ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54291

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
N2 B 0, 0.000, 0.217, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.217 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O3' A 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C5' A 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O5' B 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
N9 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
P B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.000, 0.353, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C5 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C6 B 0, 0.000, 0.371, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.371 std_dev=0.371
O5' A 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
O3' B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C8 B 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
O6 B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
OP1 B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
N7 B 0, 0.000, 0.442, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.442 std_dev=0.442
P A 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
C2' B 0, 0.000, 0.555, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.555 std_dev=0.555
O2' B 0, 0.000, 0.860, 1.720, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.860 std_dev=0.860
OP2 A 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
OP1 A 0, 0.000, 1.147, 2.294, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.147 std_dev=1.147

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.12 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.15 0.30 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.12 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.12 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.13 0.36 0.23 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.39 0.14 0.09
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.31 0.11 0.08
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.19 0.18 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.25 0.31 0.00
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.43 0.23 0.08
O2 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.23 0.00 0.39 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.20 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.08 0.02
O5' 0.07 0.18 0.04 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.18 0.12 0.23 0.02 0.05 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.15 0.03 0.12 0.36 0.11 0.39 0.14 0.31 0.19 0.25 0.43 0.00 0.07 0.20 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.30 0.12 0.12 0.23 0.05 0.14 0.08 0.11 0.18 0.31 0.23 0.39 0.04 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.02 0.00 0.08 0.11 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.02 0.32 0.09 0.11 0.08 0.13 0.03 0.08 0.21 0.03 0.04 0.05 0.18 0.18 0.59 0.00 0.19 0.00 0.08 0.06 0.02 0.02
C2 0.21 0.01 0.34 0.07 0.11 0.04 0.11 0.05 0.07 0.18 0.02 0.04 0.05 0.15 0.16 0.59 0.09 0.15 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02
C2' 0.22 0.01 0.33 0.08 0.12 0.08 0.12 0.02 0.08 0.21 0.03 0.04 0.05 0.18 0.18 0.59 0.01 0.19 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03
C3' 0.20 0.01 0.32 0.07 0.11 0.07 0.11 0.03 0.07 0.19 0.02 0.04 0.05 0.16 0.17 0.56 0.03 0.17 0.01 0.06 0.05 0.03 0.01
C4 0.19 0.02 0.27 0.01 0.11 0.02 0.11 0.08 0.08 0.17 0.04 0.03 0.05 0.15 0.16 0.50 0.21 0.13 0.02 0.08 0.05 0.03 0.02
C4' 0.19 0.02 0.31 0.07 0.11 0.07 0.11 0.03 0.07 0.18 0.03 0.03 0.06 0.16 0.16 0.54 0.01 0.16 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01
C5 0.20 0.02 0.26 0.01 0.11 0.01 0.13 0.08 0.10 0.20 0.05 0.02 0.05 0.18 0.17 0.50 0.16 0.17 0.01 0.11 0.05 0.03 0.01
C5' 0.16 0.02 0.28 0.05 0.10 0.04 0.10 0.05 0.06 0.16 0.03 0.01 0.06 0.13 0.14 0.48 0.04 0.13 0.05 0.06 0.01 0.07 0.03
C6 0.21 0.02 0.29 0.05 0.12 0.06 0.14 0.05 0.10 0.21 0.05 0.03 0.05 0.19 0.18 0.55 0.07 0.19 0.00 0.10 0.05 0.02 0.02
N1 0.21 0.02 0.32 0.08 0.12 0.06 0.12 0.04 0.08 0.20 0.04 0.03 0.05 0.17 0.18 0.59 0.05 0.18 0.01 0.09 0.06 0.02 0.02
N3 0.19 0.02 0.32 0.05 0.10 0.00 0.10 0.06 0.06 0.16 0.03 0.03 0.05 0.14 0.15 0.55 0.16 0.13 0.03 0.06 0.05 0.02 0.02
N4 0.14 0.02 0.20 0.05 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.14 0.05 0.02 0.04 0.13 0.13 0.34 0.28 0.06 0.03 0.08 0.03 0.03 0.01
O2 0.20 0.01 0.35 0.09 0.10 0.04 0.10 0.04 0.05 0.17 0.01 0.04 0.05 0.14 0.16 0.59 0.07 0.15 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02
O2' 0.22 0.01 0.32 0.09 0.12 0.09 0.13 0.02 0.08 0.22 0.03 0.05 0.05 0.19 0.18 0.59 0.02 0.20 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03
O3' 0.20 0.01 0.31 0.07 0.11 0.07 0.11 0.04 0.07 0.19 0.02 0.04 0.05 0.16 0.17 0.56 0.03 0.18 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01
O4' 0.19 0.02 0.31 0.08 0.11 0.08 0.12 0.03 0.08 0.19 0.04 0.02 0.06 0.17 0.16 0.55 0.01 0.17 0.03 0.08 0.04 0.05 0.01
O5' 0.32 0.23 0.43 0.19 0.28 0.19 0.28 0.07 0.26 0.32 0.23 0.19 0.25 0.31 0.31 0.62 0.13 0.28 0.06 0.26 0.10 0.05 0.07
OP1 0.36 0.38 0.29 0.47 0.37 0.42 0.38 0.49 0.39 0.36 0.39 0.37 0.37 0.38 0.36 0.17 0.48 0.36 0.56 0.40 0.48 0.59 0.53
OP2 0.35 0.38 0.45 0.18 0.38 0.18 0.37 0.06 0.37 0.36 0.38 0.39 0.38 0.36 0.37 0.59 0.09 0.29 0.05 0.37 0.06 0.05 0.06
P 0.09 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.05 0.10 0.04 0.01 0.05 0.09 0.09 0.33 0.07 0.07 0.11 0.05 0.06 0.13 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.18 0.06 0.13 0.00 0.08 0.03 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.09 0.24 0.13
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.05 0.10 0.03 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.03 0.17 0.01 0.10 0.02 0.09
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.10 0.08 0.07 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 0.01 0.24 0.01 0.17 0.12 0.17
C5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.08 0.17 0.02 0.06 0.03 0.17 0.08 0.09 0.06 0.01 0.00 0.10 0.09 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.03 0.23 0.00 0.17 0.14 0.17
C8 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 0.03 0.28 0.02 0.17 0.08 0.18
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.05 0.18 0.00 0.13 0.09 0.13
N2 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.22 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.04
N7 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.02 0.02 0.30 0.02 0.21 0.17 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.17 0.02 0.09 0.02 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.11 0.12 0.17 0.09 0.18 0.15 0.15 0.05 0.06 0.18 0.10 0.00 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.20 0.05
O3' 0.08 0.18 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.06 0.09 0.04 0.14 0.22 0.17 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.13 0.06 0.03
O4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.09 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.14 0.02
O5' 0.05 0.13 0.07 0.02 0.17 0.00 0.24 0.00 0.23 0.28 0.18 0.10 0.11 0.30 0.17 0.01 0.02 0.04 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.20 0.07 0.02 0.26 0.00 0.20 0.18 0.21
OP1 0.01 0.08 0.09 0.01 0.10 0.06 0.17 0.09 0.17 0.17 0.13 0.06 0.06 0.21 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.03 0.24 0.11 0.02 0.10 0.12 0.04 0.14 0.08 0.09 0.01 0.01 0.17 0.02 0.20 0.06 0.14 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.13 0.04 0.09 0.02 0.17 0.01 0.17 0.18 0.13 0.05 0.04 0.23 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00