ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54289

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.007, 0.048, 0.088, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.048 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.005, 0.047, 0.089, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.004, 0.048, 0.093, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.048 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.033, 0.124, 0.216, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.124 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.101 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.013, 0.126, 0.238, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.126 std_dev=0.113
C4' A 0, -0.012, 0.127, 0.266, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.127 std_dev=0.139
C5' A 0, -0.016, 0.315, 0.645, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.315 std_dev=0.330
O5' A 0, -0.010, 0.398, 0.805, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.398 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.147, 0.586, 1.025, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.586 std_dev=0.439
C1' B 0, 0.135, 0.590, 1.045, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.590 std_dev=0.455
O2' B 0, 0.109, 0.569, 1.030, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.569 std_dev=0.460
P A 0, 0.050, 0.701, 1.352, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.701 std_dev=0.651
OP1 A 0, 0.086, 0.836, 1.587, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.836 std_dev=0.751
OP2 A 0, 0.070, 0.831, 1.592, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.831 std_dev=0.761
N9 B 0, 0.060, 0.968, 1.875, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.968 std_dev=0.908
O4' B 0, 0.079, 1.021, 1.964, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.021 std_dev=0.942
O3' B 0, -0.069, 1.052, 2.173, 2.605 max_d=2.605 avg_d=1.052 std_dev=1.121
C3' B 0, 0.001, 1.148, 2.295, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.148 std_dev=1.147
C8 B 0, -0.092, 1.419, 2.930, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.419 std_dev=1.511
C4' B 0, -0.079, 1.481, 3.041, 3.638 max_d=3.638 avg_d=1.481 std_dev=1.560
C4 B 0, -0.190, 1.716, 3.622, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.716 std_dev=1.906
N7 B 0, -0.267, 1.949, 4.165, 5.049 max_d=5.049 avg_d=1.949 std_dev=2.216
O5' B 0, -0.166, 2.106, 4.378, 5.261 max_d=5.261 avg_d=2.106 std_dev=2.272
C5' B 0, -0.191, 2.102, 4.395, 5.292 max_d=5.292 avg_d=2.102 std_dev=2.293
C5 B 0, -0.305, 2.118, 4.541, 5.510 max_d=5.510 avg_d=2.118 std_dev=2.423
N3 B 0, -0.404, 2.273, 4.951, 6.033 max_d=6.033 avg_d=2.273 std_dev=2.678
P B 0, -0.477, 2.932, 6.341, 7.712 max_d=7.712 avg_d=2.932 std_dev=3.409
C6 B 0, -0.543, 2.937, 6.418, 7.827 max_d=7.827 avg_d=2.937 std_dev=3.481
OP2 B 0, -0.554, 3.017, 6.588, 8.033 max_d=8.033 avg_d=3.017 std_dev=3.571
C2 B 0, -0.654, 3.082, 6.817, 8.338 max_d=8.338 avg_d=3.082 std_dev=3.735
N1 B 0, -0.688, 3.343, 7.373, 9.013 max_d=9.013 avg_d=3.343 std_dev=4.031
O6 B 0, -0.669, 3.437, 7.542, 9.207 max_d=9.207 avg_d=3.437 std_dev=4.105
OP1 B 0, -0.693, 3.530, 7.753, 9.467 max_d=9.467 avg_d=3.530 std_dev=4.223
N2 B 0, -0.923, 3.824, 8.572, 10.516 max_d=10.516 avg_d=3.824 std_dev=4.748

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.04 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.19 0.18 0.32 0.22
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.15 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.25 0.30 0.42 0.34
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.25 0.30 0.38 0.33
C5' 0.02 0.10 0.02 0.03 0.17 0.00 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.19 0.07 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.21 0.21 0.27 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.16 0.14 0.25 0.18
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.23 0.25 0.39 0.29
N4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.28 0.37 0.48 0.39
O2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.16 0.14 0.30 0.19
O2' 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.04 0.06 0.05 0.09 0.13 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.02 0.04 0.14 0.11 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03
O5' 0.07 0.19 0.07 0.05 0.25 0.00 0.25 0.00 0.21 0.16 0.23 0.28 0.16 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.04 0.18 0.08 0.09 0.30 0.07 0.30 0.05 0.21 0.14 0.25 0.37 0.14 0.09 0.14 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.32 0.15 0.11 0.42 0.03 0.38 0.01 0.27 0.25 0.39 0.48 0.30 0.13 0.11 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.22 0.08 0.06 0.34 0.01 0.33 0.01 0.24 0.18 0.29 0.39 0.19 0.05 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.46 0.10 0.10 0.24 0.40 0.83 0.20 0.75 1.20 0.11 1.06 0.47 1.39 0.47 0.09 0.05 0.37 0.44 1.13 0.97 1.30 0.82
C2 0.08 0.41 0.06 0.18 0.72 0.65 1.27 0.60 1.38 1.25 0.94 0.01 0.23 1.58 0.69 0.07 0.24 0.42 0.05 1.74 0.25 0.71 0.23
C2' 0.11 0.51 0.12 0.11 0.26 0.42 0.92 0.18 0.84 1.31 0.14 1.16 0.52 1.55 0.49 0.08 0.05 0.44 0.52 1.28 1.07 1.49 0.94
C3' 0.21 1.01 0.12 0.18 0.11 0.32 0.57 0.08 0.38 1.17 0.39 1.73 0.94 1.31 0.30 0.08 0.12 0.45 0.69 0.79 1.37 1.71 1.17
C4 0.17 0.86 0.10 0.33 0.94 0.75 1.38 0.78 1.55 1.17 1.28 0.61 0.64 1.51 0.78 0.13 0.38 0.39 0.25 1.82 0.17 0.29 0.13
C4' 0.26 1.39 0.10 0.22 0.37 0.24 0.22 0.16 0.07 0.94 0.83 2.14 1.23 0.98 0.14 0.08 0.18 0.41 0.72 0.31 1.53 1.70 1.25
C5 0.13 0.33 0.07 0.17 0.64 0.57 1.07 0.50 1.11 1.12 0.74 0.04 0.20 1.34 0.65 0.07 0.20 0.34 0.04 1.36 0.26 0.59 0.21
C5' 0.42 1.93 0.11 0.22 0.78 0.19 0.28 0.25 0.62 0.64 1.41 2.70 1.68 0.56 0.21 0.06 0.19 0.46 0.77 0.30 1.72 1.74 1.36
C6 0.07 0.16 0.08 0.06 0.38 0.44 0.88 0.29 0.83 1.14 0.34 0.62 0.21 1.31 0.54 0.07 0.06 0.34 0.27 1.13 0.67 0.95 0.56
N1 0.06 0.06 0.07 0.07 0.46 0.50 1.01 0.36 1.00 1.21 0.48 0.55 0.14 1.45 0.58 0.06 0.09 0.38 0.24 1.35 0.63 0.99 0.54
N3 0.14 0.84 0.09 0.31 0.94 0.76 1.45 0.79 1.64 1.24 1.33 0.55 0.59 1.61 0.78 0.12 0.37 0.42 0.23 1.97 0.12 0.39 0.08
N4 0.24 1.36 0.16 0.49 1.19 0.89 1.56 1.02 1.82 1.10 1.71 1.24 1.06 1.50 0.87 0.20 0.57 0.38 0.53 2.05 0.62 0.10 0.50
O2 0.07 0.41 0.06 0.18 0.72 0.67 1.31 0.62 1.44 1.28 0.98 0.03 0.22 1.64 0.69 0.07 0.24 0.45 0.05 1.84 0.26 0.76 0.25
O2' 0.13 0.60 0.11 0.11 0.22 0.42 0.90 0.16 0.82 1.32 0.07 1.29 0.60 1.56 0.47 0.08 0.04 0.45 0.56 1.28 1.14 1.58 1.00
O3' 0.26 1.26 0.13 0.22 0.22 0.26 0.47 0.14 0.24 1.17 0.61 2.05 1.14 1.30 0.23 0.09 0.16 0.46 0.82 0.68 1.57 1.95 1.37
O4' 0.12 0.95 0.12 0.21 0.11 0.24 0.46 0.11 0.27 1.03 0.42 1.61 0.84 1.11 0.30 0.13 0.17 0.31 0.61 0.60 1.30 1.47 1.06
O5' 0.40 1.70 0.10 0.22 0.67 0.21 0.18 0.22 0.47 0.68 1.18 2.38 1.52 0.61 0.16 0.05 0.18 0.46 0.75 0.17 1.61 1.67 1.29
OP1 0.86 3.05 0.30 0.21 1.68 0.19 1.24 0.42 1.72 0.09 2.56 3.86 2.66 0.30 0.87 0.23 0.19 0.65 0.89 1.46 2.08 1.92 1.60
OP2 0.58 1.76 0.13 0.26 0.92 0.19 0.48 0.30 0.74 0.37 1.33 2.24 1.67 0.23 0.39 0.15 0.22 0.52 0.80 0.50 1.65 1.62 1.31
P 0.65 2.30 0.22 0.21 1.21 0.17 0.76 0.32 1.13 0.23 1.83 2.95 2.08 0.06 0.56 0.17 0.20 0.54 0.79 0.86 1.80 1.68 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.31 0.00 0.01 0.00 0.18 0.02 0.00
C2 0.01 0.00 0.42 0.24 0.01 0.26 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.18 0.45 0.08 0.00 0.09 0.55 0.24
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.15 0.17 0.23 0.31 0.52 0.41 0.12 0.01 0.01 0.03 0.01 0.32 0.11 0.59 0.48 0.45
C3' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.27 0.01 0.35 0.02 0.36 0.33 0.31 0.20 0.19 0.38 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.34 0.06 0.13
C4 0.01 0.01 0.21 0.27 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.23 0.23 0.00 0.22 0.55 0.37
C4' 0.00 0.26 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.04 0.38 0.13 0.37 0.26 0.32 0.12 0.31 0.02 0.00 0.01 0.10 0.15 0.01 0.04
C5 0.00 0.01 0.09 0.35 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.02 0.08 0.46 0.00 0.52 0.86 0.66
C5' 0.01 0.28 0.15 0.02 0.02 0.00 0.19 0.00 0.11 0.53 0.12 0.43 0.28 0.48 0.16 0.13 0.22 0.00 0.00 0.21 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.17 0.36 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.42 0.01 0.55 0.95 0.68
C8 0.01 0.01 0.23 0.33 0.01 0.38 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.55 0.08 0.27 0.65 0.00 0.59 0.75 0.76
N1 0.01 0.00 0.31 0.31 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.34 0.24 0.00 0.33 0.78 0.46
N2 0.02 0.00 0.52 0.20 0.01 0.37 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.52 0.23 0.54 0.04 0.00 0.05 0.45 0.11
N3 0.01 0.01 0.41 0.19 0.01 0.26 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.33 0.22 0.45 0.03 0.01 0.01 0.40 0.15
N7 0.01 0.01 0.12 0.38 0.01 0.32 0.00 0.48 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.51 0.12 0.16 0.68 0.00 0.76 1.02 0.91
N9 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.09 0.01 0.29 0.00 0.20 0.42 0.36
O2' 0.03 0.31 0.01 0.02 0.01 0.31 0.23 0.13 0.14 0.55 0.10 0.52 0.33 0.51 0.21 0.00 0.03 0.26 0.21 0.25 0.57 0.59 0.42
O3' 0.31 0.18 0.03 0.00 0.10 0.02 0.02 0.22 0.01 0.08 0.08 0.23 0.22 0.12 0.09 0.03 0.00 0.17 0.21 0.06 0.05 0.17 0.14
O4' 0.00 0.45 0.01 0.01 0.23 0.00 0.08 0.00 0.17 0.27 0.34 0.54 0.45 0.16 0.01 0.26 0.17 0.00 0.05 0.11 0.04 0.08 0.08
O5' 0.01 0.08 0.32 0.01 0.23 0.01 0.46 0.00 0.42 0.65 0.24 0.04 0.03 0.68 0.29 0.21 0.21 0.05 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.11 0.39 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.06 0.11 0.53 0.00 0.73 1.13 0.84
OP1 0.18 0.09 0.59 0.34 0.22 0.15 0.52 0.02 0.55 0.59 0.33 0.05 0.01 0.76 0.20 0.57 0.05 0.04 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.55 0.48 0.06 0.55 0.01 0.86 0.00 0.95 0.75 0.78 0.45 0.40 1.02 0.42 0.59 0.17 0.08 0.00 1.13 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.24 0.45 0.13 0.37 0.04 0.66 0.00 0.68 0.76 0.46 0.11 0.15 0.91 0.36 0.42 0.14 0.08 0.00 0.84 0.00 0.01 0.00