ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54268

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.020, 0.043, 0.066, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.043 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.030, 0.068, 0.106, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.068 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.057, 0.185, 0.313, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.185 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.075, 0.212, 0.349, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.212 std_dev=0.137
C2' A 0, 0.062, 0.209, 0.355, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.209 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.083, 0.294, 0.505, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.294 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.089, 0.318, 0.547, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.318 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.128, 0.470, 0.811, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.470 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.147, 0.490, 0.832, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.490 std_dev=0.343
N3 B 0, 0.161, 0.511, 0.861, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.511 std_dev=0.350
C1' B 0, 0.170, 0.562, 0.954, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.562 std_dev=0.392
C4 B 0, 0.194, 0.588, 0.982, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.588 std_dev=0.394
O3' B 0, 0.156, 0.552, 0.949, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.552 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.199, 0.606, 1.014, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.606 std_dev=0.407
O2' B 0, 0.179, 0.588, 0.997, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.588 std_dev=0.409
O4' B 0, 0.196, 0.606, 1.017, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.606 std_dev=0.410
N9 B 0, 0.193, 0.613, 1.033, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.613 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.161, 0.589, 1.017, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.589 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.201, 0.635, 1.068, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.635 std_dev=0.434
P A 0, 0.097, 0.534, 0.971, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.534 std_dev=0.437
C3' B 0, 0.164, 0.602, 1.039, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.602 std_dev=0.437
N2 B 0, 0.230, 0.678, 1.125, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.678 std_dev=0.447
OP1 A 0, 0.199, 0.654, 1.110, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.654 std_dev=0.455
N1 B 0, 0.242, 0.716, 1.190, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.716 std_dev=0.474
C5 B 0, 0.248, 0.730, 1.212, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.730 std_dev=0.482
OP2 A 0, -0.010, 0.478, 0.967, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.478 std_dev=0.489
O5' B 0, 0.155, 0.648, 1.142, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.648 std_dev=0.493
O5' A 0, 0.272, 0.770, 1.268, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.770 std_dev=0.498
C5' B 0, 0.225, 0.725, 1.224, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.725 std_dev=0.500
C6 B 0, 0.269, 0.784, 1.298, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.784 std_dev=0.515
C8 B 0, 0.242, 0.778, 1.314, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.778 std_dev=0.536
N7 B 0, 0.277, 0.846, 1.415, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.846 std_dev=0.569
O6 B 0, 0.317, 0.910, 1.504, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.910 std_dev=0.593
P B 0, 0.211, 0.883, 1.555, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.883 std_dev=0.672
OP2 B 0, 0.262, 1.009, 1.756, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.009 std_dev=0.747
OP1 B 0, 0.233, 1.003, 1.773, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.003 std_dev=0.770

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.25 0.05 0.10
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.23 0.11 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.20 0.10 0.07
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.17 0.19 0.08 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.11 0.06
C5 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.19 0.22 0.09 0.10
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.16 0.24 0.08 0.11
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.23 0.05 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.20 0.10 0.12
N4 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.19 0.18 0.09 0.10
O2 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.03 0.06 0.12 0.26 0.18 0.20
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.22 0.11 0.08
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.21 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.23 0.04 0.11
O5' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.17 0.00 0.19 0.01 0.16 0.11 0.13 0.19 0.12 0.03 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.23 0.20 0.14 0.19 0.16 0.22 0.07 0.24 0.23 0.20 0.18 0.26 0.22 0.10 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.10 0.15 0.08 0.11 0.09 0.12 0.08 0.05 0.10 0.09 0.18 0.11 0.21 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.07 0.03 0.10 0.06 0.10 0.01 0.11 0.10 0.12 0.10 0.20 0.08 0.02 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.13 0.10 0.06 0.16 0.08 0.19 0.09 0.18 0.22 0.15 0.13 0.12 0.23 0.17 0.13 0.11 0.16 0.11 0.20 0.19 0.11 0.14
C2 0.10 0.14 0.07 0.06 0.14 0.07 0.18 0.10 0.18 0.18 0.17 0.15 0.12 0.19 0.14 0.12 0.10 0.10 0.08 0.20 0.11 0.10 0.08
C2' 0.14 0.12 0.09 0.05 0.15 0.08 0.19 0.10 0.18 0.23 0.14 0.13 0.11 0.24 0.17 0.12 0.10 0.16 0.14 0.21 0.21 0.13 0.16
C3' 0.11 0.13 0.08 0.05 0.13 0.06 0.16 0.08 0.16 0.18 0.14 0.16 0.11 0.19 0.14 0.14 0.11 0.13 0.09 0.18 0.18 0.09 0.12
C4 0.13 0.12 0.14 0.15 0.15 0.14 0.18 0.15 0.18 0.19 0.15 0.10 0.12 0.20 0.16 0.17 0.18 0.12 0.11 0.20 0.09 0.14 0.10
C4' 0.14 0.16 0.11 0.08 0.15 0.07 0.17 0.06 0.17 0.18 0.16 0.17 0.14 0.19 0.16 0.16 0.13 0.15 0.07 0.19 0.15 0.06 0.09
C5 0.17 0.10 0.15 0.15 0.17 0.13 0.20 0.13 0.19 0.23 0.14 0.07 0.11 0.24 0.19 0.19 0.20 0.15 0.12 0.21 0.11 0.12 0.10
C5' 0.13 0.18 0.13 0.09 0.16 0.06 0.16 0.05 0.18 0.15 0.19 0.21 0.17 0.16 0.14 0.19 0.14 0.13 0.05 0.18 0.11 0.06 0.05
C6 0.17 0.11 0.13 0.11 0.17 0.09 0.20 0.09 0.19 0.24 0.14 0.08 0.12 0.24 0.19 0.16 0.17 0.16 0.11 0.21 0.13 0.11 0.11
N1 0.13 0.12 0.09 0.06 0.15 0.06 0.19 0.09 0.18 0.21 0.15 0.12 0.12 0.21 0.16 0.13 0.11 0.14 0.09 0.20 0.13 0.09 0.10
N3 0.10 0.14 0.10 0.11 0.14 0.11 0.17 0.13 0.18 0.16 0.17 0.15 0.13 0.18 0.13 0.14 0.14 0.10 0.09 0.20 0.09 0.12 0.08
N4 0.17 0.12 0.19 0.20 0.16 0.20 0.18 0.19 0.18 0.18 0.15 0.09 0.13 0.20 0.16 0.22 0.22 0.15 0.13 0.20 0.10 0.18 0.12
O2 0.08 0.16 0.05 0.05 0.14 0.06 0.17 0.10 0.19 0.16 0.18 0.17 0.13 0.18 0.12 0.10 0.08 0.09 0.08 0.21 0.12 0.09 0.08
O2' 0.16 0.12 0.11 0.08 0.17 0.11 0.22 0.12 0.20 0.26 0.15 0.13 0.11 0.27 0.19 0.12 0.11 0.18 0.17 0.23 0.26 0.18 0.20
O3' 0.11 0.11 0.09 0.06 0.12 0.06 0.16 0.07 0.15 0.19 0.13 0.14 0.09 0.20 0.14 0.14 0.12 0.13 0.10 0.18 0.18 0.10 0.13
O4' 0.15 0.15 0.11 0.08 0.16 0.08 0.18 0.06 0.18 0.19 0.16 0.16 0.14 0.20 0.17 0.15 0.13 0.15 0.07 0.19 0.15 0.06 0.09
O5' 0.19 0.25 0.23 0.21 0.21 0.14 0.20 0.14 0.22 0.17 0.24 0.28 0.23 0.17 0.19 0.30 0.24 0.14 0.17 0.22 0.15 0.19 0.14
OP1 0.22 0.18 0.14 0.19 0.20 0.28 0.20 0.28 0.19 0.22 0.18 0.18 0.19 0.21 0.21 0.08 0.17 0.30 0.21 0.19 0.31 0.20 0.25
OP2 0.16 0.15 0.13 0.15 0.15 0.18 0.15 0.18 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.16 0.09 0.14 0.20 0.14 0.15 0.24 0.13 0.17
P 0.12 0.15 0.07 0.08 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.13 0.15 0.17 0.14 0.12 0.12 0.09 0.07 0.18 0.11 0.14 0.21 0.10 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.11 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.09 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.01 0.09 0.14 0.10
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.17 0.14
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.09 0.02 0.07 0.04 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.11 0.00 0.13 0.18 0.14
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.15 0.02 0.14 0.17 0.16
N1 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.06 0.09 0.01 0.10 0.16 0.11
N2 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.07 0.09 0.04 0.02 0.05 0.14 0.07
N3 0.03 0.00 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.07 0.05 0.01 0.06 0.13 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.15 0.02 0.16 0.19 0.18
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.09 0.14 0.10
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.09 0.15 0.12 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.09 0.06
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.10 0.06
O5' 0.04 0.06 0.03 0.07 0.08 0.01 0.12 0.00 0.11 0.15 0.09 0.04 0.05 0.15 0.09 0.03 0.06 0.05 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.13 0.00 0.16 0.20 0.16
OP1 0.04 0.07 0.03 0.05 0.09 0.04 0.13 0.06 0.13 0.14 0.10 0.05 0.06 0.16 0.09 0.04 0.06 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.09 0.09 0.14 0.06 0.17 0.02 0.18 0.17 0.16 0.14 0.13 0.19 0.14 0.08 0.09 0.10 0.02 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.04 0.06 0.10 0.02 0.14 0.01 0.14 0.16 0.11 0.07 0.07 0.18 0.10 0.04 0.06 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00