ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.017, 0.047, 0.076, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.047 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.020, 0.055, 0.091, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.055 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.042, 0.124, 0.206, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.124 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.031, 0.129, 0.227, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.129 std_dev=0.098
O2 A 0, 0.039, 0.146, 0.252, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.146 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.114, 0.306, 0.498, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.306 std_dev=0.192
C2' A 0, 0.119, 0.319, 0.520, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.319 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.176, 0.434, 0.692, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.434 std_dev=0.258
C3' A 0, 0.163, 0.428, 0.694, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.428 std_dev=0.266
O2' A 0, 0.191, 0.502, 0.814, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.502 std_dev=0.312
C6 B 0, 0.245, 0.587, 0.928, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.587 std_dev=0.341
C5' A 0, 0.184, 0.526, 0.868, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.526 std_dev=0.342
C2 B 0, 0.147, 0.507, 0.868, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.507 std_dev=0.360
O5' A 0, 0.212, 0.596, 0.979, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.596 std_dev=0.384
O6 B 0, 0.264, 0.654, 1.043, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.654 std_dev=0.390
N2 B 0, 0.112, 0.540, 0.967, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.540 std_dev=0.427
O3' A 0, 0.275, 0.708, 1.142, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.708 std_dev=0.433
C5 B 0, 0.323, 0.767, 1.212, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.767 std_dev=0.444
N3 B 0, 0.232, 0.693, 1.154, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.693 std_dev=0.461
C4 B 0, 0.311, 0.786, 1.262, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.786 std_dev=0.475
O4' B 0, 0.379, 0.910, 1.442, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.910 std_dev=0.532
N7 B 0, 0.426, 1.010, 1.593, 1.378 max_d=1.378 avg_d=1.010 std_dev=0.584
P A 0, 0.311, 0.920, 1.529, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.920 std_dev=0.609
N9 B 0, 0.404, 1.016, 1.628, 1.573 max_d=1.573 avg_d=1.016 std_dev=0.612
C8 B 0, 0.466, 1.116, 1.767, 1.617 max_d=1.617 avg_d=1.116 std_dev=0.651
C1' B 0, 0.446, 1.177, 1.909, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.177 std_dev=0.732
OP1 A 0, 0.299, 1.067, 1.835, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.067 std_dev=0.768
OP2 A 0, 0.375, 1.166, 1.957, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.166 std_dev=0.791
C4' B 0, 0.569, 1.417, 2.265, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.417 std_dev=0.848
O3' B 0, 0.636, 1.651, 2.666, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.651 std_dev=1.015
C3' B 0, 0.607, 1.743, 2.880, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.743 std_dev=1.136
O5' B 0, 0.836, 2.270, 3.704, 3.516 max_d=3.516 avg_d=2.270 std_dev=1.434
C5' B 0, 0.771, 2.243, 3.714, 3.642 max_d=3.642 avg_d=2.243 std_dev=1.472
C2' B 0, 0.521, 2.112, 3.703, 3.700 max_d=3.700 avg_d=2.112 std_dev=1.591
OP2 B 0, 0.860, 2.461, 4.063, 3.953 max_d=3.953 avg_d=2.461 std_dev=1.602
P B 0, 0.886, 2.510, 4.135, 3.992 max_d=3.992 avg_d=2.510 std_dev=1.625
OP1 B 0, 0.926, 2.827, 4.728, 4.602 max_d=4.602 avg_d=2.827 std_dev=1.901
O2' B 0, 0.561, 2.960, 5.359, 5.388 max_d=5.388 avg_d=2.960 std_dev=2.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.19 0.12
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.16 0.18 0.34 0.24
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.05 0.09 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.05 0.10 0.08
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.10 0.03 0.05 0.08 0.02 0.01 0.10 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.04 0.01 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.20 0.32 0.49 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.04 0.09 0.02 0.02 0.09 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
C5 0.03 0.03 0.08 0.11 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.12 0.02 0.04 0.22 0.34 0.52 0.35
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.10 0.13 0.02 0.02 0.17 0.02 0.00 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.11 0.02 0.04 0.20 0.27 0.43 0.31
N1 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.15 0.16 0.32 0.23
N3 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02 0.04 0.16 0.22 0.40 0.27
O2 0.11 0.01 0.09 0.08 0.01 0.09 0.04 0.13 0.04 0.04 0.02 0.00 0.10 0.11 0.03 0.12 0.18 0.17 0.32 0.24
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.11 0.03 0.07 0.11 0.02 0.00 0.11 0.01 0.06 0.09 0.14 0.07
O4 0.03 0.00 0.07 0.10 0.00 0.09 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.11 0.00 0.06 0.23 0.39 0.56 0.38
O4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.15 0.09
O5' 0.08 0.16 0.07 0.04 0.20 0.01 0.22 0.00 0.20 0.15 0.16 0.18 0.05 0.06 0.23 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.18 0.05 0.06 0.32 0.08 0.34 0.09 0.27 0.16 0.22 0.17 0.07 0.09 0.39 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.34 0.10 0.06 0.49 0.03 0.52 0.02 0.43 0.32 0.40 0.32 0.07 0.14 0.56 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.24 0.08 0.04 0.33 0.03 0.35 0.02 0.31 0.23 0.27 0.24 0.05 0.07 0.38 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.51 0.46 0.07 0.17 0.21 0.36 0.22 0.24 0.05 0.25 0.08 0.31 0.11 0.42 0.21 0.42 0.19 0.38 0.17 0.37 0.15
C2 0.16 0.20 0.76 0.60 0.09 0.07 0.06 0.27 0.11 0.05 0.06 0.34 0.21 0.13 0.09 0.78 0.31 0.31 0.11 0.28 0.13 0.42 0.17
C2' 0.04 0.11 0.46 0.37 0.08 0.26 0.25 0.52 0.26 0.29 0.05 0.30 0.09 0.37 0.13 0.46 0.13 0.49 0.34 0.43 0.27 0.18 0.17
C3' 0.18 0.06 0.23 0.19 0.19 0.39 0.35 0.65 0.33 0.44 0.10 0.26 0.04 0.50 0.26 0.20 0.06 0.58 0.48 0.49 0.37 0.12 0.29
C4 0.12 0.17 0.65 0.50 0.08 0.13 0.05 0.31 0.08 0.05 0.06 0.26 0.16 0.09 0.08 0.64 0.20 0.35 0.14 0.21 0.14 0.40 0.16
C4' 0.25 0.04 0.18 0.21 0.25 0.36 0.39 0.56 0.36 0.49 0.14 0.17 0.08 0.54 0.32 0.11 0.10 0.58 0.39 0.50 0.27 0.20 0.21
C5 0.08 0.07 0.41 0.37 0.09 0.22 0.18 0.40 0.19 0.21 0.05 0.17 0.05 0.25 0.12 0.29 0.13 0.43 0.22 0.32 0.18 0.36 0.15
C5' 0.46 0.17 0.15 0.09 0.43 0.53 0.56 0.71 0.49 0.69 0.26 0.07 0.25 0.73 0.52 0.39 0.28 0.73 0.54 0.61 0.38 0.16 0.33
C6 0.10 0.07 0.38 0.37 0.12 0.22 0.23 0.40 0.23 0.27 0.06 0.20 0.04 0.32 0.15 0.25 0.13 0.45 0.23 0.37 0.19 0.35 0.16
N1 0.04 0.11 0.54 0.47 0.06 0.16 0.17 0.35 0.20 0.20 0.04 0.25 0.09 0.26 0.07 0.47 0.20 0.40 0.18 0.36 0.16 0.37 0.15
N3 0.21 0.23 0.82 0.61 0.15 0.05 0.04 0.25 0.06 0.05 0.09 0.35 0.25 0.05 0.15 0.87 0.31 0.28 0.10 0.20 0.12 0.44 0.18
O2 0.26 0.27 0.91 0.71 0.16 0.06 0.03 0.19 0.08 0.03 0.09 0.41 0.29 0.08 0.16 0.97 0.43 0.23 0.10 0.26 0.12 0.47 0.21
O2' 0.04 0.15 0.57 0.46 0.05 0.20 0.21 0.46 0.23 0.25 0.03 0.34 0.14 0.34 0.08 0.59 0.23 0.44 0.28 0.42 0.23 0.23 0.15
O3' 0.20 0.08 0.19 0.13 0.21 0.45 0.39 0.75 0.35 0.49 0.11 0.29 0.06 0.56 0.29 0.20 0.10 0.63 0.60 0.53 0.49 0.17 0.42
O4 0.17 0.19 0.72 0.52 0.14 0.11 0.06 0.30 0.03 0.07 0.09 0.26 0.20 0.04 0.14 0.74 0.20 0.33 0.12 0.13 0.13 0.40 0.15
O4' 0.16 0.04 0.33 0.37 0.17 0.23 0.29 0.39 0.28 0.36 0.10 0.18 0.05 0.41 0.22 0.16 0.14 0.47 0.23 0.41 0.19 0.38 0.18
O5' 0.54 0.24 0.27 0.17 0.50 0.63 0.62 0.82 0.54 0.75 0.32 0.10 0.33 0.78 0.59 0.50 0.40 0.80 0.65 0.65 0.48 0.20 0.42
OP1 1.04 0.57 0.92 0.71 0.93 1.09 1.04 1.27 0.88 1.27 0.62 0.35 0.72 1.27 1.08 1.24 0.91 1.21 1.15 0.95 0.93 0.68 0.91
OP2 1.11 0.73 1.00 0.82 1.03 1.17 1.14 1.33 1.02 1.29 0.77 0.53 0.85 1.32 1.15 1.29 1.07 1.27 1.19 1.09 0.97 0.67 0.91
P 0.88 0.50 0.71 0.52 0.80 0.91 0.90 1.06 0.78 1.07 0.55 0.32 0.62 1.08 0.91 1.02 0.76 1.05 0.91 0.86 0.70 0.41 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.35 0.00 0.15 0.05 0.31 0.16 0.11
C2 0.04 0.00 0.52 0.24 0.02 0.29 0.02 0.44 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.57 0.17 0.49 0.24 0.02 0.30 0.13 0.11
C2' 0.00 0.52 0.00 0.00 0.29 0.01 0.19 0.21 0.28 0.19 0.42 0.61 0.49 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.47 0.24 0.79 0.81 0.64
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.25 0.01 0.34 0.01 0.36 0.31 0.31 0.21 0.19 0.37 0.21 0.00 0.01 0.04 0.05 0.40 0.56 0.34 0.29
C4 0.01 0.02 0.29 0.25 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.12 0.26 0.10 0.02 0.13 0.19 0.10
C4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.28 0.19 0.39 0.28 0.22 0.07 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.09 0.05
C5 0.02 0.02 0.19 0.34 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.04 0.12 0.12 0.03 0.16 0.45 0.30
C5' 0.08 0.44 0.21 0.01 0.20 0.00 0.07 0.00 0.16 0.27 0.33 0.56 0.41 0.20 0.05 0.07 0.22 0.02 0.01 0.09 0.07 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.28 0.36 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.03 0.23 0.09 0.00 0.14 0.49 0.27
C8 0.03 0.03 0.19 0.31 0.02 0.28 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.59 0.07 0.25 0.32 0.05 0.32 0.47 0.46
N1 0.02 0.00 0.42 0.31 0.01 0.19 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.07 0.39 0.14 0.03 0.13 0.32 0.11
N2 0.05 0.00 0.61 0.21 0.02 0.39 0.02 0.56 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.80 0.23 0.58 0.33 0.04 0.44 0.05 0.21
N3 0.04 0.01 0.49 0.19 0.01 0.28 0.01 0.41 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.55 0.23 0.48 0.26 0.01 0.34 0.05 0.13
N7 0.02 0.02 0.08 0.37 0.01 0.22 0.00 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.48 0.10 0.12 0.32 0.06 0.40 0.64 0.52
N9 0.01 0.02 0.05 0.21 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.13 0.01 0.08 0.05 0.08 0.14 0.14
O2' 0.03 0.57 0.00 0.00 0.14 0.28 0.14 0.07 0.09 0.59 0.33 0.80 0.55 0.48 0.18 0.00 0.02 0.17 0.38 0.15 0.79 1.02 0.66
O3' 0.35 0.17 0.02 0.01 0.12 0.01 0.04 0.22 0.03 0.07 0.07 0.23 0.23 0.10 0.13 0.02 0.00 0.22 0.22 0.09 0.24 0.12 0.02
O4' 0.00 0.49 0.02 0.04 0.26 0.01 0.12 0.02 0.23 0.25 0.39 0.58 0.48 0.12 0.01 0.17 0.22 0.00 0.06 0.17 0.05 0.18 0.18
O5' 0.15 0.24 0.47 0.05 0.10 0.01 0.12 0.01 0.09 0.32 0.14 0.33 0.26 0.32 0.08 0.38 0.22 0.06 0.00 0.14 0.02 0.03 0.00
O6 0.05 0.02 0.24 0.40 0.02 0.02 0.03 0.09 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.15 0.09 0.17 0.14 0.00 0.27 0.64 0.39
OP1 0.31 0.30 0.79 0.56 0.13 0.26 0.16 0.07 0.14 0.32 0.13 0.44 0.34 0.40 0.08 0.79 0.24 0.05 0.02 0.27 0.00 0.03 0.00
OP2 0.16 0.13 0.81 0.34 0.19 0.09 0.45 0.03 0.49 0.47 0.32 0.05 0.05 0.64 0.14 1.02 0.12 0.18 0.03 0.64 0.03 0.00 0.03
P 0.11 0.11 0.64 0.29 0.10 0.05 0.30 0.01 0.27 0.46 0.11 0.21 0.13 0.52 0.14 0.66 0.02 0.18 0.00 0.39 0.00 0.03 0.00