ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54288

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, -0.001, 0.007, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.004, 0.011, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.015
O2 A 0, -0.004, 0.012, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N4 A 0, -0.004, 0.020, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.024
O4' A 0, -0.007, 0.037, 0.081, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.037 std_dev=0.044
O2' A 0, -0.050, 0.168, 0.386, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.168 std_dev=0.218
C3' A 0, -0.056, 0.169, 0.394, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.169 std_dev=0.225
C4' A 0, -0.059, 0.178, 0.415, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.178 std_dev=0.237
O3' A 0, -0.080, 0.239, 0.557, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.239 std_dev=0.318
C5' A 0, -0.092, 0.284, 0.660, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.284 std_dev=0.376
O2' B 0, -0.091, 0.291, 0.672, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.291 std_dev=0.381
C2' B 0, -0.088, 0.298, 0.685, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.298 std_dev=0.386
O5' A 0, -0.094, 0.294, 0.681, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.294 std_dev=0.387
C3' B 0, -0.092, 0.322, 0.736, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.322 std_dev=0.414
P A 0, -0.103, 0.334, 0.770, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.334 std_dev=0.437
C1' B 0, -0.100, 0.350, 0.799, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.350 std_dev=0.449
O3' B 0, -0.110, 0.356, 0.823, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.356 std_dev=0.467
OP2 A 0, -0.105, 0.365, 0.835, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.365 std_dev=0.470
C4' B 0, -0.111, 0.387, 0.885, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.387 std_dev=0.498
N3 B 0, -0.119, 0.384, 0.887, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.384 std_dev=0.503
O4' B 0, -0.112, 0.394, 0.900, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.394 std_dev=0.506
N9 B 0, -0.118, 0.400, 0.918, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.400 std_dev=0.518
C4 B 0, -0.124, 0.409, 0.942, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.409 std_dev=0.533
N2 B 0, -0.130, 0.414, 0.959, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.414 std_dev=0.544
C2 B 0, -0.132, 0.418, 0.967, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.418 std_dev=0.549
C5' B 0, -0.131, 0.445, 1.022, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.445 std_dev=0.577
OP1 A 0, -0.146, 0.437, 1.019, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.437 std_dev=0.582
C8 B 0, -0.135, 0.451, 1.037, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.451 std_dev=0.586
C5 B 0, -0.139, 0.456, 1.052, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.456 std_dev=0.596
N1 B 0, -0.141, 0.462, 1.065, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.462 std_dev=0.603
C6 B 0, -0.147, 0.480, 1.107, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.480 std_dev=0.627
N7 B 0, -0.147, 0.480, 1.107, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.480 std_dev=0.627
O5' B 0, -0.157, 0.501, 1.160, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.501 std_dev=0.658
O6 B 0, -0.153, 0.512, 1.177, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.512 std_dev=0.665
OP1 B 0, -0.166, 0.547, 1.261, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.547 std_dev=0.714
P B 0, -0.170, 0.556, 1.282, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.556 std_dev=0.726
OP2 B 0, -0.234, 0.686, 1.607, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.686 std_dev=0.920

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.36 0.02 0.15
C2 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.02 0.16 0.25 0.01 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.31 0.03 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.14 0.08 0.11 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.15 0.01 0.29 0.02 0.13 0.10
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.13 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.27 0.05 0.09
C5 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.17 0.02 0.31 0.02 0.17 0.13
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.22 0.01 0.26 0.00 0.21 0.11 0.15 0.25 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.14 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.03 0.24 0.12 0.11 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.14 0.26 0.03 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.23 0.14 0.06 0.02
N4 0.01 0.01 0.01 0.16 0.00 0.13 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.01 0.33 0.07 0.16 0.16
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.01 0.03 0.11 0.32 0.04 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.04 0.00 0.05 0.10 0.08 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.30 0.10 0.07
O3' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.15 0.00 0.17 0.02 0.14 0.06 0.10 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.12 0.02
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.00 0.03 0.41 0.06 0.20
O5' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.29 0.02 0.31 0.00 0.24 0.14 0.23 0.33 0.11 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.36 0.25 0.31 0.23 0.02 0.27 0.02 0.11 0.12 0.26 0.14 0.07 0.32 0.30 0.19 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.03 0.07 0.13 0.05 0.17 0.10 0.11 0.03 0.06 0.16 0.04 0.10 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.15 0.06 0.12 0.06 0.10 0.09 0.13 0.00 0.03 0.07 0.02 0.16 0.11 0.07 0.02 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.14 0.13 0.09 0.12 0.11 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.16 0.14 0.09 0.10 0.12 0.15 0.11 0.05 0.11 0.11 0.04 0.02
C2 0.09 0.04 0.09 0.07 0.05 0.11 0.04 0.09 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.10 0.10 0.10 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05
C2' 0.06 0.13 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.11 0.16 0.11 0.02 0.04 0.06 0.09 0.03 0.04 0.07 0.20 0.07 0.08
C3' 0.06 0.08 0.07 0.09 0.02 0.09 0.04 0.12 0.08 0.03 0.10 0.09 0.04 0.01 0.03 0.10 0.02 0.08 0.12 0.10 0.26 0.10 0.13
C4 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01
C4' 0.03 0.10 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.10 0.11 0.01 0.12 0.11 0.06 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.12 0.27 0.05 0.12
C5 0.07 0.07 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.09 0.07 0.03 0.04 0.08 0.04 0.08 0.01 0.03 0.07 0.00 0.00
C5' 0.06 0.12 0.10 0.13 0.08 0.13 0.15 0.15 0.19 0.07 0.17 0.11 0.07 0.14 0.02 0.14 0.08 0.10 0.09 0.22 0.27 0.02 0.10
C6 0.12 0.14 0.11 0.05 0.11 0.10 0.09 0.06 0.10 0.08 0.12 0.16 0.13 0.08 0.10 0.13 0.04 0.11 0.04 0.09 0.08 0.02 0.01
N1 0.12 0.12 0.12 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.13 0.11 0.08 0.09 0.12 0.11 0.11 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03
N3 0.05 0.01 0.05 0.04 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04
N4 0.01 0.06 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.08 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00
O2 0.09 0.04 0.10 0.09 0.05 0.12 0.04 0.10 0.03 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.10 0.13 0.10 0.08 0.03 0.03 0.08 0.06
O2' 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.12 0.00 0.09 0.06 0.15 0.07 0.08 0.04 0.02 0.03 0.05 0.16 0.01 0.35 0.21 0.21
O3' 0.20 0.02 0.20 0.20 0.13 0.22 0.10 0.26 0.03 0.19 0.00 0.01 0.08 0.15 0.19 0.20 0.10 0.23 0.27 0.01 0.40 0.26 0.28
O4' 0.16 0.19 0.16 0.13 0.18 0.14 0.17 0.09 0.18 0.15 0.19 0.20 0.19 0.16 0.16 0.15 0.20 0.14 0.09 0.17 0.10 0.10 0.05
O5' 0.11 0.23 0.05 0.04 0.25 0.03 0.32 0.03 0.33 0.29 0.29 0.20 0.20 0.34 0.22 0.07 0.01 0.08 0.13 0.36 0.06 0.24 0.12
OP1 0.04 0.19 0.06 0.01 0.17 0.05 0.22 0.08 0.25 0.17 0.24 0.19 0.15 0.22 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.15 0.16 0.01
OP2 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.05 0.03 0.13 0.04 0.08 0.00 0.06 0.03 0.14 0.15 0.18 0.02
P 0.03 0.14 0.01 0.01 0.14 0.04 0.19 0.05 0.21 0.17 0.18 0.12 0.11 0.21 0.11 0.05 0.01 0.01 0.06 0.23 0.11 0.18 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C5 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03 0.00 0.05 0.10 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03 0.00 0.06 0.11 0.02
C8 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.10 0.01
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00
N7 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03 0.01 0.06 0.10 0.02
N9 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.10 0.04 0.05 0.00 0.02 0.08 0.10 0.01 0.13 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01
O5' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.04 0.00 0.08 0.13 0.04
OP1 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.08 0.03 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.01 0.13 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00