ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54271

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.008, 0.035, 0.063, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C5' B 0, 0.080, 0.175, 0.269, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.175 std_dev=0.094
P B 0, 0.060, 0.163, 0.266, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.163 std_dev=0.103
O5' B 0, 0.078, 0.183, 0.289, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.183 std_dev=0.105
OP1 B 0, 0.059, 0.170, 0.281, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.170 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.015, 0.134, 0.252, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.134 std_dev=0.119
OP2 B 0, 0.064, 0.199, 0.333, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.199 std_dev=0.135
C2' A 0, -0.010, 0.131, 0.273, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.131 std_dev=0.141
O2' A 0, -0.016, 0.133, 0.282, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.133 std_dev=0.149
C4' B 0, 0.078, 0.236, 0.393, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.236 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.021, 0.210, 0.399, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.210 std_dev=0.189
O4' B 0, 0.081, 0.279, 0.477, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.279 std_dev=0.198
C3' B 0, 0.108, 0.317, 0.526, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.317 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.005, 0.217, 0.430, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.217 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.134, 0.396, 0.657, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.396 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.149, 0.419, 0.689, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.419 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.158, 0.439, 0.719, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.439 std_dev=0.281
C8 B 0, 0.165, 0.459, 0.754, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.459 std_dev=0.294
O5' A 0, 0.086, 0.388, 0.690, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.388 std_dev=0.302
O3' B 0, 0.055, 0.362, 0.669, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.362 std_dev=0.307
C4 B 0, 0.158, 0.467, 0.775, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.467 std_dev=0.309
C5' A 0, 0.035, 0.349, 0.663, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.349 std_dev=0.314
OP2 A 0, 0.082, 0.398, 0.714, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.398 std_dev=0.316
O3' A 0, 0.003, 0.320, 0.637, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.320 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.159, 0.479, 0.799, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.479 std_dev=0.320
N7 B 0, 0.179, 0.514, 0.848, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.514 std_dev=0.334
P A 0, 0.091, 0.447, 0.803, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.447 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.181, 0.538, 0.895, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.538 std_dev=0.357
O2' B 0, 0.187, 0.568, 0.949, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.568 std_dev=0.381
C2 B 0, 0.188, 0.593, 0.998, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.593 std_dev=0.405
OP1 A 0, 0.128, 0.561, 0.995, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.561 std_dev=0.433
C6 B 0, 0.213, 0.652, 1.090, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.652 std_dev=0.439
N2 B 0, 0.206, 0.656, 1.106, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.656 std_dev=0.450
N1 B 0, 0.215, 0.680, 1.146, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.680 std_dev=0.466
O6 B 0, 0.248, 0.747, 1.245, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.747 std_dev=0.498

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03 0.12 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06
O2 0.04 0.00 0.13 0.12 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.08 0.05 0.14 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.16 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.11 0.04 0.16 0.22 0.10 0.03 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.12 0.05 0.09 0.05
C2 0.05 0.24 0.05 0.05 0.13 0.05 0.13 0.07 0.19 0.05 0.24 0.29 0.18 0.08 0.07 0.03 0.03 0.05 0.06 0.19 0.05 0.05 0.04
C2' 0.05 0.14 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.11 0.04 0.15 0.20 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.03 0.12 0.05 0.09 0.04
C3' 0.06 0.14 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.11 0.05 0.15 0.21 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.04 0.02 0.12 0.05 0.08 0.04
C4 0.06 0.21 0.06 0.06 0.13 0.06 0.12 0.07 0.16 0.04 0.20 0.24 0.17 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.15 0.05 0.07 0.04
C4' 0.06 0.15 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.10 0.05 0.15 0.21 0.09 0.03 0.05 0.08 0.02 0.04 0.02 0.11 0.03 0.06 0.02
C5 0.03 0.15 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.02 0.13 0.19 0.12 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07
C5' 0.05 0.14 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.10 0.05 0.14 0.21 0.09 0.03 0.04 0.08 0.01 0.03 0.03 0.10 0.02 0.04 0.01
C6 0.05 0.14 0.06 0.08 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.04 0.13 0.19 0.09 0.01 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07
N1 0.05 0.17 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.12 0.04 0.17 0.23 0.12 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.13 0.06 0.09 0.05
N3 0.06 0.25 0.06 0.06 0.15 0.05 0.15 0.07 0.21 0.06 0.25 0.29 0.20 0.10 0.09 0.04 0.04 0.05 0.08 0.20 0.06 0.04 0.04
N4 0.08 0.21 0.09 0.08 0.15 0.07 0.14 0.08 0.17 0.07 0.20 0.22 0.18 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.08 0.15 0.05 0.06 0.03
O2 0.06 0.27 0.05 0.04 0.15 0.04 0.16 0.07 0.22 0.07 0.27 0.32 0.20 0.10 0.08 0.03 0.03 0.05 0.08 0.23 0.06 0.04 0.05
O2' 0.06 0.13 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.10 0.04 0.14 0.18 0.06 0.02 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.12 0.05 0.10 0.05
O3' 0.06 0.14 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.12 0.05 0.15 0.20 0.08 0.05 0.06 0.09 0.02 0.04 0.02 0.14 0.05 0.09 0.04
O4' 0.07 0.15 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.05 0.15 0.22 0.10 0.04 0.06 0.07 0.04 0.06 0.02 0.11 0.04 0.07 0.03
O5' 0.04 0.15 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.10 0.03 0.14 0.22 0.10 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.05 0.01
OP1 0.05 0.11 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.10 0.17 0.07 0.02 0.03 0.11 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02
OP2 0.05 0.10 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.15 0.07 0.03 0.04 0.09 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02
P 0.05 0.12 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.11 0.18 0.08 0.02 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.09 0.01 0.05 0.09 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.11 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01
C8 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.01 0.02 0.07 0.04
N2 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.10 0.12 0.01 0.06 0.11 0.09
N3 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.09 0.01 0.06 0.09 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.05 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.09 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01
O5' 0.01 0.09 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.12 0.09 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02
OP1 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.08 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.07 0.11 0.09 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00