ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54303

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.020, 0.073, 0.125, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.073 std_dev=0.053
O4 A 0, 0.091, 0.241, 0.391, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.241 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.160, 0.383, 0.606, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.383 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.156, 0.381, 0.605, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.381 std_dev=0.224
C2' A 0, 0.112, 0.339, 0.566, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.339 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.143, 0.377, 0.611, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.377 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.156, 0.424, 0.692, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.424 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.129, 0.399, 0.670, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.399 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.212, 0.507, 0.803, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.507 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.095, 0.414, 0.733, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.414 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.115, 0.447, 0.779, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.447 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.176, 0.528, 0.879, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.528 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.206, 0.561, 0.917, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.561 std_dev=0.356
O4 B 0, 0.232, 0.597, 0.961, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.597 std_dev=0.364
O2' A 0, 0.238, 0.621, 1.003, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.621 std_dev=0.382
C5 B 0, 0.234, 0.620, 1.006, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.620 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.246, 0.663, 1.080, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.663 std_dev=0.417
C4' B 0, 0.296, 0.724, 1.153, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.724 std_dev=0.428
O2' B 0, 0.081, 0.549, 1.017, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.549 std_dev=0.468
O5' A 0, 0.150, 0.683, 1.217, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.683 std_dev=0.533
C3' A 0, 0.307, 0.886, 1.466, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.886 std_dev=0.580
C4' A 0, 0.257, 0.849, 1.440, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.849 std_dev=0.592
O3' B 0, 0.352, 0.946, 1.540, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.946 std_dev=0.594
C5' B 0, 0.463, 1.128, 1.793, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.128 std_dev=0.665
P A 0, 0.272, 0.959, 1.645, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.959 std_dev=0.686
O5' B 0, 0.411, 1.117, 1.823, 1.847 max_d=1.847 avg_d=1.117 std_dev=0.706
OP2 A 0, 0.580, 1.420, 2.260, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.420 std_dev=0.840
C5' A 0, 0.458, 1.359, 2.259, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.359 std_dev=0.900
O3' A 0, 0.420, 1.329, 2.238, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.329 std_dev=0.909
P B 0, 0.423, 1.467, 2.512, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.467 std_dev=1.045
OP2 B 0, 0.380, 1.608, 2.835, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.608 std_dev=1.227
OP1 B 0, 0.492, 1.722, 2.952, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.722 std_dev=1.230
OP1 A 0, 0.805, 2.090, 3.374, 3.345 max_d=3.345 avg_d=2.090 std_dev=1.284

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.73 0.29 0.21
C2 0.02 0.00 0.18 0.28 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.26 0.02 0.08 0.08 0.86 0.45 0.22
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07 0.02 0.09 0.05 0.17 0.25 0.00 0.05 0.13 0.00 0.30 0.69 0.18 0.32
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.36 0.00 0.31 0.02 0.24 0.21 0.34 0.23 0.04 0.01 0.39 0.01 0.36 0.57 0.20 0.27
C4 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.19 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.40 0.00 0.01 0.05 0.75 0.65 0.17
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.23 0.10 0.10 0.06 0.18 0.01 0.19 0.00 0.01 0.49 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.31 0.00 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.35 0.00 0.07 0.07 0.65 0.69 0.18
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.36 0.00 0.44 0.00 0.38 0.19 0.24 0.05 0.16 0.04 0.38 0.01 0.01 0.38 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.23 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.26 0.01 0.10 0.06 0.67 0.60 0.19
N1 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.01 0.07 0.77 0.45 0.21
N3 0.02 0.00 0.17 0.34 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.35 0.02 0.06 0.06 0.85 0.55 0.20
O2 0.03 0.01 0.25 0.23 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.20 0.03 0.14 0.12 0.91 0.37 0.25
O2' 0.01 0.12 0.00 0.04 0.15 0.18 0.16 0.16 0.14 0.10 0.14 0.15 0.00 0.04 0.15 0.16 0.03 0.43 0.28 0.10
O3' 0.01 0.26 0.05 0.01 0.40 0.01 0.35 0.04 0.26 0.19 0.35 0.20 0.04 0.00 0.45 0.01 0.30 0.41 0.22 0.17
O4 0.02 0.02 0.13 0.39 0.00 0.19 0.00 0.38 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.45 0.00 0.01 0.05 0.76 0.68 0.17
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.06 0.14 0.16 0.01 0.01 0.00 0.06 0.69 0.28 0.16
O5' 0.09 0.08 0.30 0.36 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06 0.12 0.03 0.30 0.05 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.73 0.86 0.69 0.57 0.75 0.49 0.65 0.38 0.67 0.77 0.85 0.91 0.43 0.41 0.76 0.69 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.45 0.18 0.20 0.65 0.27 0.69 0.31 0.60 0.45 0.55 0.37 0.28 0.22 0.68 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.22 0.32 0.27 0.17 0.08 0.18 0.01 0.19 0.21 0.20 0.25 0.10 0.17 0.17 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.22 0.15 0.21 0.08 0.13 0.09 0.19 0.10 0.18 0.15 0.31 0.37 0.28 0.12 0.24 0.40 0.57 0.89 0.61
C2 0.27 0.21 0.13 0.18 0.10 0.15 0.10 0.12 0.10 0.18 0.11 0.31 0.37 0.24 0.19 0.28 0.32 0.42 0.76 0.49
C2' 0.31 0.27 0.19 0.14 0.07 0.18 0.08 0.12 0.10 0.21 0.18 0.37 0.44 0.19 0.10 0.31 0.34 0.52 0.88 0.57
C3' 0.61 0.59 0.44 0.19 0.39 0.43 0.34 0.25 0.41 0.53 0.53 0.67 0.68 0.09 0.32 0.62 0.03 0.24 0.58 0.26
C4 0.24 0.21 0.11 0.19 0.12 0.12 0.11 0.15 0.10 0.17 0.12 0.30 0.31 0.25 0.23 0.25 0.34 0.43 0.75 0.50
C4' 0.44 0.44 0.26 0.06 0.31 0.23 0.26 0.06 0.30 0.39 0.41 0.51 0.48 0.17 0.27 0.45 0.18 0.41 0.69 0.40
C5 0.21 0.21 0.11 0.20 0.08 0.10 0.10 0.20 0.09 0.15 0.15 0.29 0.31 0.26 0.16 0.19 0.40 0.55 0.85 0.60
C5' 0.66 0.68 0.46 0.18 0.59 0.42 0.53 0.24 0.56 0.63 0.66 0.72 0.65 0.07 0.57 0.66 0.10 0.28 0.54 0.26
C6 0.22 0.21 0.12 0.19 0.07 0.10 0.09 0.21 0.08 0.16 0.15 0.29 0.33 0.26 0.12 0.20 0.41 0.58 0.89 0.63
N1 0.25 0.22 0.14 0.19 0.08 0.13 0.10 0.17 0.10 0.18 0.14 0.31 0.36 0.26 0.15 0.24 0.37 0.52 0.85 0.58
N3 0.27 0.20 0.12 0.18 0.12 0.15 0.11 0.12 0.10 0.17 0.10 0.31 0.35 0.24 0.23 0.29 0.30 0.38 0.71 0.45
O2 0.29 0.21 0.14 0.16 0.10 0.18 0.10 0.10 0.10 0.18 0.11 0.31 0.39 0.23 0.20 0.32 0.28 0.37 0.72 0.44
O2' 0.17 0.16 0.18 0.34 0.21 0.19 0.24 0.30 0.20 0.17 0.16 0.17 0.23 0.39 0.25 0.17 0.52 0.67 1.00 0.73
O3' 0.71 0.68 0.52 0.29 0.50 0.56 0.47 0.40 0.53 0.63 0.62 0.74 0.75 0.17 0.44 0.76 0.15 0.09 0.44 0.11
O4 0.25 0.20 0.09 0.20 0.15 0.13 0.12 0.13 0.10 0.16 0.10 0.32 0.29 0.25 0.27 0.26 0.31 0.38 0.68 0.45
O4' 0.25 0.24 0.12 0.23 0.09 0.10 0.06 0.22 0.10 0.19 0.19 0.32 0.33 0.35 0.06 0.23 0.42 0.62 0.90 0.63
O5' 0.27 0.29 0.18 0.18 0.16 0.08 0.09 0.24 0.13 0.23 0.27 0.35 0.38 0.29 0.13 0.21 0.42 0.71 0.93 0.68
OP1 0.49 0.48 0.59 0.85 0.44 0.69 0.44 0.84 0.46 0.48 0.47 0.49 0.49 1.03 0.43 0.48 0.94 1.16 1.25 1.08
OP2 0.92 0.99 0.78 0.47 0.90 0.62 0.80 0.39 0.81 0.91 0.99 1.03 0.95 0.32 0.90 0.87 0.25 0.24 0.41 0.18
P 0.31 0.35 0.23 0.29 0.26 0.20 0.20 0.34 0.22 0.29 0.34 0.39 0.36 0.41 0.24 0.25 0.48 0.77 0.93 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.13 0.12
C2 0.03 0.00 0.09 0.19 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.20 0.02 0.06 0.21 0.21 0.39 0.29
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.11 0.08 0.01 0.01 0.12 0.00 0.03 0.10 0.03 0.03
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.30 0.01 0.25 0.02 0.18 0.15 0.26 0.12 0.01 0.00 0.34 0.01 0.06 0.16 0.09 0.09
C4 0.02 0.01 0.10 0.30 0.00 0.17 0.01 0.28 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.36 0.00 0.03 0.40 0.48 0.66 0.52
C4' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.17 0.00 0.19 0.01 0.15 0.07 0.10 0.06 0.05 0.03 0.20 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.25 0.01 0.19 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.30 0.03 0.04 0.41 0.49 0.62 0.52
C5' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.28 0.01 0.31 0.00 0.24 0.11 0.18 0.04 0.05 0.05 0.32 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.18 0.02 0.15 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.03 0.05 0.32 0.33 0.41 0.39
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.02 0.01 0.19 0.19 0.30 0.26
N3 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.30 0.01 0.05 0.31 0.35 0.54 0.41
O2 0.06 0.00 0.08 0.12 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.12 0.04 0.12 0.13 0.11 0.31 0.21
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05 0.09 0.04 0.04
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.36 0.03 0.30 0.05 0.20 0.14 0.30 0.12 0.04 0.00 0.43 0.03 0.10 0.26 0.16 0.16
O4 0.02 0.02 0.12 0.34 0.00 0.20 0.03 0.32 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.43 0.00 0.03 0.45 0.57 0.76 0.59
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.12 0.06 0.03 0.03 0.00 0.05 0.08 0.11 0.11
O5' 0.06 0.21 0.03 0.06 0.40 0.02 0.41 0.01 0.32 0.19 0.31 0.13 0.05 0.10 0.45 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.21 0.10 0.16 0.48 0.07 0.49 0.06 0.33 0.19 0.35 0.11 0.09 0.26 0.57 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.13 0.39 0.03 0.09 0.66 0.01 0.62 0.01 0.41 0.30 0.54 0.31 0.04 0.16 0.76 0.11 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.12 0.29 0.03 0.09 0.52 0.02 0.52 0.02 0.39 0.26 0.41 0.21 0.04 0.16 0.59 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00