ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.019, 0.069, 0.119, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.069 std_dev=0.050
O4' B 0, 0.048, 0.217, 0.386, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.217 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.099, 0.413, 0.727, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.413 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.124, 0.498, 0.871, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.498 std_dev=0.373
C2' B 0, 0.132, 0.589, 1.047, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.589 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.125, 0.616, 1.107, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.616 std_dev=0.491
C3' B 0, 0.159, 0.717, 1.275, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.717 std_dev=0.558
C5' B 0, 0.175, 0.820, 1.465, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.820 std_dev=0.645
N9 B 0, 0.213, 0.953, 1.693, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.953 std_dev=0.740
O5' B 0, 0.207, 0.992, 1.776, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.992 std_dev=0.784
O4' A 0, 0.215, 1.146, 2.076, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.146 std_dev=0.931
C8 B 0, 0.278, 1.276, 2.273, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.276 std_dev=0.997
C2' A 0, 0.236, 1.274, 2.311, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.274 std_dev=1.037
O3' B 0, 0.293, 1.361, 2.428, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.361 std_dev=1.068
C4 B 0, 0.300, 1.471, 2.642, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.471 std_dev=1.171
C3' A 0, 0.304, 1.592, 2.880, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.592 std_dev=1.288
P B 0, 0.366, 1.701, 3.037, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.701 std_dev=1.336
C4' A 0, 0.316, 1.652, 2.988, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.652 std_dev=1.336
O3' A 0, 0.329, 1.728, 3.126, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.728 std_dev=1.399
N7 B 0, 0.370, 1.783, 3.195, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.783 std_dev=1.412
N3 B 0, 0.345, 1.760, 3.175, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.760 std_dev=1.415
O2' A 0, 0.347, 1.804, 3.261, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.804 std_dev=1.457
OP1 B 0, 0.407, 1.871, 3.335, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.871 std_dev=1.464
C5 B 0, 0.375, 1.858, 3.340, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.858 std_dev=1.482
OP2 B 0, 0.418, 2.008, 3.597, 3.464 max_d=3.464 avg_d=2.008 std_dev=1.590
C2 B 0, 0.442, 2.309, 4.177, 3.931 max_d=3.931 avg_d=2.309 std_dev=1.868
C6 B 0, 0.474, 2.427, 4.381, 4.110 max_d=4.110 avg_d=2.427 std_dev=1.954
C5' A 0, 0.495, 2.569, 4.644, 4.321 max_d=4.321 avg_d=2.569 std_dev=2.074
N1 B 0, 0.497, 2.578, 4.659, 4.378 max_d=4.378 avg_d=2.578 std_dev=2.081
N2 B 0, 0.511, 2.750, 4.989, 4.660 max_d=4.660 avg_d=2.750 std_dev=2.239
O6 B 0, 0.557, 2.891, 5.224, 4.874 max_d=4.874 avg_d=2.891 std_dev=2.334
O5' A 0, 0.602, 3.126, 5.650, 5.239 max_d=5.239 avg_d=3.126 std_dev=2.524
P A 0, 0.683, 3.580, 6.477, 6.017 max_d=6.017 avg_d=3.580 std_dev=2.897
OP1 A 0, 0.833, 4.382, 7.930, 7.373 max_d=7.373 avg_d=4.382 std_dev=3.548
OP2 A 0, 0.925, 4.863, 8.800, 8.134 max_d=8.134 avg_d=4.863 std_dev=3.937

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.26 0.01 0.25 0.14 0.37 0.12
C2 0.02 0.00 0.27 0.28 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.25 0.38 0.26 0.77 0.26
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.02 0.00 0.20 0.24 0.27 0.01 0.20 0.02 0.48 0.01 0.01 0.02 0.09 0.37 0.12 0.32
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.36 0.00 0.33 0.02 0.27 0.23 0.34 0.38 0.23 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.13 0.20
C4 0.02 0.01 0.02 0.36 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.34 0.20 0.03 0.81 0.04 1.46 0.69
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.26 0.06 0.05 0.10 0.22 0.30 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06
C5 0.01 0.01 0.20 0.33 0.01 0.23 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.59 0.20 0.17 1.03 0.25 1.68 0.91
C5' 0.12 0.26 0.24 0.02 0.07 0.00 0.15 0.00 0.18 0.08 0.23 0.07 0.40 0.08 0.22 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03
C6 0.01 0.00 0.27 0.27 0.01 0.26 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.59 0.11 0.26 0.97 0.24 1.38 0.78
N1 0.00 0.01 0.01 0.23 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.02 0.01 0.56 0.06 0.86 0.40
N3 0.02 0.00 0.20 0.34 0.00 0.05 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.19 0.54 0.21 1.07 0.42
N4 0.02 0.01 0.02 0.38 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.38 0.25 0.03 0.86 0.05 1.64 0.78
O2 0.05 0.00 0.48 0.23 0.01 0.22 0.00 0.40 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.45 0.06 0.42 0.11 0.43 0.41 0.03
O2' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.34 0.30 0.59 0.08 0.59 0.20 0.06 0.38 0.45 0.00 0.06 0.20 0.04 0.14 0.12 0.20
O3' 0.26 0.04 0.01 0.01 0.20 0.01 0.20 0.22 0.11 0.02 0.13 0.25 0.06 0.06 0.00 0.16 0.02 0.34 0.12 0.04
O4' 0.01 0.25 0.02 0.03 0.03 0.00 0.17 0.04 0.26 0.01 0.19 0.03 0.42 0.20 0.16 0.00 0.33 0.02 0.42 0.27
O5' 0.25 0.38 0.09 0.07 0.81 0.04 1.03 0.01 0.97 0.56 0.54 0.86 0.11 0.04 0.02 0.33 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.26 0.37 0.05 0.04 0.04 0.25 0.04 0.24 0.06 0.21 0.05 0.43 0.14 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.77 0.12 0.13 1.46 0.07 1.68 0.04 1.38 0.86 1.07 1.64 0.41 0.12 0.12 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.32 0.20 0.69 0.06 0.91 0.03 0.78 0.40 0.42 0.78 0.03 0.20 0.04 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 1.11 0.12 0.17 0.85 0.23 1.20 0.07 1.52 0.81 1.49 1.05 0.73 1.14 0.59 0.09 0.26 0.03 0.30 1.77 0.14 0.76 0.44
C2 0.21 1.38 0.03 0.05 0.96 0.24 1.20 0.16 1.51 0.75 1.60 1.52 1.00 1.05 0.64 0.04 0.08 0.02 0.18 1.66 0.08 0.56 0.25
C2' 0.15 0.79 0.50 0.54 0.51 0.49 0.86 0.34 1.21 0.48 1.19 0.77 0.40 0.80 0.27 0.44 0.57 0.20 0.06 1.47 0.21 0.37 0.11
C3' 0.66 1.57 0.26 0.17 1.38 0.30 1.79 0.48 2.14 1.41 2.07 1.41 1.18 1.76 1.14 0.28 0.08 0.64 0.82 2.44 0.67 1.29 1.00
C4 0.24 1.33 0.04 0.01 0.93 0.25 1.07 0.20 1.30 0.66 1.42 1.45 1.05 0.90 0.62 0.03 0.03 0.01 0.12 1.38 0.17 0.41 0.14
C4' 0.75 1.69 0.37 0.22 1.55 0.31 2.03 0.53 2.41 1.62 2.26 1.47 1.30 2.02 1.29 0.35 0.08 0.68 0.96 2.77 0.79 1.54 1.16
C5 0.22 1.20 0.03 0.09 0.91 0.23 1.10 0.11 1.31 0.74 1.35 1.19 0.92 0.99 0.63 0.03 0.19 0.03 0.22 1.40 0.05 0.57 0.29
C5' 0.93 1.84 0.49 0.26 1.78 0.44 2.35 0.69 2.75 1.92 2.50 1.51 1.46 2.37 1.53 0.43 0.14 0.88 1.17 3.16 0.98 1.82 1.40
C6 0.18 1.15 0.07 0.14 0.89 0.22 1.17 0.07 1.43 0.80 1.43 1.09 0.82 1.09 0.63 0.06 0.26 0.05 0.29 1.58 0.11 0.70 0.40
N1 0.18 1.25 0.07 0.12 0.92 0.23 1.21 0.10 1.51 0.80 1.54 1.27 0.87 1.11 0.63 0.06 0.20 0.03 0.26 1.69 0.08 0.68 0.37
N3 0.22 1.41 0.03 0.01 0.96 0.26 1.13 0.22 1.41 0.67 1.54 1.59 1.07 0.95 0.62 0.04 0.02 0.02 0.11 1.51 0.19 0.42 0.13
N4 0.26 1.27 0.10 0.07 0.89 0.27 0.95 0.27 1.15 0.55 1.29 1.42 1.06 0.76 0.58 0.06 0.11 0.03 0.02 1.19 0.30 0.25 0.01
O2 0.20 1.41 0.03 0.04 0.97 0.25 1.22 0.18 1.56 0.75 1.65 1.56 1.01 1.07 0.64 0.04 0.05 0.02 0.18 1.74 0.09 0.56 0.24
O2' 0.88 0.09 1.13 1.12 0.29 1.12 0.08 0.96 0.42 0.26 0.36 0.16 0.45 0.05 0.50 1.03 1.07 0.91 0.67 0.73 0.76 0.25 0.51
O3' 0.68 1.57 0.26 0.20 1.42 0.35 1.89 0.56 2.29 1.50 2.16 1.36 1.17 1.88 1.18 0.23 0.12 0.69 0.92 2.66 0.81 1.44 1.14
O4' 0.60 1.57 0.31 0.18 1.39 0.16 1.82 0.36 2.15 1.41 2.04 1.40 1.19 1.78 1.12 0.30 0.07 0.48 0.80 2.45 0.62 1.36 0.97
O5' 1.87 2.46 1.46 1.23 2.59 1.43 3.09 1.68 3.34 2.78 3.03 2.01 2.22 3.15 2.41 1.42 0.85 1.84 2.12 3.64 1.93 2.69 2.33
OP1 1.54 2.14 0.99 0.65 2.38 1.01 3.08 1.34 3.42 2.73 2.89 1.61 1.87 3.25 2.20 0.84 0.11 1.56 1.87 3.96 1.69 2.65 2.18
OP2 3.13 2.99 2.73 2.45 3.61 2.76 4.11 3.08 4.06 4.08 3.49 2.30 3.03 4.35 3.63 2.62 1.95 3.17 3.52 4.25 3.34 4.07 3.74
P 2.01 2.30 1.58 1.31 2.65 1.59 3.21 1.90 3.38 3.01 2.90 1.73 2.15 3.39 2.56 1.51 0.82 2.03 2.37 3.73 2.20 3.00 2.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.23 0.00 0.11 0.03 0.08 0.15 0.14
C2 0.03 0.00 0.20 0.22 0.00 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.04 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.15 0.11 0.06 0.16 0.23 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.24 0.09 0.16 0.29 0.26
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.23 0.01 0.31 0.01 0.33 0.27 0.28 0.18 0.17 0.32 0.20 0.02 0.01 0.02 0.12 0.37 0.20 0.20 0.15
C4 0.02 0.00 0.11 0.23 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.07
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.13 0.13 0.10 0.07 0.06 0.14 0.08 0.25 0.03 0.01 0.03 0.15 0.07 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.07 0.31 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.09 0.01 0.11 0.01 0.08 0.04 0.05
C5' 0.05 0.07 0.15 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.11 0.09 0.09 0.06 0.05 0.12 0.05 0.09 0.20 0.01 0.01 0.14 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.00 0.11 0.33 0.01 0.13 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.10 0.01 0.13 0.00 0.10 0.06 0.05
C8 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.13 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.05 0.09 0.02 0.05 0.09 0.07
N1 0.03 0.00 0.16 0.28 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.06 0.02 0.11 0.01 0.11 0.05 0.05
N2 0.04 0.00 0.23 0.18 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.05 0.09 0.01 0.10 0.05 0.06
N3 0.03 0.00 0.19 0.17 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.04 0.08 0.01 0.08 0.06 0.07
N7 0.00 0.01 0.02 0.32 0.00 0.14 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.16 0.04 0.12 0.02 0.06 0.04 0.04
N9 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.10 0.09
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.21 0.25 0.26 0.09 0.27 0.22 0.24 0.12 0.14 0.27 0.17 0.00 0.04 0.16 0.13 0.29 0.07 0.31 0.16
O3' 0.23 0.13 0.01 0.01 0.07 0.03 0.09 0.20 0.10 0.11 0.06 0.19 0.17 0.16 0.05 0.04 0.00 0.13 0.28 0.15 0.54 0.40 0.37
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.16 0.13 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.09
O5' 0.11 0.09 0.24 0.12 0.08 0.03 0.11 0.01 0.13 0.09 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.13 0.28 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.37 0.02 0.15 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.15 0.02 0.16 0.00 0.13 0.10 0.07
OP1 0.08 0.09 0.16 0.20 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.10 0.08 0.06 0.06 0.07 0.54 0.03 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.04 0.29 0.20 0.06 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06 0.04 0.10 0.31 0.40 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.06 0.26 0.15 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.16 0.37 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00