ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54305

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 4, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.015, 0.054, 0.094, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.054 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.014, 0.086, 0.157, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.086 std_dev=0.072
N1 B 0, 0.265, 0.549, 0.834, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.549 std_dev=0.285
O4' A 0, 0.045, 0.351, 0.657, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.351 std_dev=0.306
C2 B 0, 0.193, 0.517, 0.842, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.517 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.389, 0.730, 1.071, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.730 std_dev=0.341
N2 B 0, 0.214, 0.562, 0.909, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.562 std_dev=0.348
C2' A 0, 0.038, 0.411, 0.784, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.411 std_dev=0.373
N3 B 0, 0.286, 0.672, 1.058, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.672 std_dev=0.386
C5 B 0, 0.471, 0.863, 1.256, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.863 std_dev=0.392
C4 B 0, 0.423, 0.823, 1.223, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.823 std_dev=0.400
O6 B 0, 0.434, 0.856, 1.277, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.856 std_dev=0.421
C4' A 0, 0.048, 0.524, 1.000, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.524 std_dev=0.476
N9 B 0, 0.586, 1.090, 1.594, 1.614 max_d=1.614 avg_d=1.090 std_dev=0.504
N7 B 0, 0.614, 1.131, 1.648, 1.639 max_d=1.639 avg_d=1.131 std_dev=0.517
C8 B 0, 0.679, 1.238, 1.798, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.238 std_dev=0.559
C3' A 0, -0.100, 0.461, 1.022, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.461 std_dev=0.561
C5' A 0, 0.237, 0.823, 1.409, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.823 std_dev=0.586
C1' B 0, 0.658, 1.286, 1.914, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.286 std_dev=0.628
O4' B 0, 0.592, 1.238, 1.885, 2.249 max_d=2.249 avg_d=1.238 std_dev=0.646
C4' B 0, 0.356, 1.011, 1.665, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.011 std_dev=0.655
O2' A 0, 0.116, 0.813, 1.510, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.813 std_dev=0.697
C2' B 0, 0.630, 1.602, 2.574, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.602 std_dev=0.972
O3' A 0, 0.080, 1.055, 2.030, 2.847 max_d=2.847 avg_d=1.055 std_dev=0.975
C3' B 0, 0.478, 1.546, 2.614, 3.659 max_d=3.659 avg_d=1.546 std_dev=1.068
O5' A 0, -0.051, 1.100, 2.252, 4.165 max_d=4.165 avg_d=1.100 std_dev=1.151
C5' B 0, 0.263, 1.590, 2.917, 4.220 max_d=4.220 avg_d=1.590 std_dev=1.327
O5' B 0, 0.694, 2.028, 3.362, 4.533 max_d=4.533 avg_d=2.028 std_dev=1.334
OP2 A 0, 0.254, 1.650, 3.046, 4.392 max_d=4.392 avg_d=1.650 std_dev=1.396
O2' B 0, 1.216, 2.718, 4.221, 4.542 max_d=4.542 avg_d=2.718 std_dev=1.503
P A 0, -0.193, 1.338, 2.869, 5.397 max_d=5.397 avg_d=1.338 std_dev=1.531
O3' B 0, 0.603, 2.324, 4.046, 4.959 max_d=4.959 avg_d=2.324 std_dev=1.722
P B 0, 0.773, 3.034, 5.295, 7.107 max_d=7.107 avg_d=3.034 std_dev=2.261
OP1 A 0, -0.425, 2.114, 4.654, 8.154 max_d=8.154 avg_d=2.114 std_dev=2.539
OP2 B 0, 0.978, 3.610, 6.242, 8.320 max_d=8.320 avg_d=3.610 std_dev=2.632
OP1 B 0, 0.882, 3.571, 6.259, 8.391 max_d=8.391 avg_d=3.571 std_dev=2.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.30 0.01 0.01 0.37 0.81 0.75 0.53
C2 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.28 0.02 0.11 0.45 1.18 0.94 0.71
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.11 0.03 0.18 0.23 0.19 0.06 0.11 0.27 0.01 0.05 0.12 0.03 0.57 0.87 0.53 0.59
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.27 0.01 0.26 0.03 0.21 0.16 0.24 0.14 0.02 0.02 0.30 0.03 0.20 0.38 0.32 0.21
C4 0.02 0.01 0.11 0.27 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.24 0.00 0.04 0.69 1.65 1.19 1.00
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.05 0.05 0.09 0.25 0.03 0.11 0.01 0.03 0.22 0.46 0.14
C5 0.02 0.01 0.18 0.26 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.21 0.01 0.12 0.78 1.77 1.21 1.10
C5' 0.11 0.14 0.23 0.03 0.20 0.01 0.26 0.00 0.24 0.15 0.15 0.15 0.10 0.23 0.21 0.02 0.01 0.35 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.21 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.16 0.01 0.14 0.73 1.57 1.07 0.99
N1 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.01 0.02 0.52 1.21 0.93 0.75
N3 0.03 0.00 0.11 0.24 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.27 0.02 0.07 0.55 1.41 1.07 0.84
O2 0.05 0.00 0.27 0.14 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.37 0.03 0.20 0.33 0.97 0.86 0.57
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.33 0.25 0.39 0.10 0.35 0.18 0.21 0.20 0.00 0.09 0.35 0.16 0.50 0.82 0.50 0.52
O3' 0.30 0.28 0.05 0.02 0.24 0.03 0.21 0.23 0.16 0.21 0.27 0.37 0.09 0.00 0.27 0.20 0.23 0.49 0.41 0.29
O4 0.01 0.02 0.12 0.30 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.03 0.35 0.27 0.00 0.05 0.72 1.73 1.25 1.05
O4' 0.01 0.11 0.03 0.03 0.04 0.01 0.12 0.02 0.14 0.02 0.07 0.20 0.16 0.20 0.05 0.00 0.21 0.49 0.75 0.36
O5' 0.37 0.45 0.57 0.20 0.69 0.03 0.78 0.01 0.73 0.52 0.55 0.33 0.50 0.23 0.72 0.21 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.81 1.18 0.87 0.38 1.65 0.22 1.77 0.35 1.57 1.21 1.41 0.97 0.82 0.49 1.73 0.49 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.75 0.94 0.53 0.32 1.19 0.46 1.21 0.38 1.07 0.93 1.07 0.86 0.50 0.41 1.25 0.75 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.53 0.71 0.59 0.21 1.00 0.14 1.10 0.02 0.99 0.75 0.84 0.57 0.52 0.29 1.05 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.13 0.28 0.38 0.22 0.42 0.41 0.78 0.44 0.46 0.20 0.34 0.11 0.56 0.26 0.55 0.35 0.37 0.59 0.66 1.03 0.57 0.51
C2 0.19 0.20 0.34 0.42 0.23 0.42 0.39 0.89 0.47 0.37 0.29 0.35 0.20 0.48 0.24 0.67 0.40 0.34 0.67 0.67 1.27 0.51 0.64
C2' 0.20 0.24 0.41 0.40 0.24 0.36 0.42 0.66 0.45 0.46 0.24 0.45 0.22 0.58 0.27 0.74 0.43 0.26 0.41 0.68 0.81 0.71 0.41
C3' 0.35 0.46 0.29 0.29 0.29 0.30 0.29 0.40 0.29 0.35 0.31 0.68 0.44 0.42 0.29 0.60 0.28 0.34 0.56 0.45 0.65 0.88 0.55
C4 0.17 0.16 0.30 0.39 0.22 0.43 0.38 0.88 0.46 0.35 0.29 0.31 0.16 0.45 0.23 0.60 0.36 0.37 0.65 0.64 1.18 0.50 0.59
C4' 0.23 0.25 0.25 0.29 0.23 0.37 0.38 0.62 0.35 0.47 0.18 0.46 0.23 0.56 0.29 0.52 0.27 0.39 0.60 0.55 0.85 0.68 0.50
C5 0.17 0.09 0.24 0.37 0.23 0.43 0.41 0.76 0.45 0.43 0.18 0.32 0.08 0.53 0.27 0.47 0.32 0.41 0.55 0.67 0.93 0.58 0.47
C5' 0.40 0.33 0.41 0.35 0.38 0.48 0.51 0.68 0.46 0.64 0.31 0.47 0.31 0.70 0.45 0.65 0.34 0.54 0.66 0.62 0.77 0.75 0.53
C6 0.18 0.10 0.25 0.37 0.23 0.43 0.42 0.74 0.44 0.47 0.17 0.32 0.08 0.57 0.29 0.48 0.33 0.41 0.54 0.67 0.90 0.62 0.46
N1 0.15 0.14 0.27 0.39 0.22 0.42 0.41 0.81 0.45 0.43 0.22 0.34 0.12 0.54 0.25 0.55 0.36 0.37 0.60 0.68 1.07 0.54 0.52
N3 0.22 0.22 0.37 0.42 0.24 0.43 0.38 0.93 0.47 0.34 0.32 0.35 0.22 0.44 0.24 0.71 0.41 0.34 0.71 0.65 1.34 0.53 0.69
O2 0.25 0.25 0.40 0.44 0.24 0.42 0.38 0.93 0.47 0.35 0.31 0.38 0.25 0.46 0.24 0.76 0.44 0.31 0.71 0.67 1.39 0.54 0.71
O2' 0.59 0.51 0.81 0.78 0.62 0.71 0.74 0.99 0.76 0.78 0.59 0.52 0.53 0.86 0.65 1.08 0.82 0.61 0.60 0.91 1.08 0.83 0.66
O3' 0.37 0.47 0.35 0.29 0.29 0.28 0.25 0.39 0.25 0.30 0.30 0.69 0.45 0.36 0.28 0.67 0.33 0.33 0.53 0.40 0.62 0.85 0.53
O4 0.21 0.19 0.35 0.40 0.24 0.45 0.36 0.93 0.45 0.32 0.34 0.29 0.19 0.39 0.24 0.66 0.37 0.37 0.70 0.57 1.28 0.51 0.67
O4' 0.20 0.13 0.20 0.33 0.22 0.43 0.40 0.75 0.39 0.48 0.13 0.34 0.12 0.57 0.29 0.45 0.30 0.44 0.65 0.59 1.01 0.60 0.54
O5' 0.97 0.89 0.91 0.76 0.94 0.93 0.99 0.97 0.94 1.08 0.88 0.93 0.90 1.11 0.99 1.15 0.71 1.04 1.17 1.01 1.03 0.99 0.94
OP1 2.42 1.99 2.38 2.18 2.33 2.33 2.43 2.30 2.30 2.59 2.04 1.75 2.14 2.60 2.45 2.63 2.18 2.45 2.23 2.36 2.05 1.35 1.75
OP2 1.61 1.43 1.52 1.39 1.57 1.58 1.61 1.59 1.55 1.68 1.45 1.34 1.50 1.68 1.62 1.69 1.33 1.69 1.73 1.59 1.54 1.29 1.41
P 1.55 1.25 1.46 1.29 1.48 1.48 1.57 1.48 1.47 1.70 1.29 1.12 1.35 1.72 1.57 1.67 1.24 1.61 1.60 1.55 1.42 1.13 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.17 0.02 0.19 0.49 0.21
C2 0.03 0.00 0.27 0.45 0.01 0.51 0.01 0.93 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.51 0.38 0.40 0.71 0.02 1.14 0.34 0.60
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.15 0.03 0.10 0.16 0.14 0.14 0.21 0.32 0.28 0.11 0.06 0.00 0.05 0.02 0.24 0.12 0.45 0.45 0.21
C3' 0.02 0.45 0.00 0.00 0.15 0.00 0.23 0.03 0.19 0.54 0.27 0.64 0.45 0.48 0.20 0.02 0.01 0.02 0.34 0.24 0.52 0.49 0.27
C4 0.01 0.01 0.15 0.15 0.00 0.19 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.21 0.31 0.01 0.32 0.60 0.26
C4' 0.01 0.51 0.03 0.00 0.19 0.00 0.08 0.01 0.14 0.42 0.34 0.67 0.49 0.32 0.09 0.24 0.04 0.00 0.03 0.10 0.33 0.26 0.11
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.18 0.10 0.47 0.01 0.33 1.08 0.66
C5' 0.08 0.93 0.16 0.03 0.34 0.01 0.13 0.00 0.27 0.67 0.65 1.24 0.86 0.53 0.14 0.12 0.16 0.02 0.00 0.17 0.20 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.19 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.17 0.19 0.40 0.01 0.35 0.92 0.51
C8 0.02 0.01 0.14 0.54 0.01 0.42 0.01 0.67 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.36 0.24 1.01 0.02 1.01 1.65 1.29
N1 0.02 0.00 0.21 0.27 0.01 0.34 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.45 0.24 0.31 0.49 0.02 0.78 0.44 0.35
N2 0.05 0.01 0.32 0.64 0.02 0.67 0.01 1.24 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.59 0.54 0.48 1.00 0.03 1.64 0.64 1.00
N3 0.03 0.00 0.28 0.45 0.01 0.49 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.47 0.37 0.39 0.64 0.02 0.98 0.31 0.52
N7 0.01 0.01 0.11 0.48 0.00 0.32 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.35 0.14 0.92 0.02 0.95 1.72 1.27
N9 0.01 0.02 0.06 0.20 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.13 0.03 0.42 0.02 0.26 0.88 0.55
O2' 0.02 0.51 0.00 0.02 0.32 0.24 0.30 0.12 0.37 0.23 0.45 0.59 0.47 0.25 0.17 0.00 0.12 0.15 0.26 0.36 0.36 0.40 0.17
O3' 0.19 0.38 0.05 0.01 0.15 0.04 0.18 0.16 0.17 0.36 0.24 0.54 0.37 0.35 0.13 0.12 0.00 0.13 0.28 0.22 0.59 0.39 0.24
O4' 0.01 0.40 0.02 0.02 0.21 0.00 0.10 0.02 0.19 0.24 0.31 0.48 0.39 0.14 0.03 0.15 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.44 0.20
O5' 0.17 0.71 0.24 0.34 0.31 0.03 0.47 0.00 0.40 1.01 0.49 1.00 0.64 0.92 0.42 0.26 0.28 0.13 0.00 0.49 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.24 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.36 0.22 0.14 0.49 0.00 0.43 1.19 0.73
OP1 0.19 1.14 0.45 0.52 0.32 0.33 0.33 0.20 0.35 1.01 0.78 1.64 0.98 0.95 0.26 0.36 0.59 0.10 0.02 0.43 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.34 0.45 0.49 0.60 0.26 1.08 0.28 0.92 1.65 0.44 0.64 0.31 1.72 0.88 0.40 0.39 0.44 0.03 1.19 0.01 0.00 0.02
P 0.21 0.60 0.21 0.27 0.26 0.11 0.66 0.02 0.51 1.29 0.35 1.00 0.52 1.27 0.55 0.17 0.24 0.20 0.01 0.73 0.00 0.02 0.00