ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.007, 0.035, 0.064, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.013, 0.047, 0.080, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.047 std_dev=0.033
N3 B 0, 0.121, 0.372, 0.623, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.372 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.107, 0.411, 0.715, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.411 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.125, 0.472, 0.819, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.472 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.133, 0.485, 0.837, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.485 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.198, 0.589, 0.980, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.589 std_dev=0.391
C2' A 0, 0.046, 0.461, 0.877, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.461 std_dev=0.416
C4 B 0, 0.089, 0.506, 0.922, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.506 std_dev=0.416
O4' A 0, 0.003, 0.452, 0.901, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.452 std_dev=0.449
O2' A 0, 0.140, 0.627, 1.114, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.627 std_dev=0.487
O4' B 0, 0.116, 0.607, 1.097, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.607 std_dev=0.490
O2 B 0, 0.130, 0.627, 1.124, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.627 std_dev=0.497
C1' B 0, 0.189, 0.721, 1.253, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.721 std_dev=0.532
N4 B 0, 0.125, 0.778, 1.431, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.778 std_dev=0.653
C4' A 0, 0.109, 0.800, 1.491, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.800 std_dev=0.691
C3' A 0, 0.195, 0.937, 1.679, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.937 std_dev=0.742
C4' B 0, 0.099, 0.952, 1.806, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.952 std_dev=0.854
C3' B 0, 0.219, 1.150, 2.081, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.150 std_dev=0.931
C2' B 0, 0.270, 1.293, 2.317, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.293 std_dev=1.023
C5' B 0, 0.155, 1.236, 2.317, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.236 std_dev=1.081
O3' A 0, 0.294, 1.388, 2.481, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.388 std_dev=1.093
O3' B 0, 0.144, 1.251, 2.357, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.251 std_dev=1.107
C5' A 0, 0.140, 1.313, 2.486, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.313 std_dev=1.173
O5' A 0, 0.172, 1.384, 2.597, 2.836 max_d=2.836 avg_d=1.384 std_dev=1.213
O2' B 0, 0.414, 1.696, 2.977, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.696 std_dev=1.282
O5' B 0, 0.098, 1.584, 3.071, 4.231 max_d=4.231 avg_d=1.584 std_dev=1.486
OP2 A 0, 0.594, 2.276, 3.957, 3.908 max_d=3.908 avg_d=2.276 std_dev=1.682
P A 0, 0.480, 2.184, 3.887, 3.954 max_d=3.954 avg_d=2.184 std_dev=1.704
P B 0, 0.206, 2.025, 3.844, 5.197 max_d=5.197 avg_d=2.025 std_dev=1.819
OP1 B 0, 0.732, 2.948, 5.165, 5.695 max_d=5.695 avg_d=2.948 std_dev=2.217
OP2 B 0, -0.194, 2.055, 4.303, 6.308 max_d=6.308 avg_d=2.055 std_dev=2.248
OP1 A 0, 0.656, 2.936, 5.215, 5.340 max_d=5.340 avg_d=2.936 std_dev=2.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.15 0.12 0.19 0.11
C2 0.02 0.00 0.16 0.20 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.20 0.01 0.10 0.23 0.14 0.24 0.22
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.10 0.03 0.13 0.24 0.00 0.01 0.06 0.01 0.18 0.28 0.37 0.23
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.33 0.00 0.37 0.00 0.33 0.20 0.27 0.19 0.02 0.01 0.36 0.02 0.07 0.18 0.15 0.07
C4 0.00 0.00 0.05 0.33 0.00 0.19 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.25 0.00 0.07 0.47 0.47 0.59 0.50
C4' 0.00 0.01 0.03 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.27 0.11 0.09 0.13 0.22 0.02 0.20 0.00 0.02 0.12 0.11 0.06
C5 0.01 0.00 0.06 0.37 0.01 0.28 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.31 0.01 0.13 0.53 0.51 0.56 0.52
C5' 0.04 0.07 0.06 0.00 0.32 0.00 0.42 0.00 0.37 0.16 0.18 0.09 0.14 0.12 0.34 0.02 0.01 0.11 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.10 0.33 0.01 0.27 0.00 0.37 0.00 0.00 0.02 0.01 0.19 0.26 0.01 0.16 0.43 0.34 0.30 0.34
N1 0.00 0.01 0.03 0.20 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.09 0.01 0.04 0.24 0.14 0.17 0.17
N3 0.01 0.00 0.13 0.27 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.00 0.00 0.01 0.29 0.21 0.01 0.08 0.34 0.31 0.43 0.37
O2 0.05 0.00 0.24 0.19 0.00 0.13 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.37 0.01 0.19 0.16 0.06 0.16 0.16
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.28 0.22 0.24 0.14 0.19 0.15 0.29 0.28 0.00 0.07 0.31 0.16 0.07 0.21 0.35 0.13
O3' 0.12 0.20 0.01 0.01 0.25 0.02 0.31 0.12 0.26 0.09 0.21 0.37 0.07 0.00 0.29 0.07 0.24 0.26 0.17 0.19
O4 0.01 0.01 0.06 0.36 0.00 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.29 0.00 0.07 0.51 0.57 0.71 0.59
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.07 0.00 0.13 0.02 0.16 0.04 0.08 0.19 0.16 0.07 0.07 0.00 0.13 0.06 0.17 0.12
O5' 0.15 0.23 0.18 0.07 0.47 0.02 0.53 0.01 0.43 0.24 0.34 0.16 0.07 0.24 0.51 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.14 0.28 0.18 0.47 0.12 0.51 0.11 0.34 0.14 0.31 0.06 0.21 0.26 0.57 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.24 0.37 0.15 0.59 0.11 0.56 0.03 0.30 0.17 0.43 0.16 0.35 0.17 0.71 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.22 0.23 0.07 0.50 0.06 0.52 0.03 0.34 0.17 0.37 0.16 0.13 0.19 0.59 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.17 0.27 0.44 0.11 0.27 0.26 0.36 0.26 0.20 0.10 0.15 0.27 0.05 0.34 0.29 0.18 1.79 0.47 0.69
C2 0.24 0.18 0.34 0.46 0.12 0.23 0.23 0.27 0.23 0.20 0.10 0.17 0.29 0.09 0.35 0.23 0.22 1.67 0.50 0.61
C2' 0.33 0.21 0.30 0.43 0.08 0.33 0.23 0.42 0.26 0.24 0.12 0.22 0.34 0.11 0.32 0.37 0.26 1.81 0.47 0.73
C3' 0.72 0.47 0.55 0.71 0.48 0.81 0.70 0.95 0.75 0.65 0.35 0.44 0.44 0.48 0.58 0.87 0.61 2.37 0.98 1.30
C4 0.22 0.16 0.27 0.46 0.14 0.26 0.25 0.30 0.25 0.20 0.10 0.17 0.23 0.07 0.35 0.24 0.20 1.67 0.55 0.63
C4' 0.56 0.34 0.39 0.62 0.41 0.68 0.63 0.82 0.65 0.51 0.25 0.36 0.28 0.27 0.49 0.72 0.40 2.31 0.88 1.21
C5 0.23 0.13 0.19 0.43 0.12 0.31 0.27 0.38 0.28 0.20 0.09 0.13 0.19 0.13 0.35 0.31 0.14 1.77 0.53 0.69
C5' 0.79 0.53 0.58 0.83 0.62 0.96 0.86 1.12 0.90 0.75 0.45 0.53 0.42 0.49 0.70 1.00 0.69 2.63 1.16 1.54
C6 0.24 0.14 0.20 0.43 0.11 0.31 0.27 0.40 0.28 0.20 0.09 0.13 0.21 0.11 0.34 0.32 0.14 1.80 0.49 0.70
N1 0.23 0.17 0.27 0.44 0.11 0.27 0.25 0.34 0.25 0.20 0.10 0.14 0.26 0.05 0.35 0.27 0.18 1.75 0.48 0.66
N3 0.23 0.19 0.35 0.47 0.13 0.23 0.23 0.25 0.23 0.20 0.11 0.19 0.28 0.09 0.36 0.21 0.23 1.63 0.53 0.59
O2 0.25 0.19 0.39 0.47 0.13 0.21 0.23 0.25 0.23 0.21 0.10 0.19 0.31 0.14 0.35 0.21 0.24 1.63 0.50 0.59
O2' 0.39 0.49 0.53 0.56 0.32 0.24 0.18 0.05 0.20 0.36 0.48 0.38 0.65 0.43 0.52 0.19 0.43 1.51 0.26 0.43
O3' 0.77 0.49 0.59 0.76 0.46 0.87 0.72 1.01 0.78 0.67 0.33 0.40 0.51 0.47 0.63 0.92 0.71 2.51 1.18 1.46
O4 0.21 0.16 0.29 0.47 0.16 0.26 0.25 0.27 0.25 0.20 0.11 0.20 0.22 0.08 0.36 0.22 0.23 1.62 0.61 0.62
O4' 0.31 0.16 0.23 0.48 0.24 0.42 0.42 0.54 0.42 0.29 0.10 0.24 0.19 0.13 0.37 0.44 0.09 2.01 0.65 0.91
O5' 1.01 0.74 0.79 1.04 0.76 1.18 1.01 1.30 1.07 0.95 0.63 0.62 0.65 0.69 0.94 1.21 0.87 2.80 1.31 1.71
OP1 1.21 0.85 1.00 1.19 0.90 1.47 1.22 1.68 1.30 1.13 0.72 0.74 0.70 1.06 1.08 1.50 1.29 3.14 1.64 2.10
OP2 1.35 1.00 1.17 1.34 1.00 1.57 1.31 1.74 1.40 1.26 0.86 0.81 0.88 1.21 1.26 1.59 1.32 3.14 1.57 2.06
P 1.14 0.82 0.94 1.13 0.87 1.36 1.16 1.54 1.23 1.07 0.71 0.73 0.68 0.98 1.03 1.39 1.11 2.98 1.45 1.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.14 0.00 0.18 0.84 0.79 0.38
C2 0.03 0.00 0.16 0.25 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.10 0.35 1.08 0.56 0.32
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.03 0.05 0.18 0.08 0.04 0.15 0.09 0.23 0.01 0.04 0.01 0.23 0.43 0.61 0.17
C3' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.36 0.00 0.32 0.02 0.25 0.20 0.33 0.39 0.18 0.02 0.01 0.01 0.31 0.15 0.47 0.13
C4 0.03 0.01 0.08 0.36 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.29 0.05 0.46 1.27 0.59 0.40
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.13 0.06 0.26 0.02 0.01 0.02 0.34 0.57 0.22
C5 0.02 0.00 0.05 0.32 0.00 0.13 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.29 0.05 0.46 1.31 0.66 0.48
C5' 0.11 0.12 0.18 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.09 0.16 0.02 0.01 0.11 0.18 0.02
C6 0.02 0.00 0.08 0.25 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.08 0.40 1.24 0.57 0.45
N1 0.02 0.01 0.04 0.20 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.09 0.03 0.32 1.08 0.59 0.37
N3 0.03 0.01 0.15 0.33 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.09 0.41 1.19 0.51 0.33
N4 0.03 0.01 0.09 0.39 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.34 0.05 0.50 1.29 0.68 0.42
O2 0.04 0.01 0.23 0.18 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.10 0.15 0.30 0.97 0.64 0.30
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.25 0.26 0.24 0.09 0.20 0.17 0.22 0.26 0.14 0.00 0.03 0.16 0.20 0.49 0.97 0.42
O3' 0.14 0.11 0.04 0.01 0.29 0.02 0.29 0.16 0.20 0.09 0.21 0.34 0.10 0.03 0.00 0.12 0.32 0.17 0.48 0.16
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.03 0.09 0.05 0.15 0.16 0.12 0.00 0.09 0.86 0.86 0.46
O5' 0.18 0.35 0.23 0.31 0.46 0.02 0.46 0.01 0.40 0.32 0.41 0.50 0.30 0.20 0.32 0.09 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.84 1.08 0.43 0.15 1.27 0.34 1.31 0.11 1.24 1.08 1.19 1.29 0.97 0.49 0.17 0.86 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.79 0.56 0.61 0.47 0.59 0.57 0.66 0.18 0.57 0.59 0.51 0.68 0.64 0.97 0.48 0.86 0.02 0.04 0.00 0.02
P 0.38 0.32 0.17 0.13 0.40 0.22 0.48 0.02 0.45 0.37 0.33 0.42 0.30 0.42 0.16 0.46 0.02 0.01 0.02 0.00