ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54302

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 1, 3, 6, 4, 2, 8, 11, 4, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.013, 0.020, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.024, 0.049, 0.075, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.049 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.029, 0.077, 0.126, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.077 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.326, 0.495, 0.665, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.495 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.321, 0.501, 0.681, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.501 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.283, 0.517, 0.751, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.517 std_dev=0.234
O4' A 0, 0.273, 0.539, 0.804, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.539 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.307, 0.620, 0.933, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.620 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.657, 1.013, 1.368, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.013 std_dev=0.355
C4 B 0, 0.397, 0.764, 1.131, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.764 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.252, 0.622, 0.991, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.622 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.406, 0.797, 1.187, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.797 std_dev=0.390
C4' A 0, 0.508, 0.903, 1.298, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.903 std_dev=0.395
O4' B 0, 0.529, 0.942, 1.356, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.942 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.380, 0.817, 1.253, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.817 std_dev=0.437
O2' A 0, 0.512, 0.950, 1.389, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.950 std_dev=0.438
O4 B 0, 0.469, 0.934, 1.399, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.934 std_dev=0.465
C5 B 0, 0.745, 1.221, 1.696, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.221 std_dev=0.476
O5' A 0, 1.007, 1.638, 2.270, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.638 std_dev=0.632
O2 B 0, 0.808, 1.442, 2.076, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.442 std_dev=0.634
C5' A 0, 0.876, 1.541, 2.207, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.541 std_dev=0.665
C3' B 0, 0.708, 1.380, 2.051, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.380 std_dev=0.671
C2' B 0, 1.260, 1.948, 2.635, 3.085 max_d=3.085 avg_d=1.948 std_dev=0.688
C4' B 0, 0.658, 1.346, 2.035, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.346 std_dev=0.689
C5' B 0, 1.223, 2.062, 2.901, 3.344 max_d=3.344 avg_d=2.062 std_dev=0.839
OP2 A 0, 0.512, 1.451, 2.391, 3.800 max_d=3.800 avg_d=1.451 std_dev=0.939
O3' B 0, 0.635, 1.580, 2.525, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.580 std_dev=0.945
P A 0, 1.090, 2.202, 3.313, 4.258 max_d=4.258 avg_d=2.202 std_dev=1.112
O2' B 0, 1.929, 3.147, 4.364, 4.684 max_d=4.684 avg_d=3.147 std_dev=1.218
O5' B 0, 2.430, 3.683, 4.935, 5.095 max_d=5.095 avg_d=3.683 std_dev=1.253
OP2 B 0, 2.345, 3.702, 5.058, 5.345 max_d=5.345 avg_d=3.702 std_dev=1.357
P B 0, 2.779, 4.257, 5.734, 5.733 max_d=5.733 avg_d=4.257 std_dev=1.477
OP1 A 0, 1.575, 3.105, 4.636, 5.140 max_d=5.140 avg_d=3.105 std_dev=1.530
OP1 B 0, 3.822, 5.798, 7.774, 7.446 max_d=7.446 avg_d=5.798 std_dev=1.976

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.02 0.00 0.60 0.84 0.15 0.59
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.12 0.81 1.41 0.30 0.94
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.06 0.10 0.01 0.03 0.05 0.02 0.58 0.48 0.25 0.51
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.16 0.23 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.01 0.04 1.17 2.02 0.58 1.45
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.06 0.19 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.26 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.07 0.01 0.10 1.29 2.05 0.66 1.56
C5' 0.06 0.09 0.07 0.02 0.19 0.01 0.30 0.00 0.30 0.12 0.11 0.19 0.07 0.04 0.21 0.02 0.01 0.36 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.07 0.02 0.12 1.21 1.74 0.54 1.36
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.10 0.02 0.02 0.91 1.37 0.32 0.99
N3 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.12 0.01 0.08 0.97 1.74 0.42 1.18
O2 0.04 0.01 0.10 0.07 0.02 0.19 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.17 0.03 0.21 0.59 1.14 0.20 0.70
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.09 0.02 0.17 0.07 0.19 0.05 0.11 0.24 0.00 0.05 0.10 0.02 0.54 0.37 0.32 0.49
O3' 0.10 0.13 0.03 0.01 0.10 0.03 0.07 0.04 0.07 0.10 0.12 0.17 0.05 0.00 0.09 0.08 0.22 0.44 0.22 0.24
O4 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.09 0.00 0.05 1.21 2.18 0.64 1.54
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.21 0.02 0.08 0.05 0.00 0.42 0.84 0.09 0.41
O5' 0.60 0.81 0.58 0.16 1.17 0.02 1.29 0.01 1.21 0.91 0.97 0.59 0.54 0.22 1.21 0.42 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.84 1.41 0.48 0.23 2.02 0.26 2.05 0.36 1.74 1.37 1.74 1.14 0.37 0.44 2.18 0.84 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.30 0.25 0.16 0.58 0.19 0.66 0.28 0.54 0.32 0.42 0.20 0.32 0.22 0.64 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.59 0.94 0.51 0.11 1.45 0.04 1.56 0.02 1.36 0.99 1.18 0.70 0.49 0.24 1.54 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.18 0.30 0.37 0.20 0.20 0.21 0.20 0.19 0.17 0.18 0.22 0.24 0.41 0.24 0.21 0.20 0.31 0.25 0.28
C2 0.18 0.18 0.34 0.37 0.16 0.21 0.16 0.20 0.16 0.16 0.17 0.23 0.23 0.38 0.17 0.23 0.18 0.26 0.21 0.24
C2' 0.16 0.18 0.26 0.35 0.23 0.17 0.24 0.17 0.19 0.16 0.20 0.24 0.24 0.38 0.30 0.16 0.20 0.34 0.26 0.29
C3' 0.18 0.20 0.30 0.42 0.24 0.20 0.24 0.20 0.20 0.18 0.22 0.24 0.25 0.44 0.29 0.16 0.25 0.32 0.33 0.28
C4 0.18 0.17 0.32 0.37 0.13 0.20 0.13 0.18 0.14 0.16 0.15 0.21 0.24 0.38 0.15 0.21 0.19 0.20 0.23 0.20
C4' 0.25 0.25 0.41 0.54 0.28 0.30 0.28 0.30 0.26 0.25 0.26 0.26 0.33 0.55 0.32 0.21 0.39 0.33 0.48 0.33
C5 0.19 0.19 0.29 0.38 0.17 0.20 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.22 0.30 0.42 0.19 0.21 0.21 0.22 0.25 0.22
C5' 0.42 0.40 0.58 0.76 0.46 0.52 0.48 0.54 0.45 0.42 0.41 0.38 0.47 0.75 0.49 0.37 0.68 0.58 0.78 0.59
C6 0.18 0.19 0.29 0.38 0.20 0.20 0.20 0.19 0.19 0.18 0.19 0.21 0.29 0.42 0.23 0.21 0.21 0.26 0.25 0.25
N1 0.18 0.18 0.30 0.37 0.18 0.20 0.19 0.19 0.17 0.17 0.18 0.22 0.24 0.40 0.21 0.21 0.19 0.28 0.23 0.25
N3 0.19 0.18 0.36 0.37 0.14 0.21 0.14 0.20 0.14 0.16 0.16 0.23 0.24 0.37 0.15 0.23 0.18 0.23 0.22 0.22
O2 0.20 0.19 0.38 0.37 0.16 0.22 0.16 0.21 0.16 0.17 0.17 0.25 0.26 0.37 0.17 0.24 0.18 0.28 0.21 0.25
O2' 0.18 0.18 0.20 0.24 0.31 0.21 0.37 0.28 0.29 0.19 0.19 0.27 0.24 0.31 0.40 0.27 0.27 0.58 0.33 0.49
O3' 0.19 0.19 0.26 0.33 0.27 0.23 0.30 0.26 0.26 0.20 0.21 0.23 0.25 0.41 0.33 0.27 0.25 0.48 0.28 0.40
O4 0.18 0.16 0.34 0.37 0.14 0.21 0.12 0.18 0.13 0.15 0.13 0.21 0.25 0.38 0.18 0.21 0.19 0.18 0.25 0.19
O4' 0.22 0.21 0.37 0.47 0.21 0.26 0.21 0.24 0.20 0.21 0.21 0.23 0.31 0.50 0.24 0.21 0.30 0.26 0.38 0.26
O5' 1.51 1.49 1.63 1.77 1.56 1.61 1.57 1.60 1.55 1.52 1.51 1.43 1.57 1.85 1.58 1.49 1.64 1.59 1.61 1.59
OP1 2.60 2.52 2.87 3.07 2.56 2.78 2.59 2.77 2.60 2.58 2.51 2.46 2.75 3.22 2.54 2.54 2.83 2.76 2.76 2.71
OP2 1.07 1.01 1.19 1.37 1.09 1.21 1.15 1.24 1.13 1.07 1.01 0.95 1.18 1.46 1.10 1.07 1.34 1.32 1.39 1.30
P 1.99 1.93 2.13 2.31 2.02 2.13 2.06 2.15 2.05 1.99 1.94 1.84 2.05 2.40 2.03 1.98 2.21 2.16 2.19 2.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.24 0.02 0.01 0.08 0.10 0.27 0.14
C2 0.03 0.00 0.13 0.20 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.02 0.05 0.15 0.10 0.17 0.11
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.18 0.09 0.02 0.11 0.21 0.00 0.02 0.08 0.02 0.14 0.16 0.46 0.25
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.31 0.01 0.31 0.02 0.27 0.18 0.26 0.18 0.02 0.01 0.33 0.02 0.21 0.29 0.12 0.13
C4 0.02 0.01 0.06 0.31 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.22 0.01 0.04 0.28 0.15 0.25 0.14
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.08 0.22 0.02 0.14 0.01 0.02 0.12 0.19 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.24 0.02 0.06 0.30 0.15 0.23 0.14
C5' 0.06 0.05 0.18 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.05 0.08 0.07 0.08 0.14 0.15 0.01 0.01 0.14 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.14 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.18 0.02 0.07 0.24 0.11 0.16 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.12 0.02 0.01 0.14 0.09 0.18 0.11
N3 0.03 0.01 0.11 0.26 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.20 0.02 0.03 0.21 0.13 0.19 0.12
O2 0.06 0.01 0.21 0.18 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.34 0.03 0.09 0.11 0.10 0.19 0.13
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.27 0.22 0.27 0.08 0.22 0.15 0.23 0.15 0.00 0.06 0.29 0.16 0.13 0.13 0.49 0.18
O3' 0.24 0.21 0.02 0.01 0.22 0.02 0.24 0.14 0.18 0.12 0.20 0.34 0.06 0.00 0.26 0.17 0.30 0.53 0.18 0.30
O4 0.02 0.02 0.08 0.33 0.01 0.14 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.29 0.26 0.00 0.04 0.31 0.18 0.32 0.18
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.09 0.16 0.17 0.04 0.00 0.10 0.09 0.22 0.13
O5' 0.08 0.15 0.14 0.21 0.28 0.02 0.30 0.01 0.24 0.14 0.21 0.11 0.13 0.30 0.31 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.10 0.16 0.29 0.15 0.12 0.15 0.14 0.11 0.09 0.13 0.10 0.13 0.53 0.18 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.17 0.46 0.12 0.25 0.19 0.23 0.25 0.16 0.18 0.19 0.19 0.49 0.18 0.32 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.11 0.25 0.13 0.14 0.03 0.14 0.02 0.10 0.11 0.12 0.13 0.18 0.30 0.18 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00