ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54301

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 6, 18, 16, 7, 3, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.011, 0.048, 0.086, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.048 std_dev=0.038
O3' A 0, 0.074, 0.161, 0.247, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.161 std_dev=0.086
N3 B 0, 0.111, 0.317, 0.522, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.317 std_dev=0.206
C3' A 0, 0.008, 0.215, 0.422, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.215 std_dev=0.207
C2' A 0, 0.006, 0.218, 0.431, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.218 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.170, 0.389, 0.608, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.389 std_dev=0.219
O4' A 0, -0.027, 0.202, 0.431, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.202 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.190, 0.439, 0.687, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.439 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.171, 0.435, 0.699, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.435 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.092, 0.369, 0.647, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.369 std_dev=0.277
O2 B 0, 0.200, 0.490, 0.780, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.490 std_dev=0.290
C4' A 0, -0.028, 0.268, 0.563, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.268 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.134, 0.432, 0.730, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.432 std_dev=0.298
O2' A 0, 0.002, 0.361, 0.720, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.361 std_dev=0.359
O4 B 0, 0.065, 0.429, 0.793, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.429 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.225, 0.603, 0.981, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.603 std_dev=0.378
O5' A 0, 0.043, 0.542, 1.042, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.542 std_dev=0.499
C5' A 0, -0.039, 0.473, 0.985, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.473 std_dev=0.512
O4' B 0, 0.191, 0.782, 1.374, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.782 std_dev=0.592
P A 0, -0.096, 0.887, 1.871, 3.103 max_d=3.103 avg_d=0.887 std_dev=0.984
C4' B 0, 0.057, 1.185, 2.314, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.185 std_dev=1.129
OP2 A 0, -0.221, 1.119, 2.459, 4.001 max_d=4.001 avg_d=1.119 std_dev=1.340
C2' B 0, -0.099, 1.335, 2.769, 4.468 max_d=4.468 avg_d=1.335 std_dev=1.434
C3' B 0, -0.223, 1.569, 3.360, 5.119 max_d=5.119 avg_d=1.569 std_dev=1.791
OP1 A 0, -0.364, 1.479, 3.322, 5.212 max_d=5.212 avg_d=1.479 std_dev=1.843
O2' B 0, -0.220, 1.741, 3.703, 6.112 max_d=6.112 avg_d=1.741 std_dev=1.961
C5' B 0, -0.395, 1.821, 4.038, 6.165 max_d=6.165 avg_d=1.821 std_dev=2.217
O3' B 0, -0.504, 2.082, 4.668, 7.146 max_d=7.146 avg_d=2.082 std_dev=2.586
O5' B 0, -0.587, 2.258, 5.102, 7.742 max_d=7.742 avg_d=2.258 std_dev=2.844
P B 0, -1.129, 2.999, 7.127, 10.715 max_d=10.715 avg_d=2.999 std_dev=4.128
OP2 B 0, -1.349, 3.300, 7.950, 11.936 max_d=11.936 avg_d=3.300 std_dev=4.649
OP1 B 0, -1.322, 3.349, 8.020, 12.026 max_d=12.026 avg_d=3.349 std_dev=4.671

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.19 0.49 0.13 0.24
C2 0.02 0.00 0.08 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01 0.11 0.29 0.93 0.26 0.46
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.02 0.07 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01 0.26 0.30 0.22 0.20
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.15 0.29 0.20 0.14
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.29 1.09 0.38 0.54
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.17 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.08 0.26 0.96 0.39 0.48
C5' 0.04 0.12 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.12 0.18 0.06 0.05 0.08 0.02 0.01 0.21 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01 0.10 0.25 0.80 0.32 0.41
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.25 0.77 0.23 0.39
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.01 0.08 0.31 1.07 0.32 0.52
O2 0.03 0.00 0.13 0.05 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.09 0.01 0.19 0.29 0.89 0.22 0.44
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.06 0.15 0.03 0.12 0.26 0.00 0.05 0.07 0.02 0.27 0.32 0.31 0.22
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.06 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.00 0.06 0.03 0.08 0.30 0.24 0.15
O4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.30 1.17 0.41 0.57
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.10 0.01 0.08 0.19 0.02 0.03 0.03 0.00 0.11 0.51 0.13 0.22
O5' 0.19 0.29 0.26 0.15 0.29 0.01 0.26 0.01 0.25 0.25 0.31 0.29 0.27 0.08 0.30 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.93 0.30 0.29 1.09 0.17 0.96 0.21 0.80 0.77 1.07 0.89 0.32 0.30 1.17 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.26 0.22 0.20 0.38 0.13 0.39 0.25 0.32 0.23 0.32 0.22 0.31 0.24 0.41 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.46 0.20 0.14 0.54 0.03 0.48 0.02 0.41 0.39 0.52 0.44 0.22 0.15 0.57 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.11 0.29 0.11 0.37 0.14 0.61 0.10 0.06 0.08 0.16 0.14 0.23 0.15 0.29 0.83 1.03 1.15 1.04
C2 0.11 0.11 0.10 0.35 0.11 0.49 0.12 0.89 0.08 0.08 0.08 0.18 0.32 0.26 0.17 0.39 1.22 1.57 1.81 1.59
C2' 0.09 0.10 0.26 0.38 0.13 0.34 0.14 0.48 0.11 0.08 0.11 0.16 0.24 0.39 0.17 0.22 0.65 0.78 0.86 0.77
C3' 0.10 0.10 0.24 0.32 0.11 0.32 0.16 0.44 0.14 0.10 0.09 0.15 0.24 0.30 0.13 0.25 0.58 0.67 0.72 0.67
C4 0.10 0.10 0.09 0.28 0.12 0.43 0.12 0.76 0.09 0.08 0.08 0.17 0.28 0.18 0.17 0.37 1.05 1.27 1.47 1.32
C4' 0.10 0.08 0.12 0.16 0.16 0.27 0.23 0.40 0.20 0.11 0.08 0.14 0.15 0.10 0.19 0.30 0.54 0.60 0.63 0.63
C5 0.06 0.08 0.10 0.20 0.11 0.29 0.13 0.45 0.10 0.06 0.09 0.14 0.12 0.15 0.15 0.26 0.64 0.72 0.79 0.75
C5' 0.12 0.10 0.12 0.08 0.16 0.15 0.25 0.17 0.22 0.14 0.10 0.16 0.19 0.16 0.18 0.24 0.28 0.25 0.24 0.27
C6 0.06 0.08 0.12 0.22 0.11 0.29 0.14 0.44 0.11 0.06 0.09 0.14 0.12 0.17 0.15 0.25 0.62 0.71 0.77 0.73
N1 0.07 0.09 0.10 0.29 0.11 0.38 0.13 0.65 0.09 0.06 0.08 0.16 0.17 0.22 0.15 0.31 0.89 1.10 1.24 1.12
N3 0.13 0.12 0.13 0.35 0.12 0.52 0.12 0.96 0.09 0.09 0.09 0.19 0.39 0.24 0.18 0.42 1.31 1.67 1.95 1.71
O2 0.14 0.12 0.12 0.40 0.12 0.56 0.12 1.04 0.09 0.09 0.08 0.20 0.40 0.30 0.18 0.43 1.41 1.88 2.15 1.88
O2' 0.12 0.14 0.31 0.52 0.23 0.38 0.23 0.56 0.18 0.13 0.18 0.17 0.26 0.59 0.28 0.17 0.78 0.98 1.12 0.93
O3' 0.09 0.12 0.17 0.33 0.11 0.33 0.14 0.52 0.11 0.08 0.11 0.18 0.15 0.31 0.13 0.22 0.73 0.91 1.01 0.90
O4 0.14 0.13 0.15 0.27 0.13 0.47 0.12 0.85 0.11 0.11 0.11 0.18 0.40 0.16 0.18 0.42 1.18 1.41 1.64 1.48
O4' 0.07 0.07 0.09 0.15 0.19 0.32 0.25 0.52 0.19 0.10 0.08 0.15 0.16 0.08 0.24 0.34 0.70 0.84 0.90 0.88
O5' 0.19 0.25 0.17 0.23 0.20 0.19 0.19 0.23 0.18 0.19 0.27 0.32 0.18 0.30 0.22 0.18 0.33 0.40 0.47 0.38
OP1 0.95 1.08 1.04 1.28 0.92 1.12 0.75 1.24 0.79 0.94 1.08 1.19 0.87 1.41 0.91 0.94 1.41 1.59 1.70 1.52
OP2 0.54 0.52 0.55 0.53 0.52 0.54 0.51 0.66 0.53 0.53 0.53 0.53 0.69 0.55 0.54 0.54 0.70 1.01 1.20 0.96
P 0.36 0.50 0.34 0.60 0.44 0.52 0.29 0.69 0.29 0.38 0.53 0.57 0.19 0.68 0.48 0.40 0.86 1.08 1.23 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.10 0.10 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.18 0.01 0.33 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.02 0.36 0.62 0.62 0.60 0.64
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.14 0.10 0.10
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.27 0.00 0.50 0.01 0.51 0.16 0.08 0.54 0.02 0.01 0.28 0.01 0.17 0.17 0.10 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.27 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.31 0.00 0.02 0.48 0.55 0.75 0.58
C4' 0.02 0.33 0.02 0.00 0.14 0.00 0.44 0.00 0.49 0.07 0.19 0.73 0.12 0.04 0.13 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.50 0.01 0.44 0.00 0.77 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.47 0.01 0.25 1.10 1.25 1.59 1.33
C5' 0.02 0.48 0.02 0.01 0.26 0.00 0.77 0.00 0.81 0.14 0.28 1.10 0.11 0.03 0.26 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.51 0.01 0.49 0.00 0.81 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.42 0.01 0.35 1.11 1.16 1.42 1.27
N1 0.00 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.01 0.28 0.27 0.36 0.31
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.01 0.25 0.42 0.41 0.37 0.43
O2 0.03 0.00 0.09 0.54 0.01 0.73 0.01 1.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.38 0.40 0.02 0.64 1.42 1.45 1.56 1.52
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.12 0.12 0.27 0.11 0.29 0.07 0.10 0.38 0.00 0.07 0.12 0.11 0.07 0.08 0.08 0.06
O3' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.31 0.04 0.47 0.03 0.42 0.13 0.11 0.40 0.07 0.00 0.34 0.04 0.15 0.18 0.10 0.13
O4 0.02 0.02 0.08 0.28 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.34 0.00 0.03 0.49 0.59 0.80 0.61
O4' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.01 0.35 0.01 0.25 0.64 0.11 0.04 0.03 0.00 0.07 0.08 0.14 0.07
O5' 0.10 0.62 0.12 0.17 0.48 0.01 1.10 0.01 1.11 0.28 0.42 1.42 0.07 0.15 0.49 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.62 0.14 0.17 0.55 0.08 1.25 0.10 1.16 0.27 0.41 1.45 0.08 0.18 0.59 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.60 0.10 0.10 0.75 0.11 1.59 0.15 1.42 0.36 0.37 1.56 0.08 0.10 0.80 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.64 0.10 0.13 0.58 0.02 1.33 0.01 1.27 0.31 0.43 1.52 0.06 0.13 0.61 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00