ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.019
C6 A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.026
C1' A 0, -0.001, 0.025, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C4 A 0, -0.003, 0.024, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.003, 0.024, 0.052, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.028
O2 A 0, -0.010, 0.057, 0.125, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.057 std_dev=0.068
N4 A 0, -0.014, 0.080, 0.174, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.080 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.017, 0.146, 0.274, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.146 std_dev=0.129
O4' A 0, -0.017, 0.138, 0.292, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.138 std_dev=0.154
O2' A 0, -0.012, 0.208, 0.427, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.208 std_dev=0.219
C3' A 0, -0.004, 0.221, 0.445, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.221 std_dev=0.224
C4' A 0, -0.005, 0.238, 0.480, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.238 std_dev=0.242
O3' A 0, -0.029, 0.255, 0.539, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.255 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.021, 0.315, 0.609, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.315 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.116, 0.438, 0.761, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.438 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.125, 0.450, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.450 std_dev=0.325
C5' A 0, 0.007, 0.435, 0.864, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.435 std_dev=0.429
N9 B 0, 0.187, 0.713, 1.238, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.713 std_dev=0.526
N3 B 0, 0.186, 0.742, 1.299, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.742 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.151, 0.721, 1.291, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.721 std_dev=0.570
C5' B 0, 0.162, 0.759, 1.356, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.759 std_dev=0.597
C4' B 0, 0.083, 0.717, 1.351, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.717 std_dev=0.634
C3' B 0, -0.050, 0.594, 1.238, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.594 std_dev=0.644
C4 B 0, 0.220, 0.864, 1.508, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.864 std_dev=0.644
N2 B 0, 0.232, 0.899, 1.566, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.899 std_dev=0.667
O5' A 0, -0.119, 0.578, 1.275, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.578 std_dev=0.697
C2 B 0, 0.243, 0.951, 1.659, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.951 std_dev=0.708
C8 B 0, 0.250, 0.984, 1.718, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.984 std_dev=0.734
C5 B 0, 0.299, 1.219, 2.140, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.219 std_dev=0.920
N1 B 0, 0.324, 1.288, 2.252, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.288 std_dev=0.964
N7 B 0, 0.310, 1.299, 2.289, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.299 std_dev=0.989
C6 B 0, 0.350, 1.463, 2.575, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.463 std_dev=1.112
O5' B 0, 0.204, 1.339, 2.474, 3.274 max_d=3.274 avg_d=1.339 std_dev=1.135
OP2 A 0, 0.078, 1.254, 2.430, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.254 std_dev=1.176
O3' B 0, -0.247, 1.011, 2.270, 3.597 max_d=3.597 avg_d=1.011 std_dev=1.259
O6 B 0, 0.412, 1.808, 3.203, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.808 std_dev=1.395
P A 0, -0.095, 1.343, 2.780, 3.543 max_d=3.543 avg_d=1.343 std_dev=1.438
OP1 B 0, 0.559, 2.082, 3.605, 3.673 max_d=3.673 avg_d=2.082 std_dev=1.523
P B 0, 0.459, 2.107, 3.755, 4.440 max_d=4.440 avg_d=2.107 std_dev=1.648
OP1 A 0, -0.102, 2.052, 4.207, 5.038 max_d=5.038 avg_d=2.052 std_dev=2.154
OP2 B 0, 0.410, 2.818, 5.227, 6.848 max_d=6.848 avg_d=2.818 std_dev=2.409

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.20 0.47 0.16 0.20
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.37 0.77 0.23 0.54
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.02 0.08 0.09 0.10 0.00 0.00 0.01 0.31 0.48 0.27 0.15
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.09 0.10 0.10 0.02 0.00 0.02 0.38 0.35 0.33 0.13
C4 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.53 1.30 0.59 0.97
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.03 0.12 0.03 0.00 0.02 0.48 0.41 0.29
C5 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.56 1.40 0.67 1.05
C5' 0.06 0.15 0.05 0.03 0.22 0.01 0.24 0.00 0.21 0.15 0.19 0.24 0.11 0.09 0.02 0.02 0.01 0.13 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.50 1.09 0.47 0.82
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.37 0.73 0.21 0.52
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.01 0.46 1.03 0.40 0.76
N4 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.02 0.56 1.47 0.71 1.10
O2 0.03 0.01 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.06 0.28 0.61 0.12 0.36
O2' 0.03 0.07 0.00 0.02 0.10 0.12 0.06 0.09 0.04 0.03 0.10 0.12 0.08 0.00 0.03 0.09 0.21 0.84 0.54 0.37
O3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.10 0.11 0.03 0.00 0.04 0.26 0.72 0.60 0.31
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.04 0.00 0.10 0.39 0.21 0.17
O5' 0.20 0.37 0.31 0.38 0.53 0.02 0.56 0.01 0.50 0.37 0.46 0.56 0.28 0.21 0.26 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.47 0.77 0.48 0.35 1.30 0.48 1.40 0.13 1.09 0.73 1.03 1.47 0.61 0.84 0.72 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.23 0.27 0.33 0.59 0.41 0.67 0.13 0.47 0.21 0.40 0.71 0.12 0.54 0.60 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.54 0.15 0.13 0.97 0.29 1.05 0.02 0.82 0.52 0.76 1.10 0.36 0.37 0.31 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.92 0.23 0.66 0.82 0.45 1.02 0.34 1.17 0.78 1.11 0.85 0.75 0.99 0.64 0.22 1.32 0.43 0.73 1.30 0.49 1.26 0.94
C2 0.28 0.93 0.26 0.63 0.84 0.55 1.15 0.37 1.35 0.85 1.23 0.81 0.71 1.14 0.63 0.24 1.27 0.34 0.75 1.54 0.59 1.40 0.95
C2' 0.19 0.90 0.19 0.66 0.73 0.37 0.92 0.25 1.10 0.65 1.08 0.88 0.70 0.87 0.53 0.31 1.36 0.30 0.56 1.21 0.30 0.97 0.73
C3' 0.28 0.95 0.16 0.64 0.76 0.30 0.88 0.23 1.02 0.61 1.05 0.98 0.79 0.79 0.56 0.26 1.33 0.39 0.46 1.09 0.16 0.73 0.59
C4 0.27 0.91 0.26 0.56 0.88 0.63 1.24 0.46 1.42 0.90 1.25 0.75 0.70 1.23 0.65 0.25 1.10 0.37 0.68 1.61 0.57 1.26 0.81
C4' 0.47 1.00 0.12 0.54 0.87 0.31 0.98 0.30 1.09 0.76 1.09 1.00 0.88 0.91 0.71 0.11 1.18 0.60 0.59 1.16 0.28 0.92 0.75
C5 0.31 0.86 0.27 0.59 0.88 0.60 1.14 0.40 1.25 0.89 1.11 0.71 0.71 1.14 0.69 0.24 1.14 0.37 0.65 1.37 0.45 1.08 0.72
C5' 0.63 1.08 0.14 0.39 0.97 0.31 1.03 0.33 1.12 0.84 1.14 1.09 1.00 0.96 0.83 0.15 0.99 0.77 0.52 1.16 0.23 0.72 0.61
C6 0.33 0.86 0.27 0.64 0.83 0.52 1.05 0.34 1.16 0.82 1.06 0.74 0.72 1.03 0.67 0.23 1.26 0.40 0.67 1.27 0.41 1.09 0.78
N1 0.31 0.91 0.26 0.65 0.84 0.51 1.08 0.34 1.23 0.82 1.14 0.80 0.73 1.06 0.65 0.23 1.30 0.38 0.72 1.37 0.50 1.26 0.90
N3 0.26 0.93 0.26 0.59 0.85 0.61 1.21 0.43 1.43 0.87 1.28 0.78 0.69 1.20 0.62 0.25 1.18 0.35 0.72 1.65 0.62 1.39 0.91
N4 0.25 0.90 0.25 0.49 0.86 0.68 1.30 0.54 1.53 0.91 1.29 0.73 0.66 1.31 0.61 0.27 0.96 0.44 0.63 1.77 0.63 1.25 0.76
O2 0.27 0.92 0.25 0.63 0.82 0.53 1.13 0.35 1.35 0.83 1.23 0.81 0.69 1.13 0.61 0.24 1.29 0.33 0.77 1.56 0.62 1.48 1.01
O2' 0.21 0.90 0.18 0.65 0.72 0.37 0.93 0.28 1.11 0.66 1.09 0.88 0.68 0.87 0.53 0.31 1.35 0.33 0.60 1.25 0.36 1.07 0.81
O3' 0.24 0.88 0.20 0.65 0.65 0.27 0.75 0.22 0.90 0.50 0.95 0.95 0.71 0.66 0.46 0.31 1.31 0.37 0.39 0.96 0.10 0.60 0.51
O4' 0.48 0.97 0.28 0.64 0.88 0.46 1.03 0.40 1.15 0.83 1.11 0.92 0.84 1.00 0.74 0.16 1.25 0.60 0.77 1.25 0.51 1.25 0.99
O5' 0.40 0.21 0.75 1.05 0.25 0.57 0.25 0.44 0.24 0.29 0.22 0.21 0.24 0.27 0.30 0.79 1.55 0.38 0.62 0.26 0.39 0.79 0.73
OP1 1.43 0.60 1.96 2.41 1.02 1.90 1.06 1.97 0.87 1.42 0.67 0.36 0.77 1.28 1.29 1.77 2.47 1.34 1.98 0.88 2.14 2.13 2.21
OP2 0.74 0.31 1.27 1.57 0.51 0.93 0.57 1.04 0.47 0.82 0.35 0.34 0.35 0.74 0.69 1.28 1.77 0.59 1.14 0.50 1.25 1.31 1.25
P 1.12 0.57 1.61 1.95 0.84 1.30 0.86 1.23 0.74 1.07 0.62 0.41 0.68 0.98 1.01 1.55 2.25 0.91 1.30 0.75 1.27 1.41 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.23 0.00 0.26 0.02 0.63 0.59 0.44
C2 0.04 0.00 0.12 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.34 0.10 0.21 0.01 0.71 0.70 0.48
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.13 0.07 0.09 0.10 0.14 0.11 0.07 0.03 0.00 0.05 0.02 0.48 0.07 0.90 0.94 0.69
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.02 0.13 0.19 0.08 0.03 0.02 0.19 0.10 0.03 0.01 0.00 0.33 0.16 0.97 0.68 0.59
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.21 0.05 0.30 0.01 0.70 0.85 0.58
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.06 0.37 0.11 0.13
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.11 0.03 0.39 0.01 0.72 1.08 0.71
C5' 0.02 0.08 0.13 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.04 0.04 0.17 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.04 0.36 0.00 0.73 1.04 0.68
C8 0.00 0.01 0.09 0.19 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.05 0.05 0.56 0.01 0.72 1.25 0.85
N1 0.03 0.00 0.10 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.26 0.08 0.27 0.00 0.73 0.86 0.58
N2 0.04 0.00 0.14 0.03 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.42 0.12 0.17 0.01 0.70 0.60 0.42
N3 0.03 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.35 0.09 0.20 0.01 0.69 0.65 0.45
N7 0.00 0.01 0.07 0.19 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.04 0.04 0.52 0.01 0.72 1.33 0.86
N9 0.00 0.02 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.13 0.01 0.37 0.01 0.69 0.88 0.62
O2' 0.01 0.13 0.00 0.03 0.11 0.10 0.19 0.04 0.18 0.23 0.14 0.17 0.12 0.24 0.13 0.00 0.10 0.08 0.48 0.21 1.03 1.06 0.76
O3' 0.23 0.34 0.05 0.01 0.21 0.02 0.11 0.17 0.15 0.05 0.26 0.42 0.35 0.04 0.13 0.10 0.00 0.15 0.23 0.10 1.09 0.52 0.56
O4' 0.00 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.12 0.09 0.04 0.01 0.08 0.15 0.00 0.05 0.03 0.32 0.17 0.14
O5' 0.26 0.21 0.48 0.33 0.30 0.02 0.39 0.01 0.36 0.56 0.27 0.17 0.20 0.52 0.37 0.48 0.23 0.05 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.03 0.40 0.00 0.72 1.15 0.74
OP1 0.63 0.71 0.90 0.97 0.70 0.37 0.72 0.03 0.73 0.72 0.73 0.70 0.69 0.72 0.69 1.03 1.09 0.32 0.01 0.72 0.00 0.00 0.00
OP2 0.59 0.70 0.94 0.68 0.85 0.11 1.08 0.01 1.04 1.25 0.86 0.60 0.65 1.33 0.88 1.06 0.52 0.17 0.01 1.15 0.00 0.00 0.00
P 0.44 0.48 0.69 0.59 0.58 0.13 0.71 0.01 0.68 0.85 0.58 0.42 0.45 0.86 0.62 0.76 0.56 0.14 0.01 0.74 0.00 0.00 0.00