ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54269

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.029, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.001, 0.015, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.033, 0.076, 0.118, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.051, 0.095, 0.140, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.095 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.042, 0.283, 0.523, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.283 std_dev=0.241
C2' A 0, 0.049, 0.297, 0.546, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.297 std_dev=0.249
C2' B 0, 0.322, 0.629, 0.936, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.629 std_dev=0.307
C5' A 0, 0.262, 0.676, 1.091, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.676 std_dev=0.415
C4' A 0, 0.141, 0.558, 0.976, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.558 std_dev=0.418
O2' B 0, 0.617, 1.097, 1.576, 1.664 max_d=1.664 avg_d=1.097 std_dev=0.479
O2' A 0, 0.080, 0.575, 1.070, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.575 std_dev=0.495
C3' A 0, 0.133, 0.663, 1.193, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.663 std_dev=0.530
O4' B 0, 0.435, 1.007, 1.579, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.007 std_dev=0.572
C1' B 0, 0.680, 1.261, 1.841, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.261 std_dev=0.580
P A 0, 0.557, 1.338, 2.119, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.338 std_dev=0.781
O5' A 0, 0.383, 1.274, 2.166, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.274 std_dev=0.891
O3' A 0, 0.182, 1.101, 2.020, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.101 std_dev=0.919
C3' B 0, 1.122, 2.082, 3.042, 3.264 max_d=3.264 avg_d=2.082 std_dev=0.960
OP2 A 0, 1.109, 2.136, 3.164, 3.230 max_d=3.230 avg_d=2.136 std_dev=1.028
N9 B 0, 1.533, 2.705, 3.877, 3.757 max_d=3.757 avg_d=2.705 std_dev=1.172
O3' B 0, 1.587, 2.797, 4.007, 3.913 max_d=3.913 avg_d=2.797 std_dev=1.210
OP1 A 0, 1.029, 2.290, 3.550, 3.890 max_d=3.890 avg_d=2.290 std_dev=1.260
C4' B 0, 1.105, 2.378, 3.651, 4.138 max_d=4.138 avg_d=2.378 std_dev=1.273
C8 B 0, 1.410, 3.306, 5.201, 5.401 max_d=5.401 avg_d=3.306 std_dev=1.896
C4 B 0, 2.688, 4.617, 6.546, 6.084 max_d=6.084 avg_d=4.617 std_dev=1.929
C5' B 0, 1.913, 3.862, 5.811, 6.222 max_d=6.222 avg_d=3.862 std_dev=1.949
O5' B 0, 2.165, 4.214, 6.262, 6.409 max_d=6.409 avg_d=4.214 std_dev=2.049
N3 B 0, 3.308, 5.700, 8.093, 7.433 max_d=7.433 avg_d=5.700 std_dev=2.392
C5 B 0, 3.281, 5.756, 8.232, 7.830 max_d=7.830 avg_d=5.756 std_dev=2.476
N7 B 0, 2.436, 4.976, 7.517, 7.607 max_d=7.607 avg_d=4.976 std_dev=2.541
P B 0, 3.205, 6.065, 8.925, 9.365 max_d=9.365 avg_d=6.065 std_dev=2.860
OP2 B 0, 3.742, 6.980, 10.218, 10.331 max_d=10.331 avg_d=6.980 std_dev=3.238
C2 B 0, 4.498, 7.743, 10.988, 9.934 max_d=9.934 avg_d=7.743 std_dev=3.245
C6 B 0, 4.534, 7.851, 11.168, 10.361 max_d=10.361 avg_d=7.851 std_dev=3.317
OP1 B 0, 4.032, 7.535, 11.039, 11.254 max_d=11.254 avg_d=7.535 std_dev=3.504
N1 B 0, 5.033, 8.648, 12.262, 11.126 max_d=11.126 avg_d=8.648 std_dev=3.615
N2 B 0, 5.404, 9.313, 13.223, 11.886 max_d=11.886 avg_d=9.313 std_dev=3.909
O6 B 0, 5.220, 9.168, 13.116, 12.412 max_d=12.412 avg_d=9.168 std_dev=3.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04 0.03 0.05 0.05 0.08 0.02 0.22 0.01 0.13 0.15 0.37 0.14
C2 0.05 0.00 0.19 0.31 0.02 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.07 0.04 0.26 0.23 0.31 0.12
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07 0.17 0.07 0.07 0.17 0.12 0.27 0.01 0.01 0.01 0.22 0.31 0.50 0.23
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.44 0.01 0.42 0.02 0.35 0.27 0.39 0.48 0.23 0.02 0.02 0.03 0.31 0.32 0.23 0.18
C4 0.05 0.02 0.11 0.44 0.00 0.21 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.23 0.28 0.05 0.33 0.31 0.46 0.20
C4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.21 0.00 0.22 0.01 0.20 0.13 0.16 0.23 0.09 0.28 0.02 0.00 0.01 0.17 0.29 0.06
C5 0.04 0.01 0.07 0.42 0.01 0.22 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.31 0.09 0.34 0.27 0.47 0.19
C5' 0.08 0.11 0.17 0.02 0.22 0.01 0.24 0.00 0.21 0.12 0.16 0.25 0.08 0.12 0.22 0.02 0.01 0.24 0.32 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.35 0.01 0.20 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.23 0.10 0.30 0.19 0.40 0.11
N1 0.03 0.01 0.07 0.27 0.02 0.13 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.09 0.04 0.23 0.18 0.34 0.09
N3 0.05 0.01 0.17 0.39 0.01 0.16 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.22 0.17 0.03 0.31 0.28 0.38 0.16
N4 0.05 0.02 0.12 0.48 0.00 0.23 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.26 0.34 0.06 0.36 0.37 0.53 0.26
O2 0.08 0.01 0.27 0.23 0.03 0.09 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.17 0.10 0.09 0.25 0.24 0.28 0.12
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.23 0.28 0.20 0.12 0.15 0.13 0.22 0.26 0.17 0.00 0.04 0.20 0.09 0.17 0.49 0.08
O3' 0.22 0.07 0.01 0.02 0.28 0.02 0.31 0.22 0.23 0.09 0.17 0.34 0.10 0.04 0.00 0.14 0.39 0.55 0.41 0.39
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.09 0.02 0.10 0.04 0.03 0.06 0.09 0.20 0.14 0.00 0.19 0.16 0.36 0.19
O5' 0.13 0.26 0.22 0.31 0.33 0.01 0.34 0.01 0.30 0.23 0.31 0.36 0.25 0.09 0.39 0.19 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.15 0.23 0.31 0.32 0.31 0.17 0.27 0.24 0.19 0.18 0.28 0.37 0.24 0.17 0.55 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.37 0.31 0.50 0.23 0.46 0.29 0.47 0.32 0.40 0.34 0.38 0.53 0.28 0.49 0.41 0.36 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.14 0.12 0.23 0.18 0.20 0.06 0.19 0.02 0.11 0.09 0.16 0.26 0.12 0.08 0.39 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 1.25 0.25 0.61 0.81 1.14 1.05 1.89 1.22 1.11 1.27 1.54 1.00 1.23 0.67 0.34 0.64 0.63 1.81 1.37 2.68 1.87 2.11
C2 0.42 1.34 0.26 0.52 1.07 1.12 1.55 1.68 1.68 1.69 1.50 1.63 1.06 1.95 0.99 0.35 0.67 0.58 1.36 2.00 2.14 1.23 1.57
C2' 0.43 1.18 0.29 0.47 0.81 0.90 1.04 1.58 1.19 1.12 1.22 1.45 0.95 1.23 0.72 0.50 0.58 0.45 1.58 1.35 2.53 1.77 1.95
C3' 0.29 1.13 0.21 0.53 0.65 0.89 0.71 1.49 0.89 0.66 1.07 1.41 0.94 0.75 0.43 0.25 0.58 0.53 1.66 0.95 2.55 1.96 2.01
C4 0.42 1.24 0.25 0.39 1.17 0.99 1.78 1.28 1.85 1.99 1.51 1.42 0.98 2.30 1.15 0.28 0.62 0.51 0.85 2.21 1.39 0.73 0.96
C4' 0.32 1.11 0.17 0.54 0.65 0.83 0.70 1.53 0.88 0.66 1.05 1.37 0.91 0.73 0.45 0.22 0.51 0.47 1.79 0.91 2.68 2.12 2.15
C5 0.40 1.02 0.24 0.41 0.98 0.97 1.44 1.23 1.46 1.69 1.20 1.18 0.84 1.86 1.00 0.33 0.62 0.49 0.86 1.70 1.32 0.70 0.94
C5' 0.38 0.97 0.19 0.44 0.58 0.59 0.58 1.11 0.73 0.46 0.90 1.17 0.83 0.53 0.37 0.31 0.44 0.40 1.49 0.75 2.27 1.94 1.84
C6 0.38 1.03 0.25 0.52 0.85 1.06 1.18 1.49 1.24 1.36 1.11 1.23 0.87 1.48 0.82 0.37 0.67 0.53 1.22 1.41 1.77 1.08 1.35
N1 0.40 1.21 0.26 0.55 0.92 1.12 1.27 1.70 1.39 1.41 1.30 1.48 0.99 1.57 0.84 0.37 0.67 0.58 1.47 1.60 2.20 1.38 1.67
N3 0.44 1.36 0.26 0.45 1.18 1.06 1.78 1.49 1.90 1.95 1.60 1.61 1.06 2.27 1.13 0.32 0.65 0.55 1.08 2.28 1.76 0.92 1.24
N4 0.42 1.28 0.22 0.32 1.30 0.90 2.04 1.09 2.13 2.20 1.68 1.40 0.98 2.63 1.26 0.20 0.57 0.50 0.62 2.57 1.08 0.76 0.74
O2 0.43 1.42 0.27 0.54 1.08 1.14 1.56 1.79 1.73 1.67 1.58 1.75 1.12 1.94 0.98 0.36 0.66 0.60 1.51 2.06 2.41 1.44 1.78
O2' 0.36 1.24 0.26 0.54 0.80 1.07 1.06 1.88 1.24 1.12 1.29 1.55 0.97 1.26 0.67 0.52 0.57 0.61 1.92 1.43 3.01 2.18 2.37
O3' 0.29 1.11 0.28 0.59 0.61 0.87 0.67 1.50 0.85 0.65 1.04 1.41 0.91 0.74 0.41 0.30 0.58 0.51 1.76 0.92 2.74 2.18 2.17
O4' 0.34 1.18 0.27 0.66 0.73 1.07 0.85 1.86 1.02 0.89 1.15 1.44 0.96 0.95 0.56 0.25 0.60 0.59 1.92 1.08 2.73 2.05 2.21
O5' 0.38 0.72 0.14 0.35 0.44 0.50 0.47 0.95 0.57 0.46 0.67 0.87 0.62 0.48 0.33 0.41 0.40 0.22 1.27 0.60 1.67 1.48 1.40
OP1 0.33 0.92 0.35 0.35 0.83 0.29 1.04 0.42 1.16 0.85 1.09 0.86 0.76 1.05 0.67 0.29 0.20 0.31 0.76 1.27 1.08 1.27 0.97
OP2 0.53 0.57 0.43 0.32 0.41 0.47 0.36 0.40 0.38 0.46 0.49 0.67 0.53 0.38 0.43 0.68 0.17 0.48 0.43 0.35 0.77 0.56 0.52
P 0.21 0.50 0.15 0.33 0.30 0.34 0.37 0.47 0.48 0.25 0.53 0.57 0.39 0.34 0.14 0.27 0.37 0.15 0.72 0.53 1.02 0.95 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.27 0.03 0.22 0.28 0.21
C2 0.05 0.00 0.28 0.29 0.01 0.48 0.02 0.90 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.22 0.56 1.31 0.02 1.65 2.08 1.72
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.16 0.02 0.10 0.18 0.15 0.11 0.23 0.31 0.27 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.34 0.13 0.44 0.38 0.30
C3' 0.04 0.29 0.00 0.00 0.29 0.01 0.40 0.04 0.40 0.48 0.34 0.31 0.26 0.50 0.28 0.03 0.02 0.04 0.21 0.45 0.39 0.33 0.25
C4 0.03 0.01 0.16 0.29 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.27 0.45 0.01 0.48 0.69 0.56
C4' 0.03 0.48 0.02 0.01 0.16 0.00 0.10 0.01 0.10 0.46 0.30 0.66 0.48 0.37 0.12 0.36 0.06 0.01 0.03 0.10 0.13 0.06 0.07
C5 0.02 0.02 0.10 0.40 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.32 0.08 0.24 0.01 0.17 0.25 0.18
C5' 0.07 0.90 0.18 0.04 0.25 0.01 0.16 0.00 0.15 0.81 0.56 1.28 0.84 0.68 0.21 0.19 0.19 0.03 0.01 0.14 0.12 0.04 0.03
C6 0.03 0.01 0.15 0.40 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.36 0.19 0.30 0.00 0.35 0.53 0.39
C8 0.02 0.02 0.11 0.48 0.01 0.46 0.00 0.81 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.62 0.32 0.36 1.04 0.01 1.13 1.19 1.12
N1 0.04 0.01 0.23 0.34 0.01 0.30 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.30 0.40 0.85 0.02 1.12 1.45 1.16
N2 0.05 0.01 0.31 0.31 0.02 0.66 0.02 1.28 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.43 0.23 0.70 1.81 0.04 2.40 2.95 2.43
N3 0.05 0.01 0.27 0.26 0.01 0.48 0.01 0.84 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.18 0.57 1.23 0.01 1.42 1.78 1.53
N7 0.02 0.02 0.06 0.50 0.01 0.37 0.00 0.68 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.60 0.39 0.23 0.86 0.01 0.98 1.07 0.98
N9 0.01 0.02 0.03 0.28 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.30 0.18 0.04 0.32 0.02 0.27 0.27 0.23
O2' 0.03 0.27 0.01 0.03 0.17 0.36 0.37 0.19 0.30 0.62 0.17 0.43 0.28 0.60 0.30 0.00 0.14 0.24 0.18 0.40 0.35 0.38 0.19
O3' 0.33 0.22 0.04 0.02 0.19 0.06 0.32 0.19 0.36 0.32 0.30 0.23 0.18 0.39 0.18 0.14 0.00 0.19 0.52 0.43 0.66 0.70 0.55
O4' 0.01 0.56 0.04 0.04 0.27 0.01 0.08 0.03 0.19 0.36 0.40 0.70 0.57 0.23 0.04 0.24 0.19 0.00 0.24 0.12 0.22 0.37 0.32
O5' 0.27 1.31 0.34 0.21 0.45 0.03 0.24 0.01 0.30 1.04 0.85 1.81 1.23 0.86 0.32 0.18 0.52 0.24 0.00 0.21 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.45 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.40 0.43 0.12 0.21 0.00 0.17 0.27 0.20
OP1 0.22 1.65 0.44 0.39 0.48 0.13 0.17 0.12 0.35 1.13 1.12 2.40 1.42 0.98 0.27 0.35 0.66 0.22 0.03 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 2.08 0.38 0.33 0.69 0.06 0.25 0.04 0.53 1.19 1.45 2.95 1.78 1.07 0.27 0.38 0.70 0.37 0.03 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.72 0.30 0.25 0.56 0.07 0.18 0.03 0.39 1.12 1.16 2.43 1.53 0.98 0.23 0.19 0.55 0.32 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00