ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54292

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N9 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C3' A 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O2' A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C4' A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O3' A 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
N7 B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O5' B 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
O5' A 0, 0.000, 0.487, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C4 B 0, 0.000, 0.489, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.489 std_dev=0.489
O4' B 0, 0.000, 0.521, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.521 std_dev=0.521
C5' A 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
C5 B 0, 0.000, 0.641, 1.282, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.641 std_dev=0.641
N3 B 0, 0.000, 0.664, 1.329, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C3' B 0, 0.000, 0.684, 1.369, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.684 std_dev=0.684
C4' B 0, 0.000, 0.752, 1.504, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.752 std_dev=0.752
OP1 B 0, 0.000, 0.798, 1.596, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.798 std_dev=0.798
O3' B 0, 0.000, 0.869, 1.738, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.869 std_dev=0.869
P A 0, 0.000, 0.901, 1.802, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.901 std_dev=0.901
C2 B 0, 0.000, 1.031, 2.061, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.031 std_dev=1.031
C6 B 0, 0.000, 1.046, 2.091, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.046 std_dev=1.046
OP2 A 0, 0.000, 1.051, 2.102, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.051 std_dev=1.051
C5' B 0, 0.000, 1.074, 2.148, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.074 std_dev=1.074
N1 B 0, 0.000, 1.217, 2.434, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.217 std_dev=1.217
N2 B 0, 0.000, 1.244, 2.488, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.244 std_dev=1.244
P B 0, 0.000, 1.251, 2.502, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.251 std_dev=1.251
O6 B 0, 0.000, 1.262, 2.523, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.262 std_dev=1.262
OP1 A 0, 0.000, 1.276, 2.552, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.276 std_dev=1.276
OP2 B 0, 0.000, 2.316, 4.633, 4.633 max_d=4.633 avg_d=2.316 std_dev=2.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.20 0.36 0.06 0.23
C2 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.21 0.36 0.02 0.23
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.15 0.12 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.08 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.21 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.23 0.36 0.07 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.06 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.18 0.08 0.03
C5 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.25 0.37 0.13 0.28
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.26 0.00 0.29 0.00 0.26 0.15 0.20 0.28 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.24 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.26 0.39 0.13 0.29
N1 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.23 0.37 0.07 0.25
N3 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.22 0.35 0.03 0.23
N4 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.23 0.34 0.08 0.25
O2 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.00 0.18 0.34 0.03 0.20
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.09 0.08 0.10 0.00 0.08 0.06 0.05 0.05 0.21 0.05
O3' 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.03 0.11 0.04 0.10 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.00 0.01 0.29 0.26 0.50 0.35
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.25 0.44 0.17 0.31
O5' 0.20 0.21 0.07 0.01 0.23 0.01 0.25 0.01 0.26 0.23 0.22 0.23 0.18 0.05 0.29 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.36 0.36 0.15 0.04 0.36 0.18 0.37 0.24 0.39 0.37 0.35 0.34 0.34 0.05 0.26 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.02 0.12 0.21 0.07 0.08 0.13 0.04 0.13 0.07 0.03 0.08 0.03 0.21 0.50 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.23 0.05 0.07 0.25 0.03 0.28 0.01 0.29 0.25 0.23 0.25 0.20 0.05 0.35 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.04 0.19 0.24 0.02 0.23 0.01 0.26 0.03 0.07 0.05 0.07 0.01 0.04 0.07 0.19 0.29 0.13 0.04 0.04 0.35 1.47 0.71
C2 0.14 0.28 0.18 0.31 0.09 0.39 0.11 0.46 0.22 0.07 0.29 0.36 0.18 0.02 0.04 0.17 0.35 0.25 0.04 0.24 0.39 1.46 0.60
C2' 0.10 0.05 0.12 0.13 0.07 0.15 0.07 0.16 0.05 0.09 0.05 0.03 0.06 0.08 0.09 0.13 0.13 0.11 0.03 0.05 0.31 1.37 0.65
C3' 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.00 0.06 0.03 0.06 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.09 0.15 0.01 0.32 1.34 0.71
C4 0.15 0.41 0.19 0.36 0.17 0.47 0.20 0.57 0.33 0.07 0.42 0.49 0.29 0.06 0.02 0.16 0.39 0.33 0.12 0.35 0.37 1.31 0.44
C4' 0.13 0.01 0.05 0.07 0.07 0.15 0.08 0.15 0.05 0.12 0.02 0.03 0.04 0.11 0.11 0.03 0.03 0.18 0.25 0.05 0.38 1.43 0.83
C5 0.14 0.32 0.21 0.37 0.14 0.46 0.16 0.52 0.25 0.05 0.32 0.37 0.23 0.05 0.01 0.17 0.40 0.29 0.09 0.27 0.33 1.34 0.49
C5' 0.39 0.13 0.26 0.32 0.26 0.47 0.26 0.46 0.21 0.36 0.15 0.06 0.19 0.32 0.34 0.24 0.26 0.49 0.46 0.20 0.45 1.45 0.95
C6 0.12 0.19 0.22 0.34 0.07 0.37 0.08 0.40 0.15 0.05 0.20 0.23 0.13 0.01 0.03 0.20 0.39 0.20 0.03 0.16 0.32 1.42 0.60
N1 0.12 0.18 0.20 0.30 0.05 0.33 0.06 0.38 0.13 0.07 0.18 0.23 0.11 0.00 0.05 0.19 0.35 0.20 0.01 0.15 0.36 1.47 0.64
N3 0.15 0.39 0.18 0.34 0.14 0.44 0.17 0.54 0.31 0.07 0.40 0.49 0.26 0.04 0.03 0.16 0.37 0.31 0.09 0.33 0.39 1.38 0.51
N4 0.16 0.50 0.19 0.36 0.21 0.49 0.25 0.62 0.42 0.07 0.53 0.59 0.34 0.08 0.01 0.14 0.39 0.37 0.16 0.45 0.36 1.13 0.32
O2 0.13 0.27 0.16 0.28 0.09 0.36 0.11 0.44 0.21 0.07 0.28 0.36 0.17 0.02 0.04 0.15 0.33 0.24 0.03 0.23 0.40 1.49 0.63
O2' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.08 0.09 0.09 0.36 1.43 0.72
O3' 0.16 0.06 0.19 0.24 0.06 0.21 0.05 0.22 0.01 0.14 0.05 0.13 0.00 0.10 0.12 0.19 0.28 0.19 0.23 0.01 0.36 1.34 0.76
O4' 0.07 0.02 0.20 0.23 0.04 0.14 0.03 0.15 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.21 0.30 0.04 0.10 0.01 0.33 1.45 0.75
O5' 0.11 0.25 0.15 0.07 0.20 0.03 0.20 0.00 0.23 0.14 0.25 0.26 0.22 0.17 0.15 0.14 0.01 0.06 0.13 0.24 0.17 0.69 0.28
OP1 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.24 0.04 0.58 0.22 0.03
OP2 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.18 0.03 0.01 0.44 0.08 0.64 0.02 0.23
P 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.00 0.27 0.08 0.48 0.30 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.56 0.17
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.21 0.52 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.03 0.18 0.40 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.02 0.37 0.21 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.32 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.57 0.22
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.00 0.09 0.06 0.08
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.27 0.18 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.12 0.00 0.14 0.09 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.00 0.04 0.16 0.21
N1 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.10 0.00 0.20 0.32 0.07
N2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.24 0.66 0.24
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.17 0.56 0.18
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.16 0.00 0.01 0.24 0.23
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.25 0.00
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03 0.74 0.27
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.04 0.41 0.34 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.14 0.61 0.23
O5' 0.08 0.08 0.20 0.27 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.18 0.10 0.07 0.08 0.16 0.13 0.10 0.21 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.12 0.00 0.14 0.05 0.11
OP1 0.07 0.21 0.18 0.37 0.12 0.06 0.09 0.27 0.14 0.04 0.20 0.24 0.17 0.01 0.05 0.03 0.41 0.14 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.52 0.40 0.21 0.32 0.57 0.06 0.18 0.09 0.16 0.32 0.66 0.56 0.24 0.25 0.74 0.34 0.61 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.17 0.05 0.07 0.05 0.22 0.08 0.02 0.05 0.21 0.07 0.24 0.18 0.23 0.00 0.27 0.04 0.23 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00