ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54287

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.042, 0.143, 0.244, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.143 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.043, 0.146, 0.250, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.146 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.056, 0.191, 0.327, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.191 std_dev=0.135
O5' A 0, 0.059, 0.201, 0.343, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.201 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.063, 0.215, 0.367, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.215 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.065, 0.222, 0.379, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.222 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.096, 0.329, 0.562, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.329 std_dev=0.233
C5' A 0, 0.106, 0.362, 0.617, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.362 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.112, 0.381, 0.651, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.381 std_dev=0.270
C4' B 0, 0.126, 0.430, 0.734, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.430 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.134, 0.459, 0.783, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.459 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.149, 0.510, 0.871, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.510 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.160, 0.548, 0.935, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.548 std_dev=0.387
N9 B 0, 0.178, 0.607, 1.036, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.607 std_dev=0.429
C4 B 0, 0.194, 0.663, 1.133, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.663 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.205, 0.701, 1.198, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.701 std_dev=0.496
P A 0, 0.213, 0.726, 1.240, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.726 std_dev=0.514
O2' B 0, 0.213, 0.727, 1.241, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.727 std_dev=0.514
C5' B 0, 0.216, 0.736, 1.256, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.736 std_dev=0.520
O3' B 0, 0.238, 0.811, 1.385, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.811 std_dev=0.574
N3 B 0, 0.261, 0.891, 1.522, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.891 std_dev=0.630
C5 B 0, 0.278, 0.948, 1.618, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.948 std_dev=0.670
C8 B 0, 0.324, 1.106, 1.888, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.106 std_dev=0.782
C6 B 0, 0.350, 1.195, 2.041, 1.801 max_d=1.801 avg_d=1.195 std_dev=0.845
N7 B 0, 0.353, 1.206, 2.059, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.206 std_dev=0.853
C2 B 0, 0.384, 1.310, 2.236, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.310 std_dev=0.926
N1 B 0, 0.401, 1.371, 2.340, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.371 std_dev=0.969
O6 B 0, 0.420, 1.433, 2.446, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.433 std_dev=1.013
N2 B 0, 0.527, 1.800, 3.073, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.800 std_dev=1.273
P B 0, 0.529, 1.808, 3.086, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.808 std_dev=1.278
OP2 A 0, 0.599, 2.044, 3.489, 3.070 max_d=3.070 avg_d=2.044 std_dev=1.445
OP1 A 0, 0.656, 2.240, 3.824, 3.371 max_d=3.371 avg_d=2.240 std_dev=1.584
OP1 B 0, 0.790, 2.698, 4.606, 4.052 max_d=4.052 avg_d=2.698 std_dev=1.908
OP2 B 0, 0.903, 3.083, 5.263, 4.625 max_d=4.625 avg_d=3.083 std_dev=2.180

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.20 0.31 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.34 0.49 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.36 0.07
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.31 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.50 0.51 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.54 0.43 0.04
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.08 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.45 0.37 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.33 0.41 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.42 0.53 0.02
N4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.54 0.53 0.02
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.27 0.49 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.28 0.27 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.17 0.18 0.04
O5' 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.20 0.34 0.03 0.11 0.50 0.04 0.54 0.12 0.45 0.33 0.42 0.54 0.27 0.02 0.28 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.49 0.36 0.31 0.51 0.10 0.43 0.08 0.37 0.41 0.53 0.53 0.49 0.28 0.27 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.07 0.09 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.07 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.11 0.06 0.13 0.07 0.15 0.09 0.13 0.11 0.04 0.12 0.12 0.09 0.07 0.04 0.02 0.01 0.18 0.00 0.12 0.07 0.96 0.39
C2 0.05 0.08 0.01 0.10 0.12 0.17 0.16 0.21 0.17 0.16 0.13 0.03 0.07 0.18 0.12 0.07 0.07 0.18 0.02 0.19 0.29 1.07 0.48
C2' 0.01 0.20 0.01 0.06 0.12 0.11 0.12 0.09 0.17 0.04 0.20 0.24 0.16 0.08 0.06 0.04 0.10 0.18 0.02 0.17 0.02 0.90 0.35
C3' 0.02 0.20 0.02 0.03 0.09 0.06 0.08 0.01 0.13 0.01 0.18 0.26 0.16 0.02 0.03 0.01 0.13 0.16 0.02 0.13 0.10 0.78 0.28
C4 0.09 0.05 0.04 0.09 0.09 0.17 0.15 0.25 0.11 0.22 0.02 0.16 0.03 0.22 0.14 0.11 0.09 0.15 0.04 0.14 0.39 1.07 0.50
C4' 0.03 0.14 0.07 0.08 0.06 0.06 0.04 0.02 0.08 0.04 0.12 0.19 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.08 0.11 0.80 0.30
C5 0.06 0.05 0.01 0.11 0.04 0.17 0.08 0.22 0.05 0.14 0.01 0.12 0.04 0.13 0.09 0.06 0.05 0.15 0.02 0.07 0.26 1.01 0.44
C5' 0.04 0.12 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.11 0.04 0.08 0.09 0.17 0.09 0.06 0.03 0.14 0.02 0.08 0.03 0.02 0.20 0.69 0.25
C6 0.03 0.02 0.04 0.13 0.05 0.17 0.07 0.18 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.14 0.96 0.40
N1 0.03 0.07 0.03 0.12 0.08 0.16 0.11 0.18 0.12 0.10 0.10 0.06 0.06 0.11 0.07 0.03 0.03 0.18 0.01 0.13 0.17 1.01 0.43
N3 0.08 0.02 0.04 0.09 0.12 0.17 0.18 0.24 0.17 0.22 0.09 0.07 0.03 0.23 0.15 0.11 0.09 0.17 0.03 0.20 0.39 1.09 0.51
N4 0.12 0.14 0.07 0.07 0.08 0.15 0.16 0.27 0.10 0.28 0.04 0.30 0.10 0.27 0.17 0.14 0.10 0.12 0.05 0.14 0.50 1.06 0.51
O2 0.05 0.13 0.01 0.10 0.14 0.17 0.19 0.21 0.20 0.16 0.17 0.09 0.10 0.20 0.12 0.08 0.07 0.18 0.02 0.23 0.29 1.08 0.49
O2' 0.01 0.22 0.01 0.06 0.13 0.11 0.13 0.08 0.18 0.04 0.22 0.27 0.17 0.08 0.06 0.03 0.08 0.18 0.01 0.19 0.02 0.92 0.36
O3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.10 0.04 0.08 0.02 0.14 0.05 0.21 0.33 0.18 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.04 0.13 0.16 0.72 0.24
O4' 0.05 0.06 0.12 0.17 0.01 0.15 0.01 0.10 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.02 0.02 0.11 0.09 0.18 0.01 0.04 0.03 0.87 0.34
O5' 0.02 0.13 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.10 0.19 0.11 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.06 0.04 0.29 0.57 0.14
OP1 0.17 0.19 0.05 0.20 0.16 0.58 0.13 0.78 0.14 0.09 0.17 0.22 0.19 0.09 0.14 0.36 0.01 0.41 0.56 0.13 0.21 1.03 0.72
OP2 0.60 0.61 0.47 0.16 0.62 0.16 0.61 0.11 0.62 0.58 0.62 0.58 0.61 0.59 0.60 0.65 0.01 0.48 0.14 0.61 0.34 0.22 0.01
P 0.11 0.03 0.17 0.01 0.09 0.13 0.12 0.27 0.10 0.16 0.06 0.01 0.04 0.15 0.12 0.31 0.00 0.03 0.06 0.11 0.24 0.53 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.15 0.26 0.01
C2 0.01 0.00 0.15 0.02 0.00 0.20 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.27 0.27 0.43 0.00 0.20 0.08 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.06 0.09 0.11 0.18 0.14 0.05 0.00 0.00 0.06 0.02 0.30 0.05 0.51 0.03 0.26
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.22 0.04 0.50 0.10 0.18
C4 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.12 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.17 0.14 0.38 0.00 0.20 0.09 0.25
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.19 0.22 0.18 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.09 0.41 0.12
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.06 0.40 0.00 0.22 0.30 0.34
C5' 0.07 0.41 0.03 0.01 0.30 0.00 0.30 0.00 0.36 0.11 0.41 0.43 0.36 0.19 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.35 0.11 0.12 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.14 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.15 0.12 0.43 0.00 0.22 0.36 0.38
C8 0.00 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.14 0.26 0.00 0.20 0.22 0.25
N1 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.19 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.22 0.21 0.46 0.00 0.22 0.25 0.35
N2 0.01 0.00 0.18 0.04 0.00 0.22 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 0.33 0.32 0.44 0.00 0.19 0.02 0.25
N3 0.02 0.00 0.14 0.02 0.00 0.18 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.26 0.27 0.39 0.00 0.19 0.01 0.21
N7 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.33 0.00 0.22 0.40 0.35
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.29 0.00 0.19 0.01 0.18
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.01 0.12 0.02 0.20 0.11 0.30 0.44 0.34 0.03 0.03 0.00 0.11 0.02 0.30 0.16 0.57 0.01 0.26
O3' 0.13 0.27 0.06 0.00 0.17 0.03 0.11 0.01 0.15 0.01 0.22 0.33 0.26 0.02 0.10 0.11 0.00 0.06 0.21 0.12 0.59 0.21 0.16
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.14 0.21 0.32 0.27 0.08 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.08 0.17 0.57 0.27
O5' 0.17 0.43 0.30 0.22 0.38 0.01 0.40 0.00 0.43 0.26 0.46 0.44 0.39 0.33 0.29 0.30 0.21 0.08 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.13 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.12 0.08 0.43 0.00 0.22 0.49 0.43
OP1 0.15 0.20 0.51 0.50 0.20 0.09 0.22 0.11 0.22 0.20 0.22 0.19 0.19 0.22 0.19 0.57 0.59 0.17 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.08 0.03 0.10 0.09 0.41 0.30 0.12 0.36 0.22 0.25 0.02 0.01 0.40 0.01 0.01 0.21 0.57 0.01 0.49 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.27 0.26 0.18 0.25 0.12 0.34 0.01 0.38 0.25 0.35 0.25 0.21 0.35 0.18 0.26 0.16 0.27 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00