sequences=5 maxmove=0.1 pval=0.1 usescval=false complexatt=true cooling=1.0 currcool=1.0 attfactor=10.0 attvalpow=1 repfactor=10.0 repvalpow=1 dampening=1.0 minattract=1.0 cluster2d=false blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500 formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb showinfo=true zoom=1.0 dotsize=0 ovalsize=10 groupsize=4 usefoldchange=false avgfoldchange=false colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9; colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23): 1.0;0.0;0.0; 0.0;1.0;0.0; 0.0;0.0;1.0; >2J02-A258-A256 X >2J00-A258-A256 X >3KNK-A2484-A2481 X >3SD3-A78-A35 X >3SD1-A78-A35 X 0 1:0.00642531964314 0 2:0.645123405945 0 3:0.645966239234 0 4:0.656225817154 1 2:0.647178734331 1 3:0.645815468094 1 4:0.656203175858 2 3:0.999999016427 2 4:0.998351324476 3 4:0.0355553926217