ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54267

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, -0.003, 0.028, 0.060, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.028 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.045, 0.106, 0.257, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.106 std_dev=0.151
C2' A 0, -0.047, 0.112, 0.271, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.112 std_dev=0.159
C4' A 0, -0.049, 0.168, 0.386, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.168 std_dev=0.218
O2' A 0, -0.070, 0.168, 0.406, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.168 std_dev=0.238
C3' A 0, -0.052, 0.193, 0.438, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.193 std_dev=0.245
O5' A 0, -0.006, 0.303, 0.611, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.303 std_dev=0.308
OP2 A 0, 0.114, 0.479, 0.844, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.479 std_dev=0.365
C5' A 0, -0.077, 0.289, 0.656, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.289 std_dev=0.367
O3' A 0, -0.039, 0.328, 0.695, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.328 std_dev=0.367
C2' B 0, 0.161, 0.529, 0.897, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.529 std_dev=0.368
N9 B 0, 0.173, 0.568, 0.963, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.568 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.143, 0.540, 0.937, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.540 std_dev=0.397
P A 0, -0.089, 0.358, 0.805, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.358 std_dev=0.447
C1' B 0, 0.129, 0.581, 1.033, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.581 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.072, 0.578, 1.083, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.578 std_dev=0.505
C4' B 0, 0.075, 0.628, 1.181, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.628 std_dev=0.553
C5 B 0, 0.147, 0.704, 1.262, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.704 std_dev=0.558
OP1 A 0, -0.119, 0.466, 1.051, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.466 std_dev=0.585
C3' B 0, 0.076, 0.661, 1.247, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.661 std_dev=0.586
O6 B 0, 0.220, 1.026, 1.832, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.026 std_dev=0.806
C5' B 0, 0.004, 0.874, 1.744, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.874 std_dev=0.870
C4 B 0, -0.076, 0.813, 1.702, 2.884 max_d=2.884 avg_d=0.813 std_dev=0.889
O3' B 0, -0.073, 0.839, 1.751, 2.839 max_d=2.839 avg_d=0.839 std_dev=0.912
O5' B 0, -0.011, 0.903, 1.817, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.903 std_dev=0.914
OP2 B 0, -0.042, 0.909, 1.860, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.909 std_dev=0.951
C6 B 0, -0.034, 0.937, 1.908, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.937 std_dev=0.971
C8 B 0, -0.028, 0.975, 1.977, 3.292 max_d=3.292 avg_d=0.975 std_dev=1.002
N7 B 0, -0.084, 0.964, 2.013, 3.557 max_d=3.557 avg_d=0.964 std_dev=1.049
P B 0, -0.212, 0.992, 2.196, 4.032 max_d=4.032 avg_d=0.992 std_dev=1.204
OP1 B 0, -0.537, 1.276, 3.089, 5.972 max_d=5.972 avg_d=1.276 std_dev=1.813
N1 B 0, -0.381, 1.517, 3.416, 5.983 max_d=5.983 avg_d=1.517 std_dev=1.898
N3 B 0, -0.473, 1.431, 3.335, 5.457 max_d=5.457 avg_d=1.431 std_dev=1.904
C2 B 0, -0.605, 1.788, 4.180, 6.955 max_d=6.955 avg_d=1.788 std_dev=2.393
N2 B 0, -0.960, 2.509, 5.979, 9.621 max_d=9.621 avg_d=2.509 std_dev=3.469

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.12 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.03 0.17 0.17 0.27 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.03 0.12 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.18 0.12
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.03 0.11 0.04 0.03 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.11 0.15 0.18 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.24 0.29 0.39 0.33
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.27 0.32 0.39 0.35
C5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.18 0.10 0.11 0.17 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.02 0.25 0.26 0.30 0.28
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.17 0.17 0.23 0.19
N3 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.20 0.22 0.34 0.27
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03 0.25 0.33 0.43 0.36
O2 0.03 0.00 0.12 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.15 0.04 0.13 0.12 0.23 0.16
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.11 0.08 0.17 0.00 0.04 0.05 0.09 0.10 0.15 0.10
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.12 0.03 0.13 0.04 0.05 0.06 0.15 0.04 0.00 0.01 0.13 0.19 0.21 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.05
O5' 0.09 0.17 0.10 0.11 0.24 0.02 0.27 0.01 0.25 0.17 0.20 0.25 0.13 0.09 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.17 0.13 0.15 0.29 0.08 0.32 0.07 0.26 0.17 0.22 0.33 0.12 0.10 0.19 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.27 0.18 0.18 0.39 0.04 0.39 0.02 0.30 0.23 0.34 0.43 0.23 0.15 0.21 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.21 0.12 0.12 0.33 0.02 0.35 0.01 0.28 0.19 0.27 0.36 0.16 0.10 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 1.30 0.11 0.28 0.39 0.26 0.43 0.39 0.54 0.96 0.97 1.89 1.04 0.93 0.29 0.34 0.64 0.15 0.26 0.61 0.45 0.47 0.28
C2 0.13 1.04 0.13 0.24 0.32 0.29 0.34 0.48 0.47 0.72 0.81 1.47 0.81 0.69 0.22 0.28 0.42 0.14 0.40 0.50 0.72 0.63 0.49
C2' 0.09 1.67 0.14 0.20 0.58 0.29 0.51 0.48 0.69 1.00 1.26 2.40 1.37 1.02 0.27 0.40 0.56 0.27 0.30 0.73 0.61 0.54 0.38
C3' 0.20 1.74 0.22 0.12 0.64 0.29 0.57 0.48 0.72 1.10 1.28 2.49 1.47 1.13 0.34 0.47 0.54 0.36 0.34 0.77 0.61 0.55 0.41
C4 0.18 0.53 0.15 0.25 0.17 0.30 0.23 0.51 0.28 0.48 0.43 0.73 0.41 0.43 0.21 0.24 0.29 0.16 0.48 0.31 0.78 0.63 0.55
C4' 0.11 1.45 0.13 0.18 0.49 0.21 0.50 0.35 0.58 1.09 1.04 2.13 1.22 1.08 0.34 0.44 0.67 0.26 0.23 0.67 0.39 0.45 0.25
C5 0.18 0.58 0.14 0.24 0.18 0.28 0.30 0.42 0.30 0.63 0.43 0.82 0.47 0.58 0.27 0.27 0.39 0.11 0.33 0.36 0.53 0.46 0.35
C5' 0.21 1.40 0.24 0.10 0.53 0.24 0.52 0.37 0.58 1.04 1.00 2.01 1.21 1.03 0.37 0.54 0.62 0.39 0.26 0.65 0.38 0.48 0.29
C6 0.14 0.89 0.11 0.26 0.27 0.26 0.37 0.38 0.40 0.83 0.64 1.28 0.74 0.78 0.30 0.31 0.55 0.11 0.25 0.47 0.43 0.42 0.27
N1 0.11 1.09 0.11 0.25 0.33 0.27 0.39 0.42 0.48 0.85 0.82 1.57 0.88 0.82 0.27 0.31 0.54 0.13 0.30 0.54 0.54 0.51 0.34
N3 0.16 0.77 0.15 0.25 0.24 0.30 0.26 0.52 0.37 0.54 0.63 1.07 0.59 0.51 0.19 0.25 0.32 0.16 0.49 0.39 0.84 0.70 0.60
N4 0.22 0.20 0.18 0.28 0.14 0.31 0.16 0.57 0.17 0.26 0.20 0.25 0.15 0.21 0.20 0.20 0.26 0.20 0.61 0.18 0.94 0.73 0.71
O2 0.12 1.17 0.12 0.24 0.36 0.29 0.35 0.49 0.53 0.74 0.94 1.67 0.91 0.72 0.21 0.28 0.43 0.15 0.42 0.56 0.77 0.68 0.52
O2' 0.08 1.74 0.13 0.21 0.59 0.28 0.50 0.46 0.72 1.00 1.33 2.52 1.40 1.02 0.26 0.40 0.60 0.24 0.27 0.75 0.57 0.50 0.34
O3' 0.32 1.97 0.33 0.13 0.79 0.32 0.69 0.51 0.87 1.16 1.48 2.83 1.66 1.23 0.43 0.54 0.51 0.44 0.39 0.91 0.69 0.58 0.47
O4' 0.15 1.15 0.12 0.33 0.31 0.23 0.43 0.30 0.46 1.03 0.82 1.73 0.93 0.99 0.35 0.34 0.76 0.11 0.22 0.57 0.29 0.38 0.17
O5' 0.25 1.32 0.26 0.11 0.55 0.29 0.51 0.42 0.57 1.00 0.94 1.86 1.18 0.97 0.38 0.53 0.62 0.45 0.30 0.62 0.43 0.48 0.33
OP1 0.49 1.30 0.52 0.23 0.65 0.42 0.57 0.48 0.62 0.91 0.95 1.78 1.19 0.90 0.49 0.76 0.54 0.64 0.36 0.64 0.42 0.54 0.38
OP2 0.48 1.06 0.46 0.19 0.61 0.47 0.50 0.53 0.55 0.72 0.80 1.38 1.02 0.67 0.46 0.67 0.54 0.70 0.39 0.52 0.45 0.54 0.42
P 0.40 1.18 0.41 0.13 0.59 0.38 0.52 0.46 0.57 0.84 0.87 1.60 1.09 0.81 0.43 0.69 0.54 0.61 0.33 0.58 0.40 0.53 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.01 0.00 0.03 0.34 0.01 0.06 0.02 0.23 0.25 0.03
C2 0.07 0.00 0.52 0.38 0.01 0.24 0.01 0.40 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.51 0.46 0.09 0.73 0.03 0.94 0.98 0.89
C2' 0.01 0.52 0.00 0.00 0.27 0.03 0.11 0.15 0.21 0.30 0.39 0.64 0.52 0.18 0.03 0.00 0.09 0.01 0.23 0.15 0.25 0.41 0.24
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.06 0.01 0.27 0.02 0.17 0.71 0.16 0.60 0.40 0.63 0.26 0.01 0.01 0.01 0.30 0.29 0.24 0.36 0.24
C4 0.03 0.01 0.27 0.06 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.24 0.05 0.15 0.01 0.35 0.33 0.11
C4' 0.01 0.24 0.03 0.01 0.05 0.00 0.26 0.00 0.18 0.56 0.06 0.41 0.26 0.52 0.23 0.17 0.02 0.00 0.01 0.27 0.16 0.22 0.02
C5 0.01 0.01 0.11 0.27 0.00 0.26 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.11 0.04 0.47 0.01 0.91 0.43 0.56
C5' 0.08 0.40 0.15 0.02 0.15 0.00 0.53 0.00 0.39 0.97 0.10 0.73 0.42 0.96 0.42 0.03 0.13 0.02 0.01 0.56 0.23 0.31 0.02
C6 0.03 0.02 0.21 0.17 0.01 0.18 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.46 0.13 0.06 0.32 0.01 0.73 0.34 0.38
C8 0.02 0.01 0.30 0.71 0.01 0.56 0.01 0.97 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.32 0.04 1.03 0.02 1.53 0.89 1.16
N1 0.05 0.01 0.39 0.16 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.52 0.29 0.08 0.34 0.02 0.47 0.57 0.39
N2 0.08 0.00 0.64 0.60 0.01 0.41 0.01 0.73 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.54 0.61 0.10 1.15 0.03 1.62 1.48 1.46
N3 0.07 0.01 0.52 0.40 0.00 0.26 0.01 0.42 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.45 0.49 0.09 0.70 0.03 0.83 0.88 0.81
N7 0.01 0.01 0.18 0.63 0.00 0.52 0.00 0.96 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.31 0.04 1.03 0.02 1.69 0.95 1.24
N9 0.00 0.02 0.03 0.26 0.01 0.23 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.12 0.02 0.34 0.01 0.63 0.33 0.37
O2' 0.03 0.51 0.00 0.01 0.38 0.17 0.38 0.03 0.46 0.13 0.52 0.54 0.45 0.25 0.20 0.00 0.11 0.25 0.24 0.46 0.32 0.41 0.25
O3' 0.34 0.46 0.09 0.01 0.24 0.02 0.11 0.13 0.13 0.32 0.29 0.61 0.49 0.31 0.12 0.11 0.00 0.20 0.48 0.14 0.47 0.52 0.49
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.10 0.09 0.04 0.02 0.25 0.20 0.00 0.22 0.06 0.28 0.22 0.18
O5' 0.06 0.73 0.23 0.30 0.15 0.01 0.47 0.01 0.32 1.03 0.34 1.15 0.70 1.03 0.34 0.24 0.48 0.22 0.00 0.53 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.15 0.29 0.01 0.27 0.01 0.56 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.46 0.14 0.06 0.53 0.00 1.09 0.52 0.68
OP1 0.23 0.94 0.25 0.24 0.35 0.16 0.91 0.23 0.73 1.53 0.47 1.62 0.83 1.69 0.63 0.32 0.47 0.28 0.01 1.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.98 0.41 0.36 0.33 0.22 0.43 0.31 0.34 0.89 0.57 1.48 0.88 0.95 0.33 0.41 0.52 0.22 0.02 0.52 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.89 0.24 0.24 0.11 0.02 0.56 0.02 0.38 1.16 0.39 1.46 0.81 1.24 0.37 0.25 0.49 0.18 0.01 0.68 0.01 0.00 0.00