ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54280

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O3' A 0, 0.003, 0.050, 0.097, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.050 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.001, 0.084, 0.166, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.084 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.005, 0.091, 0.178, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.002, 0.096, 0.190, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.096 std_dev=0.094
N3 B 0, 0.018, 0.121, 0.225, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.121 std_dev=0.104
N2 B 0, 0.021, 0.126, 0.231, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.126 std_dev=0.105
C2 B 0, 0.020, 0.130, 0.240, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.130 std_dev=0.110
O4' B 0, 0.022, 0.134, 0.247, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.134 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.006, 0.119, 0.232, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.119 std_dev=0.113
C4 B 0, 0.019, 0.137, 0.255, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.137 std_dev=0.118
O5' B 0, 0.014, 0.133, 0.252, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.133 std_dev=0.119
N9 B 0, 0.020, 0.146, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.146 std_dev=0.127
N1 B 0, 0.020, 0.147, 0.274, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.147 std_dev=0.127
C1' B 0, 0.025, 0.152, 0.279, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.152 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.017, 0.149, 0.280, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.149 std_dev=0.132
C6 B 0, 0.020, 0.156, 0.293, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.156 std_dev=0.137
C8 B 0, 0.021, 0.160, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.160 std_dev=0.139
N7 B 0, 0.019, 0.162, 0.304, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.162 std_dev=0.143
C4' B 0, 0.024, 0.169, 0.314, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.169 std_dev=0.145
O6 B 0, 0.025, 0.182, 0.339, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.182 std_dev=0.157
O2' A 0, 0.005, 0.165, 0.325, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.165 std_dev=0.160
P B 0, 0.017, 0.199, 0.382, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.199 std_dev=0.183
O3' B 0, 0.035, 0.233, 0.431, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.233 std_dev=0.198
C3' B 0, 0.028, 0.227, 0.425, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.227 std_dev=0.198
C5' B 0, 0.017, 0.220, 0.423, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.220 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.028, 0.231, 0.434, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.231 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.016, 0.232, 0.448, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.232 std_dev=0.216
OP2 B 0, 0.015, 0.236, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.236 std_dev=0.221
O5' A 0, 0.017, 0.260, 0.504, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.260 std_dev=0.244
O2' B 0, 0.039, 0.302, 0.564, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.302 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.021, 0.321, 0.620, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.321 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.022, 0.350, 0.678, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.328
P A 0, 0.022, 0.360, 0.697, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.360 std_dev=0.337
OP1 A 0, 0.026, 0.421, 0.815, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.421 std_dev=0.394

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.12 0.05
C2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.12 0.05
C2' 0.08 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04
C3' 0.07 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.08 0.02 0.01 0.08 0.12 0.06
C4 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.09 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.09 0.02
C4' 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.12 0.17 0.11
C5 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.02
C5' 0.04 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.04 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.01 0.02 0.04 0.08 0.08 0.17 0.22 0.16
C6 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.02 0.09 0.03
N1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.11 0.05
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.10 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.11 0.04
N4 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.11 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.01
O2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.13 0.06
O2' 0.08 0.01 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.10 0.10 0.03 0.01 0.04 0.01
O3' 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.10 0.05
O4' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.15 0.09
O5' 0.07 0.09 0.03 0.02 0.09 0.03 0.09 0.02 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.03 0.04 0.08 0.06 0.08 0.17 0.20 0.15
OP1 0.10 0.13 0.06 0.04 0.12 0.05 0.12 0.01 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.07 0.06 0.10 0.09 0.12 0.21 0.21 0.18
OP2 0.10 0.13 0.06 0.04 0.13 0.05 0.13 0.00 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.06 0.05 0.10 0.09 0.11 0.19 0.21 0.17
P 0.09 0.13 0.05 0.04 0.12 0.05 0.12 0.01 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.11 0.06 0.05 0.10 0.09 0.12 0.19 0.21 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.08 0.08
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.04 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.12 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.12 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.06
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.03 0.05 0.09 0.09
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01
O5' 0.02 0.01 0.09 0.09 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.11 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.14 0.09
OP1 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.01 0.06 0.03 0.09 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.08 0.04 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.12 0.10 0.06 0.06 0.14 0.09 0.09 0.02 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.08 0.05 0.05 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.05 0.00 0.02 0.11 0.06 0.09 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00