ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54283

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.312, 0.745, 1.179, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.745 std_dev=0.433
C3' B 0, 0.325, 0.770, 1.215, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.770 std_dev=0.445
C2' A 0, 0.335, 0.806, 1.277, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.806 std_dev=0.471
C2' B 0, 0.302, 0.787, 1.272, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.787 std_dev=0.485
C5' B 0, 0.365, 0.868, 1.370, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.868 std_dev=0.503
O2' A 0, 0.390, 0.949, 1.508, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.949 std_dev=0.559
C4' B 0, 0.446, 1.059, 1.673, 1.498 max_d=1.498 avg_d=1.059 std_dev=0.614
C4' A 0, 0.457, 1.097, 1.737, 1.539 max_d=1.539 avg_d=1.097 std_dev=0.640
O2' B 0, 0.463, 1.161, 1.859, 1.708 max_d=1.708 avg_d=1.161 std_dev=0.698
C3' A 0, 0.517, 1.246, 1.975, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.246 std_dev=0.729
O5' B 0, 0.649, 1.550, 2.451, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.550 std_dev=0.901
O5' A 0, 0.655, 1.566, 2.477, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.566 std_dev=0.911
O3' A 0, 0.738, 1.782, 2.826, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.782 std_dev=1.044
O3' B 0, 0.767, 1.827, 2.887, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.827 std_dev=1.060
C5' A 0, 0.794, 1.905, 3.016, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.905 std_dev=1.111
OP1 B 0, 0.780, 1.937, 3.094, 3.068 max_d=3.068 avg_d=1.937 std_dev=1.157
C1' B 0, 1.015, 2.420, 3.824, 3.460 max_d=3.460 avg_d=2.420 std_dev=1.404
O4' B 0, 1.023, 2.436, 3.848, 3.463 max_d=3.463 avg_d=2.436 std_dev=1.412
P B 0, 1.074, 2.556, 4.037, 3.625 max_d=3.625 avg_d=2.556 std_dev=1.481
P A 0, 1.248, 2.964, 4.680, 4.059 max_d=4.059 avg_d=2.964 std_dev=1.716
N9 B 0, 1.686, 4.001, 6.316, 5.587 max_d=5.587 avg_d=4.001 std_dev=2.315
OP2 A 0, 1.788, 4.246, 6.704, 5.810 max_d=5.810 avg_d=4.246 std_dev=2.458
OP1 A 0, 1.891, 4.482, 7.072, 6.081 max_d=6.081 avg_d=4.482 std_dev=2.591
OP2 B 0, 1.897, 4.494, 7.091, 6.173 max_d=6.173 avg_d=4.494 std_dev=2.597
C8 B 0, 1.955, 4.640, 7.326, 6.478 max_d=6.478 avg_d=4.640 std_dev=2.685
C4 B 0, 2.327, 5.511, 8.696, 7.540 max_d=7.540 avg_d=5.511 std_dev=3.184
N3 B 0, 2.378, 5.626, 8.875, 7.589 max_d=7.589 avg_d=5.626 std_dev=3.249
N7 B 0, 2.726, 6.460, 10.193, 8.895 max_d=8.895 avg_d=6.460 std_dev=3.734
C5 B 0, 2.947, 6.979, 11.011, 9.539 max_d=9.539 avg_d=6.979 std_dev=4.032
C2 B 0, 3.074, 7.272, 11.471, 9.740 max_d=9.740 avg_d=7.272 std_dev=4.199
N2 B 0, 3.241, 7.668, 12.096, 10.277 max_d=10.277 avg_d=7.668 std_dev=4.428
N1 B 0, 3.700, 8.755, 13.811, 11.784 max_d=11.784 avg_d=8.755 std_dev=5.055
C6 B 0, 3.712, 8.786, 13.860, 11.915 max_d=11.915 avg_d=8.786 std_dev=5.074
O6 B 0, 4.360, 10.321, 16.281, 13.989 max_d=13.989 avg_d=10.321 std_dev=5.960

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.07 0.28 0.12 0.07
C2 0.03 0.00 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.04 0.05 0.49 0.19 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.17 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.15 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.02 0.11 0.01 0.05 0.03 0.14 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.13 0.03
C4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.55 0.23 0.15
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.05 0.01 0.47 0.21 0.13
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.06 0.04 0.39 0.17 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.40 0.16 0.10
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.03 0.03 0.55 0.22 0.15
N4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.01 0.58 0.25 0.17
O2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.18 0.06 0.06 0.47 0.18 0.12
O2' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.11 0.07 0.20 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.11 0.03
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.12 0.04 0.12 0.00 0.07 0.04 0.18 0.02 0.00 0.02 0.12 0.11 0.10 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.11 0.24 0.07 0.08
O5' 0.07 0.05 0.06 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.06 0.03 0.12 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.28 0.49 0.15 0.04 0.55 0.04 0.47 0.08 0.39 0.40 0.55 0.58 0.47 0.09 0.11 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.19 0.15 0.13 0.23 0.05 0.21 0.09 0.17 0.16 0.22 0.25 0.18 0.11 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.05 0.03 0.15 0.02 0.13 0.01 0.10 0.10 0.15 0.17 0.12 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.24 0.01 0.06 0.13 0.27 0.29 0.21 0.40 0.19 0.36 0.27 0.11 0.31 0.05 0.32 0.10 0.35 0.02 0.49 0.21 0.14 0.03
C2 0.41 0.43 0.11 0.05 0.34 0.28 0.24 0.23 0.24 0.25 0.33 0.53 0.45 0.20 0.33 0.23 0.21 0.49 0.11 0.18 0.16 0.18 0.15
C2' 0.08 0.59 0.20 0.23 0.49 0.08 0.66 0.05 0.79 0.48 0.75 0.57 0.42 0.65 0.35 0.22 0.18 0.09 0.24 0.90 0.30 0.39 0.25
C3' 0.20 0.77 0.25 0.30 0.68 0.09 0.87 0.15 1.01 0.66 0.95 0.73 0.60 0.85 0.52 0.22 0.18 0.10 0.37 1.12 0.42 0.57 0.42
C4 0.55 0.84 0.19 0.08 0.70 0.27 0.65 0.23 0.69 0.52 0.78 0.90 0.82 0.56 0.60 0.11 0.27 0.56 0.21 0.67 0.12 0.41 0.29
C4' 0.01 0.58 0.07 0.12 0.48 0.16 0.69 0.07 0.83 0.49 0.77 0.55 0.40 0.69 0.32 0.36 0.03 0.14 0.21 0.96 0.33 0.45 0.27
C5 0.49 0.52 0.16 0.08 0.48 0.27 0.42 0.22 0.41 0.38 0.46 0.56 0.55 0.37 0.45 0.13 0.25 0.51 0.18 0.38 0.12 0.32 0.23
C5' 0.05 0.57 0.09 0.09 0.48 0.13 0.69 0.02 0.81 0.50 0.74 0.53 0.41 0.70 0.33 0.40 0.03 0.10 0.25 0.94 0.39 0.50 0.34
C6 0.34 0.19 0.07 0.05 0.16 0.28 0.07 0.22 0.02 0.16 0.10 0.26 0.23 0.11 0.21 0.25 0.19 0.43 0.10 0.03 0.14 0.14 0.12
N1 0.32 0.19 0.06 0.05 0.13 0.28 0.02 0.22 0.06 0.13 0.11 0.28 0.22 0.09 0.18 0.27 0.17 0.43 0.07 0.11 0.17 0.09 0.09
N3 0.51 0.75 0.16 0.07 0.59 0.28 0.53 0.23 0.57 0.43 0.67 0.84 0.72 0.45 0.51 0.16 0.25 0.54 0.18 0.54 0.13 0.33 0.24
N4 0.63 1.22 0.24 0.10 0.99 0.25 0.98 0.23 1.08 0.73 1.18 1.29 1.14 0.84 0.79 0.11 0.30 0.59 0.28 1.07 0.15 0.57 0.38
O2 0.39 0.39 0.09 0.05 0.29 0.29 0.18 0.23 0.17 0.20 0.28 0.50 0.41 0.13 0.29 0.25 0.19 0.48 0.09 0.10 0.18 0.12 0.12
O2' 0.11 0.72 0.20 0.22 0.58 0.11 0.79 0.08 0.96 0.56 0.93 0.71 0.52 0.76 0.41 0.23 0.13 0.11 0.24 1.10 0.29 0.47 0.27
O3' 0.42 1.14 0.37 0.41 1.01 0.23 1.26 0.31 1.45 0.96 1.38 1.07 0.92 1.21 0.80 0.13 0.21 0.30 0.56 1.59 0.57 0.83 0.63
O4' 0.26 0.28 0.10 0.04 0.16 0.36 0.32 0.28 0.44 0.17 0.40 0.31 0.16 0.33 0.02 0.44 0.05 0.41 0.04 0.55 0.26 0.15 0.08
O5' 0.04 0.41 0.07 0.10 0.36 0.12 0.53 0.05 0.60 0.41 0.54 0.39 0.30 0.55 0.25 0.40 0.01 0.10 0.22 0.69 0.31 0.38 0.26
OP1 0.06 0.25 0.07 0.02 0.17 0.03 0.26 0.06 0.33 0.17 0.31 0.26 0.17 0.26 0.09 0.20 0.02 0.04 0.10 0.38 0.38 0.19 0.22
OP2 0.24 0.29 0.38 0.09 0.21 0.09 0.27 0.36 0.31 0.24 0.28 0.35 0.29 0.34 0.15 0.63 0.02 0.11 0.48 0.37 0.73 0.57 0.60
P 0.10 0.24 0.15 0.03 0.18 0.02 0.29 0.11 0.34 0.22 0.31 0.26 0.18 0.32 0.11 0.37 0.00 0.07 0.20 0.40 0.39 0.28 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.17 0.09
C2 0.02 0.00 0.17 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.22 0.08 0.08 0.00 0.04 0.18 0.13
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.11 0.03 0.10 0.01 0.12 0.01 0.16 0.19 0.15 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.12 0.07 0.18 0.09
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.17 0.13 0.18 0.17 0.14 0.15 0.10 0.00 0.01 0.01 0.04 0.18 0.09 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.05 0.09 0.00 0.07 0.18 0.14
C4' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.02 0.04 0.01 0.10 0.05 0.10 0.04 0.00 0.02 0.07 0.04 0.08 0.03
C5 0.00 0.00 0.10 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.20 0.04 0.14 0.00 0.11 0.20 0.18
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.13 0.05 0.02 0.02 0.14 0.06 0.09 0.03 0.01 0.00 0.11 0.06 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.12 0.17 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.23 0.06 0.15 0.00 0.12 0.21 0.19
C8 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.01 0.15 0.01 0.13 0.18 0.16
N1 0.01 0.00 0.16 0.18 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.24 0.07 0.11 0.00 0.08 0.20 0.16
N2 0.02 0.00 0.19 0.17 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.24 0.08 0.06 0.01 0.02 0.18 0.12
N3 0.01 0.00 0.15 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.17 0.07 0.05 0.00 0.03 0.17 0.12
N7 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.01 0.18 0.01 0.16 0.21 0.20
N9 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.07 0.00 0.07 0.17 0.12
O2' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.11 0.10 0.09 0.09 0.13 0.02 0.18 0.25 0.18 0.03 0.02 0.00 0.02 0.11 0.04 0.12 0.04 0.14 0.06
O3' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.16 0.04 0.20 0.03 0.23 0.15 0.24 0.24 0.17 0.19 0.10 0.02 0.00 0.02 0.04 0.25 0.15 0.03 0.06
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.01 0.02 0.11 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.14 0.06
O5' 0.02 0.08 0.06 0.04 0.09 0.02 0.14 0.00 0.15 0.15 0.11 0.06 0.05 0.18 0.07 0.04 0.04 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.12 0.18 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.25 0.05 0.18 0.00 0.15 0.24 0.22
OP1 0.03 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.11 0.06 0.12 0.13 0.08 0.02 0.03 0.16 0.07 0.04 0.15 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.18 0.18 0.10 0.18 0.08 0.20 0.03 0.21 0.18 0.20 0.18 0.17 0.21 0.17 0.14 0.03 0.14 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.09 0.06 0.14 0.03 0.18 0.00 0.19 0.16 0.16 0.12 0.12 0.20 0.12 0.06 0.06 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00