ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54279

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.020, 0.048, 0.075, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.048 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.023, 0.055, 0.088, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.055 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.011, 0.050, 0.090, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.050 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.031, 0.086, 0.141, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.086 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.023, 0.102, 0.181, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.102 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.016, 0.120, 0.224, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.120 std_dev=0.104
O2' A 0, -0.018, 0.104, 0.225, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.104 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.006, 0.181, 0.356, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.181 std_dev=0.175
O5' A 0, 0.090, 0.344, 0.598, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.344 std_dev=0.254
P A 0, 0.129, 0.393, 0.656, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.393 std_dev=0.263
OP2 A 0, 0.135, 0.405, 0.674, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.405 std_dev=0.270
OP1 A 0, 0.142, 0.455, 0.769, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.455 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.139, 0.494, 0.848, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.494 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.177, 0.566, 0.956, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.566 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.129, 0.520, 0.911, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.520 std_dev=0.391
C2' B 0, 0.160, 0.628, 1.097, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.628 std_dev=0.469
O4' B 0, 0.024, 0.571, 1.117, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.571 std_dev=0.547
C5' B 0, 0.196, 0.759, 1.321, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.759 std_dev=0.563
OP2 B 0, 0.199, 0.792, 1.386, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.792 std_dev=0.593
C1' B 0, 0.005, 0.633, 1.261, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.633 std_dev=0.628
O2' B 0, 0.154, 0.784, 1.413, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.784 std_dev=0.629
N7 B 0, -0.073, 0.705, 1.483, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.705 std_dev=0.778
C8 B 0, -0.079, 0.711, 1.502, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.711 std_dev=0.790
N9 B 0, -0.096, 0.702, 1.500, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.702 std_dev=0.798
P B 0, 0.077, 0.882, 1.688, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.882 std_dev=0.806
O5' B 0, 0.223, 1.160, 2.096, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.160 std_dev=0.936
C5 B 0, -0.293, 0.881, 2.056, 3.178 max_d=3.178 avg_d=0.881 std_dev=1.175
OP1 B 0, -0.283, 1.121, 2.524, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.121 std_dev=1.403
C4 B 0, -0.466, 1.008, 2.482, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.008 std_dev=1.474
O6 B 0, -0.343, 1.139, 2.621, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.139 std_dev=1.482
C6 B 0, -0.532, 1.168, 2.867, 4.526 max_d=4.526 avg_d=1.168 std_dev=1.699
N3 B 0, -0.966, 1.428, 3.822, 6.203 max_d=6.203 avg_d=1.428 std_dev=2.394
N1 B 0, -1.069, 1.591, 4.251, 6.895 max_d=6.895 avg_d=1.591 std_dev=2.660
C2 B 0, -1.316, 1.718, 4.752, 7.778 max_d=7.778 avg_d=1.718 std_dev=3.034
N2 B 0, -1.898, 2.210, 6.317, 10.423 max_d=10.423 avg_d=2.210 std_dev=4.108

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.09 0.15 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06
C4 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.02 0.10 0.14 0.18 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.11 0.14 0.17 0.15
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.10 0.11 0.13 0.12
N1 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.08 0.07 0.11 0.10
N3 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.10 0.11 0.17 0.15
N4 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.03 0.11 0.16 0.21 0.18
O2 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.10 0.03 0.04 0.09 0.08 0.14 0.12
O2' 0.03 0.07 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.04 0.10 0.00 0.04 0.07 0.07 0.03 0.07 0.07
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.04 0.00 0.01 0.12 0.02 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.11 0.07 0.07 0.06
O5' 0.05 0.09 0.04 0.09 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.07 0.12 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.01 0.02 0.14 0.04 0.14 0.05 0.11 0.07 0.11 0.16 0.08 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.15 0.04 0.06 0.18 0.03 0.17 0.03 0.13 0.11 0.17 0.21 0.14 0.07 0.09 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02
P 0.04 0.12 0.03 0.06 0.16 0.01 0.15 0.01 0.12 0.10 0.15 0.18 0.12 0.07 0.07 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 1.66 0.09 0.12 0.76 0.09 0.47 0.24 0.80 0.44 1.38 2.13 1.40 0.24 0.18 0.30 0.31 0.20 0.47 0.63 0.52 0.32 0.30
C2 0.14 1.23 0.17 0.13 0.48 0.05 0.24 0.28 0.56 0.56 1.04 1.58 0.99 0.36 0.04 0.39 0.31 0.08 0.61 0.43 0.70 0.35 0.42
C2' 0.13 2.06 0.10 0.09 0.96 0.12 0.61 0.30 1.01 0.43 1.71 2.67 1.72 0.22 0.28 0.30 0.28 0.28 0.54 0.80 0.65 0.34 0.38
C3' 0.34 2.33 0.20 0.12 1.21 0.23 0.83 0.38 1.22 0.23 1.94 2.97 2.01 0.09 0.50 0.25 0.21 0.45 0.56 0.98 0.69 0.42 0.44
C4 0.31 0.57 0.26 0.18 0.13 0.03 0.04 0.27 0.25 0.56 0.51 0.73 0.43 0.37 0.23 0.45 0.34 0.08 0.64 0.22 0.71 0.35 0.45
C4' 0.30 2.06 0.14 0.05 1.08 0.17 0.74 0.28 1.07 0.22 1.70 2.61 1.80 0.12 0.45 0.20 0.20 0.41 0.43 0.87 0.50 0.38 0.31
C5 0.18 0.75 0.20 0.17 0.32 0.06 0.20 0.26 0.40 0.42 0.65 0.90 0.63 0.24 0.08 0.40 0.34 0.10 0.54 0.35 0.56 0.36 0.36
C5' 0.45 2.04 0.24 0.10 1.16 0.26 0.83 0.32 1.12 0.12 1.69 2.53 1.84 0.21 0.59 0.18 0.12 0.53 0.42 0.93 0.48 0.44 0.34
C6 0.03 1.17 0.12 0.13 0.57 0.09 0.36 0.25 0.60 0.38 0.98 1.43 1.02 0.20 0.12 0.33 0.32 0.19 0.49 0.50 0.52 0.35 0.32
N1 0.04 1.38 0.12 0.13 0.62 0.08 0.37 0.26 0.67 0.47 1.15 1.74 1.16 0.27 0.09 0.34 0.32 0.16 0.53 0.53 0.58 0.33 0.34
N3 0.26 0.84 0.23 0.16 0.24 0.02 0.07 0.28 0.35 0.61 0.72 1.09 0.64 0.43 0.19 0.44 0.33 0.05 0.65 0.27 0.75 0.35 0.46
N4 0.46 0.06 0.33 0.20 0.22 0.06 0.23 0.28 0.05 0.59 0.08 0.12 0.08 0.43 0.44 0.50 0.32 0.23 0.71 0.01 0.80 0.35 0.53
O2 0.13 1.38 0.16 0.13 0.53 0.05 0.27 0.29 0.62 0.58 1.17 1.82 1.10 0.39 0.06 0.38 0.30 0.08 0.61 0.47 0.72 0.35 0.42
O2' 0.13 2.10 0.09 0.07 0.95 0.12 0.58 0.29 1.00 0.46 1.74 2.77 1.73 0.26 0.27 0.27 0.25 0.26 0.53 0.77 0.61 0.29 0.34
O3' 0.45 2.67 0.30 0.18 1.39 0.31 0.99 0.45 1.43 0.14 2.24 3.44 2.27 0.12 0.64 0.27 0.16 0.54 0.61 1.16 0.76 0.44 0.50
O4' 0.12 1.64 0.04 0.12 0.81 0.11 0.52 0.22 0.82 0.35 1.35 2.09 1.42 0.19 0.26 0.24 0.29 0.26 0.38 0.66 0.40 0.31 0.22
O5' 0.48 1.91 0.25 0.10 1.16 0.28 0.85 0.35 1.10 0.10 1.59 2.29 1.76 0.26 0.63 0.21 0.12 0.57 0.46 0.94 0.51 0.42 0.37
OP1 0.75 1.95 0.51 0.33 1.30 0.46 1.01 0.45 1.21 0.35 1.65 2.30 1.84 0.48 0.85 0.43 0.19 0.76 0.49 1.06 0.50 0.53 0.44
OP2 0.72 1.49 0.41 0.26 1.12 0.45 0.89 0.46 1.02 0.39 1.29 1.65 1.48 0.50 0.79 0.25 0.08 0.77 0.52 0.91 0.53 0.54 0.48
P 0.65 1.71 0.39 0.23 1.16 0.39 0.90 0.40 1.08 0.29 1.45 1.98 1.64 0.42 0.75 0.28 0.07 0.70 0.46 0.95 0.47 0.51 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.07 0.20 0.11 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.27 0.10 0.27 0.54 0.16
C2 0.12 0.00 0.52 0.64 0.02 0.63 0.01 0.97 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.29 0.32 0.35 0.89 0.06 1.30 1.59 1.26
C2' 0.01 0.52 0.00 0.01 0.22 0.01 0.04 0.05 0.06 0.42 0.30 0.72 0.54 0.33 0.04 0.00 0.04 0.01 0.15 0.10 0.32 0.44 0.11
C3' 0.01 0.64 0.01 0.00 0.23 0.00 0.08 0.01 0.08 0.49 0.37 0.92 0.62 0.42 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.23 0.39 0.04
C4 0.04 0.02 0.22 0.23 0.00 0.22 0.01 0.31 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.14 0.41 0.02 0.45 0.94 0.52
C4' 0.01 0.63 0.01 0.00 0.22 0.00 0.13 0.01 0.13 0.51 0.37 0.90 0.62 0.45 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.21 0.14 0.43 0.09
C5 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.13 0.00 0.23 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.08 0.38 0.04 0.38 0.59 0.14
C5' 0.03 0.97 0.05 0.01 0.31 0.01 0.23 0.00 0.20 0.83 0.56 1.39 0.93 0.77 0.14 0.04 0.04 0.02 0.01 0.36 0.15 0.33 0.02
C6 0.05 0.04 0.06 0.08 0.02 0.13 0.03 0.20 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07 0.06 0.11 0.30 0.00 0.23 0.77 0.25
C8 0.10 0.02 0.42 0.49 0.01 0.51 0.04 0.83 0.08 0.00 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.17 0.29 0.26 0.82 0.13 1.03 0.16 0.63
N1 0.07 0.03 0.30 0.37 0.03 0.37 0.04 0.56 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.05 0.19 0.18 0.22 0.52 0.04 0.73 1.25 0.82
N2 0.20 0.04 0.72 0.92 0.05 0.90 0.04 1.39 0.07 0.04 0.05 0.00 0.07 0.03 0.07 0.42 0.52 0.48 1.28 0.09 1.93 1.97 1.75
N3 0.11 0.02 0.54 0.62 0.01 0.62 0.01 0.93 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.02 0.28 0.29 0.34 0.85 0.03 1.17 1.45 1.15
N7 0.09 0.02 0.33 0.42 0.01 0.45 0.02 0.77 0.08 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.13 0.26 0.22 0.80 0.12 1.09 0.14 0.64
N9 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.04 0.14 0.05 0.01 0.05 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.37 0.08 0.34 0.55 0.16
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.13 0.01 0.04 0.04 0.07 0.17 0.19 0.42 0.28 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.07 0.33 0.45 0.10
O3' 0.05 0.32 0.04 0.01 0.08 0.03 0.09 0.04 0.06 0.29 0.18 0.52 0.29 0.26 0.07 0.03 0.00 0.07 0.17 0.15 0.16 0.45 0.14
O4' 0.01 0.35 0.01 0.01 0.14 0.00 0.08 0.02 0.11 0.26 0.22 0.48 0.34 0.22 0.03 0.02 0.07 0.00 0.29 0.14 0.21 0.54 0.18
O5' 0.27 0.89 0.15 0.06 0.41 0.03 0.38 0.01 0.30 0.82 0.52 1.28 0.85 0.80 0.37 0.12 0.17 0.29 0.00 0.42 0.02 0.01 0.01
O6 0.10 0.06 0.10 0.15 0.02 0.21 0.04 0.36 0.00 0.13 0.04 0.09 0.03 0.12 0.08 0.07 0.15 0.14 0.42 0.00 0.51 0.50 0.15
OP1 0.27 1.30 0.32 0.23 0.45 0.14 0.38 0.15 0.23 1.03 0.73 1.93 1.17 1.09 0.34 0.33 0.16 0.21 0.02 0.51 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 1.59 0.44 0.39 0.94 0.43 0.59 0.33 0.77 0.16 1.25 1.97 1.45 0.14 0.55 0.45 0.45 0.54 0.01 0.50 0.01 0.00 0.01
P 0.16 1.26 0.11 0.04 0.52 0.09 0.14 0.02 0.25 0.63 0.82 1.75 1.15 0.64 0.16 0.10 0.14 0.18 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00