ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54286

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.018, 0.066, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.066 std_dev=0.049
N4 A 0, -0.002, 0.050, 0.101, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.050 std_dev=0.052
O4' A 0, -0.004, 0.048, 0.100, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.048 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.020, 0.096, 0.173, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.096 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.020, 0.156, 0.291, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.156 std_dev=0.135
C4' A 0, -0.022, 0.139, 0.300, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.139 std_dev=0.161
C3' B 0, 0.070, 0.243, 0.417, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.243 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.008, 0.195, 0.381, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.195 std_dev=0.186
O5' B 0, 0.075, 0.265, 0.456, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.265 std_dev=0.190
P A 0, 0.049, 0.246, 0.443, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.246 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.050, 0.266, 0.482, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.266 std_dev=0.216
C4' B 0, 0.072, 0.294, 0.517, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.294 std_dev=0.223
O3' B 0, 0.086, 0.324, 0.562, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.324 std_dev=0.238
C5' B 0, 0.076, 0.321, 0.566, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.321 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.047, 0.303, 0.559, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.303 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.055, 0.318, 0.581, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.318 std_dev=0.263
OP1 A 0, 0.059, 0.357, 0.654, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.357 std_dev=0.298
P B 0, 0.128, 0.439, 0.750, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.439 std_dev=0.311
C5' A 0, -0.033, 0.300, 0.634, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.300 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.006, 0.411, 0.817, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.411 std_dev=0.406
OP2 A 0, 0.124, 0.532, 0.940, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.532 std_dev=0.408
N9 B 0, -0.011, 0.406, 0.823, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.406 std_dev=0.417
N3 B 0, -0.041, 0.422, 0.885, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.422 std_dev=0.463
C4 B 0, -0.050, 0.466, 0.981, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.466 std_dev=0.515
O5' A 0, -0.006, 0.519, 1.044, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.519 std_dev=0.525
OP2 B 0, 0.135, 0.661, 1.187, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.661 std_dev=0.526
N2 B 0, -0.074, 0.457, 0.988, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.457 std_dev=0.531
C8 B 0, -0.048, 0.508, 1.064, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.508 std_dev=0.556
C2 B 0, -0.075, 0.482, 1.039, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.482 std_dev=0.557
OP1 B 0, 0.126, 0.714, 1.302, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.714 std_dev=0.588
C5 B 0, -0.093, 0.574, 1.241, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.574 std_dev=0.667
N1 B 0, -0.110, 0.582, 1.274, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.582 std_dev=0.692
N7 B 0, -0.096, 0.606, 1.309, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.606 std_dev=0.702
C6 B 0, -0.126, 0.636, 1.398, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.636 std_dev=0.762
O6 B 0, -0.158, 0.731, 1.620, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.731 std_dev=0.889

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.27 0.16 0.42 0.20
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.29 0.13 0.30 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.42 0.14
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.12 0.08 0.40 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.39 0.14 0.22 0.20
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.07 0.07 0.10 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.04 0.38 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.12 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.46 0.15 0.24 0.21
C5' 0.08 0.19 0.04 0.02 0.28 0.01 0.31 0.00 0.27 0.20 0.24 0.29 0.14 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.46 0.16 0.30 0.22
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.35 0.15 0.34 0.20
N3 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.33 0.13 0.25 0.18
N4 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.40 0.15 0.19 0.20
O2 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.22 0.12 0.30 0.15
O2' 0.03 0.08 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.03 0.01 0.09 0.07 0.12 0.00 0.05 0.10 0.11 0.02 0.37 0.06
O3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.39 0.06 0.35 0.06
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.04 0.00 0.34 0.18 0.45 0.22
O5' 0.27 0.29 0.05 0.12 0.39 0.02 0.46 0.01 0.46 0.35 0.33 0.40 0.22 0.11 0.39 0.34 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.13 0.11 0.08 0.14 0.04 0.15 0.05 0.16 0.15 0.13 0.15 0.12 0.02 0.06 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.30 0.42 0.40 0.22 0.38 0.24 0.29 0.30 0.34 0.25 0.19 0.30 0.37 0.35 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.17 0.14 0.08 0.20 0.06 0.21 0.02 0.22 0.20 0.18 0.20 0.15 0.06 0.06 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.27 0.13 0.11 0.19 0.04 0.19 0.14 0.23 0.10 0.26 0.30 0.24 0.14 0.13 0.28 0.12 0.15 0.09 0.24 0.42 0.15 0.17
C2 0.06 0.31 0.12 0.11 0.22 0.10 0.24 0.16 0.28 0.14 0.31 0.33 0.27 0.19 0.15 0.25 0.08 0.10 0.06 0.29 0.32 0.05 0.09
C2' 0.05 0.24 0.16 0.11 0.14 0.04 0.14 0.13 0.19 0.05 0.23 0.28 0.20 0.08 0.08 0.31 0.11 0.12 0.08 0.19 0.39 0.18 0.17
C3' 0.06 0.09 0.24 0.16 0.01 0.08 0.02 0.16 0.03 0.09 0.07 0.14 0.06 0.07 0.05 0.39 0.17 0.03 0.14 0.03 0.42 0.29 0.24
C4 0.12 0.39 0.06 0.10 0.32 0.13 0.33 0.18 0.37 0.23 0.39 0.39 0.37 0.28 0.23 0.12 0.10 0.10 0.06 0.37 0.25 0.14 0.06
C4' 0.09 0.06 0.28 0.23 0.03 0.13 0.05 0.24 0.00 0.13 0.04 0.11 0.04 0.10 0.08 0.41 0.30 0.01 0.24 0.01 0.56 0.43 0.36
C5 0.15 0.35 0.06 0.10 0.31 0.11 0.31 0.18 0.34 0.23 0.35 0.35 0.34 0.27 0.25 0.12 0.10 0.15 0.07 0.34 0.30 0.07 0.08
C5' 0.28 0.17 0.43 0.38 0.25 0.27 0.27 0.36 0.24 0.33 0.20 0.13 0.19 0.31 0.29 0.52 0.48 0.20 0.38 0.24 0.64 0.59 0.49
C6 0.12 0.31 0.08 0.11 0.25 0.07 0.25 0.16 0.28 0.17 0.30 0.32 0.29 0.21 0.19 0.19 0.11 0.17 0.08 0.29 0.36 0.07 0.13
N1 0.08 0.29 0.11 0.11 0.22 0.07 0.22 0.16 0.26 0.14 0.29 0.32 0.26 0.18 0.15 0.25 0.10 0.14 0.08 0.27 0.37 0.08 0.13
N3 0.07 0.35 0.09 0.11 0.26 0.12 0.28 0.17 0.33 0.18 0.36 0.37 0.31 0.23 0.18 0.19 0.08 0.08 0.06 0.34 0.27 0.11 0.06
N4 0.14 0.48 0.08 0.08 0.40 0.15 0.41 0.18 0.45 0.29 0.47 0.46 0.46 0.35 0.29 0.07 0.14 0.07 0.06 0.45 0.18 0.24 0.08
O2 0.04 0.29 0.14 0.12 0.19 0.09 0.21 0.16 0.26 0.12 0.29 0.32 0.24 0.17 0.12 0.29 0.07 0.10 0.06 0.28 0.33 0.04 0.09
O2' 0.03 0.28 0.21 0.17 0.15 0.09 0.14 0.21 0.20 0.02 0.26 0.34 0.22 0.06 0.06 0.34 0.18 0.09 0.16 0.21 0.53 0.28 0.27
O3' 0.08 0.09 0.27 0.18 0.03 0.10 0.05 0.18 0.02 0.14 0.06 0.15 0.05 0.12 0.08 0.39 0.19 0.01 0.17 0.02 0.46 0.37 0.29
O4' 0.07 0.24 0.12 0.10 0.17 0.01 0.16 0.14 0.20 0.08 0.23 0.26 0.21 0.11 0.11 0.26 0.15 0.16 0.11 0.20 0.47 0.23 0.22
O5' 0.29 0.32 0.01 0.13 0.27 0.42 0.24 0.32 0.26 0.18 0.30 0.35 0.32 0.19 0.25 0.23 0.01 0.48 0.22 0.25 0.09 0.09 0.08
OP1 0.03 0.04 0.11 0.03 0.04 0.19 0.09 0.14 0.07 0.15 0.03 0.08 0.04 0.16 0.06 0.16 0.02 0.14 0.07 0.09 0.26 0.45 0.22
OP2 0.22 0.22 0.44 0.16 0.32 0.02 0.38 0.06 0.35 0.44 0.28 0.16 0.22 0.45 0.34 0.58 0.01 0.07 0.16 0.38 0.29 0.47 0.27
P 0.04 0.07 0.17 0.01 0.02 0.16 0.05 0.09 0.03 0.11 0.04 0.12 0.07 0.11 0.04 0.27 0.00 0.16 0.03 0.04 0.22 0.31 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.00 0.14 0.02 0.10 0.20 0.17
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.24 0.02 0.14 0.01 0.17 0.40 0.24
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.24 0.06 0.19 0.20 0.22
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.01 0.17 0.01 0.21 0.39 0.27
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.03 0.18 0.02 0.28 0.47 0.32
C5' 0.07 0.04 0.13 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.15 0.06 0.02 0.05 0.13 0.11 0.09 0.07 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.20 0.03 0.18 0.01 0.29 0.50 0.32
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.23 0.02 0.31 0.43 0.35
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.23 0.03 0.16 0.01 0.23 0.46 0.29
N2 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.25 0.01 0.12 0.02 0.13 0.38 0.22
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.00 0.14 0.01 0.15 0.35 0.23
N7 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.03 0.21 0.02 0.35 0.50 0.36
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.19 0.02 0.21 0.34 0.26
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.09 0.11 0.07 0.08 0.02 0.01 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.25 0.14 0.20 0.26 0.25
O3' 0.16 0.24 0.04 0.00 0.19 0.02 0.16 0.07 0.20 0.09 0.23 0.25 0.23 0.11 0.14 0.03 0.00 0.14 0.01 0.19 0.24 0.14 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.14 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04
O5' 0.14 0.14 0.24 0.05 0.17 0.00 0.18 0.01 0.18 0.23 0.16 0.12 0.14 0.21 0.19 0.25 0.01 0.01 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.19 0.03 0.18 0.00 0.34 0.54 0.35
OP1 0.10 0.17 0.19 0.07 0.21 0.08 0.28 0.08 0.29 0.31 0.23 0.13 0.15 0.35 0.21 0.20 0.24 0.03 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.40 0.20 0.08 0.39 0.04 0.47 0.03 0.50 0.43 0.46 0.38 0.35 0.50 0.34 0.26 0.14 0.07 0.01 0.54 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.24 0.22 0.02 0.27 0.01 0.32 0.01 0.32 0.35 0.29 0.22 0.23 0.36 0.26 0.25 0.10 0.04 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00