ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54284

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.002, 0.031, 0.059, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.031 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.019, 0.051, 0.082, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.051 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.018, 0.053, 0.088, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.053 std_dev=0.035
O4' B 0, 0.164, 0.401, 0.639, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.401 std_dev=0.238
C2' A 0, 0.141, 0.402, 0.663, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.402 std_dev=0.261
O4' A 0, 0.160, 0.446, 0.731, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.446 std_dev=0.285
O2' A 0, 0.114, 0.449, 0.783, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.449 std_dev=0.334
C4' A 0, 0.244, 0.623, 1.003, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.623 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.197, 0.592, 0.987, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.592 std_dev=0.395
C3' A 0, 0.250, 0.649, 1.049, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.649 std_dev=0.400
C4' B 0, 0.191, 0.604, 1.017, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.604 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.307, 0.736, 1.165, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.736 std_dev=0.429
O3' A 0, 0.341, 0.849, 1.356, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.849 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.328, 0.861, 1.393, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.861 std_dev=0.532
C5' B 0, 0.283, 0.845, 1.407, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.845 std_dev=0.562
N9 B 0, 0.146, 0.744, 1.343, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.744 std_dev=0.598
O2' B 0, 0.472, 1.119, 1.766, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.119 std_dev=0.647
O3' B 0, 0.425, 1.084, 1.743, 1.650 max_d=1.650 avg_d=1.084 std_dev=0.659
O5' A 0, 0.264, 0.927, 1.590, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.927 std_dev=0.663
C8 B 0, 0.071, 0.769, 1.468, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.769 std_dev=0.699
C5' A 0, 0.446, 1.191, 1.937, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.191 std_dev=0.746
C4 B 0, 0.430, 1.381, 2.332, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.381 std_dev=0.951
P A 0, 0.493, 1.511, 2.529, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.511 std_dev=1.018
N7 B 0, 0.124, 1.176, 2.228, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.176 std_dev=1.052
C5 B 0, 0.414, 1.565, 2.715, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.565 std_dev=1.151
N3 B 0, 0.677, 1.879, 3.081, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.879 std_dev=1.202
OP1 A 0, 0.733, 2.078, 3.423, 3.321 max_d=3.321 avg_d=2.078 std_dev=1.345
OP2 A 0, 0.788, 2.224, 3.659, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.224 std_dev=1.436
C6 B 0, 0.720, 2.274, 3.829, 4.391 max_d=4.391 avg_d=2.274 std_dev=1.554
C2 B 0, 0.942, 2.525, 4.107, 4.370 max_d=4.370 avg_d=2.525 std_dev=1.583
N1 B 0, 0.974, 2.695, 4.416, 4.795 max_d=4.795 avg_d=2.695 std_dev=1.721
O5' B 0, 0.509, 2.281, 4.054, 4.132 max_d=4.132 avg_d=2.281 std_dev=1.773
O6 B 0, 0.778, 2.610, 4.442, 5.182 max_d=5.182 avg_d=2.610 std_dev=1.832
N2 B 0, 1.180, 3.110, 5.040, 5.296 max_d=5.296 avg_d=3.110 std_dev=1.930
OP1 B 0, 1.428, 3.486, 5.545, 5.189 max_d=5.189 avg_d=3.486 std_dev=2.058
P B 0, 1.151, 3.319, 5.487, 5.457 max_d=5.457 avg_d=3.319 std_dev=2.168
OP2 B 0, 1.645, 4.818, 7.992, 7.859 max_d=7.859 avg_d=4.818 std_dev=3.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.15 0.25 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.17 0.09 0.35 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.12 0.00 0.03 0.01 0.14 0.19 0.24 0.05
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.02 0.14 0.08 0.10 0.13 0.13 0.02 0.01 0.01 0.19 0.20 0.29 0.04
C4 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.15 0.04 0.17 0.07 0.33 0.15
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.20 0.30 0.01
C5 0.03 0.03 0.04 0.14 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.17 0.07 0.15 0.08 0.24 0.12
C5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.10 0.06 0.03 0.03 0.01 0.22 0.31 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.14 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.15 0.06 0.15 0.07 0.23 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.13 0.08 0.28 0.09
N3 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.11 0.03 0.18 0.09 0.36 0.16
N4 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.05 0.18 0.08 0.37 0.18
O2 0.05 0.01 0.12 0.13 0.04 0.07 0.05 0.10 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.14 0.04 0.18 0.11 0.38 0.17
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.16 0.28 0.02
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.03 0.15 0.06 0.11 0.17 0.14 0.08 0.00 0.03 0.21 0.19 0.39 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.00 0.15 0.16 0.24 0.06
O5' 0.09 0.17 0.14 0.19 0.17 0.02 0.15 0.01 0.15 0.13 0.18 0.18 0.18 0.07 0.21 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.09 0.19 0.20 0.07 0.20 0.08 0.22 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.16 0.19 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.35 0.24 0.29 0.33 0.30 0.24 0.31 0.23 0.28 0.36 0.37 0.38 0.28 0.39 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.15 0.05 0.04 0.15 0.01 0.12 0.01 0.09 0.09 0.16 0.18 0.17 0.02 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 1.22 0.14 0.13 0.69 0.18 0.63 0.18 0.83 0.24 1.10 1.56 1.02 0.37 0.39 0.17 0.12 0.22 0.16 0.78 1.08 0.61 0.44
C2 0.25 1.44 0.10 0.09 0.80 0.12 0.76 0.13 1.03 0.28 1.35 1.84 1.17 0.47 0.41 0.13 0.10 0.19 0.21 1.00 0.80 0.79 0.45
C2' 0.28 1.20 0.18 0.12 0.68 0.14 0.64 0.13 0.85 0.28 1.11 1.55 0.98 0.41 0.39 0.27 0.11 0.20 0.20 0.82 1.04 0.69 0.46
C3' 0.23 0.94 0.22 0.14 0.51 0.12 0.47 0.10 0.63 0.24 0.86 1.25 0.77 0.31 0.30 0.33 0.15 0.17 0.27 0.61 0.96 0.81 0.49
C4 0.20 1.40 0.11 0.10 0.78 0.12 0.76 0.15 1.01 0.29 1.30 1.72 1.15 0.48 0.39 0.18 0.11 0.19 0.40 0.98 0.57 1.01 0.56
C4' 0.26 0.93 0.13 0.13 0.53 0.16 0.46 0.16 0.60 0.19 0.83 1.22 0.80 0.27 0.31 0.17 0.12 0.20 0.43 0.55 1.14 0.94 0.62
C5 0.21 1.15 0.11 0.09 0.68 0.12 0.63 0.14 0.81 0.25 1.05 1.41 1.00 0.39 0.36 0.18 0.09 0.19 0.27 0.76 0.60 0.80 0.44
C5' 0.25 0.77 0.13 0.14 0.44 0.15 0.37 0.14 0.47 0.16 0.66 1.02 0.67 0.21 0.27 0.11 0.12 0.18 0.54 0.41 1.02 1.10 0.66
C6 0.24 1.11 0.10 0.06 0.65 0.12 0.58 0.13 0.76 0.23 1.00 1.39 0.96 0.35 0.35 0.18 0.05 0.19 0.10 0.71 0.79 0.62 0.36
N1 0.25 1.26 0.10 0.08 0.71 0.12 0.65 0.12 0.87 0.24 1.15 1.61 1.06 0.39 0.38 0.16 0.07 0.19 0.10 0.83 0.86 0.64 0.39
N3 0.22 1.50 0.12 0.10 0.82 0.13 0.80 0.14 1.09 0.30 1.41 1.90 1.20 0.50 0.41 0.16 0.11 0.19 0.36 1.07 0.66 0.98 0.55
N4 0.17 1.47 0.12 0.10 0.82 0.11 0.83 0.16 1.11 0.32 1.40 1.76 1.17 0.54 0.39 0.19 0.13 0.17 0.50 1.09 0.49 1.18 0.65
O2 0.26 1.51 0.11 0.10 0.83 0.13 0.80 0.13 1.09 0.29 1.43 1.94 1.21 0.49 0.43 0.11 0.12 0.20 0.17 1.07 0.87 0.77 0.44
O2' 0.28 1.25 0.16 0.10 0.69 0.14 0.65 0.15 0.88 0.27 1.16 1.61 1.01 0.40 0.39 0.26 0.10 0.20 0.23 0.85 1.15 0.69 0.48
O3' 0.22 0.82 0.28 0.17 0.44 0.12 0.42 0.10 0.56 0.25 0.76 1.11 0.65 0.29 0.27 0.43 0.19 0.16 0.33 0.55 1.00 0.96 0.55
O4' 0.32 1.08 0.17 0.18 0.64 0.22 0.55 0.22 0.71 0.22 0.96 1.39 0.94 0.32 0.38 0.13 0.16 0.26 0.31 0.65 1.16 0.71 0.52
O5' 0.21 0.80 0.09 0.07 0.44 0.16 0.35 0.24 0.46 0.07 0.67 1.06 0.71 0.15 0.23 0.20 0.03 0.08 0.41 0.39 0.76 0.76 0.42
OP1 0.11 0.29 0.13 0.09 0.13 0.16 0.10 0.29 0.11 0.16 0.18 0.47 0.28 0.16 0.10 0.24 0.01 0.08 0.52 0.14 0.43 1.09 0.45
OP2 0.33 0.66 0.22 0.13 0.48 0.07 0.47 0.15 0.52 0.34 0.62 0.81 0.60 0.40 0.39 0.32 0.01 0.16 0.46 0.50 0.41 0.92 0.42
P 0.20 0.53 0.10 0.01 0.32 0.07 0.25 0.14 0.30 0.11 0.44 0.72 0.49 0.14 0.20 0.17 0.01 0.04 0.43 0.25 0.51 0.88 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.14 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.10 0.22 0.14 0.03 0.01 0.02 0.16 0.00 0.11 0.03 0.11 0.40 0.18
C2 0.14 0.00 0.13 0.08 0.02 0.20 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.19 0.42 0.27 0.18 0.03 0.34 0.59 0.30
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.09 0.09 0.12 0.12 0.14 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.32 0.08 0.20 0.45 0.24
C3' 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.01 0.20 0.09 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.10 0.35 0.62 0.36
C4 0.06 0.02 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.25 0.12 0.32 0.01 0.49 0.67 0.42
C4' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.20 0.10 0.33 0.20 0.18 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.27 0.26 0.13
C5 0.04 0.02 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.05 0.54 0.02 0.86 0.96 0.69
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.26 0.31 0.14 0.15 0.06 0.34 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.05 0.02
C6 0.05 0.02 0.09 0.06 0.01 0.06 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.23 0.08 0.56 0.01 0.93 1.04 0.74
C8 0.04 0.03 0.09 0.09 0.01 0.20 0.01 0.31 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.22 0.07 0.16 0.62 0.05 0.90 0.96 0.74
N1 0.10 0.01 0.12 0.01 0.03 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.10 0.34 0.18 0.38 0.03 0.65 0.81 0.52
N2 0.22 0.01 0.12 0.20 0.05 0.33 0.03 0.15 0.04 0.05 0.04 0.00 0.06 0.03 0.09 0.22 0.57 0.37 0.07 0.07 0.16 0.51 0.19
N3 0.14 0.01 0.14 0.09 0.01 0.20 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.21 0.40 0.26 0.12 0.02 0.21 0.52 0.23
N7 0.03 0.03 0.06 0.10 0.01 0.18 0.01 0.34 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.20 0.10 0.10 0.71 0.06 1.12 1.17 0.89
N9 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.13 0.02 0.01 0.04 0.09 0.04 0.03 0.00 0.08 0.15 0.01 0.33 0.02 0.47 0.63 0.41
O2' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.04 0.04 0.22 0.10 0.22 0.21 0.20 0.08 0.00 0.02 0.00 0.41 0.07 0.24 0.63 0.34
O3' 0.16 0.42 0.03 0.00 0.25 0.02 0.19 0.01 0.23 0.07 0.34 0.57 0.40 0.10 0.15 0.02 0.00 0.07 0.36 0.19 0.50 0.66 0.37
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.16 0.18 0.37 0.26 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.32 0.05 0.04 0.58 0.32
O5' 0.11 0.18 0.32 0.44 0.32 0.02 0.54 0.01 0.56 0.62 0.38 0.07 0.12 0.71 0.33 0.41 0.36 0.32 0.00 0.69 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.08 0.10 0.01 0.11 0.02 0.33 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.19 0.05 0.69 0.00 1.17 1.24 0.91
OP1 0.11 0.34 0.20 0.35 0.49 0.27 0.86 0.16 0.93 0.90 0.65 0.16 0.21 1.12 0.47 0.24 0.50 0.04 0.02 1.17 0.00 0.02 0.02
OP2 0.40 0.59 0.45 0.62 0.67 0.26 0.96 0.05 1.04 0.96 0.81 0.51 0.52 1.17 0.63 0.63 0.66 0.58 0.01 1.24 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.30 0.24 0.36 0.42 0.13 0.69 0.02 0.74 0.74 0.52 0.19 0.23 0.89 0.41 0.34 0.37 0.32 0.01 0.91 0.02 0.01 0.00