26 0.26 0.45 0.36 0.17 0.03 0.18 0.13 0.00 0.10 0.09 0.11 0.15 0.13
O5' 0.27 0.87 0.51 0.30 0.29 0.01 0.46 0.01 0.44 1.12 0.64 1.22 0.74 0.99 0.44 0.32 0.17 0.10 0.00 0.53 0.02 0.03 0.00
O6 0.03 0.03 0.13 0.47 0.01 0.30 0.01 0.62 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.40 0.31 0.09 0.53 0.00 0.88 1.16 0.75
OP1 0.16 1.75 0.46 0.27 0.67 0.08 0.58 0.06 0.90 0.97 1.45 2.34 1.41 0.88 0.25 0.39 0.28 0.11 0.02 0.88 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.72 0.86 0.56 0.48 0.09 0.97 0.04 0.89 1.55 0.68 1.10 0.52 1.64 0.74 0.81 0.41 0.15 0.03 1.16 0.01 0.00 0.00
P 0.29 1.05 0.57 0.30 0.34 0.05 0.62 0.03 0.59 1.30 0.79 1.54 0.84 1.25 0.50 0.45 0.22 0.13 0.00 0.75 0.00 0.00 0.00