ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54281

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.016, 0.045, 0.075, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.019, 0.051, 0.083, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.051 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.027, 0.075, 0.123, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.075 std_dev=0.048
O2 A 0, 0.028, 0.081, 0.133, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.081 std_dev=0.053
O2' B 0, 0.149, 0.531, 0.913, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.531 std_dev=0.382
C2' B 0, 0.247, 0.766, 1.285, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.766 std_dev=0.519
C1' B 0, 0.334, 1.024, 1.714, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.024 std_dev=0.690
O4' A 0, -0.005, 0.780, 1.566, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.780 std_dev=0.785
C2' A 0, -0.031, 0.824, 1.679, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.824 std_dev=0.855
O5' B 0, 0.606, 1.523, 2.441, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.523 std_dev=0.918
N9 B 0, 0.373, 1.311, 2.249, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.311 std_dev=0.938
C3' B 0, 0.355, 1.442, 2.529, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.442 std_dev=1.087
C4' A 0, 0.023, 1.124, 2.224, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.124 std_dev=1.101
C3' A 0, 0.028, 1.163, 2.298, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.163 std_dev=1.135
O4' B 0, 0.413, 1.574, 2.736, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.574 std_dev=1.162
C4 B 0, 0.322, 1.484, 2.646, 2.814 max_d=2.814 avg_d=1.484 std_dev=1.162
O2' A 0, -0.069, 1.122, 2.312, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.122 std_dev=1.191
P B 0, 0.390, 1.609, 2.828, 3.393 max_d=3.393 avg_d=1.609 std_dev=1.219
C4' B 0, 0.395, 1.645, 2.895, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.645 std_dev=1.250
C8 B 0, 0.422, 1.710, 2.997, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.710 std_dev=1.288
N3 B 0, 0.168, 1.491, 2.813, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.491 std_dev=1.322
O3' A 0, 0.075, 1.434, 2.794, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.434 std_dev=1.360
OP2 B 0, 0.344, 1.712, 3.081, 3.797 max_d=3.797 avg_d=1.712 std_dev=1.368
O3' B 0, 0.338, 1.710, 3.081, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.710 std_dev=1.372
OP1 B 0, 0.521, 1.903, 3.285, 3.903 max_d=3.903 avg_d=1.903 std_dev=1.382
C5 B 0, 0.411, 1.871, 3.332, 3.511 max_d=3.511 avg_d=1.871 std_dev=1.460
N7 B 0, 0.444, 1.984, 3.524, 4.063 max_d=4.063 avg_d=1.984 std_dev=1.540
C5' B 0, 0.348, 2.056, 3.764, 4.275 max_d=4.275 avg_d=2.056 std_dev=1.708
C2 B 0, 0.197, 1.940, 3.684, 3.991 max_d=3.991 avg_d=1.940 std_dev=1.743
C5' A 0, 0.074, 1.835, 3.597, 4.292 max_d=4.292 avg_d=1.835 std_dev=1.762
C6 B 0, 0.403, 2.235, 4.066, 4.284 max_d=4.284 avg_d=2.235 std_dev=1.831
N1 B 0, 0.314, 2.249, 4.183, 4.201 max_d=4.201 avg_d=2.249 std_dev=1.935
N2 B 0, 0.132, 2.225, 4.317, 4.642 max_d=4.642 avg_d=2.225 std_dev=2.092
O6 B 0, 0.466, 2.622, 4.777, 5.271 max_d=5.271 avg_d=2.622 std_dev=2.155
O5' A 0, 0.079, 2.580, 5.082, 5.720 max_d=5.720 avg_d=2.580 std_dev=2.501
P A 0, 0.092, 2.738, 5.383, 5.817 max_d=5.817 avg_d=2.738 std_dev=2.645
OP1 A 0, 0.068, 3.121, 6.175, 6.814 max_d=6.814 avg_d=3.121 std_dev=3.053
OP2 A 0, 0.074, 3.377, 6.681, 7.844 max_d=7.844 avg_d=3.377 std_dev=3.303

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.14 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.02 0.22 0.00 0.28 0.06 0.46 0.27
C2 0.04 0.00 0.25 0.19 0.03 0.15 0.03 0.35 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.20 0.16 0.27 0.29 0.31 0.81 0.42
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.25 0.01 0.19 0.03 0.43 0.01 0.02 0.01 0.23 0.33 0.22 0.35
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.29 0.00 0.36 0.01 0.35 0.18 0.23 0.31 0.25 0.02 0.01 0.02 0.25 0.19 0.24 0.32
C4 0.03 0.03 0.02 0.29 0.00 0.09 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.23 0.16 0.03 0.57 0.52 1.36 0.72
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.24 0.05 0.11 0.10 0.31 0.25 0.01 0.01 0.02 0.28 0.17 0.08
C5 0.01 0.03 0.17 0.36 0.01 0.22 0.00 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.39 0.33 0.17 0.75 0.54 1.53 0.87
C5' 0.14 0.35 0.21 0.01 0.27 0.01 0.26 0.00 0.22 0.20 0.35 0.29 0.48 0.06 0.19 0.03 0.01 0.07 0.31 0.02
C6 0.01 0.02 0.25 0.35 0.01 0.24 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.40 0.32 0.26 0.73 0.40 1.26 0.77
N1 0.01 0.02 0.01 0.18 0.02 0.05 0.02 0.20 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.13 0.05 0.01 0.44 0.22 0.85 0.49
N3 0.04 0.01 0.19 0.23 0.01 0.11 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.09 0.21 0.38 0.42 1.05 0.53
N4 0.04 0.03 0.03 0.31 0.01 0.10 0.01 0.29 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.25 0.20 0.03 0.60 0.61 1.51 0.79
O2 0.09 0.01 0.43 0.25 0.03 0.31 0.04 0.48 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.45 0.40 0.48 0.18 0.34 0.55 0.31
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.23 0.25 0.39 0.06 0.40 0.13 0.17 0.25 0.45 0.00 0.04 0.18 0.15 0.48 0.10 0.15
O3' 0.22 0.16 0.02 0.01 0.16 0.01 0.33 0.19 0.32 0.05 0.09 0.20 0.40 0.04 0.00 0.20 0.14 0.52 0.41 0.23
O4' 0.00 0.27 0.01 0.02 0.03 0.01 0.17 0.03 0.26 0.01 0.21 0.03 0.48 0.18 0.20 0.00 0.31 0.23 0.47 0.35
O5' 0.28 0.29 0.23 0.25 0.57 0.02 0.75 0.01 0.73 0.44 0.38 0.60 0.18 0.15 0.14 0.31 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.31 0.33 0.19 0.52 0.28 0.54 0.07 0.40 0.22 0.42 0.61 0.34 0.48 0.52 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.81 0.22 0.24 1.36 0.17 1.53 0.31 1.26 0.85 1.05 1.51 0.55 0.10 0.41 0.47 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.42 0.35 0.32 0.72 0.08 0.87 0.02 0.77 0.49 0.53 0.79 0.31 0.15 0.23 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.44 1.16 0.51 0.69 0.90 0.46 1.25 0.62 1.39 1.21 1.31 1.42 0.86 1.43 0.80 0.35 0.65 0.37 0.61 1.61 0.67 1.05 0.75
C2 0.39 1.07 0.43 0.47 0.87 0.22 1.15 0.30 1.30 1.02 1.23 1.20 0.82 1.23 0.73 0.20 0.49 0.23 0.45 1.47 0.54 0.81 0.54
C2' 0.43 0.90 0.26 0.33 0.71 0.24 1.16 0.42 1.23 1.31 1.05 1.35 0.56 1.50 0.78 0.54 0.31 0.38 0.80 1.50 0.87 1.12 0.89
C3' 1.05 1.68 0.94 1.00 1.43 0.93 1.85 1.15 1.98 1.94 1.91 1.98 1.28 2.14 1.42 0.99 0.86 1.01 1.34 2.20 1.38 1.80 1.51
C4 0.37 0.90 0.39 0.38 0.73 0.16 0.90 0.19 1.00 0.81 0.97 0.99 0.75 0.94 0.62 0.17 0.43 0.20 0.38 1.09 0.52 0.72 0.47
C4' 1.06 1.98 0.99 1.14 1.65 1.01 2.05 1.25 2.29 1.93 2.26 2.14 1.56 2.20 1.49 0.82 0.96 1.03 1.22 2.53 1.25 1.80 1.43
C5 0.40 0.92 0.49 0.54 0.72 0.37 0.88 0.43 0.94 0.88 0.92 1.08 0.79 0.97 0.63 0.27 0.50 0.32 0.48 1.02 0.58 0.86 0.59
C5' 1.23 2.35 1.07 1.23 1.97 1.15 2.40 1.42 2.75 2.13 2.74 2.42 1.89 2.45 1.71 0.85 0.93 1.22 1.32 3.00 1.34 1.98 1.57
C6 0.43 1.08 0.52 0.65 0.81 0.46 1.03 0.57 1.11 1.04 1.09 1.30 0.87 1.17 0.71 0.34 0.60 0.38 0.56 1.22 0.63 0.97 0.69
N1 0.42 1.09 0.49 0.59 0.86 0.37 1.15 0.49 1.27 1.10 1.21 1.31 0.84 1.29 0.75 0.30 0.56 0.31 0.54 1.44 0.60 0.94 0.65
N3 0.38 1.02 0.38 0.38 0.83 0.12 1.05 0.16 1.20 0.90 1.16 1.12 0.81 1.08 0.68 0.15 0.45 0.20 0.39 1.32 0.51 0.72 0.46
N4 0.33 0.82 0.31 0.28 0.65 0.08 0.75 0.06 0.85 0.63 0.87 0.88 0.69 0.73 0.52 0.19 0.45 0.17 0.29 0.91 0.49 0.58 0.36
O2 0.40 1.11 0.42 0.47 0.92 0.19 1.23 0.28 1.42 1.06 1.33 1.23 0.84 1.30 0.76 0.19 0.49 0.23 0.45 1.62 0.53 0.80 0.53
O2' 0.46 0.58 0.29 0.18 0.22 0.31 0.70 0.17 0.68 0.99 0.41 1.25 0.44 1.14 0.50 0.64 0.09 0.46 0.76 1.04 0.84 0.92 0.79
O3' 1.14 1.64 1.04 1.07 1.50 1.03 2.02 1.31 2.14 2.19 1.97 1.93 1.22 2.43 1.56 1.12 0.92 1.12 1.63 2.45 1.69 2.14 1.82
O4' 0.93 1.80 0.99 1.20 1.51 0.99 1.84 1.19 2.04 1.67 2.00 1.93 1.47 1.93 1.32 0.59 1.09 0.90 1.01 2.24 0.99 1.52 1.17
O5' 2.21 3.26 2.03 2.20 2.96 2.17 3.25 2.37 3.51 2.88 3.52 3.19 2.91 3.18 2.64 1.41 1.88 2.24 1.93 3.61 1.81 2.45 2.11
OP1 2.18 3.09 1.85 2.22 2.96 2.31 3.39 2.57 3.67 2.96 3.46 3.00 2.82 3.38 2.67 0.98 1.95 2.35 1.82 3.92 1.62 2.28 1.96
OP2 3.44 3.55 3.22 3.55 3.84 3.58 4.04 3.81 3.93 4.02 3.70 3.30 3.57 4.14 3.78 2.53 3.21 3.59 3.25 3.90 3.08 3.65 3.39
P 2.51 3.24 2.29 2.61 3.16 2.63 3.45 2.87 3.60 3.15 3.48 3.15 3.04 3.42 2.92 1.53 2.33 2.64 2.23 3.68 2.05 2.65 2.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.33 0.01 0.31 0.06 0.28 0.15 0.11
C2 0.06 0.00 0.46 0.34 0.01 0.15 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.24 0.32 0.47 0.03 0.44 0.58 0.39
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.25 0.01 0.15 0.17 0.25 0.20 0.38 0.54 0.45 0.09 0.03 0.00 0.05 0.02 0.60 0.21 0.69 0.56 0.55
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.32 0.01 0.40 0.01 0.44 0.30 0.41 0.31 0.29 0.38 0.23 0.02 0.00 0.01 0.38 0.48 0.61 0.20 0.35
C4 0.04 0.01 0.25 0.32 0.00 0.08 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.15 0.49 0.02 0.42 0.53 0.40
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.14 0.32 0.10 0.21 0.16 0.29 0.12 0.27 0.02 0.00 0.01 0.19 0.22 0.30 0.06
C5 0.03 0.02 0.15 0.40 0.00 0.16 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.14 0.05 0.62 0.02 0.59 0.78 0.60
C5' 0.04 0.14 0.17 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.24 0.42 0.14 0.20 0.15 0.42 0.17 0.07 0.19 0.01 0.01 0.32 0.28 0.42 0.01
C6 0.05 0.02 0.25 0.44 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.20 0.19 0.12 0.63 0.00 0.64 0.89 0.65
C8 0.02 0.02 0.20 0.30 0.01 0.32 0.02 0.42 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.49 0.09 0.22 0.62 0.05 0.54 0.59 0.55
N1 0.06 0.01 0.38 0.41 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.21 0.23 0.56 0.03 0.54 0.77 0.54
N2 0.04 0.01 0.54 0.31 0.02 0.21 0.02 0.20 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.43 0.28 0.38 0.45 0.05 0.44 0.53 0.35
N3 0.07 0.01 0.45 0.29 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.26 0.31 0.42 0.02 0.37 0.43 0.29
N7 0.01 0.02 0.09 0.38 0.01 0.29 0.01 0.42 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.46 0.15 0.13 0.71 0.05 0.70 0.86 0.73
N9 0.00 0.01 0.03 0.23 0.01 0.12 0.02 0.17 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.11 0.01 0.45 0.04 0.35 0.37 0.31
O2' 0.01 0.28 0.00 0.02 0.10 0.27 0.25 0.07 0.20 0.49 0.15 0.43 0.29 0.46 0.21 0.00 0.06 0.21 0.33 0.27 0.45 0.61 0.38
O3' 0.33 0.24 0.05 0.00 0.15 0.02 0.14 0.19 0.19 0.09 0.21 0.28 0.26 0.15 0.11 0.06 0.00 0.21 0.20 0.24 0.45 0.08 0.21
O4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.15 0.00 0.05 0.01 0.12 0.22 0.23 0.38 0.31 0.13 0.01 0.21 0.21 0.00 0.10 0.06 0.07 0.42 0.20
O5' 0.31 0.47 0.60 0.38 0.49 0.01 0.62 0.01 0.63 0.62 0.56 0.45 0.42 0.71 0.45 0.33 0.20 0.10 0.00 0.69 0.02 0.01 0.01
O6 0.06 0.03 0.21 0.48 0.02 0.19 0.02 0.32 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.27 0.24 0.06 0.69 0.00 0.76 1.05 0.77
OP1 0.28 0.44 0.69 0.61 0.42 0.22 0.59 0.28 0.64 0.54 0.54 0.44 0.37 0.70 0.35 0.45 0.45 0.07 0.02 0.76 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.58 0.56 0.20 0.53 0.30 0.78 0.42 0.89 0.59 0.77 0.53 0.43 0.86 0.37 0.61 0.08 0.42 0.01 1.05 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.39 0.55 0.35 0.40 0.06 0.60 0.01 0.65 0.55 0.54 0.35 0.29 0.73 0.31 0.38 0.21 0.20 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00