ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54276

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.019, 0.041, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.026, 0.061, 0.096, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.061 std_dev=0.035
P A 0, 0.198, 0.427, 0.655, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.427 std_dev=0.228
O4' A 0, 0.179, 0.416, 0.653, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.416 std_dev=0.237
C2' A 0, 0.233, 0.513, 0.794, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.513 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.226, 0.508, 0.790, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.508 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.253, 0.571, 0.888, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.571 std_dev=0.317
C4' A 0, 0.346, 0.726, 1.105, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.726 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.356, 0.737, 1.117, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.737 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.457, 0.914, 1.372, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.914 std_dev=0.458
C5' A 0, 0.291, 0.754, 1.217, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.754 std_dev=0.463
C3' A 0, 0.466, 0.933, 1.399, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.933 std_dev=0.467
O2' A 0, 0.472, 0.949, 1.427, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.949 std_dev=0.478
N9 B 0, 0.656, 1.385, 2.114, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.385 std_dev=0.729
O3' A 0, 0.750, 1.501, 2.253, 1.936 max_d=1.936 avg_d=1.501 std_dev=0.751
O4' B 0, 0.736, 1.508, 2.281, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.508 std_dev=0.773
C3' B 0, 0.732, 1.523, 2.313, 2.273 max_d=2.273 avg_d=1.523 std_dev=0.790
N3 B 0, 0.604, 1.429, 2.255, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.429 std_dev=0.826
OP2 A 0, 0.236, 1.065, 1.894, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.065 std_dev=0.829
C4 B 0, 0.694, 1.557, 2.421, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.557 std_dev=0.864
OP1 A 0, 0.033, 0.978, 1.922, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.978 std_dev=0.944
C4' B 0, 0.933, 1.887, 2.840, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.887 std_dev=0.954
C8 B 0, 0.887, 1.938, 2.989, 3.104 max_d=3.104 avg_d=1.938 std_dev=1.051
O3' B 0, 0.960, 2.015, 3.070, 3.041 max_d=3.041 avg_d=2.015 std_dev=1.055
C2 B 0, 0.736, 1.913, 3.089, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.913 std_dev=1.177
C5 B 0, 0.919, 2.121, 3.323, 3.530 max_d=3.530 avg_d=2.121 std_dev=1.202
N7 B 0, 1.036, 2.328, 3.620, 3.841 max_d=3.841 avg_d=2.328 std_dev=1.292
N2 B 0, 0.754, 2.103, 3.452, 3.922 max_d=3.922 avg_d=2.103 std_dev=1.349
C5' B 0, 1.398, 2.836, 4.275, 3.987 max_d=3.987 avg_d=2.836 std_dev=1.438
N1 B 0, 0.926, 2.379, 3.831, 4.229 max_d=4.229 avg_d=2.379 std_dev=1.452
C6 B 0, 1.037, 2.520, 4.003, 4.358 max_d=4.358 avg_d=2.520 std_dev=1.483
O6 B 0, 1.246, 3.038, 4.831, 5.295 max_d=5.295 avg_d=3.038 std_dev=1.792
O5' B 0, 1.748, 3.709, 5.670, 5.846 max_d=5.846 avg_d=3.709 std_dev=1.961
P B 0, 2.084, 4.500, 6.917, 7.075 max_d=7.075 avg_d=4.500 std_dev=2.417
OP2 B 0, 2.066, 4.590, 7.115, 7.245 max_d=7.245 avg_d=4.590 std_dev=2.525
OP1 B 0, 2.186, 4.800, 7.413, 7.734 max_d=7.734 avg_d=4.800 std_dev=2.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.15 0.19 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.02 0.17 0.51 0.40 0.09
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.06 0.03 0.12 0.01 0.04 0.01 0.16 0.30 0.23 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.13 0.08 0.11 0.13 0.10 0.02 0.00 0.01 0.07 0.27 0.09 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.01 0.25 0.77 0.55 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.12 0.02 0.00 0.01 0.12 0.14 0.04
C5 0.00 0.01 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.27 0.74 0.52 0.14
C5' 0.04 0.09 0.06 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.17 0.10 0.12 0.18 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.31 0.32 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.25 0.54 0.41 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.00 0.17 0.40 0.34 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.02 0.21 0.67 0.50 0.12
N4 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.02 0.26 0.87 0.62 0.18
O2 0.02 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.03 0.13 0.42 0.35 0.07
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.11 0.12 0.09 0.07 0.08 0.06 0.12 0.12 0.13 0.00 0.05 0.09 0.11 0.17 0.21 0.13
O3' 0.03 0.07 0.04 0.00 0.12 0.02 0.14 0.06 0.12 0.06 0.09 0.13 0.09 0.05 0.00 0.02 0.10 0.24 0.23 0.31
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.00 0.08 0.15 0.17 0.23
O5' 0.10 0.17 0.16 0.07 0.25 0.01 0.27 0.01 0.25 0.17 0.21 0.26 0.13 0.11 0.10 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.15 0.51 0.30 0.27 0.77 0.12 0.74 0.31 0.54 0.40 0.67 0.87 0.42 0.17 0.24 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.40 0.23 0.09 0.55 0.14 0.52 0.32 0.41 0.34 0.50 0.62 0.35 0.21 0.23 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.09 0.15 0.19 0.15 0.04 0.14 0.01 0.10 0.08 0.12 0.18 0.07 0.13 0.31 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.60 0.28 0.52 0.45 0.25 0.60 0.39 0.74 0.41 0.76 0.60 0.41 0.55 0.32 0.18 0.65 0.08 0.26 0.84 0.18 0.59 0.30
C2 0.15 0.35 0.28 0.58 0.39 0.34 0.57 0.52 0.66 0.47 0.57 0.18 0.23 0.59 0.33 0.24 0.67 0.17 0.47 0.76 0.41 0.73 0.52
C2' 0.14 0.53 0.26 0.56 0.42 0.32 0.57 0.50 0.71 0.41 0.70 0.50 0.36 0.54 0.31 0.20 0.69 0.10 0.31 0.82 0.21 0.65 0.35
C3' 0.15 0.53 0.18 0.46 0.35 0.29 0.47 0.45 0.62 0.27 0.66 0.57 0.36 0.41 0.22 0.32 0.65 0.10 0.11 0.72 0.10 0.50 0.13
C4 0.14 0.14 0.22 0.61 0.26 0.42 0.37 0.60 0.36 0.39 0.25 0.19 0.11 0.43 0.27 0.34 0.68 0.22 0.48 0.41 0.42 0.71 0.51
C4' 0.22 0.66 0.16 0.37 0.44 0.18 0.55 0.29 0.70 0.34 0.76 0.73 0.48 0.47 0.31 0.23 0.54 0.17 0.12 0.78 0.22 0.47 0.15
C5 0.11 0.30 0.23 0.58 0.29 0.38 0.35 0.54 0.38 0.30 0.36 0.26 0.25 0.35 0.24 0.32 0.70 0.15 0.30 0.42 0.21 0.59 0.33
C5' 0.37 0.66 0.14 0.19 0.47 0.22 0.52 0.24 0.65 0.37 0.72 0.75 0.52 0.45 0.38 0.35 0.38 0.33 0.25 0.70 0.45 0.46 0.29
C6 0.11 0.47 0.25 0.54 0.36 0.31 0.45 0.46 0.53 0.32 0.54 0.46 0.35 0.42 0.27 0.24 0.68 0.08 0.23 0.58 0.14 0.57 0.27
N1 0.13 0.49 0.28 0.56 0.41 0.30 0.55 0.46 0.66 0.40 0.64 0.44 0.34 0.52 0.31 0.21 0.67 0.11 0.32 0.73 0.23 0.62 0.36
N3 0.16 0.15 0.25 0.60 0.32 0.39 0.50 0.58 0.52 0.47 0.36 0.21 0.11 0.56 0.32 0.29 0.67 0.22 0.54 0.61 0.51 0.79 0.60
N4 0.14 0.24 0.16 0.62 0.14 0.49 0.23 0.69 0.17 0.36 0.15 0.40 0.16 0.36 0.23 0.38 0.66 0.30 0.58 0.20 0.56 0.78 0.62
O2 0.17 0.34 0.29 0.58 0.41 0.34 0.62 0.52 0.75 0.51 0.63 0.14 0.23 0.66 0.35 0.22 0.67 0.18 0.52 0.89 0.47 0.80 0.58
O2' 0.18 0.60 0.30 0.56 0.49 0.29 0.69 0.47 0.85 0.51 0.82 0.56 0.41 0.67 0.38 0.17 0.66 0.14 0.39 0.99 0.32 0.74 0.45
O3' 0.15 0.56 0.17 0.46 0.37 0.30 0.50 0.47 0.67 0.29 0.70 0.60 0.38 0.43 0.23 0.33 0.66 0.10 0.11 0.77 0.12 0.51 0.13
O4' 0.18 0.68 0.25 0.45 0.47 0.19 0.58 0.30 0.74 0.38 0.79 0.75 0.49 0.51 0.33 0.14 0.61 0.13 0.16 0.81 0.15 0.50 0.19
O5' 0.42 0.51 0.27 0.28 0.38 0.39 0.40 0.42 0.49 0.34 0.55 0.58 0.42 0.36 0.35 0.48 0.45 0.41 0.27 0.53 0.45 0.41 0.28
OP1 0.64 0.52 0.65 0.63 0.57 0.69 0.61 0.70 0.59 0.70 0.56 0.53 0.51 0.68 0.64 0.67 0.66 0.65 0.77 0.62 1.10 0.81 0.87
OP2 0.41 0.77 0.54 0.77 0.64 0.60 0.69 0.74 0.79 0.54 0.82 0.80 0.68 0.63 0.53 0.37 0.96 0.41 0.60 0.83 0.72 1.13 0.74
P 0.19 0.61 0.16 0.35 0.42 0.25 0.44 0.36 0.54 0.26 0.62 0.70 0.51 0.34 0.29 0.19 0.51 0.10 0.30 0.57 0.60 0.76 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.25 0.02 0.16 0.30 0.20
C2 0.03 0.00 0.22 0.31 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.26 0.06 0.44 0.01 0.36 0.52 0.45
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.13 0.02 0.08 0.04 0.11 0.09 0.17 0.25 0.22 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.21 0.09 0.30 0.42 0.20
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.27 0.00 0.32 0.01 0.34 0.30 0.34 0.32 0.27 0.34 0.21 0.01 0.01 0.01 0.37 0.36 0.44 0.47 0.37
C4 0.02 0.00 0.13 0.27 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.15 0.04 0.56 0.01 0.50 0.58 0.56
C4' 0.03 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.15 0.11 0.11 0.08 0.16 0.07 0.17 0.05 0.01 0.01 0.15 0.10 0.35 0.06
C5 0.01 0.00 0.08 0.32 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.24 0.03 0.77 0.01 0.78 0.86 0.82
C5' 0.03 0.15 0.04 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.24 0.21 0.20 0.15 0.12 0.25 0.11 0.14 0.05 0.03 0.01 0.27 0.24 0.33 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.34 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.26 0.03 0.76 0.00 0.80 0.92 0.84
C8 0.01 0.01 0.09 0.30 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.27 0.03 0.85 0.02 0.84 0.84 0.86
N1 0.02 0.00 0.17 0.34 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.26 0.05 0.61 0.02 0.59 0.73 0.66
N2 0.04 0.01 0.25 0.32 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.33 0.09 0.31 0.01 0.21 0.42 0.32
N3 0.03 0.00 0.22 0.27 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.22 0.06 0.37 0.02 0.28 0.42 0.36
N7 0.01 0.00 0.07 0.34 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.31 0.03 0.93 0.02 0.98 1.05 1.00
N9 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.10 0.02 0.56 0.02 0.50 0.52 0.53
O2' 0.04 0.32 0.01 0.01 0.25 0.17 0.25 0.14 0.29 0.15 0.32 0.33 0.30 0.20 0.15 0.00 0.04 0.11 0.11 0.30 0.26 0.41 0.11
O3' 0.12 0.26 0.02 0.01 0.15 0.05 0.24 0.05 0.26 0.27 0.26 0.33 0.22 0.31 0.10 0.04 0.00 0.08 0.49 0.31 0.65 0.52 0.53
O4' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06 0.03 0.02 0.11 0.08 0.00 0.35 0.04 0.30 0.42 0.33
O5' 0.25 0.44 0.21 0.37 0.56 0.01 0.77 0.01 0.76 0.85 0.61 0.31 0.37 0.93 0.56 0.11 0.49 0.35 0.00 0.86 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.31 0.04 0.86 0.00 0.95 1.08 0.98
OP1 0.16 0.36 0.30 0.44 0.50 0.10 0.78 0.24 0.80 0.84 0.59 0.21 0.28 0.98 0.50 0.26 0.65 0.30 0.03 0.95 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.52 0.42 0.47 0.58 0.35 0.86 0.33 0.92 0.84 0.73 0.42 0.42 1.05 0.52 0.41 0.52 0.42 0.02 1.08 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.45 0.20 0.37 0.56 0.06 0.82 0.01 0.84 0.86 0.66 0.32 0.36 1.00 0.53 0.11 0.53 0.33 0.01 0.98 0.00 0.01 0.00